由里本 博也

最終更新日時:2017/06/19 18:09:39

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
由里本 博也/ユリモト ヒロヤ/Hiroya Yurimoto
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
農学研究科/応用生命科学専攻応用微生物学講座/准教授
学部兼担
部局 所属 講座等 職名
農学部
連絡先住所
種別 住所(日本語) 住所(英語)
職場 〒606-8502 京都府京都市左京区北白川追分町 Kitashirakawa Oiwake, Sakyo-ku, Kyoto 606-8502, Japan
所属学会(国内)
学会名(日本語) 学会名(英語)
日本農芸化学会 Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry
日本生物工学会 The Society for Biotechnology, Japan
日本分子生物学会 The Molecular Biology Society of Japan
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(農学) 京都大学
博士(農学) 京都大学
出身大学院・研究科等
大学名(日本語) 大学名(英語) 研究科名(日本語) 研究科名(英語) 専攻名(日本語) 専攻名(英語) 修了区分
京都大学 大学院農学研究科修士課程農芸化学専攻 修了
出身学校・専攻等
大学名(日本語) 大学名(英語) 学部名(日本語) 学部名(英語) 学科名(日本語) 学科名(英語) 卒業区分
京都大学 農学部農芸化学科 卒業
職歴
期間 組織名(日本語) 組織名(英語) 職名(日本語) 職名(英語)
プロフィール
(日本語)
1994年京都大学農学部農芸化学科卒業、1996年京都大学大学院農学研究科農芸化学専攻修士課程修了。1996年より京都大学農学部助手、2006年より京都大学大学院農学研究科助教授、2007年より同准教授、現在に至る。2001年3月京都大学博士(農学)取得。2007年3月日本農芸化学会農芸化学奨励賞受賞。
個人ホームページ
URL
http://www.seigyo.kais.kyoto-u.ac.jp/
研究テーマ
(日本語)
微生物の代謝生理・遺伝子発現制御機構の解明と応用機能開発
(英語)
Physiology and metabolism of microorganisms, molecular mechanism of gene regulation and its application
研究概要
(日本語)
メタン、メタノール、ホルムアルデヒドなどのC1化合物を利用する微生物を対象に、代謝、細胞生理、遺伝子発現制御の分子基盤を解明し、自然界における生理・生態と炭素循環における役割を明らかにするとともに、C1微生物やその細胞機能を利用した有用物質・有用タンパク質生産技術の開発や環境浄化技術の開発などの応用機能開発研究を行っている。
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
応用微生物学
微生物代謝
遺伝子発現
環境微生物
環境技術
研究分野(科研費分類コード)
科研費分類コード
応用微生物学
環境技術・環境材料
応用分子細胞生物学
論文 > 論文
(文系研究者の一般的な論文集への寄稿や単行本の分担執筆などは「著書等」を参照してください)
著者名 タイトル 書誌情報等 年月 査読の有無 言語
Ohsawa S, Yurimoto H, Sakai Y Novel function of Wsc proteins as a methanol-sensing machinery in the yeast Pichia pastoris. Molecular microbiology,104,2,349-363 2017/04 英語
Ikezoe T, Yang J, Nishioka C, Pan B, Xu K, Furihata M, Nakamura K, Yurimoto H, Sakai Y, Honda G, Yokoyama A The fifth epidermal growth factor-like region of thrombomodulin exerts cytoprotective function and prevents SOS in a murine model. Bone marrow transplantation,52,1,73-79 2017/01 英語
Oda S, Yurimoto H, Nitta N, Sakai Y Unique C-terminal region of Hap3 is required for methanol-regulated gene expression in the methylotrophic yeast Candida boidinii. Microbiology (Reading, England),162,5,898-907 2016/05 英語
Damtab J, Nutaratat P, Boontham W, Srisuk N, Duangmal K, Yurimoto H, Sakai Y, Muramatsu Y, Nakagawa Y Roseomonas elaeocarpi sp. nov., isolated from olive (Elaeocarpus hygrophilus Kurz.) phyllosphere. International journal of systematic and evolutionary microbiology,66,1,474-480 2015/11 英語
Shiraishi K, Oku M, Uchida D, Yurimoto H, Sakai Y Regulation of nitrate and methylamine metabolism by multiple nitrogen sources in the methylotrophic yeast Candida boidinii. FEMS yeast research,15,7 2015/09 英語
由里本 博也, 阪井 康能 C1微生物-植物共生系によるC1炭素固定と植物生長促進 光合成研究 = News letter,25,2,92-99 2015/08 日本語
Hamilton R, Kits KD, Ramonovskaya VA, Rozova ON, Yurimoto H, Iguchi H, Khmelenina VN, Sakai Y, Dunfield PF, Klotz MG, Knief C, Op den Camp HJ, Jetten MS, Bringel F, Vuilleumier S, Svenning MM, Shapiro N, Woyke T, Trotsenko YA, Stein LY, Kalyuzhnaya MG Draft genomes of gammaproteobacterial methanotrophs isolated from terrestrial ecosystems. Genome announcements,3,3 2015/06 英語
Shiraishi K, Oku M, Kawaguchi K, Uchida D, Yurimoto H, Sakai Y Yeast nitrogen utilization in the phyllosphere during plant lifespan under regulation of autophagy. Scientific reports,5,9719 2015/04 英語
Oda S, Yurimoto H, Nitta N, Sasano Y, Sakai Y Molecular characterization of Hap complex components responsible for methanol-inducible gene expression in the methylotrophic yeast Candida boidinii. Eukaryotic cell 2015/01 英語
Hoefman S, van der Ha D, Iguchi H, Yurimoto H, Sakai Y, Boon N, Vandamme P, Heylen K, De Vos P Methyloparacoccus murrellii gen. nov., sp. nov., a methanotroph isolated from pond water. International journal of systematic and evolutionary microbiology,64,2100-2107 2014/06 英語
由里本 博也, 阪井 康能 植物から放出されるC1化合物と微生物-植物間相互作用による炭素循環 (小特集 グリーンケミカル・イノベーション(2)) Aroma research = アロマリサーチ : journal of aroma science technology and safety,15,1,80-84 2014 日本語
Kawaguchi K, Yurimoto H, Sakai Y Expression of a codon-optimized Aspergillus niger pectin methylesterase gene in the methylotrophic yeast Candida boidinii. Bioscience, biotechnology, and biochemistry,78,718-721 2014 英語
Yoshida N, Iguchi H, Yurimoto H, Murakami A, Sakai Y Aquatic plant surface as a niche for methanotrophs. Frontiers in microbiology,5,30 2014 英語
阪井 康能, 由里本 博也 葉面に棲息するC1微生物 : 共生系による炭素循環と環境バイオへの利用 (特集 微生物で植物と動物を操る環境バイオテクノロジー) Journal of environmental biotechnology,13,2,79-84 2013/12 日本語
Iguchi H, Sato I, Yurimoto H, Sakai Y Stress resistance and C1 metabolism involved in plant colonization of a methanotroph Methylosinus sp. B4S. Archives of microbiology,195,717-726 2013/11 英語
由里本 博也, 井口 博之, 阪井 康能 C1微生物複合生物系が駆動する炭素循環(メタンサイクル) (特集 地球温暖化と土壌微生物) -- (炭素代謝と温室効果ガスCH₄) 遺伝 : 生物の科学,67,5,591-595 2013/09 日本語
由里本 博也, 阪井 康能 C1微生物代謝経路の省エネ型炭素固定系としての利用とその問題点(<特集>日本から発信するエネルギー革新省エネ型炭素固定とe-バイオの融合) 生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi,91,7,384-387 2013/07/25 日本語
Fujimura S, Yurimoto H, Kurimoto S, Matsufuji Y, Ito T, Hayakawa T, Tomizuka N, Sakai Y, Nakagawa T Expression level of methanol-inducible peroxisomal proteins and peroxisome morphology are affected by oxygen conditions and mitochondrial respiratory pathway function in the methylotrophic yeast Candida boidinii. FEMS yeast research,13,359-366 2013/06 英語
Nutaratat P, Srisuk N, Duangmal K, Yurimoto H, Sakai Y, Muramatsu Y, Nakagawa Y Roseomonas musae sp. nov., a new bacterium isolated from a banana phyllosphere. Antonie van Leeuwenhoek,103,617-624 2013/03 英語
Mizuno M, Yurimoto H, Iguchi H, Tani A, Sakai Y Dominant colonization and inheritance of Methylobacterium sp. strain OR01 on perilla plants. Bioscience, biotechnology, and biochemistry,77,1533-1538 2013 英語
Zhai Z, Yurimoto H, Sakai Y Molecular characterization of Candida boidinii MIG1 and its role in the regulation of methanol-inducible gene expression. Yeast (Chichester, England),29,293-301 2012/07 英語
Iguchi H, Sato I, Sakakibara M, Yurimoto H, Sakai Y Distribution of methanotrophs in the phyllosphere. Bioscience, biotechnology, and biochemistry,76,1580-1583 2012 英語
阪井康能;由里本博也 C1微生物複合生物系による省エネ型炭素固定技術 環境資源工学,58,2,59-63 2011/05/25 日本語
由里本博也;阪井康能 光合成経路と相性のよいホルムアルデヒド固定反応 バイオサイエンスとインダストリー,69,1,46-48 2011/01/01 日本語
由里本博也, 阪井康能 C_1微生物と植物の相互作用と炭素循環 : 代謝生化学・分子細胞生物学からの理解 植物の生長調節,45,2,125-131 2010/12/20 日本語
M. Mizuno; H. Yurimoto; N. Yoshida; H. Iguchi; Y. Sakai Distribution of pink-pigmented facultative methylotrophs on leaves of vegetables Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,76,3,578-580 2012/03 英語
Z. Zhai; H. Yurimoto; Y. Sakai Msn5p is involved in formaldehyde resistance but not in oxidative stress response in the methylotrophic yeast Candida boidinii Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,76,2,299-304 2012/02 英語
H. Iguchi; H. Yurimoto; Y. Sakai Stimulation of methanotrophic growth in cocultures by cobalamin excreted by rhizobia Applied and Environmental Microbiology,77,24,8509-8515 2011/12 英語
K. Kawaguchi; H. Yurimoto; M. Oku; Y. Sakai Yeast methylotrophy and autophagy in a methanol-oscillating environment on growing Arabidopsis thaliana leaves PLoS ONE,6,9 2011/09/26 英語
C. Nishizaki; M. Nishikawa; T. Yata; T. Yamada; Y. Takahashi; M. Oku; H. Yurimoto; Y. Sakai; K. Nakanishi; Y. Takakura Inhibition of surgical trauma-enhanced peritoneal dissemination of tumor cells by human catalase derivatives in mice Free Radical Biology and Medicine,51,3,773-779 2011/08/01 英語
H. Iguchi; H. Yurimoto; Y. Sakai Methylovulum miyakonense gen. nov., sp. nov., a type i methanotroph isolated from forest soil International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,61,810-815 2011/04 英語
Y. Fukuta; S. Nanda; Y. Kato; H. Yurimoto; Y. Sakai; H. Komeda; Y. Asano Characterization of a new (R)-hydroxynitrile lyase from the japanese apricot Prunus mume and cDNA cloning and secretory expression of one of the isozymes in Pichia pastoris Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,75,2,214-220 2011/02 英語
H. Yurimoto; M. Oku; Y. Sakai Yeast methylotrophy: Metabolism, gene regulation and peroxisome homeostasis International Journal of Microbiology 2011 英語
I. Orita; A. Kita; H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai; K. Miki Crystal structure of 3-hexulose-6-phosphate synthase, a member of the orotidine 5\\'-monophosphate decarboxylase suprafamily Proteins: Structure, Function and Bioinformatics,78,16,3488-3492 2010/12 英語
H. Iguchi; H. Yurimoto; Y. Sakai Soluble and particulate methane monooxygenase gene clusters of the type I methanotroph Methylovulum miyakonense HT12 FEMS Microbiology Letters,312,1,71-76 2010/11 英語
Z. Song; I. Orita; F. Yin; H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai; K. Izui; K. Li; L. Chen Overexpression of an HPS/PHI fusion enzyme from Mycobacterium gastri in chloroplasts of geranium enhances its ability to assimilate and phytoremediate formaldehyde Biotechnology Letters,32,10,1541-1548 2010/10 英語
T. Yano; M. Oku; N. Akeyama; A. Itoyama; H. Yurimoto; S. Kuge; Y. Fujiki; Y. Sakai A novel fluorescent sensor protein for visualization of redox states in the cytoplasm and in peroxisomes Molecular and Cellular Biology,30,15,3758-3766 2010/08 英語
Y. Sasano; H. Yurimoto; M. Kuriyama; Y. Sakai Trm2p-dependent derepression is essential for methanol-specific gene activation in the methylotrophic yeast Candida boidinii FEMS Yeast Research,10,5,535-544 2010/08 英語
T. Nakagawa; K. Yoshida; A. Takeuchi; T. Ito; S. Fujimura; Y. Matsufuji; N. Tomizuka; H. Yurimoto; Y. Sakai; T. Hayakawa The peroxisomal catalase gene in the methylotrophic yeast Pichia methanolica Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,74,8,1733-1735 2010/08 英語
T. Nakagawa; S. Fujimura; T. Ito; Y. Matsufuji; S. Ozawa; T. Miyaji; J. Nakagawa; N. Tomizuka; H. Yurimoto; Y. Sakai; T. Hayakawa Molecular characterization of two genes with high similarity to the dihydroxyacetone synthase gene in the methylotrophic yeast Pichia methanolica Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,74,7,1491-1493 2010/07 英語
L.-M. Chen; H. Yurimoto; K.-Z. Li; I. Orita; M. Akita; N. Kato; Y. Sakai; K. Izui Assimilation of formaldehyde in transgenic plants due to the introduction of the bacterial ribulose monophosphate pathway genes Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,74,3,627-635 2010/03 英語
T. Yata; M. Nishikawa; C. Nishizaki; M. Oku; H. Yurimoto; Y. Sakai; Y. Takakura Control of hypoxia-induced tumor cell adhesion by cytophilic human catalase Free Radical Biology and Medicine,47,12,1772-1778 2009/12/15 英語
H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai Genomic organization and biochemistry of the ribulose monophosphate pathway and its application in biotechnology Applied Microbiology and Biotechnology,84,3,407-416 2009/09 英語
S.-I. Yamashita; H. Yurimoto; D. Murakami; M. Yoshikawa; M. Oku; Y. Sakai Lag-phase autophagy in the methylotrophic yeast Pichia pastoris Genes to Cells,14,7,861-870 2009/07 英語
H. Yurimoto; Y. Sakai Methanol-inducible gene expression and heterologous protein production in the methylotrophic yeast Candida boidinii Biotechnology and Applied Biochemistry,53,85-92 2009/06 英語
T. Yano; H. Yurimoto; Y. Sakai Activation of the oxidative stress regulator PpYap1 through conserved cysteine residues during methanol metabolism in the yeast Pichia pastoris Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,73,6,1404-1411 2009/06 英語
T. Yano; E. Takigami; H. Yurimoto; Y. Sakai Yap1-regulated glutathione redox system curtails accumulation of formaldehyde and reactive oxygen species in methanol metabolism of Pichia pastoris Eukaryotic Cell,8,4,540-549 2009/04 英語
H. Yurimoto Molecular basis of methanol-inducible gene expression and its application in the methylotrophic yeast Candida boidinii Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,73,4,793-800 2009/04 英語
K. Egawa; H. Shibata; S.-i. Yamashita; H. Yurimoto; Y. Sakai; H. Kato Overexpression and purification of rat peroxisomal membrane protein 22, PMP22, in Pichia pastoris Protein Expression and Purification,64,1,47-54 2009/03 英語
Y. Sasano; H. Yurimoto; M. Yanaka; Y. Sakai Trm1p, a Zn(II)<sub>2</sub>Cys<sub>6</sub>-type transcription factor, is a master regulator of methanol-specific gene activation in the methylotrophic yeast Candida boidinii Eukaryotic Cell,7,3,527-536 2008/03 英語
S. Limtong; N. Srisuk; W. Yongmanitchai; H. Yurimoto; T. Nakase Ogataea chonburiensis sp. nov. and Ogataea nakhonphanomensis sp. nov., thermotolerant, methylotrophic yeast species isolated in Thailand, and transfer of Pichia siamensis and Pichia thermomethanolica to the genus Ogataea International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,58,1,302-307 2008 英語
A. Sawada; T. Oyabu; L.-M. Chen; K.-Z. Li; N. Hirai; H. Yurimoto; I. Orita; Y. Sakai; N. Kato; K. Izui Purification capability of tobacco transformed with enzymes from a methylotrophic bacterium for formaldehyde (International Journal of Phytoremediation (2007) 9, 6, (487-496)) International Journal of Phytoremediation,10,6,598- 2008 英語
T. Kotani; H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai Novel acetone metabolism in a propane-utilizing bacterium, Gordonia sp. strain TY-5 Journal of Bacteriology,189,3,886-893 2007 英語
I. Orita; N. Sakamoto; N. Kato; H. Yurimoto; Y. Sakai Bifunctional enzyme fusion of 3-hexulose-6-phosphate synthase and 6-phospho-3-hexuloisomerase Applied Microbiology and Biotechnology,76,2,439-445 2007 英語
Y. Sasano; H. Yurimoto; Y. Sakai Gene-tagging mutagenesis in the methylotrophic yeast Candida boidinii Journal of Bioscience and Bioengineering,104,1,86-89 2007 英語
I. Orita; T. Sato; H. Yurimoto; N. Kato; H. Atomi; T. Imanaka; Y. Sakai The ribulose monophosphate pathway substitutes for the missing pentose phosphate pathway in the archaeon Thermococcus kodakaraensis Journal of Bacteriology,188,13,4698-4704 2006/07 英語
N. Kato; H. Yurimoto; R.K. Thauer The physiological role of the ribulose monophosphate pathway in bacteria and archaea Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,70,1,10-21 2006 英語
T. Nakagawa; A. Inagaki; T. Ito; S. Fujimura; T. Miyaji; H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai; N. Tomizuka Regulation of two distinct alcohol oxidase promoters in the methylotrophic yeast Pichia methanolica Yeast,23,1,15-22 2006 英語
K. Kawaguchi; Y. Shinoda; H. Yurimoto; Y. Sakai; N. Kato Purification and characterization of benzoate-CoA ligase from Magnetospirillum sp. strain TS-6 capable of aerobic and anaerobic degradation of aromatic compounds FEMS Microbiology Letters,257,2,208-213 2006 英語
T. Kotani; Y. Kawashima; H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai Gene structure and regulation of alkane monooxygenases in propane-utilizing Mycobacterium sp. TY-6 and Pseudonocardia sp. TY-7 Journal of Bioscience and Bioengineering,102,3,184-192 2006 英語
I.J. van der Klei; H. Yurimoto; Y. Sakai; M. Veenhuis The significance of peroxisomes in methanol metabolism in methylotrophic yeast Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Cell Research,1763,12,1453-1462 2006 英語
N. Srisuk; S. Limtong; H. Yurimoto; Y. Sakai; N. Kato Physiological study and alcohol oxidase gene(s) of thermotolerant methylotrophic yeasts isolated in Thailand Kasetsart Journal - Natural Science,40,1,121-135 2006 英語
I. Orita; H. Yurimoto; R. Hirai; Y. Kawarabayasi; Y. Sakai; N. Kato The archaeon Pyrococcus horikoshii possesses a bifunctional enzyme for formaldehyde fixation via the ribulose monophosphate pathway Journal of Bacteriology,187,11,3636-3642 2005 英語
H. Yurimoto; R. Hirai; N. Matsuno; H. Yasueda; N. Kato; Y. Sakai HxlR, a member of the DUF24 protein family, is a DNA-binding protein that acts as a positive regulator of the formaldehyde-inducible hxlAB operon in Bacillus subtilis Molecular Microbiology,57,2,511-519 2005 英語
Y. Shinoda; J. Akagi; Y. Uchihashi; A. Hiraishi; H. Yukawa; H. Yurimoto; Y. Sakai; N. Kato Anaerobic degradation of aromatic compounds by Magnetospirillum strains: Isolation and degradation genes Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,69,8,1483-1491 2005 英語
S. Limtong; N. Srisuk; W. Yongmanitchai; H. Yurimoto; T. Nakase; N. Kato Pichia thermomethanolica sp. nov., a novel thermotolerant, methylotrophic yeast isolated in Thailand International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,55,5,2225-2229 2005 英語
M. Goenrich; R.K. Thauer; H. Yurimoto; N. Kato Formaldehyde activating enzyme (Fae) and hexulose-6-phosphate synthase (Hps) in Methanosarcina barkeri: A possible function in ribose-5-phosphate biosynthesis Archives of Microbiology,184,1,41-48 2005 英語
H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai Assimilation, dissimilation, and detoxification of formaldehyde, a central metabolic intermediate of methylotrophic metabolism Chemical Record,5,6,367-375 2005 英語
T. Nakagawa; T. Ito; S. Fujimura; M. Chikui; T. Mizumura; T. Miyaji; H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai; N. Tomizuka Molecular characterization of the glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase gene FLD1 from the methylotrophic yeast Pichia methanolica Yeast,21,5,445-453 2004 英語
Y. Shinoda; Y. Sakai; H. Uenishi; Y. Uchihashi; A. Hiraishi; H. Yukawa; H. Yurimoto; N. Kato Aerobic and Anaerobic Toluene Degradation by a Newly Isolated Denitrifying Bacterium, Thauera sp. Strain DNT-1 Applied and Environmental Microbiology,70,3,1385-1392 2004 英語
H. Yurimoto; B. Lee; F. Yasuda; Y. Sakai; N. Kato Alcohol dehydrogenases that catalyse methyl formate synthesis participate in formaldehyde detoxification in the methylotrophic yeast Candida boidinii Yeast,21,4,341-350 2004 英語
Y. Sakai; H. Takahashi; Y. Wakasa; T. Kotani; H. Yurimoto; N. Miyachi; P.P. Van Veldhoven; N. Kato Role of α-methylacyl coenzyme A racemase in the degradation of methyl-branched alkanes by Mycobacterium sp. strain P101 Journal of Bacteriology,186,21,7214-7220 2004 英語
S. Limtong; N. Srisuk; W. Yongmanitchai; H. Kawasaki; H. Yurimoto; T. Nakase; N. Kato Three new thermotolerant methylotrophic yeasts, Candida krabiensis sp. nov., Candida sithepensis sp. nov., and Pichia siamensis sp. nov., isolated in Thailand Journal of General and Applied Microbiology,50,3,119-127 2004 英語
H. Yurimoto; M. Yamane; Y. Kikuchi; H. Matsui; N. Kato; Y. Sakai The pro-peptide of Streptomyces mobaraensis transglutaminase functions in cis and in trans to mediate efficient secretion of active enzyme from methylotrophic yeasts Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,68,10,2058-2069 2004 英語
H. Yurimoto; B. Lee; T. Yano; Y. Sakai; N. Kato Physiological role of S-formylglutathione hydrolase in C<sub>1</sub> metabolism of the methylotrophic yeast Candida boidinii Microbiology,149,8,1971-1979 2003 英語
R. Mitsui; Y. Kusano; H. Yurimoto; Y. Sakai; N. Kato; M. Tanaka Formaldehyde Fixation Contributes to Detoxification for Growth of a Nonmethylotroph, Burkholderia cepacia TM1, on Vanillic Acid Applied and Environmental Microbiology,69,10,6128-6132 2003 英語
T. Kotani; T. Yamamoto; H. Yurimoto; Y. Sakai; N. Kato Propane Monooxygenase and NAD<sup>+</sup>-Dependent Secondary Alcohol Dehydrogenase in Propane Metabolism by Gordonia sp. Strain TY-5 Journal of Bacteriology,185,24,7120-7128 2003 英語
T. Komeda; H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai; K. Kondo Cis-acting elements sufficient for induction of FDH1 expression by formate in the methylotrophic yeast Candida boidinii Molecular Genetics and Genomics,270,3,273-280 2003 英語
H. Yurimoto; R. Hirai; H. Yasueda; R. Mitsui; Y. Sakai; N. Kato The ribulose monophosphate pathway operon encoding formaldehyde fixation in a thermotolerant methylotroph, Bacillus brevis S1 FEMS Microbiology Letters,214,2,189-193 2002 英語
T. Nakagawa; T. Mizumura; H. Mukaiyama; T. Miyaji; H. Yurimoto; N. Kato; Y. Sakai; N. Tomizuka Physiological role of the second alcohol oxidase gene MOD2 in the methylotrophic growth of Pichia methanolica Yeast,19,12,1067-1073 2002 英語
T. Nakagawa; Y. Sakai; H. Mukaiyama; T. Mizumura; T. Miyaji; H. Yurimoto; N. Kato; N. Tomizuka Analysis of alcohol oxidase isozymes in gene-disrupted strains of methylotrophic yeast Pichia methanolica Journal of Bioscience and Bioengineering,91,2,225-227 2001 英語
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Y. Sakai; H. Yoshida; H. Yurimoto; N. Yoshida; H. Fukuya; K. Takabe; N. Kato Production of fungal fructosyl amino acid oxidase useful for diabetic diagnosis in the peroxisome of Candida boidinii FEBS Letters,459,2,233-237 1999/10/08 英語
T. Nakagawa; H. Mukaiyama; H. Yurimoto; Y. Sakai; N. Kato Alcohol oxidase hybrid oligomers formed in vivo and in vitro Yeast,15,12,1223-1230 1999/09/15 英語
Y. Sakai; J. Ishikawa; S. Fukasaka; H. Yurimoto; R. Mitsui; H. Yanase; N. Kato A new carboxylesterase from Brevibacterium linens IFO 12171 responsible for the conversion of 1,4-butanediol diacrylate to 4-hydroxybutyl acrylate: Purification, characterization, gene cloning, and gene expression in Escherichia coli Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,63,4,688-697 1999/04 英語
Y. Sakai; H. Yoshida; H. Yurimoto; K. Takabe; N. Kato Subcellular localization of fructosyl amino acid oxidases in peroxisomes of Aspergillus terreus and Penicillium janthinellum Journal of Bioscience and Bioengineering,87,1,108-111 1999 英語
Y. Sakai; H. Yurimoto; H. Matsuo; N. Kato Regulation of peroxisomal proteins and organelle proliferation by multiple carbon sources in the methylotrophic yeast, Candida boidinii Yeast,14,13,1175-1187 1998/09/30 英語
Y. Sakai; K. Ayukawa; H. Yurimoto; K. Yamamoto; N. Kato A novel arylesterase active toward 7-aminocephalosporanic acid from Agrobacterium radiobacter IFO 12607: Purification and characterization Journal of Fermentation and Bioengineering,85,1,58-62 1998 英語
Y. Sakai; K. Ayukawa; R. Mitsui; H. Yurimoto; K. Yamamoto; N. Kato A novel arylesterase active toward 7-aminocephalosporanic acid from agrobacterium radiobacter IFO 12607: Nucleotide sequence, gene expression in escherichia coli, and site-directed mutagenesis Journal of Fermentation and Bioengineering,85,2,138-143 1998 英語
Y. Sakai; A. Saiganji; H. Yurimoto; K. Takabe; H. Saiki; N. Kato The absence of Pmp47, a putative yeast peroxisomal transporter, causes a defect in transport and folding of a specific matrix enzyme Journal of Cell Biology,134,1,37-51 1996/07 英語

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学会発表等 > 学会発表等
(文系研究者の一般的な学会報告の業績は「講演等」を参照してください)
著者名 タイトル 書誌情報等 年月 査読の有無 言語
由里本 博也, 阪井 康能 C1微生物の巧妙なストレス適応機構と多様な生育環境での生存戦略 極限環境生物学会誌 = Journal of Japanese Society for Extremophiles,14,2,54-62 2015/12 日本語
講演等 > 招待講演
(文系研究者の一般的な学会報告はこの項に収録されております)
タイトル 会合名 開催主体 年月 言語
植物から放出されるC1化合物と植物表層のC1微生物 第17回大気化学討論会 2011/10/18 日本語
C1微生物の細胞機能とその利用:循環型物質生産体系の構築に向けて 日本微生物資源学会第16回大会 2009 日本語
Transcription factors involved in regulation of methanol-inducible gene expression in the methylotrophic yeast [Invited] 32nd International Specialized Symposium on Yeasts (ISSY32) 2015/11/16 英語
Development of environmental technology based on symbiotic interactions of C1-microorganisms and plants The 6th Japan−Finland Biotechnology Symposium 2012/06/06 英語
Carbon fixation through symbiotic interactions between C1-microorganisms and plants 日本農芸化学会2011年度大会 2011 英語
Biotechnological application of metabolic functions in C1-microorganisms The 5th Japan−Finland Biotechnology Symposium 2010 英語
C1-microorganisms utilizing methane and methanol emitted from plants Asian Core Program Joint Seminar on Capacity Building and Development of Microbial Potential and Fermentation Technology towards New Era 2009 英語
講演等 > パネル
(文系研究者の一般的な学会報告はこの項に収録されております)
タイトル 会合名 開催主体 年月 言語
C1微生物の巧妙なストレス適応機構と多様な生育環境での生存戦略 [招待あり] 極限環境生物学会第16回シンポジウム「極限環境生物が秘めるストレス適応能力」 2015/06/06 日本語
植物から放出されるC1化合物と葉面微生物-植物間相互作用によるC1炭素循環 [招待あり] 第4回生物起源微量ガスワークショップ スペシャルセッション「植物アロマのメタ代謝」 2014/11/20 日本語
微生物ホルムアルデヒド代謝の戦略的活用 [招待あり] 日本農芸化学会2014年度大会シンポジウム 「アルデヒドのバイオサイエンス —生物の多様なアルデヒド代謝系とその戦略的活用—」 2014/03/30 日本語
植物から放出されるC1化合物と微生物-植物間相互作用による炭素循環 [招待あり] 第252回生存圏シンポジウム 「植物アロマのメタ代謝科学 ~生態学、大気科学、植物科学の融合~」 2014/02/28 日本語
講演等 > 一般講演
(文系研究者の一般的な学会報告はこの項に収録されております)
タイトル 会合名 開催主体 年月 言語
Metabolic alteration by introducing bifunctional formaldehyde-fixing enzyme into the methylotrophic bacterium V International Conference on Environmental, Industrial and Applied Microbiology (BioMicroWorld 2013) 2013/10/03 英語
著書等 > 著書
著者名 タイトル 出版社等 年月 言語
由里本博也、阪井康能 遺伝子組換えってどうやるの? 「ひらく、ひらく「バイオの世界」14歳からの生物工学入門 pp. 64-65, 日本生物工学会 編、化学同人(東京) 2012 日本語
学術賞等
賞の名称(日本語) 賞の名称(英語) 授与組織名(日本語) 授与組織名(英語) 年月
農芸化学奨励賞(日本農芸化学会)Aword for Young Scientists 2007
天野エンザイム株式会社第9回酵素応用シンポジウム研究奨励賞受賞 2008
外部資金:競争的資金・科学研究費補助金
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
若手研究(B) 代表 微生物のC1化合物代謝の分子基盤と遺伝子発現制御機構の解明 
基盤研究(B) 代表 微生物におけるC1化合物代謝制御の分子基盤に立脚した環境技術開発 2010〜2012
基盤研究(B) 代表 メタノールエコノミーでの活用を目指すC1微生物代謝生理の分子基盤解明と新技術開発 2013〜2015
挑戦的萌芽研究 代表 C1化合物とその代謝制御システムを利用した新規代謝工学技術の開発 2013〜2014
基盤研究(B) 代表 C1微生物で拓くメタノールエコノミー:低炭素・循環型社会で活用する基盤技術開発 2016/04/01〜2019/03/01
挑戦的萌芽研究 代表 メタノール酵母の高レベル転写能を利用するメタノールからの機能性RNA生産 2016/04/01〜2018/03/31
基盤研究(B) 代表 メタノールエコノミーでの活用を目指すC1微生物代謝生理の分子基盤解明と新技術開発 (平成27年度分) 2015/04/01〜2016/03/31
挑戦的萌芽研究 代表 メタノール酵母の高レベル転写能を利用するメタノールからの機能性RNA生産 (平成28年度分) 2016/04/01〜2017/03/31
基盤研究(B) 代表 C1微生物で拓くメタノールエコノミー:低炭素・循環型社会で活用する基盤技術開発 (平成28年度分) 2016/04/01〜2017/03/31
外部資金:競争的資金・科学研究費補助金以外
制度名 代表者名 研究課題(日本語) 研究課題(英語) 期間
公益財団法人発酵研究所 平成24年度一般研究助成 由里本博也 微生物のホルムアルデヒド代謝生理機能を利用した環境技術開発 2012〜2013
担当科目
講義名(日本語) 講義名(英語) 開講期 学部/研究科 期間
生化学I Biochemistry I
応用微生物学実験 Laboratory Course in Applied Microbiology
生化学I 前期 農学部 2011/04〜2012/03
応用微生物学実験 後期 農学部 2011/04〜2012/03
応用微生物学III 後期 農学部 2011/04〜2012/03
応用微生物学II 前期 農学部 2011/04〜2012/03
制御発酵学専攻実験 農学研究科 2011/04〜2012/03
制御発酵学専攻演習 農学研究科 2011/04〜2012/03
制御発酵学研究論 農学研究科 2011/04〜2012/03
応用微生物学II Applied Microbiology II 前期 農学部 2012/04〜2013/03
応用微生物学III Applied Microbiology III 後期 農学部 2012/04〜2013/03
応用微生物学実験 Laboratory Course in Applied Microbiology 後期 農学部 2012/04〜2013/03
生化学Ⅰ Biochemistry I 前期 農学部 2012/04〜2013/03
生化学Ⅰ Biochemistry I 前期 農学部 2013/04〜2014/03
応用微生物学II Applied Microbiology II 前期 農学部 2013/04〜2014/03
応用微生物学III Applied Microbiology III 後期 農学部 2013/04〜2014/03
応用微生物学実験 Laboratory Course in Applied Microbiology 後期 農学部 2013/04〜2014/03
制御発酵学講義 Biotechnology of molecular and cellular regulation 後期集中 農学研究科 2013/04〜2014/03
制御発酵学専攻演習 Microbial Biotechnology Seminar 通年 農学研究科 2013/04〜2014/03
制御発酵学専攻実験 Experimental Course of Microbial Biotechnology 通年 農学研究科 2013/04〜2014/03
生化学Ⅰ Biochemistry I 前期 農学部 2014/04〜2015/03
応用微生物学II Applied Microbiology II 前期 農学部 2014/04〜2015/03
応用微生物学III Applied Microbiology III 後期 農学部 2014/04〜2015/03
応用微生物学実験 Laboratory Course in Applied Microbiology 後期 農学部 2014/04〜2015/03
制御発酵学講義 Biotechnology of molecular and cellular regulation 前期集中 農学研究科 2014/04〜2015/03
制御発酵学専攻演習 Microbial Biotechnology Seminar 通年 農学研究科 2014/04〜2015/03
制御発酵学専攻実験 Experimental Course of Microbial Biotechnology 通年 農学研究科 2014/04〜2015/03
制御発酵学専攻実験1 Experimental Course of Microbial Biotechnology1 通年 農学研究科 2015/04〜2016/03
制御発酵学専攻実験 Experimental Course of Microbial Biotechnology 通年 農学研究科 2015/04〜2016/03
制御発酵学専攻演習1 Microbial Biotechnology Seminar1 通年 農学研究科 2015/04〜2016/03
制御発酵学専攻演習 Microbial Biotechnology Seminar 通年 農学研究科 2015/04〜2016/03
制御発酵学講義 Biotechnology of molecular and cellular regulation 前期集中 農学研究科 2015/04〜2016/03
応用微生物学II Applied Microbiology II 前期 農学部 2015/04〜2016/03
応用微生物学III Applied Microbiology III 後期 農学部 2015/04〜2016/03
応用微生物学実験 Laboratory Course in Applied Microbiology 後期 農学部 2015/04〜2016/03
生化学Ⅰ Biochemistry I 前期 農学部 2015/04〜2016/03
ILASセミナー ILAS Seminar 前期 全学共通科目 2016/04〜2017/03
制御発酵学専攻実験1 Experimental Course of Microbial Biotechnology1 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
制御発酵学専攻実験2 Experimental Course of Microbial Biotechnology2 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
制御発酵学専攻実験 Experimental Course of Microbial Biotechnology 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
制御発酵学専攻演習1 Microbial Biotechnology Seminar1 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
制御発酵学専攻演習2 Microbial Biotechnology Seminar2 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
制御発酵学専攻演習 Microbial Biotechnology Seminar 通年 農学研究科 2016/04〜2017/03
制御発酵学講義 Biotechnology of molecular and cellular regulation 前期集中 農学研究科 2016/04〜2017/03
応用微生物学II Applied Microbiology II 前期 農学部 2016/04〜2017/03
応用微生物学III Applied Microbiology III 後期 農学部 2016/04〜2017/03
応用微生物学実験 Laboratory Course in Applied Microbiology 後期 農学部 2016/04〜2017/03
生化学Ⅰ Biochemistry I 前期 農学部 2016/04〜2017/03
制御発酵学専攻実験1 Experimental Course of Microbial Biotechnology1 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
制御発酵学専攻実験2 Experimental Course of Microbial Biotechnology2 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
制御発酵学専攻実験 Experimental Course of Microbial Biotechnology 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
制御発酵学専攻演習1 Microbial Biotechnology Seminar1 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
制御発酵学専攻演習2 Microbial Biotechnology Seminar2 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
制御発酵学専攻演習 Microbial Biotechnology Seminar 通年 農学研究科 2017/04〜2018/03
制御発酵学講義 Biotechnology of molecular and cellular regulation 前期集中 農学研究科 2017/04〜2018/03
応用微生物学II Applied Microbiology II 前期 農学部 2017/04〜2018/03
応用微生物学III Applied Microbiology III 後期 農学部 2017/04〜2018/03
応用微生物学実験 Laboratory Course in Applied Microbiology 後期 農学部 2017/04〜2018/03
生化学I Biochemistry I 前期 農学部 2017/04〜2018/03

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全学運営(役職等)
役職名 期間
京都大学組換えDNA実験安全委員会 委員 2011/04/01〜2013/03/31
京都大学組換えDNA実験安全委員会 委員 2013/04/01〜2015/03/31
京都大学組み換えDNA実験安全委員会 委員 2013/04/01〜2015/03/31
組換えDNA実験安全委員会 委員 2011/04/01〜2013/03/31
組換えDNA実験安全委員会 委員 2013/04/01〜2015/03/31
附属図書館選書小委員会 委員 2013/04/01〜2014/03/31
部局運営(役職等)
役職名 期間
図書委員会 委員 2013/04/01〜2015/03/31