阿久津 達也

最終更新日時: 2017/07/08 14:47:04

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
阿久津 達也/アクツ タツヤ/Tatsuya Akutsu
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
化学研究所/化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター/ /教授
協力講座
部局 所属 講座等 職名
情報学研究科 知能情報学専攻 生命システム情報学 教授
学内兼務
部局 所属 講座等 職名
学際融合教育研究推進センター 計算科学ユニット
所属学会(国内)
学会名(日本語) 学会名(英語)
日本バイオインフォマティクス学会 Japanese Society for Bioinformatics
情報処理学会 Information Processing Society of Japan
電子情報通信学会 Institute of Electronics, Information and. Communication Engineers
人工知能学会 Japanese Society for Artificial Intelligence
日本生物物理学会 Biophysical Society of Japan
所属学会(海外)
学会名(英語) 国名
Association for Computing Machinery 米国
IEEE 米国
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
工学博士 東京大学
出身大学院・研究科等
大学名(日本語) 大学名(英語) 研究科名(日本語) 研究科名(英語) 専攻名(日本語) 専攻名(英語) 修了区分
東京大学 大学院工学系研究科情報工学専攻博士課程 修了
東京大学 大学院工学系研究科航空学専攻修士課程 修了
出身学校・専攻等
大学名(日本語) 大学名(英語) 学部名(日本語) 学部名(英語) 学科名(日本語) 学科名(英語) 卒業区分
東京大学 工学部航空学科 卒業
出身高等学校
高等学校名 ふりがな
栃木県立宇都宮高等学校 とちぎけんりつうつのみやこうとうがっこう
職歴
期間 組織名(日本語) 組織名(英語) 職名(日本語) 職名(英語)
1989/04/01〜1994/03/31 通商産業省 工業技術院 機械技術研究所 Mechanical Engineering Laboratory, AIST, MITI 研究員 Researcher
1994/04/01〜1996/03/31 群馬大学 工学部 情報工学科 Dept. Computer Science, Faculty of Engineering, Gunma University 助教授 Associate Professor
1996/04/01〜2001/09/30 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター Human Genome Center, Institute of Medical Science, University of Tokyo 助教授 Associate Professor
2001/10/01〜 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University 教授 Professor
プロフィール
(日本語)
1989年東京大学大学院工学系研究科 博士課程修了。工学博士。通産省機械技術 研究所、群馬大学、東京大学医科学研究所を経て、2001年より京都大学化学研究 所バイオインフォマティクスセンター教授(情報学研究科知能情報学専攻協力講 座)。専門はバイオインフォマティクスおよび計算システム生物学。遺伝子ネッ トワーク、タンパク質相互作用ネットワークなどの数理モデルや情報解析手法の 研究を行っている。主著に「バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム」 (共立出版 2007年)がある。情報処理学会、日本バイオインフォマティクス学 会など会員。
(英語)
Tatsuya Akutsu received his M. Eng degree in Aeronautics in 1986 and a Dr. Eng. degree in Information Engineering in 1989 both from University of Tokyo, Japan. After working in Mechanical Engineering Laboratory, Gunma University, and Human Genome Center of the University of Tokyo, he joined Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University, Japan as a professor in Oct. 2001. His research interests include bioinformatics and computational systems biology.
個人ホームページ
URL
http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/takutsu/members/takutsu/japanese.html
研究テーマ
(日本語)
バイオインフォマティクス、複雑ネットワーク、離散アルゴリズム
(英語)
Bioinformatics, Complex Networks, Discrete Algorithms
研究概要
(日本語)
バイオインフォマティクスおよびシステム生物学を対象に、情報科学および数理科学の観点を中心に、理論から実際に利用可能なシステムの構築に至るまで、研究・開発に取り組んでいます。
(英語)
We study mathematical models and algorithms for analyzing biological sequences, structures, networks, and systems.
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
バイオインフォマティクス bioinformatics
離散アルゴリズム discrete algorithms
複雑ネットワーク complex networks
研究分野(科研費分類コード)
科研費分類コード
情報学基礎
生体生命情報学
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
Tatsuya Akutsu,Array,Atsuhiro Takasu,Takeyuki Tamura Tatsuya Akutsu,Array,Atsuhiro Takasu,Takeyuki Tamura Tatsuya Akutsu,Array,Atsuhiro Takasu,Takeyuki Tamura On the parameterized complexity of associative and commutative unification. On the parameterized complexity of associative and commutative unification. On the parameterized complexity of associative and commutative unification. Theor. Comput. Sci.,660,57-74 2017/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
An Y, Wang J, Li C, Revote J, Zhang Y, Naderer T, Hayashida M, Akutsu T, Webb GI, Lithgow T, Song J An Y, Wang J, Li C, Revote J, Zhang Y, Naderer T, Hayashida M, Akutsu T, Webb GI, Lithgow T, Song J An Y, Wang J, Li C, Revote J, Zhang Y, Naderer T, Hayashida M, Akutsu T, Webb GI, Lithgow T, Song J SecretEPDB: a comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems. SecretEPDB: a comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems. SecretEPDB: a comprehensive web-based resource for secreted effector proteins of the bacterial types III, IV and VI secretion systems. Scientific reports,7,41031 2017/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Kato Y, Mori T, Sato K, Maegawa S, Hosokawa H, Akutsu T Kato Y, Mori T, Sato K, Maegawa S, Hosokawa H, Akutsu T Kato Y, Mori T, Sato K, Maegawa S, Hosokawa H, Akutsu T An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data. An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data. An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data. Bioinformatics (Oxford, England),33,2,202-209 2017/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Chang HT, Akutsu T, Ray O, Draghici S, Pai TW Chang HT, Akutsu T, Ray O, Draghici S, Pai TW Chang HT, Akutsu T, Ray O, Draghici S, Pai TW Intelligent Informatics in Translational Medicine 2016. Intelligent Informatics in Translational Medicine 2016. Intelligent Informatics in Translational Medicine 2016. BioMed research international,2017,1572730 2017 英語 学位論文(その他) 公開
Li J, Nagamochi H, Akutsu T Li J, Nagamochi H, Akutsu T Li J, Nagamochi H, Akutsu T Enumerating Substituted Benzene Isomers of Tree-Like Chemical Graphs. Enumerating Substituted Benzene Isomers of Tree-Like Chemical Graphs. Enumerating Substituted Benzene Isomers of Tree-Like Chemical Graphs. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics 2016/11 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Bao Y, Hayashida M, Akutsu T Bao Y, Hayashida M, Akutsu T Bao Y, Hayashida M, Akutsu T LBSizeCleav: improved support vector machine (SVM)-based prediction of Dicer cleavage sites using loop/bulge length. LBSizeCleav: improved support vector machine (SVM)-based prediction of Dicer cleavage sites using loop/bulge length. LBSizeCleav: improved support vector machine (SVM)-based prediction of Dicer cleavage sites using loop/bulge length. BMC bioinformatics,17,1,487 2016/11 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Jindalertudomdee J, Hayashida M, Akutsu T Jindalertudomdee J, Hayashida M, Akutsu T Jindalertudomdee J, Hayashida M, Akutsu T Enumeration Method for Structural Isomers Containing User-Defined Structures Based on Breadth-First Search Approach. Enumeration Method for Structural Isomers Containing User-Defined Structures Based on Breadth-First Search Approach. Enumeration Method for Structural Isomers Containing User-Defined Structures Based on Breadth-First Search Approach. Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology,23,8,625-640 2016/08 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Takemoto K, Akutsu T Takemoto K, Akutsu T Takemoto K, Akutsu T Analysis of the Effect of Degree Correlation on the Size of Minimum Dominating Sets in Complex Networks. Analysis of the Effect of Degree Correlation on the Size of Minimum Dominating Sets in Complex Networks. Analysis of the Effect of Degree Correlation on the Size of Minimum Dominating Sets in Complex Networks. PloS one,11,6,e0157868 2016/06 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Nacher JC, Akutsu T Nacher JC, Akutsu T Nacher JC, Akutsu T Minimum dominating set-based methods for analyzing biological networks. Minimum dominating set-based methods for analyzing biological networks. Minimum dominating set-based methods for analyzing biological networks. Methods (San Diego, Calif.),102,57-63 2016/06 英語 研究論文(その他学術会議資料等) 公開
Hayashida M, Akutsu T Hayashida M, Akutsu T Hayashida M, Akutsu T Complex network-based approaches to biomarker discovery. Complex network-based approaches to biomarker discovery. Complex network-based approaches to biomarker discovery. Biomarkers in medicine,10,6,621-632 2016/06 英語 研究論文(その他学術会議資料等) 公開
Wenpin Hou,Takeyuki Tamura,Wai-Ki Ching,Tatsuya Akutsu Wenpin Hou,Takeyuki Tamura,Wai-Ki Ching,Tatsuya Akutsu Wenpin Hou,Takeyuki Tamura,Wai-Ki Ching,Tatsuya Akutsu Finding and Analyzing the Minimum Set of Driver Nodes in control of Boolean Networks. Finding and Analyzing the Minimum Set of Driver Nodes in control of Boolean Networks. Finding and Analyzing the Minimum Set of Driver Nodes in control of Boolean Networks. Advances in Complex Systems,19,3,1-32 2016/05 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Ishitsuka M, Akutsu T, Nacher JC Ishitsuka M, Akutsu T, Nacher JC Ishitsuka M, Akutsu T, Nacher JC Critical controllability in proteome-wide protein interaction network integrating transcriptome. Critical controllability in proteome-wide protein interaction network integrating transcriptome. Critical controllability in proteome-wide protein interaction network integrating transcriptome. Scientific reports,6,23541 2016/04 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Koyano H, Hayashida M, Akutsu T Koyano H, Hayashida M, Akutsu T Koyano H, Hayashida M, Akutsu T Maximum margin classifier working in a set of strings. Maximum margin classifier working in a set of strings. Maximum margin classifier working in a set of strings. Proceedings. Mathematical, physical, and engineering sciences,472,2187,20150551 2016/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Jindalertudomdee J, Hayashida M, Zhao Y, Akutsu T Jindalertudomdee J, Hayashida M, Zhao Y, Akutsu T Jindalertudomdee J, Hayashida M, Zhao Y, Akutsu T Enumeration method for tree-like chemical compounds with benzene rings and naphthalene rings by breadth-first search order. Enumeration method for tree-like chemical compounds with benzene rings and naphthalene rings by breadth-first search order. Enumeration method for tree-like chemical compounds with benzene rings and naphthalene rings by breadth-first search order. BMC bioinformatics,17,113 2016/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Li C, Ching Han Chang C, Nagel J, Porebski BT, Hayashida M, Akutsu T, Song J, Buckle AM Li C, Ching Han Chang C, Nagel J, Porebski BT, Hayashida M, Akutsu T, Song J, Buckle AM Li C, Ching Han Chang C, Nagel J, Porebski BT, Hayashida M, Akutsu T, Song J, Buckle AM Critical evaluation of in silico methods for prediction of coiled-coil domains in proteins. Critical evaluation of in silico methods for prediction of coiled-coil domains in proteins. Critical evaluation of in silico methods for prediction of coiled-coil domains in proteins. Briefings in bioinformatics,17,2,270-282 2016/03 英語 研究論文(その他学術会議資料等) 公開
Takanori Hasegawa,Atsushi Niida,Tomoya Mori,Teppei Shimamura,Rui Yamaguchi,Satoru Miyano,Tatsuya Akutsu,Seiya Imoto Takanori Hasegawa,Atsushi Niida,Tomoya Mori,Teppei Shimamura,Rui Yamaguchi,Satoru Miyano,Tatsuya Akutsu,Seiya Imoto Takanori Hasegawa,Atsushi Niida,Tomoya Mori,Teppei Shimamura,Rui Yamaguchi,Satoru Miyano,Tatsuya Akutsu,Seiya Imoto A likelihood-free filtering method via approximate Bayesian computation in evaluating biological simulation models. A likelihood-free filtering method via approximate Bayesian computation in evaluating biological simulation models. A likelihood-free filtering method via approximate Bayesian computation in evaluating biological simulation models. Computational Statistics & Data Analysis,94,63-74 2016/02 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Jira Jindalertudomdee,Morihiro Hayashida,Jiangning Song,Tatsuya Akutsu Jira Jindalertudomdee,Morihiro Hayashida,Jiangning Song,Tatsuya Akutsu Jira Jindalertudomdee,Morihiro Hayashida,Jiangning Song,Tatsuya Akutsu Host-Pathogen Protein Interaction Prediction Based on Local Topology Structures of a Protein Interaction Network. Host-Pathogen Protein Interaction Prediction Based on Local Topology Structures of a Protein Interaction Network. Host-Pathogen Protein Interaction Prediction Based on Local Topology Structures of a Protein Interaction Network. 16th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2016, Taichung, Taiwan, October 31 - November 2, 2016,7-12 2016 公開
Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu,Chun-Yu Lin,Jinn-Moon Yang Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu,Chun-Yu Lin,Jinn-Moon Yang Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu,Chun-Yu Lin,Jinn-Moon Yang Finding Influential Genes Using Gene Expression Data and Boolean Models of Metabolic Networks. Finding Influential Genes Using Gene Expression Data and Boolean Models of Metabolic Networks. Finding Influential Genes Using Gene Expression Data and Boolean Models of Metabolic Networks. 16th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2016, Taichung, Taiwan, October 31 - November 2, 2016,57-63 2016 公開
Fei He,Akiyoshi Hanai,Hiroshi Nagamochi,Tatsuya Akutsu Fei He,Akiyoshi Hanai,Hiroshi Nagamochi,Tatsuya Akutsu Fei He,Akiyoshi Hanai,Hiroshi Nagamochi,Tatsuya Akutsu Enumerating Naphthalene Isomers of Tree-like Chemical Graphs. Enumerating Naphthalene Isomers of Tree-like Chemical Graphs. Enumerating Naphthalene Isomers of Tree-like Chemical Graphs. Proceedings of the 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2016) - Volume 3: BIOINFORMATICS, Rome, Italy, February 21-23, 2016.,258-265 2016 公開
Xiao Cong,Tatsuya Akutsu Xiao Cong,Tatsuya Akutsu Xiao Cong,Tatsuya Akutsu Matrix Network: A New Data Structure for Efficient Enumeration of Microstates of a Genetic Regulatory Network. Matrix Network: A New Data Structure for Efficient Enumeration of Microstates of a Genetic Regulatory Network. Matrix Network: A New Data Structure for Efficient Enumeration of Microstates of a Genetic Regulatory Network. JIP,23,6,804-813 2015/11 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Kagami H, Akutsu T, Maegawa S, Hosokawa H, Nacher JC Kagami H, Akutsu T, Maegawa S, Hosokawa H, Nacher JC Kagami H, Akutsu T, Maegawa S, Hosokawa H, Nacher JC Determining Associations between Human Diseases and non-coding RNAs with Critical Roles in Network Control. Determining Associations between Human Diseases and non-coding RNAs with Critical Roles in Network Control. Determining Associations between Human Diseases and non-coding RNAs with Critical Roles in Network Control. Scientific reports,5,14577 2015/10 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mori T, Flöttmann M, Krantz M, Akutsu T, Klipp E Mori T, Flöttmann M, Krantz M, Akutsu T, Klipp E Mori T, Flöttmann M, Krantz M, Akutsu T, Klipp E Stochastic simulation of Boolean rxncon models: towards quantitative analysis of large signaling networks. Stochastic simulation of Boolean rxncon models: towards quantitative analysis of large signaling networks. Stochastic simulation of Boolean rxncon models: towards quantitative analysis of large signaling networks. BMC systems biology,9,45 2015/08 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Tatsuya Akutsu,Takeyuki Tamura,Avraham A. Melkman,Atsuhiro Takasu Tatsuya Akutsu,Takeyuki Tamura,Avraham A. Melkman,Atsuhiro Takasu Tatsuya Akutsu,Takeyuki Tamura,Avraham A. Melkman,Atsuhiro Takasu On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree. On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree. On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree. Theor. Comput. Sci.,590,2-16 2015/07 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Zhao Y, Hayashida M, Cao Y, Hwang J, Akutsu T Zhao Y, Hayashida M, Cao Y, Hwang J, Akutsu T Zhao Y, Hayashida M, Cao Y, Hwang J, Akutsu T Grammar-based compression approach to extraction of common rules among multiple trees of glycans and RNAs. Grammar-based compression approach to extraction of common rules among multiple trees of glycans and RNAs. Grammar-based compression approach to extraction of common rules among multiple trees of glycans and RNAs. BMC bioinformatics,16,128 2015/04 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Hasegawa T, Mori T, Yamaguchi R, Shimamura T, Miyano S, Imoto S, Akutsu T Hasegawa T, Mori T, Yamaguchi R, Shimamura T, Miyano S, Imoto S, Akutsu T Hasegawa T, Mori T, Yamaguchi R, Shimamura T, Miyano S, Imoto S, Akutsu T Genomic data assimilation using a higher moment filtering technique for restoration of gene regulatory networks. Genomic data assimilation using a higher moment filtering technique for restoration of gene regulatory networks. Genomic data assimilation using a higher moment filtering technique for restoration of gene regulatory networks. BMC systems biology,9,14 2015/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Uechi Lisa, Akutsu Tatsuya, Stanley H. Eugene, Marcus Alan J., Kenett Dror Y. Uechi Lisa, Akutsu Tatsuya, Stanley H. Eugene, Marcus Alan J., Kenett Dror Y. Uechi Lisa, Akutsu Tatsuya, Stanley H. Eugene, Marcus Alan J., Kenett Dror Y. Sector dominance ratio analysis of financial markets Sector dominance ratio analysis of financial markets Sector dominance ratio analysis of financial markets PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS,421,488-509 2015/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Lu W, Tamura T, Song J, Akutsu T Lu W, Tamura T, Song J, Akutsu T Lu W, Tamura T, Song J, Akutsu T Computing smallest intervention strategies for multiple metabolic networks in a boolean model. Computing smallest intervention strategies for multiple metabolic networks in a boolean model. Computing smallest intervention strategies for multiple metabolic networks in a boolean model. Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology,22,2,85-110 2015/02 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Chia-Jung Chang,Takeyuki Tamura,Kun-Mao Chao,Tatsuya Akutsu Chia-Jung Chang,Takeyuki Tamura,Kun-Mao Chao,Tatsuya Akutsu Chia-Jung Chang,Takeyuki Tamura,Kun-Mao Chao,Tatsuya Akutsu A Fixed-Parameter Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in an AND/OR Boolean Network with Bounded Treewidth. A Fixed-Parameter Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in an AND/OR Boolean Network with Bounded Treewidth. A Fixed-Parameter Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in an AND/OR Boolean Network with Bounded Treewidth. IEICE Transactions,98-A,1,384-390 2015/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Hayashida M, Jindalertudomdee J, Zhao Y, Akutsu T Hayashida M, Jindalertudomdee J, Zhao Y, Akutsu T Hayashida M, Jindalertudomdee J, Zhao Y, Akutsu T Parallelization of enumerating tree-like chemical compounds by breadth-first search order. Parallelization of enumerating tree-like chemical compounds by breadth-first search order. Parallelization of enumerating tree-like chemical compounds by breadth-first search order. BMC medical genomics,8 Suppl 2,S15 2015 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Tomoya Mori,Atsuhiro Takasu,Array,Jaewook Hwang,Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu Tomoya Mori,Atsuhiro Takasu,Array,Jaewook Hwang,Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu Tomoya Mori,Atsuhiro Takasu,Array,Jaewook Hwang,Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu Similar Subtree Search Using Extended Tree Inclusion. Similar Subtree Search Using Extended Tree Inclusion. Similar Subtree Search Using Extended Tree Inclusion. IEEE Trans. Knowl. Data Eng.,27,12,3360-3373 2015 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Chang HT, Akutsu T, Draghici S, Ray O, Pai TW Chang HT, Akutsu T, Draghici S, Ray O, Pai TW Chang HT, Akutsu T, Draghici S, Ray O, Pai TW Intelligent Informatics in Translational Medicine. Intelligent Informatics in Translational Medicine. Intelligent Informatics in Translational Medicine. BioMed research international,2015,717210 2015 英語 学位論文(その他) 公開
Hasegawa T, Mori T, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, Akutsu T Hasegawa T, Mori T, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, Akutsu T Takanori Hasegawa,Tomoya Mori,Rui Yamaguchi,Seiya Imoto,Satoru Miyano,Tatsuya Akutsu An efficient data assimilation schema for restoration and extension of gene regulatory networks using time-course observation data. An efficient data assimilation schema for restoration and extension of gene regulatory networks using time-course observation data. An Efficient Data Assimilation Schema for Restoration and Extension of Gene Regulatory Networks Using Time-Course Observation Data. Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology,21,11,785-798 2014/11 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Koyano Hitoshi, Tsubouchi Taishi, Kishino Hirohisa, Akutsu Tatsuya Koyano Hitoshi, Tsubouchi Taishi, Kishino Hirohisa, Akutsu Tatsuya Koyano Hitoshi, Tsubouchi Taishi, Kishino Hirohisa, Akutsu Tatsuya Archaeal beta diversity patterns under the seafloor along geochemical gradients Archaeal beta diversity patterns under the seafloor along geochemical gradients Archaeal beta diversity patterns under the seafloor along geochemical gradients JOURNAL OF GEOPHYSICAL RESEARCH-BIOGEOSCIENCES,119,9,1770-1788 2014/09 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Nakajima N, Akutsu T Nakajima N, Akutsu T Natsu Nakajima,Tatsuya Akutsu Network completion for static gene expression data. Network completion for static gene expression data. Network Completion for Static Gene Expression Data. Advances in bioinformatics,2014,382452 2014/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Suzuki M, Nagamochi H, Akutsu T Suzuki M, Nagamochi H, Akutsu T Masaki Suzuki,Hiroshi Nagamochi,Tatsuya Akutsu Efficient enumeration of monocyclic chemical graphs with given path frequencies. Efficient enumeration of monocyclic chemical graphs with given path frequencies. Efficient enumeration of monocyclic chemical graphs with given path frequencies. Journal of cheminformatics,6,1,31 2014 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; T. Ochiai; J.C. Nacher T. Akutsu; T. Ochiai; J.C. Nacher Analysis of structures and dynamics of biological information networks Analysis of structures and dynamics of biological information networks Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme.,50,16 Suppl,2288-2293 2005 日本語 公開
Tatsuya Akutsu Tatsuya Akutsu On cooperative motions required to disassemble a composite object On cooperative motions required to disassemble a composite object Kikai Gijutsu Kenkyusho Shoho/Journal of Mechanical Engineering Laboratory,47,6,219-226 1993 日本語 公開
Nacher JC, Akutsu T Nacher JC, Akutsu T Structurally robust control of complex networks. Structurally robust control of complex networks. ,91,1,012826 2015/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Tamura T, Lu W, Akutsu T Tamura T, Lu W, Akutsu T Computational Methods for Modification of Metabolic Networks. Computational Methods for Modification of Metabolic Networks. ,13,376-381 2015 英語 学位論文(その他) 公開
Kamada M, Sakuma Y, Hayashida M, Akutsu T Kamada M, Sakuma Y, Hayashida M, Akutsu T Prediction of protein-protein interaction strength using domain features with supervised regression. Prediction of protein-protein interaction strength using domain features with supervised regression. ,2014,240673 (7 pages) 2014/06 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
W. Lu, T. Tamura, J. Song, T. Akutsu W. Lu, T. Tamura, J. Song, T. Akutsu Integer programming-based method for designing synthetic metabolic networks by minimum reaction insertion in a Boolean model Integer programming-based method for designing synthetic metabolic networks by minimum reaction insertion in a Boolean model ,9,e92637 2014/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
N. Nakajima; T. Akutsu N. Nakajima; T. Akutsu Exact and heuristic methods for network completion for time-varying genetic networks Exact and heuristic methods for network completion for time-varying genetic networks ,2014,684014 (13 pages) 2014/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Weng JT, Wu LC, Chang WC, Chang TH, Akutsu T, Lee TY Weng JT, Wu LC, Chang WC, Chang TH, Akutsu T, Lee TY Novel bioinformatics approaches for analysis of high-throughput biological data. Novel bioinformatics approaches for analysis of high-throughput biological data. ,2014,814092 2014 英語 学位論文(その他) 公開
Hongmin Cai,Peiying Ruan,Michael Ng,Tatsuya Akutsu Hongmin Cai,Peiying Ruan,Michael Ng,Tatsuya Akutsu Feature weight estimation for gene selection: a local hyperlinear learning approach. Feature weight estimation for gene selection: a local hyperlinear learning approach. ,15,70 (13 pages) 2014 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Peiying Ruan,Morihiro Hayashida,Osamu Maruyama,Tatsuya Akutsu Peiying Ruan,Morihiro Hayashida,Osamu Maruyama,Tatsuya Akutsu Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels. Prediction of heterotrimeric protein complexes by two-phase learning using neighboring kernels. ,15,S-2,S6 2014 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yushan Qiu,Takeyuki Tamura,Wai-Ki Ching,Tatsuya Akutsu Yushan Qiu,Takeyuki Tamura,Wai-Ki Ching,Tatsuya Akutsu On control of singleton attractors in multiple Boolean networks: integer programming-based method. On control of singleton attractors in multiple Boolean networks: integer programming-based method. ,8,S-1,S7 2014 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Morihiro Hayashida,Tatsuya Akutsu Morihiro Hayashida,Tatsuya Akutsu Domain-Based Approaches to Prediction and Analysis of Protein-Protein Interactions. Domain-Based Approaches to Prediction and Analysis of Protein-Protein Interactions. ,4,1,24-41 2014 英語 学位論文(その他) 公開
M. Wang; X-M. Zhao; H. Tan; T. Akutsu; J.C. Whisstock; J. Song M. Wang; X-M. Zhao; H. Tan; T. Akutsu; J.C. Whisstock; J. Song Cascleave 2.0, a new approach for predicting caspase and granzyme cleavage targets Cascleave 2.0, a new approach for predicting caspase and granzyme cleavage targets ,30,1,71-80 2014 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
M. Hayashida; P. Ruan; T. Akutsu M. Hayashida; P. Ruan; T. Akutsu Proteome compression via protein domain compositions Proteome compression via protein domain compositions ,67,380-385 2014 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; T. Tamura; D. Fukagawa; A. Takasu T. Akutsu; T. Tamura; D. Fukagawa; A. Takasu Efficient exponential-time algorithms for edit distance between unordered trees Efficient exponential-time algorithms for edit distance between unordered trees ,25,79-93 2014 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Y. Lai; M. Hayashida; T. Akutsu Y. Lai; M. Hayashida; T. Akutsu Survival analysis by penalized regression and matrix factorization Survival analysis by penalized regression and matrix factorization ,2013,632030 (11 pages) 2013/04 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
J.C. Nacher; T. Akutsu J.C. Nacher; T. Akutsu Structural controllability of unidirectional bipartite networks Structural controllability of unidirectional bipartite networks ,3,1647 (8 pages) 2013/04 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Tatsuya Akutsu,Takeyuki Tamura Tatsuya Akutsu,Takeyuki Tamura A Polynomial-Time Algorithm for Computing the Maximum Common Connected Edge Subgraph of Outerplanar Graphs of Bounded Degree. A Polynomial-Time Algorithm for Computing the Maximum Common Connected Edge Subgraph of Outerplanar Graphs of Bounded Degree. ,6,1,119-135 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Morihiro Hayashida,Mayumi Kamada,Jiangning Song,Tatsuya Akutsu Morihiro Hayashida,Mayumi Kamada,Jiangning Song,Tatsuya Akutsu Prediction of protein-RNA residue-base contacts using two-dimensional conditional random field with the lasso. Prediction of protein-RNA residue-base contacts using two-dimensional conditional random field with the lasso. ,7,S-2,S15 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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X. Chen; T. Akutsu; T. Tamura; W.-K. Ching X. Chen; T. Akutsu; T. Tamura; W.-K. Ching Finding optimal control policy in probabilistic Boolean Networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming Finding optimal control policy in probabilistic Boolean Networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming ,7,3,322-343 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
P. Ruan; M. Hayashida; O. Maruyama; T. Akutsu P. Ruan; M. Hayashida; O. Maruyama; T. Akutsu Prediction of Heterodimeric Protein Complexes from Weighted Protein-Protein Interaction Networks Using Novel Features and Kernel Functions Prediction of Heterodimeric Protein Complexes from Weighted Protein-Protein Interaction Networks Using Novel Features and Kernel Functions ,8,6,e65265 (7 pages) 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Y. Zhao; T. Tamura; T. Akutsu; J.-P. Vert Y. Zhao; T. Tamura; T. Akutsu; J.-P. Vert Flux balance impact degree: A new definition of impact degree to properly treat reversible reactions in metabolic networks Flux balance impact degree: A new definition of impact degree to properly treat reversible reactions in metabolic networks ,29,17,2178-2185 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
K. Takemoto; T. Tamura; T. Akutsu K. Takemoto; T. Tamura; T. Akutsu Theoretical estimation of metabolic network robustness against multiple reaction knockouts using branching process approximation Theoretical estimation of metabolic network robustness against multiple reaction knockouts using branching process approximation ,392,21,5525-5535 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; T. Tamura T. Akutsu; T. Tamura A polynomial-time algorithm for computing the maximum common connected edge subgraph of outerplanar graphs of bounded Degree A polynomial-time algorithm for computing the maximum common connected edge subgraph of outerplanar graphs of bounded Degree ,6,1,119-135 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
A.A. Melkman; T. Akutsu A.A. Melkman; T. Akutsu An improved satisfiability algorithm for nested canalyzing functions and its application to determining a singleton attractor of a boolean network An improved satisfiability algorithm for nested canalyzing functions and its application to determining a singleton attractor of a boolean network ,20,12,958-969 2013 英語 公開
H. Jiang; T. Tamura; W.-K. Ching; T. Akutsu H. Jiang; T. Tamura; W.-K. Ching; T. Akutsu On the complexity of inference and completion of boolean networks from given singleton attractors On the complexity of inference and completion of boolean networks from given singleton attractors ,E96-A,11,2265-2274 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
L. Uechi; T. Akutsu L. Uechi; T. Akutsu Stability and restoration phenomena in competitive Systems Stability and restoration phenomena in competitive Systems ,2013,10 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Y. Zhao; M. Hayashida; J. Jindalertudomdee; H. Nagamochi; T. Akutsu Y. Zhao; M. Hayashida; J. Jindalertudomdee; H. Nagamochi; T. Akutsu Breadth-first search approach to enumeration of tree-like chemical compounds Breadth-first search approach to enumeration of tree-like chemical compounds ,11,6 2013 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
M. Wang; Z. Sun; T. Akutsu; J. Song M. Wang; Z. Sun; T. Akutsu; J. Song Recent advances in predicting functional impact of single amino acid polymorphisms: A review of useful features, computational methods and available tools Recent advances in predicting functional impact of single amino acid polymorphisms: A review of useful features, computational methods and available tools ,8,2,167-176 2013 英語 学位論文(その他) 公開
T. Akutsu; Y. Zhao; M. Hayashida; T. Tamura T. Akutsu; Y. Zhao; M. Hayashida; T. Tamura Integer programming-based approach to attractor detection and control of boolean networks Integer programming-based approach to attractor detection and control of boolean networks ,E95D,12,2960-2970 2012/12 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Mori; T. Tamura; D. Fukagawa; A. Takasu; E. Tomita; T. Akutsu T. Mori; T. Tamura; D. Fukagawa; A. Takasu; E. Tomita; T. Akutsu A clique-based method using dynamic programming for computing edit distance between unordered trees A clique-based method using dynamic programming for computing edit distance between unordered trees ,19,10,1089-1104 2012/10 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
N. Nakajima; T. Tamura; Y. Yamanishi; K. Horimoto; T. Akutsu N. Nakajima; T. Tamura; Y. Yamanishi; K. Horimoto; T. Akutsu Network completion using dynamic programming and least-squares fitting Network completion using dynamic programming and least-squares fitting ,2012,957620 (8 pages) 2012/09 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; S. Kosub; A.A. Melkman; T. Tamura T. Akutsu; S. Kosub; A.A. Melkman; T. Tamura Finding a periodic attractor of a Boolean network Finding a periodic attractor of a Boolean network ,9,5,1410-1421 2012/09 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; D. Fukagawa; J. Jansson; K. Sadakane T. Akutsu; D. Fukagawa; J. Jansson; K. Sadakane Inferring a graph from path frequency Inferring a graph from path frequency ,160,10-11,1416-1428 2012/07 英語 公開
J.C. Nacher; T. Akutsu J.C. Nacher; T. Akutsu Dominating scale-free networks with variable scaling exponent: Heterogeneous networks are not difficult to control Dominating scale-free networks with variable scaling exponent: Heterogeneous networks are not difficult to control ,14 2012/07 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
K. Takemoto; T. Tamura; Y. Cong; W.-K. Ching; J.-P. Vert; T. Akutsu K. Takemoto; T. Tamura; Y. Cong; W.-K. Ching; J.-P. Vert; T. Akutsu Analysis of the impact degree distribution in metabolic networks using branching process approximation Analysis of the impact degree distribution in metabolic networks using branching process approximation ,391,1-2,379-387 2012/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; A.A. Melkman; T. Tamura T. Akutsu; A.A. Melkman; T. Tamura Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks ,112,1-2,35-38 2012/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
J. Song; H. Tan; M. Wang; G.I. Webb; T. Akutsu J. Song; H. Tan; M. Wang; G.I. Webb; T. Akutsu Tangle: Two-Level support vector regression approach for protein backbone torsion angle prediction from primary sequences Tangle: Two-Level support vector regression approach for protein backbone torsion angle prediction from primary sequences ,7,2,e30361 (16 pages) 2012 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Y. Kato; K. Sato; K. Asai; T. Akutsu Y. Kato; K. Sato; K. Asai; T. Akutsu Rtips: Fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming Rtips: Fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming ,40,W1,W29-W34 2012 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
M. Wang; X.-M. Zhao; K. Takemoto; H. Xu; Y. Li; T. Akutsu; J. Song M. Wang; X.-M. Zhao; K. Takemoto; H. Xu; Y. Li; T. Akutsu; J. Song FunSAV: Predicting the functional effect of single amino acid variants using a two-stage random forest model FunSAV: Predicting the functional effect of single amino acid variants using a two-stage random forest model ,7,8,e43847 (14 pages) 2012 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Y. Zhao; M. Hayashida; J.C. Nacher; H. Nagamochi; T. Akutsu Y. Zhao; M. Hayashida; J.C. Nacher; H. Nagamochi; T. Akutsu Protein complex prediction via improved verification methods using constrained domain-domain matching Protein complex prediction via improved verification methods using constrained domain-domain matching ,8,3-4,210-227 2012 英語 公開
C. Zheng; M. Wang; K. Takemoto; T. Akutsu; Z. Zhang; J. Song C. Zheng; M. Wang; K. Takemoto; T. Akutsu; Z. Zhang; J. Song An Integrative Computational Framework Based on a Two-Step Random Forest Algorithm Improves Prediction of Zinc-Binding Sites in Proteins An Integrative Computational Framework Based on a Two-Step Random Forest Algorithm Improves Prediction of Zinc-Binding Sites in Proteins ,7,11,e49716 (15 pages) 2012 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
J. Song; H. Tan; A.J. Perry; T. Akutsu; G.I. Webb; J.C. Whisstock; R.N. Pike J. Song; H. Tan; A.J. Perry; T. Akutsu; G.I. Webb; J.C. Whisstock; R.N. Pike PROSPER: An Integrated Feature-Based Tool for Predicting Protease Substrate Cleavage Sites PROSPER: An Integrated Feature-Based Tool for Predicting Protease Substrate Cleavage Sites ,7,11,e50300 (23 pages) 2012 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
K. Sato; Y. Kato; T. Akutsu; K. Asai; Y. Sakakibara K. Sato; Y. Kato; T. Akutsu; K. Asai; Y. Sakakibara DAFS: Simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition DAFS: Simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition ,28,24,3218-3224 2012 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
M. Hayashida; P. Ruan; T. Akutsu M. Hayashida; P. Ruan; T. Akutsu A quadsection algorithm for grammar-based image compression A quadsection algorithm for grammar-based image compression ,19,1,23-38 2012 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Tamura; Y. Cong; T. Akutsu; W.-K. Ching T. Tamura; Y. Cong; T. Akutsu; W.-K. Ching An efficient method of computing impact degrees for multiple reactions in metabolic networks with cycles An efficient method of computing impact degrees for multiple reactions in metabolic networks with cycles ,E94D,12,2393-2399 2011/12 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
M. Hayashida; T. Akutsu M. Hayashida; T. Akutsu Measuring the similarity of protein structures using image compression algorithms Measuring the similarity of protein structures using image compression algorithms ,E94D,12,2468-2478 2011/12 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Imada; S. Ota; H. Nagamochi; T. Akutsu T. Imada; S. Ota; H. Nagamochi; T. Akutsu Efficient enumeration of stereoisomers of outerplanar chemical graphs using dynamic programming Efficient enumeration of stereoisomers of outerplanar chemical graphs using dynamic programming ,51,11,2788-2807 2011/11 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
J.C. Nacher; T. Akutsu J.C. Nacher; T. Akutsu On the degree distribution of projected networks mapped from bipartite networks On the degree distribution of projected networks mapped from bipartite networks ,390,23-24,4636-4651 2011/11 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; A.A. Melkman; T. Tamura; M. Yamamoto T. Akutsu; A.A. Melkman; T. Tamura; M. Yamamoto Determining a singleton attractor of a Boolean network with nested canalyzing functions Determining a singleton attractor of a Boolean network with nested canalyzing functions ,18,10,1275-1290 2011/10 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; H. Nagamochi T. Akutsu; H. Nagamochi Kernel methods for chemical compounds: From classification to design Kernel methods for chemical compounds: From classification to design ,E94D,10,1846-1853 2011/10 英語 公開
K. Sato; Y. Kato; M. Hamada; T. Akutsu; K. Asai K. Sato; Y. Kato; M. Hamada; T. Akutsu; K. Asai IPknot: Fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming IPknot: Fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming ,27,13,I85-I93 2011/07 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
M. Hayashida; M. Kamada; J. Song; T. Akutsu M. Hayashida; M. Kamada; J. Song; T. Akutsu Conditional random field approach to prediction of protein-protein interactions using domain information Conditional random field approach to prediction of protein-protein interactions using domain information ,5,Suppl 1,S8 (9 pages) 2011/06 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
T. Akutsu; D. Fukagawa; A. Takasu; T. Tamura T. Akutsu; D. Fukagawa; A. Takasu; T. Tamura Exact algorithms for computing the tree edit distance between unordered trees Exact algorithms for computing the tree edit distance between unordered trees ,412,4-5,352-364 2011/02/04 英語 公開
Shimizu, Masaaki;Nagamochi, Hiroshi;Akutsu, Tatsuya Shimizu, Masaaki;Nagamochi, Hiroshi;Akutsu, Tatsuya Enumerating tree-like chemical graphs with given upper and lower bounds on path frequencies. Enumerating tree-like chemical graphs with given upper and lower bounds on path frequencies. ,12 Suppl 14,S3 2011 英語 公開
J. Song; H. Tan; S.E. Boyd; H. Shen; K. Mahmood; G.I. Webb; T. Akutsu; J.C. Whisstock; R.N. Pike J. Song; H. Tan; S.E. Boyd; H. Shen; K. Mahmood; G.I. Webb; T. Akutsu; J.C. Whisstock; R.N. Pike Bioinformatic approaches for predicting substrates of proteases Bioinformatic approaches for predicting substrates of proteases ,9,1,149-178 2011 英語 学位論文(その他) 公開
D. Fukagawa; T. Tamura; A. Takasu; E. Tomita; T. Akutsu D. Fukagawa; T. Tamura; A. Takasu; E. Tomita; T. Akutsu A clique-based method for the edit distance between unordered trees and its application to analysis of glycan structures A clique-based method for the edit distance between unordered trees and its application to analysis of glycan structures ,12,SUPPL. 1 2011 英語 公開
T. Imada; S. Ota; H. Nagamochi; T. Akutsu T. Imada; S. Ota; H. Nagamochi; T. Akutsu Efficient enumeration of stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming Efficient enumeration of stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming ,49,4,910-970 2011 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
O. Demir-Kavuk; M. Kamada; T. Akutsu; E.-W. Knapp O. Demir-Kavuk; M. Kamada; T. Akutsu; E.-W. Knapp Prediction using step-wise L1, L2 regularization and feature selection for small data sets with large number of features Prediction using step-wise L1, L2 regularization and feature selection for small data sets with large number of features ,12,412 (10 pages) 2011 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
U. Poolsap; Y. Kato; K. Sato; T. Akutsu U. Poolsap; Y. Kato; K. Sato; T. Akutsu Using binding profiles to predict binding sites of target RNA<sub>s</sub> Using binding profiles to predict binding sites of target RNA<sub>s</sub> ,9,6,697-713 2011 英語 公開
J.B. Brown; T. Urata; T. Tamura; M.A. Arai; T. Kawabata; T. Akutsu J.B. Brown; T. Urata; T. Tamura; M.A. Arai; T. Kawabata; T. Akutsu Compound analysis via graph kernels incorporating chirality Compound analysis via graph kernels incorporating chirality ,8,63-81 2010/12 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu A bisection algorithm for grammar-based compression of ordered trees A bisection algorithm for grammar-based compression of ordered trees ,110,18-19,815-820 2010/09/15 英語 公開
J.C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu J.C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu The role of internal duplication in the evolution of multi-domain proteins The role of internal duplication in the evolution of multi-domain proteins ,101,2,127-135 2010/08 英語 公開
T. Tamura; T. Akutsu T. Tamura; T. Akutsu Exact algorithms for finding a minimum reaction cut under a Boolean model of metabolic networks Exact algorithms for finding a minimum reaction cut under a Boolean model of metabolic networks ,E93A,8,1497-1507 2010/08 英語 公開
T. Akutsu; D. Fukagawa; A. Takasu T. Akutsu; D. Fukagawa; A. Takasu Approximating tree edit distance through string edit distance Approximating tree edit distance through string edit distance ,57,2,325-348 2010/06 英語 公開
Y. Ishida; Y. Kato; L. Zhao; H. Nagamochi; T. Akutsu Y. Ishida; Y. Kato; L. Zhao; H. Nagamochi; T. Akutsu Branch-and-bound algorithms for enumerating treelike chemical graphs with given path frequency using detachment-cut Branch-and-bound algorithms for enumerating treelike chemical graphs with given path frequency using detachment-cut ,50,5,934-946 2010/05 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu Tree edit distance problems: Algorithms and applications to bioinformatics Tree edit distance problems: Algorithms and applications to bioinformatics ,E93-D,2,208-218 2010 英語 公開
J. Song; H. Tan; H. Shen; K. Mahmood; S.E. Boyd; G.I. Webb; T. Akutsu; J.C. Whisstock J. Song; H. Tan; H. Shen; K. Mahmood; S.E. Boyd; G.I. Webb; T. Akutsu; J.C. Whisstock Cascleave: Towards more accurate prediction of caspase substrate cleavage sites Cascleave: Towards more accurate prediction of caspase substrate cleavage sites ,26,6,752-760 2010 英語 公開
Y. Kato; K. Sato; M. Hamada; Y. Watanabe; K. Asai; T. Akutsu Y. Kato; K. Sato; M. Hamada; Y. Watanabe; K. Asai; T. Akutsu RactIP: Fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming RactIP: Fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming ,26,18,i460-i466 2010 英語 公開
M. Hayashida; T. Akutsu M. Hayashida; T. Akutsu Comparing biological networks via graph compression Comparing biological networks via graph compression ,4,SUPPL. 2 2010 英語 公開
Y. Zhao; M. Hayashida; T. Akutsu Y. Zhao; M. Hayashida; T. Akutsu Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycan tree structures Integer programming-based method for grammar-based tree compression and its application to pattern extraction of glycan tree structures ,11,SUPPL. 11 2010 英語 公開
M. Hayashida; P. Ruan; T. Akutsu M. Hayashida; P. Ruan; T. Akutsu A quadsection algorithm for grammar-based image compression A quadsection algorithm for grammar-based image compression ,6485 LNCS,234-248 2010 英語 公開
J. Song; K. Takemoto; H. Shen; H. Tan; M.M. Gromiha; T. Akutsu J. Song; K. Takemoto; H. Shen; H. Tan; M.M. Gromiha; T. Akutsu Prediction of protein folding rates from structural topology and complex network properties Prediction of protein folding rates from structural topology and complex network properties ,3,40-53 2010 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu IPSJ Transactions on Bioinformatics: Message from the editor-in-chief IPSJ Transactions on Bioinformatics: Message from the editor-in-chief ,3,1- 2010 英語 公開
A.A. Melkman; T. Tamura; T. Akutsu A.A. Melkman; T. Tamura; T. Akutsu Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587<sup>n</sup>) time Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587<sup>n</sup>) time ,110,14-15,565-569 2010 英語 公開
T. Akutsu; W.-K. Ching T. Akutsu; W.-K. Ching Analysis and Control of Deterministic and Probabilistic Boolean Networks Analysis and Control of Deterministic and Probabilistic Boolean Networks ,235-255 2010 英語 公開
M. Hayashida; T. Tamura; T. Akutsu; W.-K. Ching; Y. Cong M. Hayashida; T. Tamura; T. Akutsu; W.-K. Ching; Y. Cong Distribution and enumeration of attractors in probabilistic Boolean networks Distribution and enumeration of attractors in probabilistic Boolean networks ,3,6,465-474 2009/11 英語 公開
T. Akutsu; T. Tamura T. Akutsu; T. Tamura On finding a fixed point in a Boolean network with maximum indegree 2 On finding a fixed point in a Boolean network with maximum indegree 2 ,E92A,8,1771-1778 2009/08 英語 公開
Y. Kato; T. Akutsu; H. Seki Y. Kato; T. Akutsu; H. Seki A grammatical approach to RNA-RNA interaction prediction A grammatical approach to RNA-RNA interaction prediction ,42,4,531-538 2009/04 英語 公開
J.C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu J.C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu Emergence of scale-free distribution in protein-protein interaction networks based on random selection of interacting domain pairs Emergence of scale-free distribution in protein-protein interaction networks based on random selection of interacting domain pairs ,95,2,155-159 2009/02 英語 公開
T. Tamura; T. Akutsu T. Tamura; T. Akutsu Detecting a singleton attractor in a Boolean network utilizing sat algorithms Detecting a singleton attractor in a Boolean network utilizing sat algorithms ,E92A,2,493-501 2009/02 英語 公開
T. Akutsu; T. Tamura; K. Horimoto T. Akutsu; T. Tamura; K. Horimoto Completing networks using observed data Completing networks using observed data ,5809 LNAI,126-140 2009 英語 公開
U. Poolsap; Y. Kato; T. Akutsu U. Poolsap; Y. Kato; T. Akutsu Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming ,10,SUPPL. 1 2009 英語 公開
W.-K. Ching; S.-Q. Zhang; Y. Jiao; T. Akutsu; N.-K. Tsing; A.S. Wong W.-K. Ching; S.-Q. Zhang; Y. Jiao; T. Akutsu; N.-K. Tsing; A.S. Wong Optimal control policy for probabilistic Boolean networks with hard constraints Optimal control policy for probabilistic Boolean networks with hard constraints ,3,2,90-99 2009 英語 公開
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D. Fukagawa; T. Akutsu; A. Takasu D. Fukagawa; T. Akutsu; A. Takasu Constant factor approximation of edit distance of bounded height unordered trees Constant factor approximation of edit distance of bounded height unordered trees ,5721 LNCS,7-17 2009 英語 公開
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T. Imada; S. Ota; H. Nagamochi; T. Akutsu T. Imada; S. Ota; H. Nagamochi; T. Akutsu Enumerating stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming Enumerating stereoisomers of tree structured molecules using dynamic programming ,5878 LNCS,14-23 2009 英語 公開
T. Tamura; T. Akutsu T. Tamura; T. Akutsu Algorithms for singleton attractor detection in planar and nonplanar AND/OR Boolean networks Algorithms for singleton attractor detection in planar and nonplanar AND/OR Boolean networks ,2,3,401-420 2009 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu IPSJ Transactions on Bioinformatics: Message from the editor-in-chief IPSJ Transactions on Bioinformatics: Message from the editor-in-chief ,2,1- 2009 英語 公開
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J.C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu J.C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu Topological aspects of protein networks Topological aspects of protein networks ,56,147-158 2007 英語 公開
K. Takemoto; C. Oosawa; T. Akutsu K. Takemoto; C. Oosawa; T. Akutsu Structure of n-clique networks embedded in a complex network Structure of n-clique networks embedded in a complex network ,380,1-2,665-672 2007 英語 公開
T. Ochiai; J.C. Nacher; T. Akutsu T. Ochiai; J.C. Nacher; T. Akutsu Emergence of the self-similar property in gene expression dynamics Emergence of the self-similar property in gene expression dynamics ,382,2,739-752 2007 英語 公開
S.-Q. Zhang; M. Hayashida; T. Akutsu; W.-K. Ching; M.K. Ng S.-Q. Zhang; M. Hayashida; T. Akutsu; W.-K. Ching; M.K. Ng Algorithms for finding small attractors in boolean networks Algorithms for finding small attractors in boolean networks ,2007 2007 英語 公開
S.-Q. Zhang; W.-K. Ching; M.K. Ng; T. Akutsu S.-Q. Zhang; W.-K. Ching; M.K. Ng; T. Akutsu Simulation study in Probabilistic Boolean Network models for genetic regulatory networks Simulation study in Probabilistic Boolean Network models for genetic regulatory networks ,1,3,217-240 2007 英語 公開
E.R. Dougherty; T. Akutsu; P.D. Cristea; A.H. Tewfik E.R. Dougherty; T. Akutsu; P.D. Cristea; A.H. Tewfik Genetic regulatory networks Genetic regulatory networks ,2007 2007 英語 公開
J.C. Nacher; T. Akutsu J.C. Nacher; T. Akutsu Recent progress on the analysis of power-law features in complex cellular networks Recent progress on the analysis of power-law features in complex cellular networks ,49,1,37-47 2007 英語 公開
K. Takemoto; J.C. Nacher; T. Akutsu K. Takemoto; J.C. Nacher; T. Akutsu Correlation between structure and temperature in prokaryotic metabolic networks Correlation between structure and temperature in prokaryotic metabolic networks ,8 2007 英語 公開
T. Tamura; T. Akutsu T. Tamura; T. Akutsu Subcellular location prediction of proteins using support vector machines with alignment of block sequences utilizing amino acid composition Subcellular location prediction of proteins using support vector machines with alignment of block sequences utilizing amino acid composition ,8 2007 英語 公開
T. Tmura; T. Akutsu T. Tmura; T. Akutsu Approximation algorithms for optimal RNA secondary structures common to multiple sequences Approximation algorithms for optimal RNA secondary structures common to multiple sequences ,E90-A,5,917-923 2007 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu A relation between edit distance for ordered trees and edit distance for Euler strings A relation between edit distance for ordered trees and edit distance for Euler strings ,100,3,105-109 2006/11/15 英語 公開
J.C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu J.C. Nacher; M. Hayashida; T. Akutsu Protein domain networks: Scale-free mixing of positive and negative exponents Protein domain networks: Scale-free mixing of positive and negative exponents ,367,538-552 2006/07/15 英語 公開
T. Akutsu; M. Hayashida; D.K.C. Bahadur; E. Tomita; J. Suzuki; K. Horimoto T. Akutsu; M. Hayashida; D.K.C. Bahadur; E. Tomita; J. Suzuki; K. Horimoto Dynamic programming and clique based approaches for protein threading with profiles and constraints Dynamic programming and clique based approaches for protein threading with profiles and constraints ,E89A,5,1215-1222 2006/05 英語 公開
J.C. Nacher; T. Ochiai; T. Yamada; M. Kanehisa; T. Akutsu J.C. Nacher; T. Ochiai; T. Yamada; M. Kanehisa; T. Akutsu The role of log-normal dynamics in the evolution of biochemical pathways The role of log-normal dynamics in the evolution of biochemical pathways ,83,1,26-37 2006 英語 公開
B.K.C. Dukka; E. Tomita; J. Suzuki; K. Horimoto; T. Akutsu B.K.C. Dukka; E. Tomita; J. Suzuki; K. Horimoto; T. Akutsu Protein threading with profiles and distance constraints using clique based algorithms Protein threading with profiles and distance constraints using clique based algorithms ,4,1,19-42 2006 英語 公開
D. Fukagawa; T. Akutsu D. Fukagawa; T. Akutsu Fast algorithms for comparison of similar unordered trees Fast algorithms for comparison of similar unordered trees ,17,3,703-729 2006 英語 公開
H. Saigo; J.-P. Vert; T. Akutsu H. Saigo; J.-P. Vert; T. Akutsu Optimizing amino acid substitution matrices with a local alignment kernel Optimizing amino acid substitution matrices with a local alignment kernel ,7 2006 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu Algorithms for point set matching with k-differences Algorithms for point set matching with k-differences ,17,4,903-917 2006 英語 公開
J.C. Nacher; J.-M. Schwartz; M. Kanehisa; T. Akutsu J.C. Nacher; J.-M. Schwartz; M. Kanehisa; T. Akutsu Identification of metabolic units induced by environmental signals Identification of metabolic units induced by environmental signals ,22,14,e375-e383 2006 英語 公開
J.C. Nacher; T. Akutsu J.C. Nacher; T. Akutsu Sensitivity of the power-law exponent in gene expression distribution to mRNA decay rate Sensitivity of the power-law exponent in gene expression distribution to mRNA decay rate ,360,1,174-178 2006 英語 公開
S. Matsuda; J.-P. Vert; H. Saigo; N. Ueda; H. Toh; T. Akutsu S. Matsuda; J.-P. Vert; H. Saigo; N. Ueda; H. Toh; T. Akutsu A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines A novel representation of protein sequences for prediction of subcellular location using support vector machines ,14,11,2804-2813 2005/11 英語 公開
N. Ueda; K.F. Aoki-Kinoshita; A. Yamaguchi; T. Akutsu; H. Mamitsuka N. Ueda; K.F. Aoki-Kinoshita; A. Yamaguchi; T. Akutsu; H. Mamitsuka A probabilistic model for mining labeled ordered trees: Capturing patterns in carbohydrate sugar chains A probabilistic model for mining labeled ordered trees: Capturing patterns in carbohydrate sugar chains ,17,8,1051-1064 2005/08 英語 公開
P. Mahé; N. Ueda; T. Akutsu; J.-L. Perret; J.-P. Vert P. Mahé; N. Ueda; T. Akutsu; J.-L. Perret; J.-P. Vert Graph kernels for molecular structure-activity relationship analysis with support vector machines Graph kernels for molecular structure-activity relationship analysis with support vector machines ,45,4,939-951 2005/07 英語 公開
K.F. Aoki; H. Mamitsuka; T. Akutsu; M. Kanehisa K.F. Aoki; H. Mamitsuka; T. Akutsu; M. Kanehisa A score matrix to reveal the hidden links in glycans A score matrix to reveal the hidden links in glycans ,21,8,1457-1463 2005/04/15 英語 公開
M. Itoh; S. Goto; T. Akutsu; M. Kanehisa M. Itoh; S. Goto; T. Akutsu; M. Kanehisa Fast and accurate database homology search using upper bounds of local alignment scores Fast and accurate database homology search using upper bounds of local alignment scores ,21,7,912-921 2005/04/01 英語 公開
J.C. Nacher; N. Ueda; M. Kanehisa; T. Akutsu J.C. Nacher; N. Ueda; M. Kanehisa; T. Akutsu Flexible construction of hierarchical scale-free networks with general exponent Flexible construction of hierarchical scale-free networks with general exponent ,71,3 2005/03 英語 公開
J.C. Nacher; T. Yamada; S. Goto; M. Kanehisa; T. Akutsu J.C. Nacher; T. Yamada; S. Goto; M. Kanehisa; T. Akutsu Two complementary representations of a scale-free network Two complementary representations of a scale-free network ,349,1-2,349-363 2005 英語 公開
K.C. Dukka Bahadur; E. Tomita; J. Suzuki; T. Akutsu K.C. Dukka Bahadur; E. Tomita; J. Suzuki; T. Akutsu Protein side-chain packing problem: A maximum edge-weight clique algorithmic approach Protein side-chain packing problem: A maximum edge-weight clique algorithmic approach ,3,1,103-126 2005 英語 公開
T. Ochiai; J.C. Nacher; T. Akutsu T. Ochiai; J.C. Nacher; T. Akutsu A stochastic approach to multi-gene expression dynamics A stochastic approach to multi-gene expression dynamics ,339,1-2,1-9 2005 英語 公開
J.C. Nacher; T. Ochiai; T. Akutsu J.C. Nacher; T. Ochiai; T. Akutsu On the relation between fluctuation and scaling-law in gene expression time series from yeast to human On the relation between fluctuation and scaling-law in gene expression time series from yeast to human ,19,23,1169-1177 2005 英語 公開
W.-K. Ching; M.M. Ng; E.S. Fung; T. Akutsu W.-K. Ching; M.M. Ng; E.S. Fung; T. Akutsu On construction of stochastic genetic networks based on gene expression sequences On construction of stochastic genetic networks based on gene expression sequences ,15,4,297-310 2005 英語 公開
D. Fukagawa; T. Akutsu D. Fukagawa; T. Akutsu Performance analysis of a greedy algorithm for inferring Boolean functions Performance analysis of a greedy algorithm for inferring Boolean functions ,93,1,7-12 2005 英語 公開
P.K. Agarwal; T. Akutsu; A. Amihood; A. Apostolico; C. Benham; G. Benson; M. Blanchette; N. El-Mabrouk; O. Gascuel; R. Giancarlo; R. Guigo; M. Hallet; D. Huson; G. Kucherov; M. Lacey; J. Lagergren; G. Lancia; G.M. Landau; T. Lecroq; B. Moret; S. Morishita; E. Mossel; V. Moulton; L. Pachter; K. Reinert; I. Rigoutsos; M.-F. Sagot; D. Sankoff; S. Schbath; E. Segal; C. Semple; J.C. Setubal; R. Sharan; S. Skiena; J. Stoye; E. Ukkonen; L. Vawter; A. Valencia; T. Warnow; L. Wang; R. Casadio; G. Myers P.K. Agarwal; T. Akutsu; A. Amihood; A. Apostolico; C. Benham; G. Benson; M. Blanchette; N. El-Mabrouk; O. Gascuel; R. Giancarlo; R. Guigo; M. Hallet; D. Huson; G. Kucherov; M. Lacey; J. Lagergren; G. Lancia; G.M. Landau; T. Lecroq; B. Moret; S. Morishita; E. Mossel; V. Moulton; L. Pachter; K. Reinert; I. Rigoutsos; M.-F. Sagot; D. Sankoff; S. Schbath; E. Segal; C. Semple; J.C. Setubal; R. Sharan; S. Skiena; J. Stoye; E. Ukkonen; L. Vawter; A. Valencia; T. Warnow; L. Wang; R. Casadio; G. Myers Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics): Preface Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics): Preface ,3692 LNBI,V-VI 2005 英語 公開
K.F. Aoki; N. Ueda; A. Yamaguchi; M. Kanehisa; T. Akutsu; H. Mamitsuka K.F. Aoki; N. Ueda; A. Yamaguchi; M. Kanehisa; T. Akutsu; H. Mamitsuka Application of a new probabilistic model for recognizing complex patterns in glycans Application of a new probabilistic model for recognizing complex patterns in glycans ,20,6-14 2004/08/04 英語 公開
K.F. Aoki; N. Ueda; A. Yamaguchi; T. Akutsu; M. Kanehisa; H. Mamitsuka K.F. Aoki; N. Ueda; A. Yamaguchi; T. Akutsu; M. Kanehisa; H. Mamitsuka Managing and analyzing carbohydrate data Managing and analyzing carbohydrate data ,33,2,33-38 2004/06 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu Efficient extraction of mapping rules of atoms from enzymatic reaction data Efficient extraction of mapping rules of atoms from enzymatic reaction data ,11,2-3,449-462 2004 英語 公開
K.F. Aoki; A. Yamaguchi; N. Ueda; T. Akutsu; H. Mamitsuka; S. Goto; M. Kanehisa K.F. Aoki; A. Yamaguchi; N. Ueda; T. Akutsu; H. Mamitsuka; S. Goto; M. Kanehisa KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher): A software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher): A software tool for analyzing the structures of carbohydrate sugar chains ,32,WEB SERVER ISS.,W267-W272 2004 英語 公開
J.C. Nacher; N. Ueda; T. Yamada; M. Kanehisa; T. Akutsu J.C. Nacher; N. Ueda; T. Yamada; M. Kanehisa; T. Akutsu Clustering under the line graph transformation: Application to reaction network Clustering under the line graph transformation: Application to reaction network ,5 2004 英語 公開
Y. Hourai; T. Akutsu; Y. Akiyama Y. Hourai; T. Akutsu; Y. Akiyama Optimizing substitution matrices by separating score distributions Optimizing substitution matrices by separating score distributions ,20,6,863-873 2004 英語 公開
T. Ochiai; J.C. Nacher; T. Akutsu T. Ochiai; J.C. Nacher; T. Akutsu A constructive approach to gene expression dynamics A constructive approach to gene expression dynamics ,330,5,313-321 2004 英語 公開
H. Saigo; J.-P. Vert; N. Ueda; T. Akutsu H. Saigo; J.-P. Vert; N. Ueda; T. Akutsu Protein homology detection using string alignment kernels Protein homology detection using string alignment kernels ,20,11,1682-1689 2004 英語 公開
M. Hayashida; N. Ueda; T. Akutsu M. Hayashida; N. Ueda; T. Akutsu Inferring strengths of protein-protein interactions from experimental data using linear programming Inferring strengths of protein-protein interactions from experimental data using linear programming ,19,II58-II65 2003/09 英語 公開
T. Akutsu; S. Kuhara; O. Maruyama; S. Miyano T. Akutsu; S. Kuhara; O. Maruyama; S. Miyano Identification of genetic networks by strategic gene disruptions and gene overexpressions under a boolean model Identification of genetic networks by strategic gene disruptions and gene overexpressions under a boolean model ,298,1,235-251 2003/04/04 英語 公開
T. Akutsu; K. Kanaya; A. Ohyama; A. Fujiyama T. Akutsu; K. Kanaya; A. Ohyama; A. Fujiyama Point matching under non-uniform distortions Point matching under non-uniform distortions ,127,1 SPEC.,5-21 2003 英語 公開
D. Shinozaki; T. Akutsu; O. Maruyama D. Shinozaki; T. Akutsu; O. Maruyama Finding optimal degenerate patterns in DNA sequences Finding optimal degenerate patterns in DNA sequences ,19,SUPPL. 2,ii206-ii214 2003 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu Dynamic programming algorithms for RNA secondary structure prediction with pseudoknots Dynamic programming algorithms for RNA secondary structure prediction with pseudoknots ,104,1-3,45-62 2000/08/15 英語 公開
T. Akutsu; S. Miyano; S. Kuhara T. Akutsu; S. Miyano; S. Kuhara Inferring qualitative relations in genetic networks and metabolic pathways Inferring qualitative relations in genetic networks and metabolic pathways ,16,8,727-734 2000/08 英語 公開
T. Akutsu; S. Miyano; S. Kuhara T. Akutsu; S. Miyano; S. Kuhara Algorithms for identifying Boolean networks and related biological networks based on matrix multiplication and fingerprint function Algorithms for identifying Boolean networks and related biological networks based on matrix multiplication and fingerprint function ,7,3-4,331-343 2000 英語 公開
T. Akutsu; M.M. Halldórsson T. Akutsu; M.M. Halldórsson On the approximation of largest common subtrees and largest common point sets On the approximation of largest common subtrees and largest common point sets ,233,1-2,33-50 2000 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu Approximation and Exact Algorithms for RNA Secondary Structure Prediction and Recognition of Stochastic Context-free Languages Approximation and Exact Algorithms for RNA Secondary Structure Prediction and Recognition of Stochastic Context-free Languages ,3,2-3,321-336 1999 英語 公開
T. Akutsu; S. Miyano T. Akutsu; S. Miyano On the approximation of protein threading On the approximation of protein threading ,210,2,261-275 1999 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu On determining the congruence of point sets in d dimensions On determining the congruence of point sets in d dimensions ,9,4,247-256 1998 英語 公開
T. Akutsu; H. Tamaki; T. Tokuyama T. Akutsu; H. Tamaki; T. Tokuyama Distribution of distances and triangles in a point set and algorithms for computing the largest common point sets Distribution of distances and triangles in a point set and algorithms for computing the largest common point sets ,20,3,307-331 1998 英語 公開
T. Akutsu; K. Onizuka; M. Ishikawa T. Akutsu; K. Onizuka; M. Ishikawa Rapid protein fragment search using hash functions based on the Fourier transform Rapid protein fragment search using hash functions based on the Fourier transform ,13,4,357-364 1997 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu Protein threading approach for prediction of protein structure Protein threading approach for prediction of protein structure ,42,17 Suppl,3014-3019 1997 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu Protein structure alignment using dynamic programming and iterative improvement Protein structure alignment using dynamic programming and iterative improvement ,E79-D,12,1629-1636 1996 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu Approximate string matching with don\\'t care characters Approximate string matching with don\\'t care characters ,55,5,235-239 1995 英語 公開
Tatsuya Akutsu Tatsuya Akutsu Parallel algorithm for determining the congruence of point sets in three-dimensions Parallel algorithm for determining the congruence of point sets in three-dimensions ,E78-D,4,321-325 1995 英語 公開
T. Akutsu; A. Takasu T. Akutsu; A. Takasu On PAC learnability of functional dependencies On PAC learnability of functional dependencies ,12,4,359-374 1994 英語 公開
Tatsuya Akutsu Tatsuya Akutsu Linear time pattern matching algorithm between a string and a tree Linear time pattern matching algorithm between a string and a tree ,E77-D,3,281-287 1994 英語 公開
E. Suzuki; T. Akutsu; S. Ohsuga E. Suzuki; T. Akutsu; S. Ohsuga Knowledge-based system for computer-aided drug design Knowledge-based system for computer-aided drug design ,6,2,114-126 1993 英語 公開
Atsuhiro Takasu; Tatsuya Akutsu Atsuhiro Takasu; Tatsuya Akutsu Minimum path decomposition of the Hasse diagram for testing the consistency of functional dependencies Minimum path decomposition of the Hasse diagram for testing the consistency of functional dependencies ,E76-D,2,299-301 1993 英語 公開
Tatsuya Akutsu; Satoshi Kobayashi; Koichi Hori; Setsuo Ohsuga Tatsuya Akutsu; Satoshi Kobayashi; Koichi Hori; Setsuo Ohsuga Algorithms for finding the largest subtree whose copies cover all the leaves Algorithms for finding the largest subtree whose copies cover all the leaves ,E76-D,6,707-710 1993 英語 公開
Tatsuya Akutsu Tatsuya Akutsu Polynomial time algorithm for finding a largest common subgraph of almost trees of bounded degree Polynomial time algorithm for finding a largest common subgraph of almost trees of bounded degree ,E76-A,9,1488-1493 1993 英語 公開
T. Akutsu T. Akutsu A new method of computer representation of stereochemistry. Transforming a stereochemical structure into a graph A new method of computer representation of stereochemistry. Transforming a stereochemical structure into a graph ,31,3,414-417 1991 英語 公開
T. Akutsu; E. Suzuki; S. Ohsuga T. Akutsu; E. Suzuki; S. Ohsuga Logic-based approach to expert systems in chemistry Logic-based approach to expert systems in chemistry ,4,2,103-116 1991 英語 公開

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Misc
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
Melkman Avraham, Cheng Xiaoqing, Ching Wai-Ki, Akutsu Tatsuya Melkman Avraham, Cheng Xiaoqing, Ching Wai-Ki, Akutsu Tatsuya Melkman Avraham, Cheng Xiaoqing, Ching Wai-Ki, Akutsu Tatsuya On exact identification of the structure of a probabilistic Boolean threshold network from samples On exact identification of the structure of a probabilistic Boolean threshold network from samples On exact identification of the structure of a probabilistic Boolean threshold network from samples 情報処理学会バイオ情報学研究会 2017/06 英語 研究発表要旨(全国大会、その他学術会議) 公開
石塚雅之, 阿久津達也, ナチェルホセ 石塚雅之, 阿久津達也, ナチェルホセ 最小支配集合に基づく有向生体ネットワーク解析のための高速アルゴリズム 最小支配集合に基づく有向生体ネットワーク解析のための高速アルゴリズム 情報処理学会バイオ情報学研究会 2017/06 日本語 研究発表要旨(全国大会、その他学術会議) 公開
Y. Qiu, X. Cheng, W-K. Ching, H. Jiang, T. Akutsu Y. Qiu, X. Cheng, W-K. Ching, H. Jiang, T. Akutsu Y. Qiu, X. Cheng, W-K. Ching, H. Jiang, T. Akutsu On observability of attractors in Boolean networks On observability of attractors in Boolean networks On observability of attractors in Boolean networks Proc. 2015 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2015),263-266 2015/12 英語 研究論文 公開
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講演・口頭発表等
タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 会議名 会議名(日本語) 会議名(英語) 主催者 開催年月日 記述言語 会議種別 公開
Minimum Dominating Set-based Approaches for Analyzing and Controlling Biological Networks Minimum Dominating Set-based Approaches for Analyzing and Controlling Biological Networks Minimum Dominating Set-based Approaches for Analyzing and Controlling Biological Networks 2016 Biotech and Pharmaceutical Service Platform - Biological Network Analysis Conference 2016 Biotech and Pharmaceutical Service Platform - Biological Network Analysis Conference 2016 Biotech and Pharmaceutical Service Platform - Biological Network Analysis Conference 2016/11/04 英語 公開
Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks The 2016 (26th) Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology The 2016 (26th) Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology The 2016 (26th) Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology 2016/09/07 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks Minimum Dominating Set-Based Approaches for Controlling and Analyzing Biological Networks Controlling Complex Network Systems in Biology (Workshop) Controlling Complex Network Systems in Biology (Workshop) Controlling Complex Network Systems in Biology (Workshop) 2016/09/05 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Extensions and Applications of the Minimum Dominating Set-Based Approach to Controllability of Complex Networks Extensions and Applications of the Minimum Dominating Set-Based Approach to Controllability of Complex Networks Extensions and Applications of the Minimum Dominating Set-Based Approach to Controllability of Complex Networks Controlling Complex Networks (Satellite Symposium of International School and Conference on Network Science) Controlling Complex Networks (Satellite Symposium of International School and Conference on Network Science) Controlling Complex Networks (Satellite Symposium of International School and Conference on Network Science) 2016/05/30 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
タイトル言語:
書籍等出版物
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 出版社 出版年月 記述言語 担当区分 公開
阿久津 達也 阿久津 達也 バイオインフォマティクス ー配列データ解析と構造予測ー バイオインフォマティクス ー配列データ解析と構造予測ー 朝倉書店 2007/05 公開
丸山 修、阿久津 達也 丸山 修、阿久津 達也 バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム 共立出版 2007/02 共著 公開
阿久津 達也、浅井 潔、矢田 哲士 阿久津 達也、浅井 潔、矢田 哲士 バイオインフォマティクス ―確率モデルによる遺伝子配列解析ー バイオインフォマティクス ―確率モデルによる遺伝子配列解析ー 2001/03 共訳 公開
Akutsu T Akutsu T Sequence alignment algorithms: Applications to glycans and trees and tree-like structures Sequence alignment algorithms: Applications to glycans and trees and tree-like structures Handbook of Chemoinformatics Algorithms , , 363-381 2010 英語 公開
タイトル言語:
学術賞等
賞の名称(日本語) 賞の名称(英語) 授与組織名(日本語) 授与組織名(英語) 年月
FIT奨励賞 FIT(情報科学技術フォーラム) 2014/09/05
Intech Award Diploma InTech (Open Access Publisher), 2014/10/26
SIGBIO功労賞 情報処理学会 バイオ情報学研究会 2014/12/18
2009 Oxford Journals - JSBi Bioinformatics Prize (Best Poster Award) The 20th International Conference on Genome Informatics 2009/12/16
SIGMPS功労賞 情報処理学会 数理モデル化と問題解決研究会 2006
2004 Oxford University Press Bioinformatics Prize (Best Poster Award) 15th International Conference on Genome Informatics 2004/12/15
情報処理学会フェロー Fellow, Information Processing Society of Japan 情報処理学会 Information Processing Society of Japan 2016/06/03
外部資金:競争的資金・科学研究費補助金
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
基盤研究(A) 代表 グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法 2007/04/01〜2010/03/31
基盤研究(A) 代表 離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法 2010/04/01〜2014/03/31
萌芽研究 代表 複雑生体構造のデータ圧縮を通じた発生原理の解明 2007/04/01〜2010/03/31
萌芽研究 代表 複雑生体ネットワークの離散モデルに基づく制御 2010/04/01〜2013/03/31
特定領域研究 代表 生物情報ネットワークの構造および動的挙動の数理解析 2005/04/01〜2010/03/31
特別研究員奨励費 代表
基盤研究(B) 代表 構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法 2004/04/01〜2007/03/31
基盤研究(C) バイオインフォマティクスのための共通パターン抽出アルゴリズムの研究 2001/04/01〜2004/03/31
生命システムの統合的理解のための生物情報ネットワークの構造および動的挙動解析 2005〜
特別研究員奨励費 熱ショックタンパク質解析のための機械学習手法 2007〜
挑戦的萌芽研究 代表 複雑ネットワークに対する構造的に頑健な制御手法 (平成26年度分) 2014/04/01〜2015/03/31
基盤研究(A) 代表 離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法 (平成26年度分) 2014/04/01〜2015/03/31
基盤研究(A) 代表 離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法 (平成27年度分) 2015/04/01〜2016/03/31
挑戦的萌芽研究 代表 複雑ネットワークに対する構造的に頑健な制御手法 (平成27年度分) 2015/04/01〜2016/03/31
挑戦的萌芽研究 代表 複雑ネットワークに対する構造的に頑健な制御手法 (平成28年度分) 2016/04/01〜2017/03/31
基盤研究(A) 代表 離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法 (平成28年度分) 2016/04/01〜2017/03/31
特別研究員奨励費 代表 データ融合によるタンパク質切断解析および疾患との関連性発見 (平成28年度分) 2016/04/01〜2017/03/31

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担当科目
講義名(日本語) 講義名(英語) 開講期 学部/研究科 年度
Advanced Study in IST I 通年 情報学研究科 2011/04〜2012/03
Advanced Study in IST II 通年 情報学研究科 2011/04〜2012/03
知能情報学特殊研究1 通年 情報学研究科 2011/04〜2012/03
知能情報学特殊研究2 通年 情報学研究科 2011/04〜2012/03
生命情報学 後期 工学部 2011/04〜2012/03
知能情報学特別セミナー 通年 情報学研究科 2011/04〜2012/03
生命情報学特別セミナー 後期 情報学研究科 2011/04〜2012/03
システム生物情報学 System Bioinformatics 後期 全学共通科目 2011/04〜2012/03
生命情報学入門 Introduction to Bioinformatics 前期 全学共通科目 2011/04〜2012/03
生命情報学基礎論 前期 情報学研究科 2011/04〜2012/03
生命情報学 Bioinformatics 後期 全学共通科目 2012/04〜2013/03
生命情報学 Introduction to Computational Systems Bioinformatics 後期 工学部 2012/04〜2013/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2012/04〜2013/03
生命情報学特別セミナー Advanced Seminar on Gene Informatics 後期 情報学研究科 2012/04〜2013/03
知能情報学特別セミナー Advanced Seminar on Intelligence Science and Technology 通年 情報学研究科 2012/04〜2013/03
知能情報学特殊研究2 Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2012/04〜2013/03
知能情報学特殊研究1 Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2012/04〜2013/03
生命情報学 Introduction to Computational Systems Bioinformatics 後期 工学部 2013/04〜2014/03
知能情報学特殊研究1 Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2013/04〜2014/03
知能情報学特殊研究1 Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 前期集中 情報学研究科 2013/04〜2014/03
知能情報学特殊研究2 Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2013/04〜2014/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2013/04〜2014/03
知能情報学特別セミナー Advanced Seminar on Intelligence Science and Technology 通年 情報学研究科 2013/04〜2014/03
生命情報学特別セミナー Advanced Seminar on Gene Informatics 後期 情報学研究科 2013/04〜2014/03
生命情報学 Bioinformatics 後期 全学共通科目 2013/04〜2014/03
生命情報学 Introduction to Computational Systems Bioinformatics 後期 工学部 2014/04〜2015/03
知能情報学特殊研究 I Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2014/04〜2015/03
知能情報学特殊研究1 Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2014/04〜2015/03
知能情報学特殊研究2 Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2014/04〜2015/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2014/04〜2015/03
知能情報学特別セミナー Advanced Seminar on Intelligence Science and Technology 通年 情報学研究科 2014/04〜2015/03
生命情報学特別セミナー Advanced Seminar on Gene Informatics 後期 情報学研究科 2014/04〜2015/03
生命情報学 Bioinformatics 後期 全学共通科目 2014/04〜2015/03
Advanced Study in IST I Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2014/04〜2015/03
Advanced Study in IST II Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2014/04〜2015/03
Advanced Study in IST I Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2015/04〜2016/03
Advanced Study in IST II Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2015/04〜2016/03
生命情報学 Introduction to Computational Systems Bioinformatics 後期 工学部 2015/04〜2016/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2015/04〜2016/03
生命情報学特別セミナー Advanced Seminar on Gene Informatics 後期 情報学研究科 2015/04〜2016/03
知能情報学特別セミナー Advanced Seminar on Intelligence Science and Technology 通年 情報学研究科 2015/04〜2016/03
知能情報学特殊研究2 Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 前期集中 情報学研究科 2015/04〜2016/03
知能情報学特殊研究2 Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2015/04〜2016/03
知能情報学特殊研究1 Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2015/04〜2016/03
知能情報学特殊研究 I Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2015/04〜2016/03
計算科学が拓く世界 Introduction to Computational Science 後期 全学共通科目 2015/04〜2016/03
Advanced Study in IST I Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2016/04〜2017/03
Advanced Study in IST II Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2016/04〜2017/03
生命情報学 Introduction to Computational Systems Bioinformatics 後期 工学部 2016/04〜2017/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2016/04〜2017/03
生命情報学特別セミナー Advanced Seminar on Gene Informatics 後期 情報学研究科 2016/04〜2017/03
生命情報学特論 Bioinformatics, Adv. 後期 情報学研究科 2016/04〜2017/03
知能情報学特別セミナー Advanced Seminar on Intelligence Science and Technology 通年 情報学研究科 2016/04〜2017/03
知能情報学特殊研究2 Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2016/04〜2017/03
知能情報学特殊研究1 Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2016/04〜2017/03
知能情報学特殊研究 I Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2016/04〜2017/03
計算科学が拓く世界 Introduction to Computational Science 後期 全学共通科目 2016/04〜2017/03
Advanced Study in IST I Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2017/04〜2018/03
Advanced Study in IST II Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2017/04〜2018/03
生命情報学 Introduction to Computational Systems Bioinformatics 後期 工学部 2017/04〜2018/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2017/04〜2018/03
生命情報学特別セミナー Advanced Seminar on Gene Informatics 後期 情報学研究科 2017/04〜2018/03
生命情報学特論 Bioinformatics, Adv. 後期 情報学研究科 2017/04〜2018/03
知能情報学特別セミナー Advanced Seminar on Intelligence Science and Technology 通年 情報学研究科 2017/04〜2018/03
知能情報学特殊研究2 Advanced Study in Intelligence Science and Technology II 通年 情報学研究科 2017/04〜2018/03
知能情報学特殊研究1 Advanced Study in Intelligence Science and Technology I 通年 情報学研究科 2017/04〜2018/03
計算科学が拓く世界 Introduction to Computational Science 前期 全学共通科目 2017/04〜2018/03

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全学運営(役職等)
役職名 期間
化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター長 2013/04/01〜2015/03/31
大学評価委員会点検・評価実行委員会 委員 2014/10/01〜
化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター長 2017/04/01〜2019/03/31
部局運営(役職等)
役職名 期間
化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員 2011/04/01〜1970/01/01
化学研究所運営委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所建物管理委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所自己点検評価委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所情報システム技術委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所情報セキュリティ委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
研究用計算機専門委員会委員 2013/07/01〜2015/06/30
化学研究所運営委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
化学研究所建物管理委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
化学研究所自己点検評価委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
化学研究所情報システム技術委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
化学研究所情報セキュリティ委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
学術情報メディアセンター全国共同利用運営委員会委員 2014/04/01〜2016/03/31
化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員 2015/04/01〜2017/03/31
化学研究所建物管理委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
化学研究所情報システム技術委員会委員長 2015/04/01〜2016/03/31
化学研究所情報セキュリティ委員会副委員長 2015/04/01〜2016/03/31
化学研究所講演委員会委員長 2016/04/01〜2017/03/31
化学研究所情報セキュリティ委員会副委員長 2016/04/01〜2017/03/31
化学研究所情報システム技術委員会委員長 2016/04/01〜2017/03/31
化学研究所設備運営委員会委員 2016/04/01〜2017/03/31
化学研究所運営委員会委員 2017/04/01〜2018/03/31
化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員 2017/04/01〜2019/03/31
化学研究所自己点検評価委員会委員 2017/04/01〜2018/03/31
化学研究所情報システム技術委員会委員長 2017/04/01〜2018/03/31
化学研究所情報セキュリティ委員会副委員長 2017/04/01〜2018/03/31
化学研究所建物管理委員会委員 2017/04/01〜2018/03/31

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学会活動:学会役員歴
学会名(日本語) 学会名(英語) 役職名(日本語) 役職名(英語) 期間
Association of Asian Societies forBioinformatics 理事 2004〜2005
バイオインフォマティクス学会 評議員 2002/04/01〜2004/03/31
人工知能学会 理事 2003/04/01〜2005/03/31
バイオインフォマティクス学会 評議員 2011/04/01〜2013/03/31
学会活動:編集委員歴
学会名(日本語) 学会名(英語) ジャーナル名(日本語) ジャーナル名(英語) 役職名 期間
情報処理学会 Information Processing Society of Japan 情報処理学会論文誌「数理モデル化と応用」 IPSJ Transactions on Mathematical Modeling and its Applications 編集委員 2001/04/01〜2003/03/31
情報処理学会 Information Processing Society of Japan 情報処理学会論文誌「数理モデル化と応用」 IPSJ Transactions on Mathematical Modeling and its Applications 編集委員長 2003/04/01〜2005/03/31
Current Bioinformatics/Bentham Science Editorial Advisory Board Member 2006〜2010
情報処理学会 Information Processing Society of Japan IPSJ Transactions on Bioinformatics/情報処理学会 IPSJ Transactions on Bioinformatics 編集委員長 2006/04/01〜2009/03/31
情報処理学会 Current Bioinformatics/Bentham Science Editorial Advisory Board Member 2007〜
情報処理学会 Information Processing Society of Japan IPSJ Transactions on Bioinformatics/情報処理学会 IPSJ Transactions on Bioinformatics 編集委員 2009/04/01〜2011/03/31
Advances in Bioinformatics Advances in Bioinformatics Editorial Board Member 2008〜2015
BMC Bioinformatics BMC Bioinformatics Associate Editor 2010〜
EURASIP EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology Associate Editor 2014〜
IEEE and ACM IEEE/ACM-Transactions on Computational Biology and Bioinformatics IEEE/ACM-Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Associate Editor 2011〜
International Journal of Data Mining and Bioinformatics International Journal of Data Mining and Bioinformatics Editorial Board Member 2010〜
International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics Editorial Board Member 2010〜
BioMed Research International BioMed Research International Editorial Board Member 2009〜
Journal of Computational Biology Journal of Computational Biology Editorial Board Member 2014〜
Mathematical Biosciences Mathematical Biosciences Editorial Board Member 2010〜
Mathematical Modelling and Applied Computing Mathematical Modelling and Applied Computing Editorial Board Member 2010〜

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学会活動:その他
学会名(日本語) 学会名(英語) 貢献活動名(日本語) 貢献活動名(英語) 期間
電子情報通信学会 コンピュテーション研究会副委員長 2004/04/01〜2006/03/31
情報処理学会 バイオ情報学研究会主査 2007/04/01〜2009/03/31
情報処理学会 論文誌編集委員会基礎理論WG主査 2000/04/01〜2001/03/31
その他活動:国・地方公共団体での活動
委員会名(日本語) 委員会名(英語) 役職名 公共団体の名称 期間
(独)日本学術振興会 特別研究員等審査会及び国際事業委員会 専門委員及び書面審査員 2010〜
(独)日本学術振興会 特別研究員等審査会及び国際事業委員会 専門委員及び書面審査員 2011〜