小段 篤史

最終更新日時: 2019/12/12 12:49:30

印刷する

氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
小段 篤史/コダン アツシ/Kodan, Atsushi
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
高等研究院/物質-細胞統合システム拠点/特定助教
連絡先住所
種別 住所(日本語) 住所(英語)
職場 606-8502 京都府京都市左京区北白川 Laboratory of Cellular Biochemistry, Division of Applied Life Sciences, Graduate School of Agriculture, Kyoto University, Kitasirakawa, Sakyo-ku, Kyoto 606-8502, Japan
連絡先電話番号
種別 番号
職場 075-753-6104
電子メールアドレス
メールアドレス
akodan @ kais.kyoto-u.ac.jp
所属学会(国内)
学会名(日本語) 学会名(英語)
公益社団法人日本生化学会 The Japanese Biochemical Society
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(農学) 京都大学
博士(農学) 京都大学
出身大学院・研究科等
大学名(日本語) 大学名(英語) 研究科名(日本語) 研究科名(英語) 専攻名(日本語) 専攻名(英語) 修了区分
京都大学 大学院農学研究科博士後期課程応用生命科学専攻 修了
京都大学 大学院農学研究科修士課程応用生命科学専攻 修了
ORCID ID
https://orcid.org/0000-0003-0317-9109
researchmap URL
https://researchmap.jp/7000008686
研究テーマ
(日本語)
ABC蛋白質の分子機構
(英語)
Molecular mechanism of ABC proteins
研究概要
(日本語)
ABC(ATP-Binding Cassette)蛋白質はよく保存されたATP結合領域を持つ膜蛋白質の総称であり、ヒトにおいては、48種類のABC蛋白質が我々の健康の維持に重要な役割を果たしています。ABC蛋白質は主に脂溶性の化合物を輸送し生体防御や脂質の恒常性維持を司ります。最近、私たちは代表的なABC蛋白質であるMDR1(P糖蛋白質)を対象とした立体構造と機能の研究によって、ATPが結合することにより引き起こされるATP結合ドメインの構造変化が膜貫通ドメインへと伝播し分子全体にダイナミックな構造変換をもたらすことで、脂溶性の化合物を絞り出すようにして細胞外へと排出するMDR1分子の巧妙な仕組みを明らかにしました。これまでにMDR1で確立した研究基盤に基づき、現在、生理学的に重要な他のヒトABC蛋白質(たとえば脂質輸送型ABC蛋白質)を研究対象とし、未だ謎とされているそれらの分子メカニズムを明らかにしようとしています。
(英語)
ABC (ATP-Binding Cassette) proteins are transmembrane proteins with well-conserved ATP binding domains. In humans, 48 ​​ABC proteins play an important role in maintaining our health. ABC proteins mainly transport lipophilic compounds and are responsible for maintaining our body's defense against xenobiotics as well as maintaining lipid homeostasis. Recently, by studying the three-dimensional structures and function of an MDR1(P-glycoprotein), the most representative ABC protein, we revealed the structural change caused by the binding of ATP to the ATP-binding domain is propagated to the transmembrane domain and the whole molecule by bringing about dynamic structural transformation. We also clarified the ingenious mechanism of the MDR1 molecule that squeezes lipophilic compounds out of cells. Based on the research infrastructure established in MDR1 so far, we are trying to clarify the molecular mechanism of other important human ABC proteins (for example, lipid-transporting ABC proteins) that are still unknown. This study has the potential to provide a blueprint for the development of new therapeutic strategies targeting ABC proteins.
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
ABC蛋白質 ABC proteins
膜蛋白質 membrane proteins
生体高分子 biological macromolecules
蛋白質立体構造活性相関 conformation and activity relationship
蛋白質立体構造変化 protein conformational change
分子機構 structure based molecular mechanism
創薬 drug discovery
生理状態に近い膜蛋白質の抽出 extraction of physiologically active membrane proteins
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
Kodan A, Yamaguchi T, Nakatsu T, Matsuoka K, Kimura Y, Ueda K, Kato H Kodan A, Yamaguchi T, Nakatsu T, Matsuoka K, Kimura Y, Ueda K, Kato H Kodan A, Yamaguchi T, Nakatsu T, Matsuoka K, Kimura Y, Ueda K, Kato H Inward- and outward-facing X-ray crystal structures of homodimeric P-glycoprotein CmABCB1. Inward- and outward-facing X-ray crystal structures of homodimeric P-glycoprotein CmABCB1. Inward- and outward-facing X-ray crystal structures of homodimeric P-glycoprotein CmABCB1. Nature communications, 10, 1, 88 Nature communications, 10, 1, 88 Nature communications, 10, 1, 88 2019/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
A. Kodan; T. Yamaguchi; T. Nakatsu; K. Sakiyama; C.J. Hipolito; A. Fujioka; R. Hirokane; K. Ikeguchi; B. Watanabe; J. Hiratake; Y. Kimura; H. Suga; K. Ueda; H. Kato A. Kodan; T. Yamaguchi; T. Nakatsu; K. Sakiyama; C.J. Hipolito; A. Fujioka; R. Hirokane; K. Ikeguchi; B. Watanabe; J. Hiratake; Y. Kimura; H. Suga; K. Ueda; H. Kato A. Kodan; T. Yamaguchi; T. Nakatsu; K. Sakiyama; C.J. Hipolito; A. Fujioka; R. Hirokane; K. Ikeguchi; B. Watanabe; J. Hiratake; Y. Kimura; H. Suga; K. Ueda; H. Kato Structural basis for gating mechanisms of a eukaryotic P-glycoprotein homolog Structural basis for gating mechanisms of a eukaryotic P-glycoprotein homolog Structural basis for gating mechanisms of a eukaryotic P-glycoprotein homolog Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111, 11, 4049-4054 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111, 11, 4049-4054 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111, 11, 4049-4054 2014/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
K. Terakado; A. Kodan; H. Nakano; Y. Kimura; K. Ueda; T. Nakatsu; H. Kato K. Terakado; A. Kodan; H. Nakano; Y. Kimura; K. Ueda; T. Nakatsu; H. Kato Terakado K, Kodan A, Nakano H, Kimura Y, Ueda K, Nakatsu T, Kato H Deleting two C-terminal α-helices is effective to crystallize the bacterial ABC transporter Escherichia coli MsbA complexed with AMP-PNP Deleting two C-terminal α-helices is effective to crystallize the bacterial ABC transporter Escherichia coli MsbA complexed with AMP-PNP Deleting two C-terminal alpha-helices is effective to crystallize the bacterial ABC transporter Escherichia coli MsbA complexed with AMP-PNP. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 66, Pt 3, 319-323 Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 66, Pt 3, 319-323 Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography, 66, Pt 3, 319-323 2010/03 日本語 研究論文(学術雑誌) 公開
Sato T, Kodan A, Kimura Y, Ueda K, Nakatsu T, Kato H Sato T, Kodan A, Kimura Y, Ueda K, Nakatsu T, Kato H T. Sato; A. Kodan; Y. Kimura; K. Ueda; T. Nakatsu; H. Kato Functional role of the linker region in purified human P-glycoprotein. Functional role of the linker region in purified human P-glycoprotein. Functional role of the linker region in purified human P-glycoprotein The FEBS journal, 276, 13, 3504-3516 The FEBS journal, 276, 13, 3504-3516 FEBS Journal, 276, 13, 3504-3516 2009/07 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Kodan A, Shibata H, Matsumoto T, Terakado K, Sakiyama K, Matsuo M, Ueda K, Kato H Kodan A, Shibata H, Matsumoto T, Terakado K, Sakiyama K, Matsuo M, Ueda K, Kato H A. Kodan; H. Shibata; T. Matsumoto; K. Terakado; K. Sakiyama; M. Matsuo; K. Ueda; H. Kato Improved expression and purification of human multidrug resistance protein MDR1 from baculovirus-infected insect cells. Improved expression and purification of human multidrug resistance protein MDR1 from baculovirus-infected insect cells. Improved expression and purification of human multidrug resistance protein MDR1 from baculovirus-infected insect cells Protein expression and purification, 66, 1, 7-14 Protein expression and purification, 66, 1, 7-14 Protein Expression and Purification, 66, 1, 7-14 2009/07 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Kimura Y, Kodan A, Matsuo M, Ueda K Kimura Y, Kodan A, Matsuo M, Ueda K Y. Kimura; A. Kodan; M. Matsuo; K. Ueda Cholesterol fill-in model: mechanism for substrate recognition by ABC proteins. Cholesterol fill-in model: mechanism for substrate recognition by ABC proteins. Cholesterol fill-in model: Mechanism for substrate recognition by ABC proteins Journal of bioenergetics and biomembranes, 39, 5-6, 447-452 Journal of bioenergetics and biomembranes, 39, 5-6, 447-452 Journal of Bioenergetics and Biomembranes, 39, 5-6, 447-452 2007/12 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
A. Kodan; H. Kuroda; F. Sakai A. Kodan; H. Kuroda; F. Sakai A. Kodan; H. Kuroda; F. Sakai A stilbene synthase from Japanese red pine (Pinus densiflora): Implications for phytoalexin accumulation and down-regulation of flavonoid biosynthesis A stilbene synthase from Japanese red pine (Pinus densiflora): Implications for phytoalexin accumulation and down-regulation of flavonoid biosynthesis A stilbene synthase from Japanese red pine (Pinus densiflora): Implications for phytoalexin accumulation and down-regulation of flavonoid biosynthesis Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99, 5, 3335-3339 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99, 5, 3335-3339 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99, 5, 3335-3339 2002/03 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
A. Kodan; H. Kuroda; F. Sakai A. Kodan; H. Kuroda; F. Sakai Simultaneous expression of stilbene synthase genes in Japanese red pine (Pinus densiflora) seedlings Simultaneous expression of stilbene synthase genes in Japanese red pine (Pinus densiflora) seedlings Journal of Wood Science, 47, 1, 58-62 , 47, 1, 58-62 Journal of Wood Science, 47, 1, 58-62 2001 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
タイトル言語:
Misc
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
小段篤史、木村泰久、加藤博章、植田和光 小段篤史、木村泰久、加藤博章、植田和光 ABC(ATP-binding cassette)タンパク質の構造解析が拓く創薬の未来 ABC(ATP-binding cassette)タンパク質の構造解析が拓く創薬の未来 未来材料, 6, 10, 30-36 未来材料, 6, 10, 30-36 , 6, 10, 30-36 2006/10 日本語 公開
タイトル言語:
講演・口頭発表等
タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 会議名 会議名(日本語) 会議名(英語) 主催者 主催者(日本語) 主催者(英語) 開催年月日 記述言語 会議種別 公開
High-resolution crystal structure of an ABC multidrug exporter from Cyanidioschyzon merolae, a thermophilic unicellular eukaryote[招待あり] High-resolution crystal structure of an ABC multidrug exporter from Cyanidioschyzon merolae, a thermophilic unicellular eukaryote [招待あり] High-resolution crystal structure of an ABC multidrug exporter from Cyanidioschyzon merolae, a thermophilic unicellular eukaryote [招待あり] ABC2014, the 5th FEBS Special Meeting “ATP-Binding Cassette Proteins: From Multidrug Resistance to Genetic Disease” ABC2014, the 5th FEBS Special Meeting “ATP-Binding Cassette Proteins: From Multidrug Resistance to Genetic Disease” ABC2014, the 5th FEBS Special Meeting “ATP-Binding Cassette Proteins: From Multidrug Resistance to Genetic Disease” 2014/03/08 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter. X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter. X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter. 4th FEBS Special Meeting on ABC Proteins - ABC2012 4th FEBS Special Meeting on ABC Proteins - ABC2012 4th FEBS Special Meeting on ABC Proteins - ABC2012 2012/03/03 英語 ポスター発表 公開
X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter X-ray crystallographic analysis of an exporter-type ABC transporter Kakenhi Kiban (S)/iCeMS Joint International Symposium “ABC2011 in Kyoto -ABC Proteins/Membrane Meso-domains/ES-iPS cells” Kakenhi Kiban (S)/iCeMS Joint International Symposium “ABC2011 in Kyoto -ABC Proteins/Membrane Meso-domains/ES-iPS cells” Kakenhi Kiban (S)/iCeMS Joint International Symposium “ABC2011 in Kyoto -ABC Proteins/Membrane Meso-domains/ES-iPS cells” 2011/11/11 英語 ポスター発表 公開
タイトル言語:
書籍等出版物
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 出版社 出版社(日本語) 出版社(英語) 出版年月 記述言語 担当区分 公開
小段篤史、木村泰久、加藤博章、植田和光 小段篤史、木村泰久、加藤博章、植田和光 ABC (ATP-binding cassette) タンパク質の構造解析が拓く創薬の未来 ABC (ATP-binding cassette) タンパク質の構造解析が拓く創薬の未来 エヌ・ティー・エス エヌ・ティー・エス 2006 日本語 共著 公開
加藤博章、小段篤史、柴田洋之 加藤博章、小段篤史、柴田洋之 ABC蛋白質の立体構造研究—現状と課題 ABC蛋白質の立体構造研究—現状と課題 「ABC蛋白質」(編集:植田和光) 学会出版センター p245-274 「ABC蛋白質」(編集:植田和光) 学会出版センター p245-274 2005 日本語 共著 公開
タイトル言語:
記事報道
発表タイトル メディア名 掲載欄/番組名 年月日
「京大と東大、がん化学療法の阻害たんぱく質の類似分子構造を解明」 日刊工業新聞 19面 2014/03/04
Article Recommendations F1000Prime http://f1000.com/prime/718297947 2014/04/04
京大グループ、抗がん剤働きを阻害、原因タンパク質を解明、薬剤開発に期待 京都新聞 27面 2014/03/04
薬効かない再発がん、仕組み解明 読売新聞 17面 2014/03/31
京大、多剤排出ポンプが薬を輸送するメカニズムを解明 日本経済新聞 電子版プレスリリース 2019/01/10
外部資金:競争的資金・科学研究費補助金
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
若手研究(B) 代表 ABC輸送体のX線結晶構造解析 2010/04/01〜2012/03/31
若手研究(A) 代表 ABC輸送体の分子機構の解明     2012/04/01〜2013/03/31
若手研究(A) 代表 ABC輸送体の分子機構の解明     2012/04/01〜2013/03/31
若手研究(A) 代表 ABC輸送体の分子機構の解明     2013/04/01〜2014/03/31
若手研究(A) 代表 ABC輸送体の分子機構の解明     2013/04/01〜2014/03/31
若手研究(A) 代表 ABC輸送体の分子機構の解明     2014/04/01〜2015/03/31
若手研究(A) 代表 ABC輸送体の分子機構の解明     2014/04/01〜2015/03/31
基盤研究(C) 代表 ABC輸送体の動作原理の解明と創薬への展開 (平成30年度分) 2018/04/01〜2019/03/31
外部資金:競争的資金・科学研究費補助金以外
制度名 代表者名 研究課題(日本語) 研究課題(英語) 期間
京都大学コアステージバックアップ研究費 小段 篤史 ABC輸送体による薬物輸送の構造基盤 Structural basis for drug transport of ABC transporters 2015/04/01〜2016/03/31
担当科目
講義名(日本語) 講義名(英語) 開講期 学部/研究科 年度
細胞生化学専攻実験1 Experimental Course of Cellular Biochemistry1 通年 農学研究科 2015/04〜2016/03
細胞生化学専攻実験 Experimental Course of Cellular Biochemistry 通年 農学研究科 2015/04〜2016/03
細胞生化学専攻演習1 Cellular Biochemistry Seminar1 通年 農学研究科 2015/04〜2016/03
細胞生化学専攻演習 Cellular Biochemistry Seminar 通年 農学研究科 2015/04〜2016/03
細胞生化学専攻実験1 Experimental Course of Cellular Biochemistry1 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
細胞生化学専攻実験2 Experimental Course of Cellular Biochemistry2 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
細胞生化学専攻実験 Experimental Course of Cellular Biochemistry 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
細胞生化学専攻演習1 Cellular Biochemistry Seminar1 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
細胞生化学専攻演習2 Cellular Biochemistry Seminar2 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
細胞生化学専攻演習 Cellular Biochemistry Seminar 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
細胞生化学専攻実験1 Experimental Course of Cellular Biochemistry1 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
細胞生化学専攻実験2 Experimental Course of Cellular Biochemistry2 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
細胞生化学専攻実験 Experimental Course of Cellular Biochemistry 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
細胞生化学専攻演習1 Cellular Biochemistry Seminar1 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
細胞生化学専攻演習2 Cellular Biochemistry Seminar2 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
細胞生化学専攻演習 Cellular Biochemistry Seminar 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
生理化学概論 Outline of Physiological Chemistry 後期集中 全学共通科目 2018/04〜2019/03
細胞生化学専攻実験1 Experimental Course of Cellular Biochemistry1 通年 農学研究科 2018/04〜2019/03
細胞生化学専攻実験2 Experimental Course of Cellular Biochemistry2 通年 農学研究科 2018/04〜2019/03
細胞生化学専攻演習1 Cellular Biochemistry Seminar1 通年 農学研究科 2018/04〜2019/03
細胞生化学専攻演習2 Cellular Biochemistry Seminar2 通年 農学研究科 2018/04〜2019/03
細胞生化学専攻実験1 Experimental Course of Cellular Biochemistry1 通年 農学研究科 2019/04〜2020/03
細胞生化学専攻実験2 Experimental Course of Cellular Biochemistry2 通年 農学研究科 2019/04〜2020/03
細胞生化学専攻演習1 Cellular Biochemistry Seminar1 通年 農学研究科 2019/04〜2020/03
細胞生化学専攻演習2 Cellular Biochemistry Seminar2 通年 農学研究科 2019/04〜2020/03

  • <<
  • >>
  • 表示