辻村 太郎

最終更新日時: 2021/06/02 10:39:17

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
辻村 太郎/ツジムラ タロウ/Tsujimura, Taro
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
高等研究院/ヒト生物学高等研究拠点/特定講師
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(生命科学) 東京大学 The University of Tokyo
博士(生命科学) 東京大学 The University of Tokyo
職歴
期間 組織名(日本語) 組織名(英語) 職名(日本語) 職名(英語)
2019/12〜9999 京都大学 Kyoto University 特定講師 Junior Associate Professor
2017/02〜2019/11 慶應義塾大学 Keio University 特任助教 Research Assistant Professor
2014/05〜2017/01 東京大学医学部附属病院 The University of Tokyo Hospital 特任助教 Research Assistant Professor
2009/05〜2014/04 EMBL Heidelberg EMBL Heidelberg Postdoctoral Fellow Postdoctoral Fellow
2009/04〜2009/04 東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻 null 客員博士研究員 null
2007/04〜2008/03 東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻 null 日本学術振興会 特別研究員 DC2 null
2008/04〜2009/03 東京大学新領域創成科学研究科先端生命科学専攻 null 日本学術振興会 特別研究員 PD null
2005/04〜2007/03 東京大学新領域創成科学研究科 null 21世紀COEプログラムリサーチアシスタント null
プロフィール
(日本語)
2008年東京大学新領域創生科学研究科博士課程修了。2009年-2014年 EMBL Heidelberg(ドイツ)においてポスドク研究員。2014年-2017年東京大学医学部附属病院特任助教、2017年-2019年慶應義塾大学医学部特任助教を経て2019年12月より京都大学高等研究院ASHBi特定講師。
(英語)
Taro Tsujimura obtained his PhD from the University of Tokyo for his study in the regulation of tandemly duplicated opsin genes in zebrafish (2008). In 2009, he moved to EMBL Heidelberg in Germany and studied the relationship between genomic organization, chromatin conformation, and enhancer regulation as a postdoc. In 2014, he became a Research Assistant Professor at University of Tokyo Hospital, and then at Keio University School of Medicine until 2019. He is now appointed as Junior Associate Professor at ASHBi, Kyoto University.
使用言語
言語名(japanese) 言語名(english) コード
日本語 Japanese jpn
英語 English eng
ORCID ID
https://orcid.org/0000-0002-3281-0150
researchmap URL
https://researchmap.jp/tarotsujimura
研究テーマ
(日本語)
研究概要
(英語)
3D (epi-)genome at single-cell resolution
研究概要
(日本語)
私は、ゲノム上の機能領域の位置関係の再編成が、進化やヒトの疾患にどのようにつながるのかに興味を持っています。その理解に向けて、ゲノム領域間の相互作用の全容を解明することを私自身の研究テーマとしています。直近の研究では、遺伝子とエンハンサーとの相互作用を薬剤により制御するSTITCHというシステムを開発しました(辻村ら2020年eLife)。このユニークなシステムを駆使することで、長距離エンハンサーによる遺伝子活性化のプロセスと、それがゲノム上でどのように制御されているかのメカニズムについて、さらに解明していきたいと考えています。 個々の細胞のエピゲノムやトランスクリプトームの状態を解析する技術の革新が進み、それに伴いエピゲノミクス研究の発展もますます加速しています。私自身も、単一細胞エピゲノム解析のための新しい解析ツールの開発に取り組んでいます。ASHBiでは各々の解析システムを生かした独創的な共同研究が積極的に営まれています。こうした環境を最大限に活用して、最先端の解析技術を、自分自身の研究だけでなく他の研究にも応用し、ヒト生物学の分野での新しい概念の確立に貢献していきたいと考えています。
(英語)
My research interest is to understand full spectrum of cis-interaction to gain insights into evolution and human diseases by genomic rearrangements. I have recently developed a system, named STITCH, to control gene-enhancer interaction by drugs (Tsujimura et al. 2020 eLife). Exploiting the unique system, I would like to further dissect out the process of gene activation by long-range enhancers, and how it is regulated in the genome. The field of epigenomics is being accelerated by rapid revolution of technology to analyze the epigenomic and transcriptomic states of individual cells. I am also engaged in development of novel analytical tools for single-cell epigenomics. Taking advantage of the collaborative environment at ASHBi, I would like to apply these techniques and others for the the studies of myself and others, to establish a cutting-edge concept in the field of human biology.
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
Taro Tsujimura Taro Tsujimura Taro Tsujimura Mechanistic insights into the evolution of the differential expression of tandemly arrayed cone opsin genes in zebrafish Mechanistic insights into the evolution of the differential expression of tandemly arrayed cone opsin genes in zebrafish Mechanistic insights into the evolution of the differential expression of tandemly arrayed cone opsin genes in zebrafish Development, Growth & Differentiation, 62, 7-8, 465-475 Development, Growth & Differentiation, 62, 7-8, 465-475 Development, Growth & Differentiation, 62, 7-8, 465-475 2020/10 研究論文(学術雑誌) 公開
Taro Tsujimura, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Kazuto Hoshi, Tsuyoshi Takato, Atsushi Toyoda, Hideyuki Okano, Keiichi Hishikawa Taro Tsujimura, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Kazuto Hoshi, Tsuyoshi Takato, Atsushi Toyoda, Hideyuki Okano, Keiichi Hishikawa Taro Tsujimura, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Kazuto Hoshi, Tsuyoshi Takato, Atsushi Toyoda, Hideyuki Okano, Keiichi Hishikawa Controlling gene activation by enhancers through a drug-inducible topological insulator. Controlling gene activation by enhancers through a drug-inducible topological insulator. Controlling gene activation by enhancers through a drug-inducible topological insulator. eLife, 9 eLife, 9 eLife, 9 2020/05/05 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Taro Tsujimura, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Tsuyoshi Takato, Atsushi Toyoda, Hideyuki Okano, Keiichi Hishikawa Taro Tsujimura, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Tsuyoshi Takato, Atsushi Toyoda, Hideyuki Okano, Keiichi Hishikawa Taro Tsujimura, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Tsuyoshi Takato, Atsushi Toyoda, Hideyuki Okano, Keiichi Hishikawa Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c-Bmp7 locus. Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c-Bmp7 locus. Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c-Bmp7 locus. Epigenetics & chromatin, 11, 1, 51-51 Epigenetics & chromatin, 11, 1, 51-51 Epigenetics & chromatin, 11, 1, 51-51 2018/09/14 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Masahiro Yoshikawa, Osamu Takase, Taro Tsujimura, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Tsuyoshi Takato, Keiichi Hishikawa Masahiro Yoshikawa, Osamu Takase, Taro Tsujimura, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Tsuyoshi Takato, Keiichi Hishikawa Masahiro Yoshikawa, Osamu Takase, Taro Tsujimura, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Tsuyoshi Takato, Keiichi Hishikawa Long-term effects of low calcium dialysates on the serum calcium levels during maintenance hemodialysis treatments: A systematic review and meta-analysis. Long-term effects of low calcium dialysates on the serum calcium levels during maintenance hemodialysis treatments: A systematic review and meta-analysis. Long-term effects of low calcium dialysates on the serum calcium levels during maintenance hemodialysis treatments: A systematic review and meta-analysis. Scientific reports, 8, 1, 5310-5310 Scientific reports, 8, 1, 5310-5310 Scientific reports, 8, 1, 5310-5310 2018/03/28 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Taro Tsujimura, Mana Idei, Masahiro Yoshikawa, Osamu Takase, Keiichi Hishikawa Taro Tsujimura, Mana Idei, Masahiro Yoshikawa, Osamu Takase, Keiichi Hishikawa Taro Tsujimura, Mana Idei, Masahiro Yoshikawa, Osamu Takase, Keiichi Hishikawa Roles and regulation of bone morphogenetic protein-7 in kidney development and diseases. Roles and regulation of bone morphogenetic protein-7 in kidney development and diseases. Roles and regulation of bone morphogenetic protein-7 in kidney development and diseases. World journal of stem cells, 8, 9, 288-96 World journal of stem cells, 8, 9, 288-96 World journal of stem cells, 8, 9, 288-96 2016/09/26 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Taro Tsujimura, Ryoko Masuda, Ryuichi Ashino, Shoji Kawamura Taro Tsujimura, Ryoko Masuda, Ryuichi Ashino, Shoji Kawamura Taro Tsujimura, Ryoko Masuda, Ryuichi Ashino, Shoji Kawamura Spatially differentiated expression of quadruplicated green-sensitive RH2 opsin genes in zebrafish is determined by proximal regulatory regions and gene order to the locus control region. Spatially differentiated expression of quadruplicated green-sensitive RH2 opsin genes in zebrafish is determined by proximal regulatory regions and gene order to the locus control region. Spatially differentiated expression of quadruplicated green-sensitive RH2 opsin genes in zebrafish is determined by proximal regulatory regions and gene order to the locus control region. BMC genetics, 16, 130-130 BMC genetics, 16, 130-130 BMC genetics, 16, 130-130 2015/11/04 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Keiichi Hishikawa, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Taro Tsujimura, Masaomi Nangaku, Tsuyoshi Takato Keiichi Hishikawa, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Taro Tsujimura, Masaomi Nangaku, Tsuyoshi Takato Keiichi Hishikawa, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Taro Tsujimura, Masaomi Nangaku, Tsuyoshi Takato Adult stem-like cells in kidney. Adult stem-like cells in kidney. Adult stem-like cells in kidney. World journal of stem cells, 7, 2, 490-4 World journal of stem cells, 7, 2, 490-4 World journal of stem cells, 7, 2, 490-4 2015/03/26 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Taro Tsujimura, Felix A. Klein, Katja Langenfeld, Juliane Glaser, Wolfgang Huber, Francois Spitz Taro Tsujimura, Felix A. Klein, Katja Langenfeld, Juliane Glaser, Wolfgang Huber, Francois Spitz Taro Tsujimura, Felix A. Klein, Katja Langenfeld, Juliane Glaser, Wolfgang Huber, Francois Spitz A Discrete Transition Zone Organizes the Topological and Regulatory Autonomy of the Adjacent Tfap2c and Bmp7 Genes A Discrete Transition Zone Organizes the Topological and Regulatory Autonomy of the Adjacent Tfap2c and Bmp7 Genes A Discrete Transition Zone Organizes the Topological and Regulatory Autonomy of the Adjacent Tfap2c and Bmp7 Genes PLOS GENETICS, 11, 1 PLOS GENETICS, 11, 1 PLOS GENETICS, 11, 1 2015/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Taro Tsujimura, Felix A Klein, Katja Langenfeld, Juliane Glaser, Wolfgang Huber, François Spitz Taro Tsujimura, Felix A Klein, Katja Langenfeld, Juliane Glaser, Wolfgang Huber, François Spitz Taro Tsujimura, Felix A Klein, Katja Langenfeld, Juliane Glaser, Wolfgang Huber, François Spitz A discrete transition zone organizes the topological and regulatory autonomy of the adjacent tfap2c and bmp7 genes. A discrete transition zone organizes the topological and regulatory autonomy of the adjacent tfap2c and bmp7 genes. A discrete transition zone organizes the topological and regulatory autonomy of the adjacent tfap2c and bmp7 genes. PLoS genetics, 11, 1, e1004897 PLoS genetics, 11, 1, e1004897 PLoS genetics, 11, 1, e1004897 2015/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Orsolya Symmons, Veli Vural Uslu, Taro Tsujimura, Sandra Ruf, Sonya Nassari, Wibke Schwarzer, Laurence Ettwiller, François Spitz Orsolya Symmons, Veli Vural Uslu, Taro Tsujimura, Sandra Ruf, Sonya Nassari, Wibke Schwarzer, Laurence Ettwiller, François Spitz Orsolya Symmons, Veli Vural Uslu, Taro Tsujimura, Sandra Ruf, Sonya Nassari, Wibke Schwarzer, Laurence Ettwiller, François Spitz Functional and topological characteristics of mammalian regulatory domains. Functional and topological characteristics of mammalian regulatory domains. Functional and topological characteristics of mammalian regulatory domains. Genome research, 24, 3, 390-400 Genome research, 24, 3, 390-400 Genome research, 24, 3, 390-400 2014/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Chao-Kung Chen, Orsolya Symmons, Veli Vural Uslu, Taro Tsujimura, Sandra Ruf, Damian Smedley, François Spitz Chao-Kung Chen, Orsolya Symmons, Veli Vural Uslu, Taro Tsujimura, Sandra Ruf, Damian Smedley, François Spitz Chao-Kung Chen, Orsolya Symmons, Veli Vural Uslu, Taro Tsujimura, Sandra Ruf, Damian Smedley, François Spitz TRACER: a resource to study the regulatory architecture of the mouse genome. TRACER: a resource to study the regulatory architecture of the mouse genome. TRACER: a resource to study the regulatory architecture of the mouse genome. BMC genomics, 14, 215-215 BMC genomics, 14, 215-215 BMC genomics, 14, 215-215 2013/04/02 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Wei Fang, Sarah Bonaffini, Jian Zou, Xiaolei Wang, Cen Zhang, Taro Tsujimura, Shoji Kawamura, Xiangyun Wei Wei Fang, Sarah Bonaffini, Jian Zou, Xiaolei Wang, Cen Zhang, Taro Tsujimura, Shoji Kawamura, Xiangyun Wei Wei Fang, Sarah Bonaffini, Jian Zou, Xiaolei Wang, Cen Zhang, Taro Tsujimura, Shoji Kawamura, Xiangyun Wei Characterization of transgenic zebrafish lines that express GFP in the retina, pineal gland, olfactory bulb, hatching gland, and optic tectum Characterization of transgenic zebrafish lines that express GFP in the retina, pineal gland, olfactory bulb, hatching gland, and optic tectum Characterization of transgenic zebrafish lines that express GFP in the retina, pineal gland, olfactory bulb, hatching gland, and optic tectum Gene Expression Patterns, 13, 5-6, 150-159 Gene Expression Patterns, 13, 5-6, 150-159 Gene Expression Patterns, 13, 5-6, 150-159 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yong N Li, Taro Tsujimura, Shoji Kawamura, John E Dowling Yong N Li, Taro Tsujimura, Shoji Kawamura, John E Dowling Yong N Li, Taro Tsujimura, Shoji Kawamura, John E Dowling Bipolar cell-photoreceptor connectivity in the zebrafish (Danio rerio) retina. Bipolar cell-photoreceptor connectivity in the zebrafish (Danio rerio) retina. Bipolar cell-photoreceptor connectivity in the zebrafish (Danio rerio) retina. The Journal of comparative neurology, 520, 16, 3786-802 The Journal of comparative neurology, 520, 16, 3786-802 The Journal of comparative neurology, 520, 16, 3786-802 2012/11/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Taro Tsujimura, Tomohiro Hosoya, Shoji Kawamura Taro Tsujimura, Tomohiro Hosoya, Shoji Kawamura Taro Tsujimura, Tomohiro Hosoya, Shoji Kawamura A single enhancer regulating the differential expression of duplicated red-sensitive opsin genes in zebrafish. A single enhancer regulating the differential expression of duplicated red-sensitive opsin genes in zebrafish. A single enhancer regulating the differential expression of duplicated red-sensitive opsin genes in zebrafish. PLoS genetics, 6, 12, e1001245 PLoS genetics, 6, 12, e1001245 PLoS genetics, 6, 12, e1001245 2010/12/16 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
辻村太郎 辻村太郎 Taro Tsujimura Regulatory mechanisms for the coordinated expression of duplicated green-sensitive and red-sensitive opsin genes in zebrafish and their evolution Regulatory mechanisms for the coordinated expression of duplicated green-sensitive and red-sensitive opsin genes in zebrafish and their evolution Regulatory mechanisms for the coordinated expression of duplicated green-sensitive and red-sensitive opsin genes in zebrafish and their evolution 東京大学 東京大学 東京大学 2008/03 英語 学位論文(博士) 公開
Shoji Fukamachi, Masato Kinoshita, Taro Tsujimura, Atsuko Shimada, Shoji Oda, Akihiro Shima, Axel Meyer, Shoji Kawamura, Hiroshi Mitani Shoji Fukamachi, Masato Kinoshita, Taro Tsujimura, Atsuko Shimada, Shoji Oda, Akihiro Shima, Axel Meyer, Shoji Kawamura, Hiroshi Mitani Shoji Fukamachi, Masato Kinoshita, Taro Tsujimura, Atsuko Shimada, Shoji Oda, Akihiro Shima, Axel Meyer, Shoji Kawamura, Hiroshi Mitani Rescue from oculocutaneous albinism type 4 using medaka slc45a2 cDNA driven by its own promoter. Rescue from oculocutaneous albinism type 4 using medaka slc45a2 cDNA driven by its own promoter. Rescue from oculocutaneous albinism type 4 using medaka slc45a2 cDNA driven by its own promoter. Genetics, 178, 2, 761-9 Genetics, 178, 2, 761-9 Genetics, 178, 2, 761-9 2008/02 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Taro Tsujimura, Akito Chinen, Shoji Kawamura Taro Tsujimura, Akito Chinen, Shoji Kawamura Taro Tsujimura, Akito Chinen, Shoji Kawamura Identification of a locus control region for quadruplicated green-sensitive opsin genes in zebrafish. Identification of a locus control region for quadruplicated green-sensitive opsin genes in zebrafish. Identification of a locus control region for quadruplicated green-sensitive opsin genes in zebrafish. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104, 31, 12813-8 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104, 31, 12813-8 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104, 31, 12813-8 2007/07/31 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shoji Kawamura, Kumiko Takeshita, Taro Tsujimura, Satoshi Kasagi, Yoshifumi Matsumoto Shoji Kawamura, Kumiko Takeshita, Taro Tsujimura, Satoshi Kasagi, Yoshifumi Matsumoto Shoji Kawamura, Kumiko Takeshita, Taro Tsujimura, Satoshi Kasagi, Yoshifumi Matsumoto Evolutionarily conserved and divergent regulatory sequences in the fish rod opsin promoter. Evolutionarily conserved and divergent regulatory sequences in the fish rod opsin promoter. Evolutionarily conserved and divergent regulatory sequences in the fish rod opsin promoter. Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology, 141, 4, 391-9 Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology, 141, 4, 391-9 Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology, 141, 4, 391-9 2005/08 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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タイトル言語:
Misc
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タイトル言語:
講演・口頭発表等
タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 会議名 会議名(日本語) 会議名(英語) 主催者 主催者(日本語) 主催者(英語) 発表年月日 記述言語 会議種別 公開
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タイトル言語:
産業財産権 (特許)
発明者 発明者(日本語) 発明者(英語) 発明の名称 発明の名称(日本語) 発明の名称(英語) 審査の段階 番号 年月 公開
辻村太郎, 岡野栄之, 菱川慶一 辻村太郎, 岡野栄之, 菱川慶一 Taro Tsujimura, Hideyuki Okano, Keiichi Hishikawa エンハンサーブロッカー及びその使用 エンハンサーブロッカー及びその使用 Enhancer blocker and use thereof 特許出願 特願2018-154577, PCT/JP2019/032106 2018/08/21 公開
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外部資金:競争的資金 (科学研究費補助金)
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
基盤研究(C) 2パラメータ変動実験で解明する、「3Dゲノムドメイン」のエンハンサー制御機構 Understanding enhancer allocation by 3D genome "domains" through analysis of two parameters in the regulation. 2020/04/01〜2023/03/31
若手研究(B) エンハンサー解析による腎臓BMP7分泌サイトの機能的意義の解明 Functional analysis of enhancers to dissect differential roles of BMP7 secreted from distinct sites in kidney. 2017/04/01〜2020/03/31
基盤研究(C) ヒト腎臓由来iPS細胞のゲノムワイドメチル化解析による新規腎系統分化誘導因子同定 Identification of novel renal lineage differentiative induction by genome wide methylation analysis of human kidney-derived iPS cells 2016/04/01〜2019/03/31
若手研究(B) エンハンサーの標的決定を超えて:クロマチン基本高次構造の機能的多様性を探る Beyond allocating enhancers: Deciphering diverse roles of the ground-state chromatin conformation in gene regulation. 2015/04/01〜2017/03/31
外部資金:競争的資金 (科学研究費補助金以外)
制度名 代表者名 研究課題(日本語) 研究課題(英語) 期間
ビジョナリーリサーチ助成 辻村太郎 BMP7のシス解析が解き明かす、褐色・ベージュ脂肪細胞の抗肥満活性調節機構 2015〜2017