岡嵜 友輔

最終更新日時: 2021/06/07 15:34:28

印刷する

氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
岡嵜 友輔/オカザキ ユウスケ/Okazaki, Yusuke
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
化学研究所/化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター/ /助教
協力講座
部局 所属 講座等 職名
理学研究科 生物科学専攻 生体分子情報学講座 助教
所属学会(国内)
学会名(日本語) 学会名(英語)
日本陸水学会 Japanese Society of Limnology
日本微生物生態学会 Japanese Society of Microbial Ecology
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(理学) M.Sc 京都大学 Kyoto University
博士(理学) Ph.D 京都大学 Kyoto University
出身大学院・研究科等
大学名(日本語) 大学名(英語) 研究科名(日本語) 研究科名(英語) 専攻名(日本語) 専攻名(英語) 修了区分
京都大学 Kyoto University 大学院理学研究科生物科学専攻修士課程 修了
京都大学 Kyoto University 大学院理学研究科生物科学専攻博士後期課程 修了
出身学校・専攻等
大学名(日本語) 大学名(英語) 学部名(日本語) 学部名(英語) 学科名(日本語) 学科名(英語) 卒業区分
京都大学 Kyoto University 理学部理学科 卒業
職歴
期間 組織名(日本語) 組織名(英語) 職名(日本語) 職名(英語)
2012/04/01〜2015/03/31 三菱総合研究所 Mitsubishi Research Institute, Inc 研究員
2015/04/01〜2018/03/31 日本学術振興会特別研究員(DC1) JSPS Research Fellow (DC1)
2018/04/01〜2020/11/30 日本学術振興会特別研究員(PD) JSPS Research Fellow (PD)
個人ホームページ
URL
https://yusukeokazaki.weebly.com/
ORCID ID
https://orcid.org/0000-0001-8770-2774
researchmap URL
https://researchmap.jp/yokazaki
研究テーマ
(日本語)
淡水湖をフィールドとした微生物生態学
(英語)
Microbial ecology in freshwater lakes
研究概要
(日本語)
琵琶湖をはじめとする大水深淡水湖を主な対象とした微生物生態学に取り組んでいる。フィールド(湖沼調査)・ドライ(大規模環境ゲノム解析)・ウェット(培養実験・顕微鏡観察)の3つのアプローチを併用しながら、コンパクトかつ網羅的な研究が可能な湖ならではの強みを活かし、微生物学、生態学、さらには生命科学全般の諸問題に答えうる研究への展開を目指している。
(英語)
My research has been focusing on microbial ecology in deep freshwater lakes. Using a combination of field (lake sampling), dry (meta-omics), and wet (cultivation and microscopy)-based approaches, I am trying to challenge broader research topics of microbiology, ecology, and life sciences in general.
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
微生物生態学 Microbial Ecology
メタゲノム Metagenomics
琵琶湖 Lake Biwa
陸水生態学 Limnoecology
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Michaela M. Salcher, Cristiana Callieri, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Hideyuki Tamaki, Shin-ichi Nakano Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Michaela M. Salcher, Cristiana Callieri, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Hideyuki Tamaki, Shin-ichi Nakano Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Michaela M. Salcher, Cristiana Callieri, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Hideyuki Tamaki, Shin-ichi Nakano Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing Microdiversity and phylogeographic diversification of bacterioplankton in pelagic freshwater systems revealed through long-read amplicon sequencing Microbiome, 9, 1 Microbiome, 9, 1 Microbiome, 9, 1 2021/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Koji Yahara, Masato Suzuki, Aki Hirabayashi, Wataru Suda, Masahira Hattori, Yutaka Suzuki, Yusuke Okazaki Koji Yahara, Masato Suzuki, Aki Hirabayashi, Wataru Suda, Masahira Hattori, Yutaka Suzuki, Yusuke Okazaki Koji Yahara, Masato Suzuki, Aki Hirabayashi, Wataru Suda, Masahira Hattori, Yutaka Suzuki, Yusuke Okazaki Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteria Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteria Long-read metagenomics using PromethION uncovers oral bacteriophages and their interaction with host bacteria Nature Communications, 12, 1 Nature Communications, 12, 1 Nature Communications, 12, 1 2021/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Ryosuke Nakadai, Yusuke Okazaki, Shunsuke Matsuoka Ryosuke Nakadai, Yusuke Okazaki, Shunsuke Matsuoka Ryosuke Nakadai, Yusuke Okazaki, Shunsuke Matsuoka Describing macroecological patterns in microbes: Approaches for comparative analyses of operational taxonomic unit read number distribution with a case study of global oceanic bacteria Describing macroecological patterns in microbes: Approaches for comparative analyses of operational taxonomic unit read number distribution with a case study of global oceanic bacteria Describing macroecological patterns in microbes: Approaches for comparative analyses of operational taxonomic unit read number distribution with a case study of global oceanic bacteria Environmental DNA, 2, 4, 535-543 Environmental DNA, 2, 4, 535-543 Environmental DNA, 2, 4, 535-543 2020/10 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yusuke Okazaki, Yosuke Nishimura, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata, Shin‐ichi Nakano Yusuke Okazaki, Yosuke Nishimura, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata, Shin‐ichi Nakano Yusuke Okazaki, Yosuke Nishimura, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata, Shin‐ichi Nakano Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake Environmental Microbiology, 21, 12, 4740-4754 Environmental Microbiology, 21, 12, 4740-4754 Environmental Microbiology, 21, 12, 4740-4754 2019/12 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Satoshi Hiraoka, Yusuke Okazaki, Mizue Anda, Atsushi Toyoda, Shin-Ichi Nakano, Wataru Iwasaki Satoshi Hiraoka, Yusuke Okazaki, Mizue Anda, Atsushi Toyoda, Shin-Ichi Nakano, Wataru Iwasaki Satoshi Hiraoka, Yusuke Okazaki, Mizue Anda, Atsushi Toyoda, Shin-Ichi Nakano, Wataru Iwasaki Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community. Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community. Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community. Nature communications, 10, 1, 159-159 Nature communications, 10, 1, 159-159 Nature communications, 10, 1, 159-159 2019/01/11 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano SI Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano SI Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano SI Widespread Dominance of Kinetoplastids and Unexpected Presence of Diplonemids in Deep Freshwater Lakes. Widespread Dominance of Kinetoplastids and Unexpected Presence of Diplonemids in Deep Freshwater Lakes. Widespread Dominance of Kinetoplastids and Unexpected Presence of Diplonemids in Deep Freshwater Lakes. Frontiers in microbiology, 10, 2375 Frontiers in microbiology, 10, 2375 Frontiers in microbiology, 10, 2375 2019 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yusuke Okazaki, Michaela M. Salcher, Cristiana Callieri, Shin-ichi Nakano Yusuke Okazaki, Michaela M. Salcher, Cristiana Callieri, Shin-ichi Nakano Yusuke Okazaki, Michaela M. Salcher, Cristiana Callieri, Shin-ichi Nakano The Broad Habitat Spectrum of the CL500-11 Lineage (Phylum Chloroflexi), a Dominant Bacterioplankton in Oxygenated Hypolimnia of Deep Freshwater Lakes The Broad Habitat Spectrum of the CL500-11 Lineage (Phylum Chloroflexi), a Dominant Bacterioplankton in Oxygenated Hypolimnia of Deep Freshwater Lakes The Broad Habitat Spectrum of the CL500-11 Lineage (Phylum Chloroflexi), a Dominant Bacterioplankton in Oxygenated Hypolimnia of Deep Freshwater Lakes Frontiers in Microbiology, 9 Frontiers in Microbiology, 9 Frontiers in Microbiology, 9 2018/11/27 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mehrshad M, Salcher MM, Okazaki Y, Nakano SI, Šimek K, Andrei AS, Ghai R Mehrshad M, Salcher MM, Okazaki Y, Nakano SI, Šimek K, Andrei AS, Ghai R Mehrshad M, Salcher MM, Okazaki Y, Nakano SI, Šimek K, Andrei AS, Ghai R Hidden in plain sight-highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi. Hidden in plain sight-highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi. Hidden in plain sight-highly abundant and diverse planktonic freshwater Chloroflexi. Microbiome, 6, 1, 176 Microbiome, 6, 1, 176 Microbiome, 6, 1, 176 2018/10 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Akihito Mochizuki, Takahiro Murata, Ko Hosoda, Toshiya Katano, Yuji Tanaka, Tetsuro Mimura, Osamu Mitamura, Shin ichi Nakano, Yusuke Okazaki, Yuko Sugiyama, Yasuhiro Satoh, Yasunori Watanabe, Ayuriin Dulmaa, Chananbaatar Ayushsuren, Darmaa Ganchimeg, Valentin V. Drucker, Vladimir A. Fialkov, Masahito Sugiyama Akihito Mochizuki, Takahiro Murata, Ko Hosoda, Toshiya Katano, Yuji Tanaka, Tetsuro Mimura, Osamu Mitamura, Shin ichi Nakano, Yusuke Okazaki, Yuko Sugiyama, Yasuhiro Satoh, Yasunori Watanabe, Ayuriin Dulmaa, Chananbaatar Ayushsuren, Darmaa Ganchimeg, Valentin V. Drucker, Vladimir A. Fialkov, Masahito Sugiyama Akihito Mochizuki, Takahiro Murata, Ko Hosoda, Toshiya Katano, Yuji Tanaka, Tetsuro Mimura, Osamu Mitamura, Shin ichi Nakano, Yusuke Okazaki, Yuko Sugiyama, Yasuhiro Satoh, Yasunori Watanabe, Ayuriin Dulmaa, Chananbaatar Ayushsuren, Darmaa Ganchimeg, Valentin V. Drucker, Vladimir A. Fialkov, Masahito Sugiyama Distributions and geochemical behaviors of oxyanion-forming trace elements and uranium in the Hövsgöl–Baikal–Yenisei water system of Mongolia and Russia Distributions and geochemical behaviors of oxyanion-forming trace elements and uranium in the Hövsgöl–Baikal–Yenisei water system of Mongolia and Russia Distributions and geochemical behaviors of oxyanion-forming trace elements and uranium in the Hövsgöl–Baikal–Yenisei water system of Mongolia and Russia Journal of Geochemical Exploration, 188, 123-136 Journal of Geochemical Exploration, 188, 123-136 Journal of Geochemical Exploration, 188, 123-136 2018/05 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Shin-ichi Nakano Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Shin-ichi Nakano Yusuke Okazaki, Shohei Fujinaga, Atsushi Tanaka, Ayato Kohzu, Hideo Oyagi, Shin-ichi Nakano Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakes Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakes Ubiquity and quantitative significance of bacterioplankton lineages inhabiting the oxygenated hypolimnion of deep freshwater lakes ISME JOURNAL, 11, 10, 2279-2293 ISME JOURNAL, 11, 10, 2279-2293 ISME JOURNAL, 11, 10, 2279-2293 2017/10 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yusuke Okazaki, Shin-Ichi Nakano Yusuke Okazaki, Shin-Ichi Nakano Yusuke Okazaki, Shin-Ichi Nakano Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan) Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan) Vertical partitioning of freshwater bacterioplankton community in a deep mesotrophic lake with a fully oxygenated hypolimnion (Lake Biwa, Japan) ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 8, 5, 780-788 ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 8, 5, 780-788 ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 8, 5, 780-788 2016/10 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yuuhiko Tanabe, Yusuke Okazaki, Masaki Yoshida, Hiroshi Matsuura, Atsushi Kai, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Shin-ichi Nakano, Makoto M. Watanabe Yuuhiko Tanabe, Yusuke Okazaki, Masaki Yoshida, Hiroshi Matsuura, Atsushi Kai, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Shin-ichi Nakano, Makoto M. Watanabe Yuuhiko Tanabe, Yusuke Okazaki, Masaki Yoshida, Hiroshi Matsuura, Atsushi Kai, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Shin-ichi Nakano, Makoto M. Watanabe A novel alphaproteobacterial ectosymbiont promotes the growth of the hydrocarbon-rich green alga Botryococcus braunii A novel alphaproteobacterial ectosymbiont promotes the growth of the hydrocarbon-rich green alga Botryococcus braunii A novel alphaproteobacterial ectosymbiont promotes the growth of the hydrocarbon-rich green alga Botryococcus braunii SCIENTIFIC REPORTS, 5, 10467 SCIENTIFIC REPORTS, 5, 10467 SCIENTIFIC REPORTS, 5, 10467 2015/07 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yusuke Okazaki, Yoshikuni Hodoki, Shin-ichi Nakano Yusuke Okazaki, Yoshikuni Hodoki, Shin-ichi Nakano Yusuke Okazaki, Yoshikuni Hodoki, Shin-ichi Nakano Seasonal dominance of CL500-11 bacterioplankton (phylum Chloroflexi) in the oxygenated hypolimnion of Lake Biwa, Japan Seasonal dominance of CL500-11 bacterioplankton (phylum Chloroflexi) in the oxygenated hypolimnion of Lake Biwa, Japan Seasonal dominance of CL500-11 bacterioplankton (phylum Chloroflexi) in the oxygenated hypolimnion of Lake Biwa, Japan FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 83, 1, 82-92 FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 83, 1, 82-92 FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 83, 1, 82-92 2013/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開

  • <<
  • >>
  • 表示
タイトル言語:
Misc
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
岡崎友輔 岡崎友輔 一杯の湖水に秘められた難題 一杯の湖水に秘められた難題 生物工学会誌, 98, 11, 619 生物工学会誌, 98, 11, 619 , 98, 11, 619 2020/11 日本語 公開
岡崎友輔 岡崎友輔 ネオウイルス学に出会うまで ネオウイルス学に出会うまで ネオウイルス学ニュースレター, 6, 3-5 ネオウイルス学ニュースレター, 6, 3-5 , 6, 3-5 2019/11 日本語 公開
岡崎 友輔 岡崎 友輔 岡崎 友輔 育志賞の受賞にあたって 育志賞の受賞にあたって Comment from award winner at 8th JSPS IKUSHI PRIZE 陸水学雑誌 = Japanese journal of limnology, 79, 2, 127-129 陸水学雑誌 = Japanese journal of limnology, 79, 2, 127-129 陸水学雑誌 = Japanese journal of limnology, 79, 2, 127-129 2018/05 日本語 公開
タイトル言語:
学術賞等
賞の名称(日本語) 賞の名称(英語) 授与組織名(日本語) 授与組織名(英語) 年月
第8回 育志賞 Ikushi Prize 日本学術振興会 JSPS 2018/03/
外部資金:競争的資金 (科学研究費補助金)
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
特別研究員奨励費 代表 環境ゲノム情報から紐解く大水深淡水湖の「細菌-ウイルス-真核微生物」生態系 (2020年度分) 2020/04/01〜2021/03/31
担当科目
講義名(日本語) 講義名(英語) 開講期 学部/研究科 年度
バイオインフォマティクス Bioinformatics 前期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクス Bioinformatics 前期 理学部 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクスゼミナールIA Seminar on Bioinformatics IA 前期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクスゼミナールIB Seminar on Bioinformatics IB 後期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクスゼミナールIC Seminar on Bioinformatics IC 前期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクスゼミナールID Seminar on Bioinformatics ID 後期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクスゼミナールIIA Seminar on Bioinformatics IIA 前期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクスゼミナールIIB Seminar on Bioinformatics IIB 後期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクスゼミナールIIC Seminar on Bioinformatics IIC 前期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクスゼミナールIID Seminar on Bioinformatics IID 後期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオ情報スキル Skill Development for Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクス特論 Bioinformatics :Advanced Course 後期 理学研究科 2021/04〜2022/03
バイオインフォマティクス理論 Bioinformatics I: Target Discovery 後期不定 薬学研究科 2021/04〜2022/03

  • <<
  • >>
  • 表示
部局運営(役職等)
役職名 期間
化学研究所広報委員会委員 2021/04/01〜2022/03/31
学会活動:研究集会委員歴
学会名 研究集会名 役職名 期間
The 10th Aquatic Virus Workshop Domestic Organizing Committee 2021/06/27〜2021/07/01