渕上 壮太郎

最終更新日時: 2019/06/27 16:37:41

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
渕上 壮太郎/フチガミ ソウタロウ/Fuchigami, Sotaro
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
理学研究科/生体分子4次元構造解析特別講座/特定准教授
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(学術) 東京大学
博士(学術) 東京大学
ORCID ID
https://orcid.org/0000-0001-7688-2079
researchmap URL
https://researchmap.jp/7000000382
研究テーマ
(日本語)
シミュレーションと実験データのデータ同化による生体分子の立体構造およびダイナミクスの解析
(英語)
Data assimilation between simulation and measurement to investigate conformation and dynamics of biomolecules
研究概要
(日本語)
分子シミュレーションを各種の実験(高速原子力間顕微鏡(HS-AFM),イオンモビリティ質量分析(IM-MS),X 線小角散乱(SAXS)など)で得られる観測データと統合(データ同化)することで,実験結果から高精度な情報を得るための方法論の開発・確立とその生体分子構造動力学および細胞生物学の課題への応用に向けて研究を進めている.
(英語)
By combining molecular simulation with observation data obtained by various experiments (high-speed atomic force microscope (HS-AFM), ion mobility mass spectrometry (IM-MS), small-angle X-ray scattering (SAXS), etc.), I am researching to develop methodologies to obtain high-precision information from experimental results and to apply these methods to issues in biomolecular structural dynamics and cell biology.
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
生物物理学 biophysics
生体分子 biomolecule
分子シミュレーション molecular simulation
データ同化 data assimilation
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
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Kazumi Saikusa, Aritaka Nagadoi, Kana Hara, Sotaro Fuchigami, Hitoshi Kurumizaka, Yoshifumi Nishimura, and Satoko Akashi Kazumi Saikusa, Aritaka Nagadoi, Kana Hara, Sotaro Fuchigami, Hitoshi Kurumizaka, Yoshifumi Nishimura, and Satoko Akashi Kazumi Saikusa, Aritaka Nagadoi, Kana Hara, Sotaro Fuchigami, Hitoshi Kurumizaka, Yoshifumi Nishimura, and Satoko Akashi Mass spectrometric approach for characterizing the disordered tail regions Mass spectrometric approach for characterizing the disordered tail regions Mass spectrometric approach for characterizing the disordered tail regions Analytical Chemistry, 87, 4, 2220-2227 Analytical Chemistry, 87, 4, 2220-2227 Analytical Chemistry, 87, 4, 2220-2227 2015/02 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis Slow dynamics in protein fluctuations revealed by time-structure based independent component analysis Biophysical Society 56th Annual Meeting Biophysical Society 56th Annual Meeting Biophysical Society 56th Annual Meeting 2012/02/29 ポスター発表 公開
分子動力学シミュレーションによるタンパク質の遅い運動の解析 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の遅い運動の解析 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の遅い運動の解析 第5回分子科学討論会 第5回分子科学討論会 第5回分子科学討論会 2011/09/20 口頭発表(一般) 公開
ジユビキチンの分子動力学シミュレーション:ユビキチン間相互作用の解析 ジユビキチンの分子動力学シミュレーション:ユビキチン間相互作用の解析 Molecular dynamics simulation study of diubiquitins: Analysis of ubiquitin-ubiquitin interactions 第49回日本生物物理学会年会 第49回日本生物物理学会年会 2011/09/18 口頭発表(一般) 公開
分子動力学シミュレーションによるK48およびK63結合型ジユビキチンの動的構造解析 分子動力学シミュレーションによるK48およびK63結合型ジユビキチンの動的構造解析 Dynamic structure analysis of K48- and K63-linked diubiquitins by molecular dynamics simulation 第11回日本蛋白質科学会年会 第11回日本蛋白質科学会年会 2011/06/09 ポスター発表 公開
分子動力学シミュレーションによるタンパク質の動的構造解析[招待あり] 分子動力学シミュレーションによるタンパク質の動的構造解析 [招待あり] Dynamic structure analysis of proteins by molecular dynamics simulation [招待あり] 第11回日本蛋白質科学会年会 第11回日本蛋白質科学会年会 2011/06/08 口頭発表(招待・特別) 公開
MD-SAXS法によるジユビキチンの動的構造解析:結合様式による違い MD-SAXS法によるジユビキチンの動的構造解析:結合様式による違い Dynamic structure analysis of diubiquitins with different linkages studied by MD-SAXS method 日本生物物理学会第48回年会 日本生物物理学会第48回年会 2010/09/22 ポスター発表 公開
タンパク質の長時間シミュレーションにおいて観測された結晶構造の不安定性 タンパク質の長時間シミュレーションにおいて観測された結晶構造の不安定性 タンパク質の長時間シミュレーションにおいて観測された結晶構造の不安定性 第4回分子科学討論会 第4回分子科学討論会 第4回分子科学討論会 2010/09/16 ポスター発表 公開
K48,K63およびK11結合型ジユビキチンの分子動力学シミュレーション K48,K63およびK11結合型ジユビキチンの分子動力学シミュレーション K48,K63およびK11結合型ジユビキチンの分子動力学シミュレーション 第10回日本蛋白質科学会年会 第10回日本蛋白質科学会年会 第10回日本蛋白質科学会年会 2010/06/16 ポスター発表 公開
異なる結合様式をもつジユビキチンの分子動力学シミュレーション 異なる結合様式をもつジユビキチンの分子動力学シミュレーション Molecular Dynamics Simulation Study of Diubiquitins with Different Linkages 日本生物物理学会第47回年会 日本生物物理学会第47回年会 2009/10/30 ポスター発表 公開
タンパク質の長時間シミュレーションにおいて観測された遅い構造緩和 タンパク質の長時間シミュレーションにおいて観測された遅い構造緩和 タンパク質の長時間シミュレーションにおいて観測された遅い構造緩和 第3回分子科学討論会 第3回分子科学討論会 第3回分子科学討論会 2009/09/23 ポスター発表 公開
タンパク質の分子動力学シミュレーションにおける平衡化過程の定量的解析 タンパク質の分子動力学シミュレーションにおける平衡化過程の定量的解析 Quantitative Analysis of Protein Equilibrating Process in Molecular Dynamics Simulation 第9回日本蛋白質科学会年会 第9回日本蛋白質科学会年会 2009/05/20 ポスター発表 公開
アデニル酸キナーゼの立体構造変化における階層的ダイナミクス アデニル酸キナーゼの立体構造変化における階層的ダイナミクス Hierarchical dynamics in conformational change of adenylate kinase 日本生物物理学会第46回年会 日本生物物理学会第46回年会 2008/12/03 ポスター発表 公開
タンパク質の立体構造変化における階層的ダイナミクス タンパク質の立体構造変化における階層的ダイナミクス タンパク質の立体構造変化における階層的ダイナミクス 第2回分子科学討論会 第2回分子科学討論会 第2回分子科学討論会 2008/09/25 ポスター発表 公開
タンパク質の立体構造変化における運動の階層性 タンパク質の立体構造変化における運動の階層性 Hierarchical dynamics in protein conformational change 第8回日本蛋白質科学会年会 第8回日本蛋白質科学会年会 2008/06/12 ポスター発表 公開
F型ATP合成酵素cリングの空孔に存在するリン脂質は何分子か?:分子動力学シミュレーションによる推定 F型ATP合成酵素cリングの空孔に存在するリン脂質は何分子か?:分子動力学シミュレーションによる推定 How many phospholipids plug a central cavity of c-ring in F-type ATP synthase?: a molecular dynamics simulation approach 日本生物物理学会第45回年会 日本生物物理学会第45回年会 2007/12/23 ポスター発表 公開
タンパク質立体構造変化における経路の多様性とメカニズム:アデニル酸キナーゼの場合 タンパク質立体構造変化における経路の多様性とメカニズム:アデニル酸キナーゼの場合 Pathway variety and mechanism of protein conformational change: the case of adenylate kinase 第7回日本蛋白質科学会年会 第7回日本蛋白質科学会年会 2007/05/24 ポスター発表 公開
All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Conformational Changes in Adenylate Kinase All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Conformational Changes in Adenylate Kinase All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Conformational Changes in Adenylate Kinase 日本生物物理学会第44回年会 日本生物物理学会第44回年会 44th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2006/11/14 ポスター発表 公開
アデニル酸キナーゼの立体構造変化における局所ダイナミクス アデニル酸キナーゼの立体構造変化における局所ダイナミクス Local dynamics in conformational change of adenylate kinase 第6回日本蛋白質科学会年会 第6回日本蛋白質科学会年会 2006/04/26 ポスター発表 公開
タンパク質の特異的運動が機能発現を実現する タンパク質の特異的運動が機能発現を実現する Protein function is driven by the intrinsic dynamics 日本生物物理学会第43回年会 日本生物物理学会第43回年会 2005/11/23 口頭発表(招待・特別) 公開
アデニル酸キナーゼの構造変化ダイナミクス:リガンド結合が誘起する特異的運動 アデニル酸キナーゼの構造変化ダイナミクス:リガンド結合が誘起する特異的運動 Conformational change dynamics in adenylate kinase: Ligand binding induces the intrinsic dynamics 日本生物物理学会第43回年会 日本生物物理学会第43回年会 2005/11/23 ポスター発表 公開
リガンド結合が誘起するタンパク質の特異的運動:アデニル酸キナーゼの分子動力学シミュレーション リガンド結合が誘起するタンパク質の特異的運動:アデニル酸キナーゼの分子動力学シミュレーション Ligand binding induces intrinsic dynamics of proteins: Molecular dynamics simulation of adenylate kinase 第5回日本蛋白質科学会年会 第5回日本蛋白質科学会年会 2005/07/02 ポスター発表 公開
アデニル酸キナーゼの基質結合に伴う構造変化ダイナミクス アデニル酸キナーゼの基質結合に伴う構造変化ダイナミクス Protein dynamics of ligand-induced conformational change in adenylate kinase 日本生物物理学会第42回年会 日本生物物理学会第42回年会 2004/12/15 ポスター発表 公開
Evolutionary correlation between foldability and functionality of proteins: Molecular evolution simulation of zinc-binding proteins Evolutionary correlation between foldability and functionality of proteins: Molecular evolution simulation of zinc-binding proteins Evolutionary correlation between foldability and functionality of proteins: Molecular evolution simulation of zinc-binding proteins The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science 2004/04/15 ポスター発表 公開
タンパク質の折れ畳み能力と機能の共進化:亜鉛結合タンパク質のシミュレーション タンパク質の折れ畳み能力と機能の共進化:亜鉛結合タンパク質のシミュレーション タンパク質の折れ畳み能力と機能の共進化:亜鉛結合タンパク質のシミュレーション 分子構造総合討論会2003 分子構造総合討論会2003 分子構造総合討論会2003 2003/09/27 ポスター発表 公開
亜鉛結合タンパク質の分子進化シミュレーション:機能向上に誘起される折れ畳み能力の進化 亜鉛結合タンパク質の分子進化シミュレーション:機能向上に誘起される折れ畳み能力の進化 亜鉛結合タンパク質の分子進化シミュレーション:機能向上に誘起される折れ畳み能力の進化 日本生物物理学会第41回年会 日本生物物理学会第41回年会 日本生物物理学会第41回年会 2003/09/25 ポスター発表 公開
亜鉛結合タンパク質の分子進化シミュレーション:折れ畳み能力と機能の共進化 亜鉛結合タンパク質の分子進化シミュレーション:折れ畳み能力と機能の共進化 亜鉛結合タンパク質の分子進化シミュレーション:折れ畳み能力と機能の共進化 第3回日本蛋白質科学会年会 第3回日本蛋白質科学会年会 第3回日本蛋白質科学会年会 2003/06/24 ポスター発表 公開
古典分子の電子ダイナミクス:非線形共鳴で誘起される非断熱過程 古典分子の電子ダイナミクス:非線形共鳴で誘起される非断熱過程 古典分子の電子ダイナミクス:非線形共鳴で誘起される非断熱過程 日本物理学会第58回年次大会 日本物理学会第58回年次大会 日本物理学会第58回年次大会 2003/03/30 口頭発表(一般) 公開
古典力学から見た分子のBorn-Oppenheimer描像 古典力学から見た分子のBorn-Oppenheimer描像 古典力学から見た分子のBorn-Oppenheimer描像 分子構造総合討論会2001 分子構造総合討論会2001 分子構造総合討論会2001 2001/09/24 口頭発表(一般) 公開
分子のBorn-Oppneheimer描像と相空間の構造Ⅱ 分子のBorn-Oppneheimer描像と相空間の構造Ⅱ 分子のBorn-Oppneheimer描像と相空間の構造Ⅱ 日本物理学会2001年秋季大会 日本物理学会2001年秋季大会 日本物理学会2001年秋季大会 2001/09/19 口頭発表(一般) 公開
古典力学から見た分子のBorn-Oppenheimer描像 古典力学から見た分子のBorn-Oppenheimer描像 古典力学から見た分子のBorn-Oppenheimer描像 第5回理論化学討論会 第5回理論化学討論会 第5回理論化学討論会 2001/05/19 口頭発表(一般) 公開
分子のBorn‐Oppenheimer描像と相空間の構造 分子のBorn‐Oppenheimer描像と相空間の構造 分子のBorn‐Oppenheimer描像と相空間の構造 日本物理学会第56回年次大会 日本物理学会第56回年次大会 日本物理学会第56回年次大会 2001/03/28 口頭発表(一般) 公開
古典力学から見た分子の非断熱過程 古典力学から見た分子の非断熱過程 古典力学から見た分子の非断熱過程 分子構造総合討論会2000 分子構造総合討論会2000 分子構造総合討論会2000 2000/09/27 ポスター発表 公開

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外部資金:競争的資金 (科学研究費補助金)
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
基盤研究(C) 代表 シミュレーションと実験データのデータ同化によるタンパク質の立体構造解析 Protein structure analysis using data assimilation of simulation and experimental data 2019/04/01〜2022/03/31