松本 篤幸

最終更新日時: 2021/06/28 15:03:20

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
松本 篤幸/マツモト シゲユキ/Matsumoto, Shigeyuki
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
医学研究科/人間健康科学系専攻先端基盤看護科学講座/特定准教授
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
博士(薬学) Ph. D., Pharmacy 大阪大学 Osaka University
修士(薬学) Master of Pharmacy 大阪大学 Osaka University
プロフィール
(日本語)
タンパク質の立体構造情報に基づいた機能解析並びに創薬研究に取り組んでいる。教育については、知的好奇心を持って幅広い視野で研究に取り組むことのできる人材の育成を目指している。
(英語)
My research interests is structural biology to elucidate molecular mechanisms of proteins in association with drug discovery research. As for education, we aim to develop graduate students who can engage in research with intellectual curiosity and a broad perspective.
使用言語
言語名(japanese) 言語名(english) コード
日本語 Japanese jpn
researchmap URL
https://researchmap.jp/7000003947
研究テーマ
(日本語)
深層学習技術によるcryo-EM密度マップデータからの動的情報の抽出
(英語)
Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning
研究概要
(日本語)
近年のcryo-EMにおける技術革新により、多くのタンパク質分子の3次元立体構造が原子~近原子分解能で決定できるようになった。しかしcryo-EMの解析対象となるタンパク質分子は一般に巨大かつ複雑であり、それらの運動性情報を得ることは困難である。そこで深層学習技術を用い、それらのタンパク質の運動性をcryo-EMの計測データのみから得るためのAIモデルを構築することを目的に研究を行っている。
(英語)
Recent technical breakthroughs in cryo-EM have enabled the three dimensional structures of numerous proteins to be solved at atomic or near-atomic resolution. However, analyzing the dynamics of cryo-EM-targeted proteins is often challenging because of their large sizes and complex structural assemblies. To address the challenges, I aimed to develop an AI model to obtain dynamics information of proteins using a cryo-EM data alone.
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
構造生物学 structural biology
計算科学 computational science
生物物理学 biophysics
機械学習 machine learning
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
Shigeyuki Matsumoto, Haruka Taniguchi-Tamura, Mitsugu Araki, Takashi Kawamura, Ryo Miyamoto, Chiemi Tsuda, Fumi Shima, Takashi Kumasaka, Yasushi Okuno, Tohru Kataoka Shigeyuki Matsumoto, Haruka Taniguchi-Tamura, Mitsugu Araki, Takashi Kawamura, Ryo Miyamoto, Chiemi Tsuda, Fumi Shima, Takashi Kumasaka, Yasushi Okuno, Tohru Kataoka Shigeyuki Matsumoto, Haruka Taniguchi-Tamura, Mitsugu Araki, Takashi Kawamura, Ryo Miyamoto, Chiemi Tsuda, Fumi Shima, Takashi Kumasaka, Yasushi Okuno, Tohru Kataoka Oncogenic mutations Q61L and Q61H confer active form-like structural features to the inactive state (state 1) conformation of H-Ras protein Oncogenic mutations Q61L and Q61H confer active form-like structural features to the inactive state (state 1) conformation of H-Ras protein Oncogenic mutations Q61L and Q61H confer active form-like structural features to the inactive state (state 1) conformation of H-Ras protein Biochemical and Biophysical Research Communications, 565, 85-90 Biochemical and Biophysical Research Communications, 565, 85-90 Biochemical and Biophysical Research Communications, 565, 85-90 2021/08 研究論文(学術雑誌) 公開
Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Gert-Jan Bekker, Yuta Isaka, Yukari Sagae, Narutoshi Kamiya, Yasushi Okuno Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Gert-Jan Bekker, Yuta Isaka, Yukari Sagae, Narutoshi Kamiya, Yasushi Okuno Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Gert-Jan Bekker, Yuta Isaka, Yukari Sagae, Narutoshi Kamiya, Yasushi Okuno Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics Nature Communications, 12, 1 Nature Communications, 12, 1 Nature Communications, 12, 1 2021/05 研究論文(学術雑誌) 公開
Takahiro Yoshizawa, Ken Uchibori, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryo Kanada, Yosuke Seto, Tomoko Oh-hara, Sumie Koike, Ryo Ariyasu, Satoru Kitazono, Hironori Ninomiya, Kengo Takeuchi, Noriko Yanagitani, Satoshi Takagi, Kazuma Kishi, Naoya Fujita, Yasushi Okuno, Makoto Nishio, Ryohei Katayama Takahiro Yoshizawa, Ken Uchibori, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryo Kanada, Yosuke Seto, Tomoko Oh-hara, Sumie Koike, Ryo Ariyasu, Satoru Kitazono, Hironori Ninomiya, Kengo Takeuchi, Noriko Yanagitani, Satoshi Takagi, Kazuma Kishi, Naoya Fujita, Yasushi Okuno, Makoto Nishio, Ryohei Katayama Takahiro Yoshizawa, Ken Uchibori, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryo Kanada, Yosuke Seto, Tomoko Oh-hara, Sumie Koike, Ryo Ariyasu, Satoru Kitazono, Hironori Ninomiya, Kengo Takeuchi, Noriko Yanagitani, Satoshi Takagi, Kazuma Kishi, Naoya Fujita, Yasushi Okuno, Makoto Nishio, Ryohei Katayama Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity npj Precision Oncology, 5, 1 npj Precision Oncology, 5, 1 npj Precision Oncology, 5, 1 2021/04 研究論文(学術雑誌) 公開
Shigeyuki Matsumoto, Shoichi Ishida, Mitsugu Araki, Takayuki Kato, Kei Terayama, Yasushi Okuno Shigeyuki Matsumoto, Shoichi Ishida, Mitsugu Araki, Takayuki Kato, Kei Terayama, Yasushi Okuno Shigeyuki Matsumoto, Shoichi Ishida, Mitsugu Araki, Takayuki Kato, Kei Terayama, Yasushi Okuno Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning Extraction of protein dynamics information from cryo-EM maps using deep learning Nature Machine Intelligence, 3, 2, 153-160 Nature Machine Intelligence, 3, 2, 153-160 Nature Machine Intelligence, 3, 2, 153-160 2021/02/04 研究論文(学術雑誌) 公開
Shigeyuki Matsumoto, Mitsugu Araki, Yuta Isaka, Fumie Ono, Kenshiro Hirohashi, Shinya Ohashi, Manabu Muto, Yasushi Okuno Shigeyuki Matsumoto, Mitsugu Araki, Yuta Isaka, Fumie Ono, Kenshiro Hirohashi, Shinya Ohashi, Manabu Muto, Yasushi Okuno Shigeyuki Matsumoto, Mitsugu Araki, Yuta Isaka, Fumie Ono, Kenshiro Hirohashi, Shinya Ohashi, Manabu Muto, Yasushi Okuno E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2 E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2 E487K-Induced Disorder in Functionally Relevant Dynamics of Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase 2 Biophysical Journal, 119, 3, 628-637 Biophysical Journal, 119, 3, 628-637 Biophysical Journal, 119, 3, 628-637 2020/08 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yuki Saito, Junji Koya, Mitsugu Araki, Yasunori Kogure, Sumito Shingaki, Mariko Tabata, Marni B. McClure, Kota Yoshifuji, Shigeyuki Matsumoto, Yuta Isaka, Hiroko Tanaka, Takanori Kanai, Satoru Miyano, Yuichi Shiraishi, Yasushi Okuno, Keisuke Kataoka Yuki Saito, Junji Koya, Mitsugu Araki, Yasunori Kogure, Sumito Shingaki, Mariko Tabata, Marni B. McClure, Kota Yoshifuji, Shigeyuki Matsumoto, Yuta Isaka, Hiroko Tanaka, Takanori Kanai, Satoru Miyano, Yuichi Shiraishi, Yasushi Okuno, Keisuke Kataoka Yuki Saito, Junji Koya, Mitsugu Araki, Yasunori Kogure, Sumito Shingaki, Mariko Tabata, Marni B. McClure, Kota Yoshifuji, Shigeyuki Matsumoto, Yuta Isaka, Hiroko Tanaka, Takanori Kanai, Satoru Miyano, Yuichi Shiraishi, Yasushi Okuno, Keisuke Kataoka Landscape and function of multiple mutations within individual oncogenes Landscape and function of multiple mutations within individual oncogenes Landscape and function of multiple mutations within individual oncogenes Nature, 582, 7810, 95-99 Nature, 582, 7810, 95-99 Nature, 582, 7810, 95-99 2020/06 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Fumie Ono, Shuntaro Chiba, Yuta Isaka, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryohei Katayama, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno Fumie Ono, Shuntaro Chiba, Yuta Isaka, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryohei Katayama, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno Fumie Ono, Shuntaro Chiba, Yuta Isaka, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryohei Katayama, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method Scientific Reports, 10, 1 Scientific Reports, 10, 1 Scientific Reports, 10, 1 2020/02 研究論文(学術雑誌) 公開
Matsumoto S, Hiraga T, Hayashi Y, Yoshikawa Y, Tsuda C, Araki M, Neya M, Shima F, Kataoka T Matsumoto S, Hiraga T, Hayashi Y, Yoshikawa Y, Tsuda C, Araki M, Neya M, Shima F, Kataoka T Matsumoto S, Hiraga T, Hayashi Y, Yoshikawa Yoko, Tsuda C, Araki M, Neya M, SHIMA FUMI, Kataoka Tohru Molecular Basis for Allosteric Inhibition of GTP-Bound H-Ras Protein by a Small-Molecule Compound Carrying a Naphthalene Ring. Molecular Basis for Allosteric Inhibition of GTP-Bound H-Ras Protein by a Small-Molecule Compound Carrying a Naphthalene Ring. Molecular Basis for Allosteric Inhibition of GTP-Bound H-Ras Protein by a Small-Molecule Compound Carrying a Naphthalene Ring. Biochemistry, 57, 36, 5350-5358 Biochemistry, 57, 36, 5350-5358 Biochemistry, 57, 36, 5350-5358 2018/09 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shota Matsunaga, Yuta Hano, Yuta Saito, Kazuhiro J. Fujimoto, Takashi Kumasaka, Shigeyuki Matsumoto, Tohru Kataoka, Fumi Shima, Shigenori Tanaka Shota Matsunaga, Yuta Hano, Yuta Saito, Kazuhiro J. Fujimoto, Takashi Kumasaka, Shigeyuki Matsumoto, Tohru Kataoka, Fumi Shima, Shigenori Tanaka Shota Matsunaga, Yuta Hano, Yuta Saito, Kazuhiro J. Fujimoto, Takashi Kumasaka, Shigeyuki Matsumoto, Tohru Kataoka, Fumi Shima, Shigenori Tanaka Structural transition of solvated H-Ras/GTP revealed by molecular dynamics simulation and local network entropy Structural transition of solvated H-Ras/GTP revealed by molecular dynamics simulation and local network entropy Structural transition of solvated H-Ras/GTP revealed by molecular dynamics simulation and local network entropy JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, 77, 51-63 JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, 77, 51-63 JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, 77, 51-63 2017/10 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Haoliang Ke, Shigeyuki Matsumoto, Yosuke Murashima, Haruka Taniguchi-Tamura, Ryo Miyamoto, Yoko Yoshikawa, Chiemi Tsuda, Takashi Kumasaka, Eiichi Mizohata, Hironori Edamatsu, Tohru Kataoka Haoliang Ke, Shigeyuki Matsumoto, Yosuke Murashima, Haruka Taniguchi-Tamura, Ryo Miyamoto, Yoko Yoshikawa, Chiemi Tsuda, Takashi Kumasaka, Eiichi Mizohata, Hironori Edamatsu, Tohru Kataoka Haoliang Ke, Shigeyuki Matsumoto, Yosuke Murashima, Haruka Taniguchi-Tamura, Ryo Miyamoto, Yoko Yoshikawa, Chiemi Tsuda, Takashi Kumasaka, Eiichi Mizohata, Hironori Edamatsu, Tohru Kataoka Structural basis for intramolecular interaction of post-translationally modified H-Ras•GTP prepared by protein ligation Structural basis for intramolecular interaction of post-translationally modified H-Ras•GTP prepared by protein ligation Structural basis for intramolecular interaction of post-translationally modified H-Ras.GTP prepared by protein ligation FEBS Letters, 591, 16, 2470-2481 FEBS Letters, 591, 16, 2470-2481 FEBS LETTERS, 591, 16, 2470-2481 2017/08 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Matsumoto Shigeyuki, MiyanoN, BabaS, LiaoJ, KawamuraT, TsudaC, TakedaA, YamamotoM, KumasakaT, KataokaT, ShimaF Matsumoto Shigeyuki, MiyanoN, BabaS, LiaoJ, KawamuraT, TsudaC, TakedaA, YamamotoM, KumasakaT, KataokaT, ShimaF Shigeyuki Matsumoto, Nao Miyano, Seiki Baba, Jingling Liao, Takashi Kawamura, Chiemi Tsuda, Azusa Takeda, Masaki Yamamoto, Takashi Kumasaka, Tohru Kataoka, Fumi Shima Molecular Mechanism for Conformational Dynamics of Ras・GTP Elucidated from In-Situ Structural Transition in Crystal Molecular Mechanism for Conformational Dynamics of Ras・GTP Elucidated from In-Situ Structural Transition in Crystal Molecular Mechanism for Conformational Dynamics of Ras.GTP Elucidated from In-Situ Structural Transition in Crystal Sci Rep, 6, 25931 Sci Rep, 6, 25931 SCIENTIFIC REPORTS, 6, 25931 2016/05 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Fumi Shima, Shigeyuki Matsumoto, Yoko Yoshikawa, Takashi Kawamura, Masayuki Isa, Tohru Kataoka Fumi Shima, Shigeyuki Matsumoto, Yoko Yoshikawa, Takashi Kawamura, Masayuki Isa, Tohru Kataoka Fumi Shima, Shigeyuki Matsumoto, Yoko Yoshikawa, Takashi Kawamura, Masayuki Isa, Tohru Kataoka Current status of the development of Ras inhibitors Current status of the development of Ras inhibitors Current status of the development of Ras inhibitors Journal of Biochemistry, 158, 2, 91-99 Journal of Biochemistry, 158, 2, 91-99 Journal of Biochemistry, 158, 2, 91-99 2015/08 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Fumi Shima, Yoko Yoshikawa, Min Ye, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Jingling Liao, Lizhi Hu, Takeshi Sugimoto, Yuichi Ijiri, Azusa Takeda, Yuko Nishiyama, Chie Sato, Shin Muraoka, Atsuo Tamura, Tsutomu Osoda, Ken-ichiro Tsuda, Tomoya Miyakawa, Hiroaki Fukunishi, Jiro Shimada, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Tohru Kataoka Fumi Shima, Yoko Yoshikawa, Min Ye, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Jingling Liao, Lizhi Hu, Takeshi Sugimoto, Yuichi Ijiri, Azusa Takeda, Yuko Nishiyama, Chie Sato, Shin Muraoka, Atsuo Tamura, Tsutomu Osoda, Ken-ichiro Tsuda, Tomoya Miyakawa, Hiroaki Fukunishi, Jiro Shimada, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Tohru Kataoka Fumi Shima, Yoko Yoshikawa, Min Ye, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Jingling Liao, Lizhi Hu, Takeshi Sugimoto, Yuichi Ijiri, Azusa Takeda, Yuko Nishiyama, Chie Sato, Shin Muraoka, Atsuo Tamura, Tsutomu Osoda, Ken-ichiro Tsuda, Tomoya Miyakawa, Hiroaki Fukunishi, Jiro Shimada, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Tohru Kataoka In silico discovery of small-molecule Ras inhibitors that display antitumor activity by blocking the Ras-effector interaction In silico discovery of small-molecule Ras inhibitors that display antitumor activity by blocking the Ras-effector interaction In silico discovery of small-molecule Ras inhibitors that display antitumor activity by blocking the Ras-effector interaction PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 110, 20, 8182-8187 PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 110, 20, 8182-8187 PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 110, 20, 8182-8187 2013/05 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shigeyuki Matsumoto, Takuya Yoshida, Hiroko Murata, Shusaku Harada, Naoko Fujita, Shota Nakamura, Yasuhiko Yamamoto, Takuo Watanabe, Hideto Yonekura, Hiroshi Yamamoto, Tadayasu Ohkubo, Yuji Kobayashi Shigeyuki Matsumoto, Takuya Yoshida, Hiroko Murata, Shusaku Harada, Naoko Fujita, Shota Nakamura, Yasuhiko Yamamoto, Takuo Watanabe, Hideto Yonekura, Hiroshi Yamamoto, Tadayasu Ohkubo, Yuji Kobayashi Shigeyuki Matsumoto, Takuya Yoshida, Hiroko Murata, Shusaku Harada, Naoko Fujita, Shota Nakamura, Yasuhiko Yamamoto, Takuo Watanabe, Hideto Yonekura, Hiroshi Yamamoto, Tadayasu Ohkubo, Yuji Kobayashi Solution Structure of the Variable-Type Domain of the Receptor for Advanced Glycation End Products: New Insight into AGE−RAGE Interaction†,‡ Solution Structure of the Variable-Type Domain of the Receptor for Advanced Glycation End Products: New Insight into AGE−RAGE Interaction†,‡ Solution Structure of the Variable-Type Domain of the Receptor for Advanced Glycation End Products: New Insight into AGE−RAGE Interaction†,‡ Biochemistry, 47, 47, 12299-12311 Biochemistry, 47, 47, 12299-12311 Biochemistry, 47, 47, 12299-12311 2008/11/25 英語 研究論文(学術雑誌) 公開

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Misc
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
錦織 千佳子, 島扶美, 熊坂崇, 松本篤幸, 吉川陽子, 山本雅貴, 片岡徹 錦織 千佳子, 島扶美, 熊坂崇, 松本篤幸, 吉川陽子, 山本雅貴, 片岡徹 Nishigori Chikako, Shima Fumi, 熊坂崇, Matsumoto Shigeyuki, Yoshikawa Yoko, 山本雅貴, Kataoka Tohru rasがん遺伝子産物の新規立体構造情報を利用した分子標的がん治療薬の開発 rasがん遺伝子産物の新規立体構造情報を利用した分子標的がん治療薬の開発 rasがん遺伝子産物の新規立体構造情報を利用した分子標的がん治療薬の開発 日本放射光学会誌 放射光, 27, 1, 3-9 日本放射光学会誌 放射光, 27, 1, 3-9 日本放射光学会誌 放射光, 27, 1, 3-9 2014 日本語 記事・総説・解説・論説等(学術雑誌) 公開
タイトル言語:
講演・口頭発表等
タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 会議名 会議名(日本語) 会議名(英語) 主催者 主催者(日本語) 主催者(英語) 発表年月日 記述言語 会議種別 公開
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タイトル言語:
書籍等出版物
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 出版社 出版社(日本語) 出版社(英語) 出版年月 記述言語 担当区分 公開
島扶美, 吉川陽子, 松本篤幸, 片岡徹 島扶美, 吉川陽子, 松本篤幸, 片岡徹 rasがん遺伝子産物Rasお分子標的としたがん治療薬開発の現状 rasがん遺伝子産物Rasお分子標的としたがん治療薬開発の現状 2014 共著 公開
Yoko Yoshikawa, Shigeyuki Matsumoto, Tohru Kataoka Yoko Yoshikawa, Shigeyuki Matsumoto, Tohru Kataoka Yoshikawa Yoko, Matsumoto Shigeyuki, Kataoka Tohru The Enzymes, Vol. 34, Inhibitors of the Ras superfamily G-proteins, Part B / Discovery of Small-Molecule Ras Inhibitors that Display Antitumor Activity by Interfering with Ras・GTP?Effector Interaction The Enzymes, Vol. 34, Inhibitors of the Ras superfamily G-proteins, Part B / Discovery of Small-Molecule Ras Inhibitors that Display Antitumor Activity by Interfering with Ras・GTP?Effector Interaction The Enzymes, Vol. 34, Inhibitors of the Ras superfamily G-proteins, Part B / Discovery of Small-Molecule Ras Inhibitors that Display Antitumor Activity by Interfering with Ras・GTP?Effector Interaction Elsevier Inc. Elsevier Inc. Elsevier Inc. 2013/12 英語 その他 公開
タイトル言語:
外部資金:競争的資金 (科学研究費補助金)
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
若手研究(B) 代表 がん遺伝子産物Rasの動的な構造特性を介した機能発現メカニズムの解明 Elucidation of the molecular mechanism of the oncogene product Ras by investigating its dynamic properties 2017/04/01〜2022/03/31