林 重彦

最終更新日時: 2015/10/01 18:21:07

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
林 重彦/ハヤシ シゲヒコ/Shigehiko Hayashi
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
国際高等教育院/化学教室/教授
学部兼担
部局 所属 講座等 職名
理学部
連絡先住所
種別 住所(日本語) 住所(英語)
職場 〒606-8502 京都市左京区北白川追分町 京都大学大学院理学研究科化学専攻 Department of Chemistry, Graduate School of Science, Kyoto University, Oiwake-cho, Kitashirakawa, Sakyo-ku, Kyoto 606-8502
連絡先電話番号
種別 番号
職場 075-753-4006
所属学会(国内)
学会名(日本語) 学会名(英語)
日本生物物理学会 Biophysical Society of Japan
分子科学会 Japan Society for Molecular Science
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(理学) 京都大学
博士(理学) 京都大学
職歴
期間 組織名(日本語) 組織名(英語) 職名(日本語) 職名(英語)
論文 > 論文
(文系研究者の一般的な論文集への寄稿や単行本の分担執筆などは「著書等」を参照してください)
著者名 タイトル 書誌情報等 年月 査読の有無 言語
M. Kamiya; H.E. Kato; R. Ishitani; O. Nureki; S. Hayashi Structural and spectral characterizations of C1C2 channelrhodopsin and its mutants by molecular simulations Chemical Physics Letters,556,266-271 2013 英語
I. Iwakura; Y. Kaneko; S. Hayashi; A. Yabushita; T. Kobayashi The reaction mechanism of claisen rearrangement obtained by transition state spectroscopy and single direct-dynamics trajectory Molecules,18,2,1995-2004 2013 英語
M.J. McGrath; I.-F.W. Kuo; S. Hayashi; S. Takada Adenosine triphosphate hydrolysis mechanism in kinesin studied by combined quantum-mechanical/molecular-mechanical metadynamics simulations Journal of the American Chemical Society,135,24,8908-8919 2013 英語
Y. Sudo; A. Okazaki; H. Ono; J. Yagasaki; S. Sugo; M. Kamiya; L. Reissig; K. Inoue; K. Ihara; H. Kandori; S. Takagi; S. Hayashi A blue-shifted light-driven proton pump for neural silencing Journal of Biological Chemistry,288,28,20624-20632 2013 英語
N. Kishi; M. Akita; M. Kamiya; S. Hayashi; H.-F. Hsu; M. Yoshizawa Facile catch and release of fullerenes using a photoresponsive molecular tube Journal of the American Chemical Society,135,35,12976-12979 2013 英語
T. Kosugi; S. Hayashi QM/MM reweighting free energy SCF for geometry optimization on extensive free energy surface of enzymatic reaction Journal of Chemical Theory and Computation,8,1,322-334 2012 英語
T. Kosugi; S. Hayashi Crucial role of protein flexibility in formation of a stable reaction transition state in an α-amylase catalysis Journal of the American Chemical Society,134,16,7045-7055 2012 英語
S. Hayashi; H. Ueno; A.R. Shaikh; M. Umemura; M. Kamiya; Y. Ito; M. Ikeguchi; Y. Komoriya; R. Iino; H. Noji Molecular mechanism of ATP hydrolysis in F<sub>1</sub>-ATPase revealed by molecular simulations and single-molecule observations Journal of the American Chemical Society,134,20,8447-8454 2012 英語
H.E. Kato; F. Zhang; O. Yizhar; C. Ramakrishnan; T. Nishizawa; K. Hirata; J. Ito; Y. Aita; T. Tsukazaki; S. Hayashi; P. Hegemann; A.D. Maturana; R. Ishitani; K. Deisseroth; O. Nureki Crystal structure of the channelrhodopsin light-gated cation channel Nature,482,7385,369-374 2012 英語
T. Kosugi; S. Hayashi Local entropy difference upon a substrate binding of a psychrophilic α-amylase and a mesophilic homologue Chemical Physics Letters,501,4-6,517-522 2011 英語
K. Ando; S. Hayashi; S. Kato A theoretical study on excited state double proton transfer reaction of a 7-azaindole dimer: An ab initio potential energy surface and its empirical valence bond model Physical Chemistry Chemical Physics,13,23,11118-11127 2011 英語
Y. Nishihara; S. Kato; S. Hayashi Protein collective motions coupled to ligand migration in myoglobin Biophysical Journal,98,8,1649-1657 2010 英語
S. Hayashi; E. Tajkhorshid; K. Schulten Photochemical reaction dynamics of the primary event of vision studied by means of a hybrid molecular simulation Biophysical Journal,96,2,403-416 2009 英語
Y. Kaneko; S. Hayashi; I. Ohmine Proton-transfer reactions in reaction center of photosynthetic bacteria Rhodobacter sphaeroides Journal of Physical Chemistry B,113,26,8993-9003 2009 英語
K.J. Fujimoto; S. Hayashi Electronic coulombic coupling of excitation-energy transfer in xanthorhodopsin Journal of the American Chemical Society,131,40,14152-14153 2009 英語
W.C. Lung; S. Hayashi; M. Lundberg; T. Nakatsu; H. Kato; K. Morokuma Mechanism of efficient firefly bioluminescence via adiabatic transition state and seam of sloped conical intersection Journal of the American Chemical Society,130,39,12880-+ 2008/10/01 英語
Y. Nishihara; S. Hayashi; S. Kato A search for ligand diffusion pathway in myoglobin using a metadynamics simulation Chemical Physics Letters,464,4-6,220-225 2008 英語
M. Higashi; S. Hayashi; S. Kato Transition state determination of enzyme reaction on free energy surface: Application to chorismate mutase Chemical Physics Letters,437,4-6,293-297 2007 英語
M. Higashi; S. Hayashi; S. Kato Geometry optimization based on linear response free energy with quantum mechanical/molecular mechanical method: Applications to Menshutkin-type and Claisen rearrangement reactions in aqueous solution Journal of Chemical Physics,126,14 2007 英語
K. Fujimoto; S. Hayashi; J.-Y. Hasegawa; H. Nakatsuji Theoretical studies on the color-tuning mechanism in retinal proteins Journal of Chemical Theory and Computation,3,2,605-618 2007 英語
S. Hayashi Analysis of structure and function of F1-ATPase molecular motor protein studied by molecular simulations Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme,52,4,329-334 2007 英語
K. Fujimoto; J.-y. Hasegawa; S. Hayashi; H. Nakatsuji On the color-tuning mechanism of Human-Blue visual pigment: SAC-CI and QM/MM study Chemical Physics Letters,432,1-3,252-256 2006 英語
K. Fujimoto; J.-Y. Hasegawa; S. Hayashi; S. Kato; H. Nakatsuji Mechanism of color tuning in retinal protein: SAC-CI and QM/MM study Chemical Physics Letters,414,1-3,239-242 2005 英語
M. Dittrich; S. Hayashi; K. Schulten ATP hydrolysis in the β<sub>TP</sub> and β<sub>DP</sub> catalytic sites of F<sub>1</sub>-ATPase Biophysical Journal,87,5,2954-2967 2004 英語
S. Hayashi; E. Tajkhorshid; H. Kandori; K. Schulten Role of hydrogen-bond network in energy storage of bacteriorhodopsin\\'s light-driven proton pump revealed by ab initio normal-mode analysis Journal of the American Chemical Society,126,34,10516-10517 2004 英語
S. Hayashi; E. Tajkhorshid; K. Schulten Molecular dynamics simulation of bacteriorhodopsin\\'s photoisomerization using ab initio forces for the excited chromophore Biophysical Journal,85,3,1440-1449 2003 英語
M. Dittrich; S. Hayashi; K. Schulten On the mechanism of ATP hydrolysis in F<sub>1</sub>-ATPase Biophysical Journal,85,4,2253-2266 2003 英語
S. Hayashi; E. Tajkhorshid; K. Schulten Structural changes during the formation of early intermediates in the bacteriorhodopsin photocycle Biophysical Journal,83,3,1281-1297 2002 英語
J. Saam; E. Tajkhorshid; S. Hayashi; K. Schulten Molecular dynamics investigation of primary photoinduced events in the activation of rhodopsin Biophysical Journal,83,6,3097-3112 2002 英語
S. Hayashi; E. Tajkhorshid; E. Pebay-Peyroula; A. Royant; E.M. Landau; J. Navarro; K. Schulten Structural determinants of spectral tuning in retinal proteins - Bacteriorhodopsin vs sensory rhodopsin II Journal of Physical Chemistry B,105,41,10124-10131 2001 英語
S. Hayashi; I. Ohmine Proton transfer in bacteriorhodopsin: Structure, excitation, IR spectra, and potential energy surface analyses by an ab initio QM/MM method Journal of Physical Chemistry B,104,45,10678-10691 2000 英語
S. Hayashi; S. Kato Theoretical study of intramolecular long-range electron transfer reactions between porphyrin and benzoquinone: Ab Initio calculations of electronic coupling element Journal of Physical Chemistry A,102,17,2878-2887 1998 英語
S. Hayashi; S. Kato Solvent effect on intramolecular long-range electron-transfer reactions between porphyrin and benzoquinone in an acetonitrile solution: Molecular dynamics calculations of reaction rate constants Journal of Physical Chemistry A,102,19,3333-3342 1998 英語
S. Hayashi; K. Ando; S. Kato Reaction dynamics of charge-transfer state formation of 4-(N,N-dimethylamino)benzonitrile in a methanol solution: Theoretical analyses Journal of Physical Chemistry,99,3,955-964 1995 英語
K. Yamaguchi; S. Hayashi; M. Okumura; M. Nakano; W. Mori Electronic structures of poly-cations and -anions of C<sub>60</sub>. Possible mechanisms of organic ferromagnetism Chemical Physics Letters,226,3-4,372-380 1994 英語

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論文 > 国際学会
(文系研究者の一般的な論文集への寄稿や単行本の分担執筆などは「著書等」を参照してください)
著者名 タイトル 書誌情報等 年月 査読の有無 言語

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著者名 タイトル 書誌情報等 年月 査読の有無 言語
稲葉謙次,高橋洋平,林重彦,伊藤維昭 蛋白質ジスルフィド結合導入メカニズムにおける共通 原理 第28回日本分子生物学会年会 シンポジウム「小胞体ストレスとタンパク質の品質 管理」 要旨集p. 24. 12.7-10, 福岡, 2005 2005 日本語
K. Inaba; Y.-H. Takahashi; K. Ito; S. Hayashi Critical role of a thiolate-quinone charge transfer complex and its adduct form in de novo disulfide bond generation by DsbB Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,103,2,287-292 2006 英語
N. Mitome; T. Suzuki; S. Hayashi; M. Yoshida Thermophilic ATP synthase has a decamer c-ring: Indication of noninteger 10:3 H<sup>+</sup>/ATP ratio and permissive elastic coupling Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,101,33,12159-12164 2004 英語

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学会発表等 > その他
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講演等 > 招待講演
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タイトル 会合名 開催主体 年月 言語

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タイトル 会合名 開催主体 年月 言語

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講演等 > パネル
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タイトル 会合名 開催主体 年月 言語

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講演等 > 一般講演
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タイトル 会合名 開催主体 年月 言語

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著書等 > 著書
著者名 タイトル 出版社等 年月 言語

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著書等 > 訳書
著者名 タイトル 出版社等 年月 言語

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著書等 > その他
著者名 タイトル 出版社等 年月 言語

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特許
発明者名 タイトル 審査の段階 番号 年月

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外部資金:競争的資金・科学研究費補助金
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
特定領域研究 分子シミュレーションによるF_1_分子モーターの化学—力学エネルギー変換機構の解 2006〜2010
特定領域研究 代表 分子シミュレーションによるF_1_分子モーターの化学―力学エネルギー変換機構の解 2006/2010〜
基盤研究(B) タンパク質機能発現の分子機構に関する理論的研究 2010〜2012
基盤研究(B) 代表 タンパク質機能発現の分子機構に関する理論的研究 2013〜2015
新学術領域研究(研究領域提案型) 代表 柔らかな分子がもたらす触媒活性の理解と設計 2013〜2017
新学術領域研究(研究領域提案型) 代表 柔らかな分子がもたらす触媒活性の理解と設計 (平成26年度分) 2014/04/01〜2015/03/31
基盤研究(B) 代表 タンパク質機能発現の分子機構に関する理論的研究 (平成26年度分) 2014/04/01〜2015/03/31
担当科目
講義名(日本語) 講義名(英語) 開講期 学部/研究科 年度
理論化学演習ⅡA 前期 理学研究科 2011/04〜2012/03
理論化学演習ⅡB 後期 理学研究科 2011/04〜2012/03
理論化学演習ⅡC 前期 理学研究科 2011/04〜2012/03
理論化学演習ⅡD 後期 理学研究科 2011/04〜2012/03
量子化学概論 後期 理学研究科 2011/04〜2012/03
化学量子論 後期 理学研究科 2011/04〜2012/03
理論化学ゼミナールⅡA 前期 理学研究科 2011/04〜2012/03
理論化学ゼミナールⅡB 後期 理学研究科 2011/04〜2012/03
理論化学ゼミナールⅡC 前期 理学研究科 2011/04〜2012/03
理論化学ゼミナールⅡD 後期 理学研究科 2011/04〜2012/03
化学課題研究4 通年 理学部 2011/04〜2012/03
量子化学I 前期 理学部 2011/04〜2012/03
量子化学II 後期 理学部 2011/04〜2012/03
化学課題研究4 Special study course II (Chemistry) 4 通年 理学部 2012/04〜2013/03
量子化学II Quantum Chemistry II 後期 理学部 2012/04〜2013/03
量子化学I Quantum Chemistry I 前期 理学部 2012/04〜2013/03
量子化学I Quantum Chemistry I 後期 理学部 2012/04〜2013/03
化学課題研究4 Special study course II (Chemistry) 4 通年 理学部 2013/04〜2014/03
量子化学I Quantum Chemistry I 後期 理学部 2013/04〜2014/03
量子化学II Quantum Chemistry II 前期 理学部 2013/04〜2014/03
化学課題研究4 Special study course II (Chemistry) 4 通年 理学部 2014/04〜2015/03
量子化学I Quantum Chemistry I 後期 理学部 2014/04〜2015/03
量子化学II Quantum Chemistry II 前期 理学部 2014/04〜2015/03
量子化学概論 Principles of Quantum Chemistry 前期 理学研究科 2014/04〜2015/03
理論化学ゼミナールIIA Seminar on Theoretical Chemistry IIA 前期 理学研究科 2014/04〜2015/03
理論化学ゼミナールIIB Seminar on Theoretical Chemistry IIB 後期 理学研究科 2014/04〜2015/03
理論化学ゼミナールIIC Seminar on Theoretical Chemistry IIC 前期 理学研究科 2014/04〜2015/03
理論化学ゼミナールIID Seminar on Theoretical Chemistry IID 後期 理学研究科 2014/04〜2015/03
理論化学演習IIA Advanced Theoretical Chemistry IIA 前期 理学研究科 2014/04〜2015/03
理論化学演習IIB Advanced Theoretical Chemistry IIB 後期 理学研究科 2014/04〜2015/03
理論化学演習IIC Advanced Theoretical Chemistry IIC 前期 理学研究科 2014/04〜2015/03
理論化学演習IID Advanced Theoretical Chemistry IID 後期 理学研究科 2014/04〜2015/03
化学課題研究4 Special study course II (Chemistry) 4 通年 理学部 2015/04〜2016/03
化学量子論 Advanced Quantum Chemistry 後期 理学研究科 2015/04〜2016/03
理論化学ゼミナールIIA Seminar on Theoretical Chemistry IIA 前期 理学研究科 2015/04〜2016/03
理論化学ゼミナールIIB Seminar on Theoretical Chemistry IIB 後期 理学研究科 2015/04〜2016/03
理論化学ゼミナールIIC Seminar on Theoretical Chemistry IIC 前期 理学研究科 2015/04〜2016/03
理論化学ゼミナールIID Seminar on Theoretical Chemistry IID 後期 理学研究科 2015/04〜2016/03
理論化学演習IIA Advanced Theoretical Chemistry IIA 前期 理学研究科 2015/04〜2016/03
理論化学演習IIB Advanced Theoretical Chemistry IIB 後期 理学研究科 2015/04〜2016/03
理論化学演習IIC Advanced Theoretical Chemistry IIC 前期 理学研究科 2015/04〜2016/03
理論化学演習IID Advanced Theoretical Chemistry IID 後期 理学研究科 2015/04〜2016/03
量子化学II Quantum Chemistry II 前期 理学部 2015/04〜2016/03
量子化学I Quantum Chemistry I 後期 理学部 2015/04〜2016/03
量子化学概論 Principles of Quantum Chemistry 前期 理学研究科 2015/04〜2016/03

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全学運営(役職等)
役職名 期間
情報教育専門委員会 委員 2008/04/01〜2011/03/31
大学評価委員会点検・評価実行委員会 委員 2015/05/01〜
部局運営(役職等)
役職名 期間
化学専攻副専攻長 2015/04/01〜2016/03/31
福井謙一記念研究センター運営委員会委員 2015/04/01〜2017/03/31
理学研究科将来計画委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
理学研究科大学院教育教務委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
理学研究科情報・広報委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
理学研究科情報セキュリティ委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
理学研究科情報・広報委員会 ネットワーク・Web管理小委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
理学研究科会議構成員 2014/04/01〜2015/03/31
理学研究科将来計画委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
理学研究科自己点検・評価委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
理学研究科大学院教育常任委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
理学研究科大学院教育教務委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
理学研究科情報・広報委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
理学研究科情報セキュリティ委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
理学研究科情報・広報委員会 ネットワーク・Web管理小委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
理学研究科社会交流室運営委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
理学研究科会議構成員 2015/04/01〜2016/03/31

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