山本 拓也

最終更新日時: 2019/06/26 15:21:42

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
山本 拓也/ヤマモト タクヤ/Yamamoto, Takuya
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
iPS細胞研究所/未来生命科学開拓部門/准教授
学内兼務
部局 所属 講座等 職名
高等研究院 ヒト生物学高等研究拠点 コア長、主任研究者
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(生命科学) 京都大学
博士(生命科学) 京都大学
個人ホームページ
URL
http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/yamamoto/
researchmap URL
https://researchmap.jp/read0110808
研究テーマ
(日本語)
体細胞初期化過程における分子メカニズムの解明
(英語)
Elucidation of molecular basis of somatic cell reprogramming process
研究概要
(日本語)
iPS細胞の誘導プロセスおよび分化プロセスにおける分子メカニズムを解明することは、iPS細胞を再生医療等の応用へ繋げていくための重要なステップの一つである。現在までの研究によって、転写制御やエピジェネティック制御等の核内で起こる現象が、そうしたプロセスで鍵を握ることが明らかになっている。また、近年、生命科学の分野においては、マイクロアレイや次世代型シーケンサーに代表される解析装置の目覚ましい進歩によって、膨大なデータ量を短時間で入手することが可能になった。そのような大量データから生物学的に意味のあるデータを抽出するには、コンピューターサイエンスを利用したバイオインフォマティクス等の知識や解析技術(dry)とともに、分子生物学的および細胞生物学的な知識や実験技術(wet)が必要不可欠である。当研究では、全ゲノムにわたる網羅的解析を多角的なアプローチによって行い、dryとwetをそれぞれフィードバックさせながら融合させ、統合的にiPS細胞の誘導プロセスおよびiPS細胞の分化プロセスの解明を目指すことを第一義的な目標とする。本研究によって得られた知見は、安全かつ効率的なiPS細胞の作製技術に直結するだけでなく、再生医療等の応用面においても新しい可能性を提示できるものと考えている。
(英語)
Elucidation of the molecular mechanisms of iPS cell induction processes is an important step toward applications of iPS cells for regenerative medicine. Analytical techniques (dry), such as bioinformatics, as well as molecular- and cell-biological experimental techniques (wet) are essential to extract biologically meaningful information from the enormous amounts of data acquired by such analytical devices as microarrays and the next-generation sequencers.
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
体細胞初期化 Somatic cell reprogramming
バイオインフォマティクス Bioinformatics
分子生物学 Molecular Biology
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
Yagi M, Kabata M, Ukai T, Ohta S, Tanaka A, Shimada Y, Sugimoto M, Araki K, Okita K, Woltjen K, Hochedlinger K, Yamamoto T, Yamada Y Yagi M, Kabata M, Ukai T, Ohta S, Tanaka A, Shimada Y, Sugimoto M, Araki K, Okita K, Woltjen K, Hochedlinger K, Yamamoto T, Yamada Y Yagi M, Kabata M, Ukai T, Ohta S, Tanaka A, Shimada Y, Sugimoto M, Araki K, Okita K, Woltjen K, Hochedlinger K, Yamamoto T, Yamada Y De Novo DNA Methylation at Imprinted Loci during Reprogramming into Naive and Primed Pluripotency. De Novo DNA Methylation at Imprinted Loci during Reprogramming into Naive and Primed Pluripotency. De Novo DNA Methylation at Imprinted Loci during Reprogramming into Naive and Primed Pluripotency. Stem cell reports, 12, 5, 1113-1128 Stem cell reports, 12, 5, 1113-1128 Stem cell reports, 12, 5, 1113-1128 2019/05 公開
Morimoto H, Kanastu-Shinohara M, Ogonuki N, Kamimura S, Ogura A, Yabe-Nishimura C, Mori Y, Morimoto T, Watanabe S, Otsu K, Yamamoto T, Shinohara T Morimoto H, Kanastu-Shinohara M, Ogonuki N, Kamimura S, Ogura A, Yabe-Nishimura C, Mori Y, Morimoto T, Watanabe S, Otsu K, Yamamoto T, Shinohara T Morimoto H, Kanastu-Shinohara M, Ogonuki N, Kamimura S, Ogura A, Yabe-Nishimura C, Mori Y, Morimoto T, Watanabe S, Otsu K, Yamamoto T, Shinohara T ROS amplification drives mouse spermatogonial stem cell self-renewal. ROS amplification drives mouse spermatogonial stem cell self-renewal. ROS amplification drives mouse spermatogonial stem cell self-renewal. Life science alliance, 2, 2 Life science alliance, 2, 2 Life science alliance, 2, 2 2019/04 公開
Terada Y, Jo N, Arakawa Y, Sakakura M, Yamada Y, Ukai T, Kabata M, Mitsunaga K, Mineharu Y, Ohta S, Nakagawa M, Miyamoto S, Yamamoto T, Yamada Y Terada Y, Jo N, Arakawa Y, Sakakura M, Yamada Y, Ukai T, Kabata M, Mitsunaga K, Mineharu Y, Ohta S, Nakagawa M, Miyamoto S, Yamamoto T, Yamada Y Terada Y, Jo N, Arakawa Y, Sakakura M, Yamada Y, Ukai T, Kabata M, Mitsunaga K, Mineharu Y, Ohta S, Nakagawa M, Miyamoto S, Yamamoto T, Yamada Y Human Pluripotent Stem Cell-Derived Tumor Model Uncovers the Embryonic Stem Cell Signature as a Key Driver in Atypical Teratoid/Rhabdoid Tumor. Human Pluripotent Stem Cell-Derived Tumor Model Uncovers the Embryonic Stem Cell Signature as a Key Driver in Atypical Teratoid/Rhabdoid Tumor. Human Pluripotent Stem Cell-Derived Tumor Model Uncovers the Embryonic Stem Cell Signature as a Key Driver in Atypical Teratoid/Rhabdoid Tumor. Cell reports, 26, 10, 2608-2621.e6 Cell reports, 26, 10, 2608-2621.e6 Cell reports, 26, 10, 2608-2621.e6 2019/03 公開
Matsui S, Ochiai M, Yasuda K, Mae SI, Kotaka M, Toyoda T, Yamamoto T, Osafune K Matsui S, Ochiai M, Yasuda K, Mae SI, Kotaka M, Toyoda T, Yamamoto T, Osafune K Matsui S, Ochiai M, Yasuda K, Mae SI, Kotaka M, Toyoda T, Yamamoto T, Osafune K Differentiation and isolation of iPSC-derived remodeling ductal plate-like cells by use of an AQP1-GFP reporter human iPSC line. Differentiation and isolation of iPSC-derived remodeling ductal plate-like cells by use of an AQP1-GFP reporter human iPSC line. Differentiation and isolation of iPSC-derived remodeling ductal plate-like cells by use of an AQP1-GFP reporter human iPSC line. Stem cell research, 35, 101400 Stem cell research, 35, 101400 Stem cell research, 35, 101400 2019/03 公開
Hirata K, Kodama S, Nakano Y, Minaki-Nakagawa Y, Aoyama Y, Sakikubo M, Goto T, Yoshida M, Masui T, Yamamoto T, Uemoto S, Kawaguchi Y Hirata K, Kodama S, Nakano Y, Minaki-Nakagawa Y, Aoyama Y, Sakikubo M, Goto T, Yoshida M, Masui T, Yamamoto T, Uemoto S, Kawaguchi Y Hirata K, Kodama S, Nakano Y, Minaki-Nakagawa Y, Aoyama Y, Sakikubo M, Goto T, Yoshida M, Masui T, Yamamoto T, Uemoto S, Kawaguchi Y Exocrine tissue-driven TFF2 prevents apoptotic cell death of endocrine lineage during pancreas organogenesis. Exocrine tissue-driven TFF2 prevents apoptotic cell death of endocrine lineage during pancreas organogenesis. Exocrine tissue-driven TFF2 prevents apoptotic cell death of endocrine lineage during pancreas organogenesis. Scientific reports, 9, 1, 1636 Scientific reports, 9, 1, 1636 Scientific reports, 9, 1, 1636 2019/02 公開
Kagawa H, Shimamoto R, Kim SI, Oceguera-Yanez F, Yamamoto T, Schroeder T, Woltjen K Kagawa H, Shimamoto R, Kim SI, Oceguera-Yanez F, Yamamoto T, Schroeder T, Woltjen K Kagawa H, Shimamoto R, Kim SI, Oceguera-Yanez F, Yamamoto T, Schroeder T, Woltjen K OVOL1 Influences the Determination and Expansion of iPSC Reprogramming Intermediates. OVOL1 Influences the Determination and Expansion of iPSC Reprogramming Intermediates. OVOL1 Influences the Determination and Expansion of iPSC Reprogramming Intermediates. Stem cell reports, 12, 2, 319-332 Stem cell reports, 12, 2, 319-332 Stem cell reports, 12, 2, 319-332 2019/02 公開
Yamashiro C, Sasaki K, Yabuta Y, Kojima Y, Nakamura T, Okamoto I, Yokobayashi S, Murase Y, Ishikura Y, Shirane K, Sasaki H, Yamamoto T, Saitou M Yamashiro C, Sasaki K, Yabuta Y, Kojima Y, Nakamura T, Okamoto I, Yokobayashi S, Murase Y, Ishikura Y, Shirane K, Sasaki H, Yamamoto T, Saitou M Yamashiro C, Sasaki K, Yabuta Y, Kojima Y, Nakamura T, Okamoto I, Yokobayashi S, Murase Y, Ishikura Y, Shirane K, Sasaki H, Yamamoto T, Saitou M Generation of human oogonia from induced pluripotent stem cells in vitro. Generation of human oogonia from induced pluripotent stem cells in vitro. Generation of human oogonia from induced pluripotent stem cells in vitro. Science (New York, N.Y.), 362, 6412, 356-360 Science (New York, N.Y.), 362, 6412, 356-360 Science (New York, N.Y.), 362, 6412, 356-360 2018/10 公開
Sogabe Y, Seno H, Yamamoto T, Yamada Y Sogabe Y, Seno H, Yamamoto T, Yamada Y Sogabe Y, Seno H, Yamamoto T, Yamada Y Unveiling epigenetic regulation in cancer, aging, and rejuvenation with in vivo reprogramming technology. Unveiling epigenetic regulation in cancer, aging, and rejuvenation with in vivo reprogramming technology. Unveiling epigenetic regulation in cancer, aging, and rejuvenation with in vivo reprogramming technology. Cancer science, 109, 9, 2641-2650 Cancer science, 109, 9, 2641-2650 Cancer science, 109, 9, 2641-2650 2018/09 公開
Ito Y, Nakamura S, Sugimoto N, Shigemori T, Kato Y, Ohno M, Sakuma S, Ito K, Kumon H, Hirose H, Okamoto H, Nogawa M, Iwasaki M, Kihara S, Fujio K, Matsumoto T, Higashi N, Hashimoto K, Sawaguchi A, Harimoto KI, Nakagawa M, Yamamoto T, Handa M, Watanabe N, Nishi E, Arai F, Nishimura S, Eto K Ito Y, Nakamura S, Sugimoto N, Shigemori T, Kato Y, Ohno M, Sakuma S, Ito K, Kumon H, Hirose H, Okamoto H, Nogawa M, Iwasaki M, Kihara S, Fujio K, Matsumoto T, Higashi N, Hashimoto K, Sawaguchi A, Harimoto KI, Nakagawa M, Yamamoto T, Handa M, Watanabe N, Nishi E, Arai F, Nishimura S, Eto K Ito Y, Nakamura S, Sugimoto N, Shigemori T, Kato Y, Ohno M, Sakuma S, Ito K, Kumon H, Hirose H, Okamoto H, Nogawa M, Iwasaki M, Kihara S, Fujio K, Matsumoto T, Higashi N, Hashimoto K, Sawaguchi A, Harimoto KI, Nakagawa M, Yamamoto T, Handa M, Watanabe N, Nishi E, Arai F, Nishimura S, Eto K Turbulence Activates Platelet Biogenesis to Enable Clinical Scale Ex Vivo Production. Turbulence Activates Platelet Biogenesis to Enable Clinical Scale Ex Vivo Production. Turbulence Activates Platelet Biogenesis to Enable Clinical Scale Ex Vivo Production. Cell, 174, 3, 636-648.e18 Cell, 174, 3, 636-648.e18 Cell, 174, 3, 636-648.e18 2018/07 公開
Shibata H, Komura S, Yamada Y, Sankoda N, Tanaka A, Ukai T, Kabata M, Sakurai S, Kuze B, Woltjen K, Haga H, Ito Y, Kawaguchi Y, Yamamoto T, Yamada Y Shibata H, Komura S, Yamada Y, Sankoda N, Tanaka A, Ukai T, Kabata M, Sakurai S, Kuze B, Woltjen K, Haga H, Ito Y, Kawaguchi Y, Yamamoto T, Yamada Y Shibata H, Komura S, Yamada Y, Sankoda N, Tanaka A, Ukai T, Kabata M, Sakurai S, Kuze B, Woltjen K, Haga H, Ito Y, Kawaguchi Y, Yamamoto T, Yamada Y In vivo reprogramming drives Kras-induced cancer development. In vivo reprogramming drives Kras-induced cancer development. In vivo reprogramming drives Kras-induced cancer development. Nature communications, 9, 1, 2081 Nature communications, 9, 1, 2081 Nature communications, 9, 1, 2081 2018/05 公開
Ikeda T, Hikichi T, Miura H, Shibata H, Mitsunaga K, Yamada Y, Woltjen K, Miyamoto K, Hiratani I, Yamada Y, Hotta A, Yamamoto T, Okita K, Masui S Ikeda T, Hikichi T, Miura H, Shibata H, Mitsunaga K, Yamada Y, Woltjen K, Miyamoto K, Hiratani I, Yamada Y, Hotta A, Yamamoto T, Okita K, Masui S Ikeda T, Hikichi T, Miura H, Shibata H, Mitsunaga K, Yamada Y, Woltjen K, Miyamoto K, Hiratani I, Yamada Y, Hotta A, Yamamoto T, Okita K, Masui S Srf destabilizes cellular identity by suppressing cell-type-specific gene expression programs. Srf destabilizes cellular identity by suppressing cell-type-specific gene expression programs. Srf destabilizes cellular identity by suppressing cell-type-specific gene expression programs. Nature communications, 9, 1, 1387 Nature communications, 9, 1, 1387 Nature communications, 9, 1, 1387 2018/04 公開
太田翔、山本拓也 太田翔、山本拓也 太田翔、山本拓也 体細胞初期化過程における選択的スプライシングの変化とその分子機構 体細胞初期化過程における選択的スプライシングの変化とその分子機構 体細胞初期化過程における選択的スプライシングの変化とその分子機構 生化学, 86, 6, 807-811 生化学, 86, 6, 807-811 生化学, 86, 6, 807-811 2014/12 日本語 公開

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著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
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太田翔、西田栄介、山中伸弥、山本拓也 太田翔、西田栄介、山中伸弥、山本拓也 Ohta S, Nishida E, Yamanaka S, and Yamamoto T. 体細胞初期化過程における選択的スプライシング制御の変化 体細胞初期化過程における選択的スプライシング制御の変化 Global changes of splicing regulation in the reprogramming process 第34回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2011.12.13-16 第34回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2011.12.13-16 第34回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2011.12.13-16 2011/12 英語 公開
太田翔、西田栄介、山中伸弥、山本拓也 太田翔、西田栄介、山中伸弥、山本拓也 太田翔、西田栄介、山中伸弥、山本拓也 体細胞初期化過程における選択的スプライシング制御機構の解明 体細胞初期化過程における選択的スプライシング制御機構の解明 体細胞初期化過程における選択的スプライシング制御機構の解明 第84回日本生化学会大会、京都 2011.9.21-24. 第84回日本生化学会大会、京都 2011.9.21-24. 第84回日本生化学会大会、京都 2011.9.21-24. 2011/09 日本語 公開
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山本拓也、西田栄介 山本拓也、西田栄介 山本拓也、西田栄介 増殖因子からがんへ 増殖因子からがんへ 増殖因子からがんへ 最新医学, 9月, 2194-2202 最新医学, 9月, 2194-2202 最新医学, 9月, 2194-2202 2003/09 日本語 総説・解説(商業誌、新聞、ウェブメディア) 公開
タイトル言語:
講演・口頭発表等
タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 会議名 会議名(日本語) 会議名(英語) 主催者 主催者(日本語) 主催者(英語) 開催年月日 記述言語 会議種別 公開
次世代シークエンサーを用いたiPS細胞研究[招待あり] 次世代シークエンサーを用いたiPS細胞研究 [招待あり] 次世代シークエンサーを用いたiPS細胞研究 [招待あり] 第35回近畿肉腫研究会 第35回近畿肉腫研究会 第35回近畿肉腫研究会 2010/12/18 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
次世代シーケンサーを用いたiPS細胞研究[招待あり] 次世代シーケンサーを用いたiPS細胞研究 [招待あり] 次世代シーケンサーを用いたiPS細胞研究 [招待あり] Japan Sequencing Forum 2010 Japan Sequencing Forum 2010 Japan Sequencing Forum 2010 2010/09/30 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
次世代シークエンサーSOLiDを用いたiPS細胞研究[招待あり] 次世代シークエンサーSOLiDを用いたiPS細胞研究 [招待あり] 次世代シークエンサーSOLiDを用いたiPS細胞研究 [招待あり] 第43回日本発生生物学会ランチョンセミナー 第43回日本発生生物学会ランチョンセミナー 第43回日本発生生物学会ランチョンセミナー 2010/06/23 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
次世代シークエンサーを用いたiPS細胞研究[招待あり] 次世代シークエンサーを用いたiPS細胞研究 [招待あり] 次世代シークエンサーを用いたiPS細胞研究 [招待あり] 第57回日本生化学会近畿支部例会 第57回日本生化学会近畿支部例会 第57回日本生化学会近畿支部例会 2010/05/22 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
タイトル言語:
外部資金:競争的資金 (科学研究費補助金)
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
若手研究(B) 代表 iPS細胞における個性の評価法の開発 2010/04/01〜2011/03/31
特別推進研究 分担 細胞核初期化の分子基盤 2011/04/01〜2012/03/31
挑戦的萌芽研究 代表 体細胞初期化過程における内在性レトロトランスポゾンの役割 (平成26年度分) 2014/04/01〜2016/03/31
新学術領域(領域提案型) 公募 代表 細胞分化可塑性を規定する染色体高次構造の解析 Analysis of higher-order chromatin structures that regulate cell differentiation plasticity 2015/04/01〜2017/03/31
新学術領域研究(研究領域提案型) 代表 細胞分化可塑性を規定する染色体高次構造の解析 (平成27年度分) 2015/04/01〜2016/03/31
挑戦的萌芽研究 代表 体細胞初期化過程における内在性レトロトランスポゾンの役割 (平成27年度分) 2015/04/01〜2016/03/31
新学術領域研究(研究領域提案型) 代表 細胞分化可塑性を規定する染色体高次構造の解析 (平成28年度分) 2016/04/01〜2017/03/31
担当科目
講義名(日本語) 講義名(英語) 開講期 学部/研究科 年度
細胞と物質をつなぐ科学 Integrated Cell-Material Sciences 後期 全学共通科目 2012/04〜2013/03
細胞と物質をつなぐ科学 Integrated Cell-Material Sciences 後期 全学共通科目 2013/04〜2014/03
細胞と物質をつなぐ科学 Integrated Cell-Material Sciences 後期 全学共通科目 2014/04〜2015/03
細胞と物質をつなぐ科学 Integrated Cell-Material Sciences 後期 全学共通科目 2015/04〜2016/03
ゲノム生命科学特論 Advanced course of genome life sciences 通年集中 生命科学研究科 2018/04〜2019/03
ゲノム生命科学特論 Advanced course of genome life sciences 通年集中 生命科学研究科 2019/04〜2020/03
全学運営(役職等)
役職名 期間
部局運営(役職等)
役職名 期間
運営小委員会A(高速シークエンサー委員会) 2011/06/01〜
共通機器管理運営委員会3号委員
情報管理委員会7号委員 2014/04/01〜2020/03/31
倫理審査委員会1号委員 2019/04/01〜2021/03/31
その他活動:講演歴
会合名 講演タイトル 年月
京都大学iPS細胞研究所(CiRA=サイラ)主催 サイエンスカフェ 第2回CiRAカフェ・FIRST 「iPS細胞を解読せよ!  最先端の次世代シーケンサーを用いた謎解き」 2011/11/18
第13回 iCeMSカフェ 『iPS 細胞と「研究」とわたし』 2012/12/08
東海高等学校・中学校 サタデープログラム29th (土曜市民公開講座) iPSの誕生とその未来 2016/06/25
YCAMバイオ・リサーチ・オープンデイvol6 細胞と遺伝子 2017/02/11
川西市生涯学習短期大学レフネック オープン講座 よくわかるiPS細胞講座:iPS細胞が生まれた科学的背景と今後の生物学の発展について 2017/07/07
その他活動:初等・中等教育活動歴
活動名 活動内容 学校名 都道府県名 年月
「未来のサイエンティスト養成事業」、「科学の子育成事業」 出前授業 京都市教育委員会、大津市科学館、共催 京都府、滋賀県 2015/07/29
その他活動:新聞・雑誌等
タイトル 内容 メディア名 掲載欄 年月日
ニッポンのサイエンス iPS細胞研究最前線 日本経済新聞朝刊、日経産業新聞 広告欄 2014/07/28
iPS細胞作製に関与 2種類のたんぱく質 京大が発見 Cell Reports掲載の報道 日本経済新聞 科学欄 2013/10/18
DNAの”切り貼り”パターン iPS作製時に初期化 Cell Reports掲載報道 日刊工業新聞 科学欄 2013/10/18
その他活動:国・地方公共団体での活動
委員会名(日本語) 委員会名(英語) 役職名 公共団体の名称 期間
その他活動:民間企業・NPO等の兼業
相手先名 兼業の内容 期間