藤渕 航

最終更新日時: 2019/03/27 17:40:48

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
藤渕 航/フジブチ ワタル/Fujibuchi, Wataru
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
iPS細胞研究所/増殖分化機構研究部門/教授
協力講座
部局 所属 講座等 職名
医学研究科 医学専攻 理論細胞解析 教授
医学研究科 医科学専攻 理論細胞解析 教授
学内兼務
部局 所属 講座等 職名
iPS細胞研究所 iPS細胞研究所 未来生命科学開拓部門 教授
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(理学) 京都大学
博士(理学) 京都大学
プロフィール
(日本語)
藤渕航(京都大学iPS細胞研究所教授)1991年広島大学理学部卒業、同年京都大学理学研究科修士課程入学、1995年京都大学化学研究所助手、1998年論文博士(理学)。1999年に渡米し、米国立衛生研究所(NIH)の客員研究員、米連邦政府正職員(スタッフサイエンティスト)を経て、2003年に帰国し、独立行政法人産業技術総合研究所研究員として就任。2007年同生命情報工学研究センター細胞機能設計チーム長として独立。2012年から現職。
(英語)
Professor Wataru Fujibuchi. In 1991, after graduating from Faculty of Science Hiroshima University, entered master’s program at Kyoto University Graduate School of Science. In 1995 appointed Research Associate at Kyoto University Institute for Chemical Research, and in 1998 awarded a science Ph.D. by dissertation. From 1999 spent periods in the United States as Visiting Research Fellow at the National Institutes of Health and staff scientist for the US federal government. Returned to Japan in 2003 and became Researcher at National Institute of Advanced Industrial Science and Technology. In 2007 was appointed Leader of the Cell Function Design Team at the institute’s Computational Biology Research Center. Took up current position in 2012.
研究テーマ
(日本語)
幹細胞インフォマティクス
(英語)
Stem Cell Informatics
研究概要
(日本語)
生命情報工学や生物物理学などの実験及び理論に基づいて、iPS細胞から各種分化細胞を適切に誘導するための羅針盤となる物理・数理法則の導出を行うことを目標としている。そのため、本研究室では1つの細胞種の分化を追うことはせずに全ての細胞種の横断的解析を行い、自然界に存在する体細胞を徹底的に調べ上げて「正しい細胞とは何か」を導き出すための細胞の規則表を作成することを目指している。これを実現するために、全ヒト細胞についてノイズの少ないシングルセルレベルでのトランスクリプトーム及びエピゲノムデータを収集し、異なった体細胞グループについて系統解析を行っている。具体的な研究項目は、 ・幹細胞・細胞分化の時空間情報解析とその基礎理論の構築 ・1 細胞解析による iPS 細胞からの 3D 組織設計の研究 ・ヒト細胞データベースの開発とその医療応用の研究 ・人工知能・機械学習などを用いた細胞医療用支援システムの開発 である。
(英語)
Based on the experiments and theories of bioinformatics, biophysics, etc., we pursue the derivation of physical or mathematical rules serving as a compass to properly induce a variety of cell types from iPS cells. To achieve this goal, our laboratory do not pursue the differentiation of just one type of cells but perform longitudinal analysis of whole types of cells, and extensively research on somatic cells that exist in nature, developing a cell rule table for answering "What are the correct cells." To actualize this, we collect single-cell transcriptome and epigenome data of whole types of human cells with low noise, and perform lineage analysis on different somatic cell groups. More specific topics are: •Spatiotemporal information analysis of stem cells and cell differentiations to construct a basic theory for it. •Study of a 3D tissue design from iPS cells by single-cell analysis. •Development of a human cell database and study of its medical applications. •Development of a cell therapy supporting system with artificial intelligence, machine learning, etc.
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
理論細胞解析 Theoretical Cell Science
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
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Miura K, Ishida K, Fujibuchi W, Ito A, Niikura H, Ogawa H, Sasaki I. Miura K, Ishida K, Fujibuchi W, Ito A, Niikura H, Ogawa H, Sasaki I. Miura K, Ishida K, Fujibuchi W, Ito A, Niikura H, Ogawa H, Sasaki I. Differentiating rectal carcinoma by an immunohistological analysis of carcinomas of pelvic organs based on the NCBI Literature Survey and the Human Protein Atlas database Differentiating rectal carcinoma by an immunohistological analysis of carcinomas of pelvic organs based on the NCBI Literature Survey and the Human Protein Atlas database Differentiating rectal carcinoma by an immunohistological analysis of carcinomas of pelvic organs based on the NCBI Literature Survey and the Human Protein Atlas database Surgery Today, 42, 6, 515-525 Surgery Today, 42, 6, 515-525 Surgery Today, 42, 6, 515-525 2012/06 英語 公開
Hamada S, Satoh K, FUjibuchi W, Hirota M, Kanno A, Unno J, Masamune A, Kikuta K, Kume K, Shimosegawa T. Hamada S, Satoh K, FUjibuchi W, Hirota M, Kanno A, Unno J, Masamune A, Kikuta K, Kume K, Shimosegawa T. Hamada S, Satoh K, FUjibuchi W, Hirota M, Kanno A, Unno J, Masamune A, Kikuta K, Kume K, Shimosegawa T. MiR-126 acts as a tumor suppressor in pancreatic cancer cells via the regulation of ADAM9 MiR-126 acts as a tumor suppressor in pancreatic cancer cells via the regulation of ADAM9 MiR-126 acts as a tumor suppressor in pancreatic cancer cells via the regulation of ADAM9 Molecular Cancer Research, 10, 1, 3-10 Molecular Cancer Research, 10, 1, 3-10 Molecular Cancer Research, 10, 1, 3-10 2012/01 英語 公開
Miura K, Fujibuchi W, Unno M. Miura K, Fujibuchi W, Unno M. Miura K, Fujibuchi W, Unno M. Splice variants in apoptotic pathway Splice variants in apoptotic pathway Splice variants in apoptotic pathway Experimental Oncology, 34, 3, 212-217 Experimental Oncology, 34, 3, 212-217 Experimental Oncology, 34, 3, 212-217 2012 英語 公開
Fujibuchi W, Aburatani S, Yamane J, Imanishi S, Akanuma H, Sone H, Ohsako, S. Fujibuchi W, Aburatani S, Yamane J, Imanishi S, Akanuma H, Sone H, Ohsako, S. Fujibuchi W, Aburatani S, Yamane J, Imanishi S, Akanuma H, Sone H, Ohsako, S. Prediction of Chemical Toxicity by Network-based SVM on ES-cell Validation System. Prediction of Chemical Toxicity by Network-based SVM on ES-cell Validation System. Prediction of Chemical Toxicity by Network-based SVM on ES-cell Validation System. The Proceedings of the 2011 Joint Conference of CBI-Society and JSBi. JSBi-47 The Proceedings of the 2011 Joint Conference of CBI-Society and JSBi. JSBi-47 The Proceedings of the 2011 Joint Conference of CBI-Society and JSBi. JSBi-47 2011/11 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Sugihara M, Fujibuchi W, Suwa M. Sugihara M, Fujibuchi W, Suwa M. Sugihara M, Fujibuchi W, Suwa M. Structural elements of the signal propagation pathway in squid rhodopsin and bovine rhodopsin Structural elements of the signal propagation pathway in squid rhodopsin and bovine rhodopsin Structural elements of the signal propagation pathway in squid rhodopsin and bovine rhodopsin Journal of Physical Chemistry B, 115, 19, 6172-6179 Journal of Physical Chemistry B, 115, 19, 6172-6179 Journal of Physical Chemistry B, 115, 19, 6172-6179 2011/05 英語 公開
Kinouchi M, Miura K, Mizoi T, Ishida K, Fujibuchi W, Ando T, Yazaki N, Saito K, Shiiba K, Sasaki I. Kinouchi M, Miura K, Mizoi T, Ishida K, Fujibuchi W, Ando T, Yazaki N, Saito K, Shiiba K, Sasaki I. Kinouchi M, Miura K, Mizoi T, Ishida K, Fujibuchi W, Ando T, Yazaki N, Saito K, Shiiba K, Sasaki I. Infiltration of CD14-positive macrophages at the invasive front indicates a favorable prognosis in colorectal cancer patients with lymph node metastasis Infiltration of CD14-positive macrophages at the invasive front indicates a favorable prognosis in colorectal cancer patients with lymph node metastasis Infiltration of CD14-positive macrophages at the invasive front indicates a favorable prognosis in colorectal cancer patients with lymph node metastasis Hepato-Gastroenterology, 58, 106, 352-358 Hepato-Gastroenterology, 58, 106, 352-358 Hepato-Gastroenterology, 58, 106, 352-358 2011/03 英語 公開
Miura K, Fujibuchi W, Ishida K, Naitoh T, Ogawa H, Ando T, Yazaki N, Watanabe K, Haneda S, Shibata C, Sasaki I. Miura K, Fujibuchi W, Ishida K, Naitoh T, Ogawa H, Ando T, Yazaki N, Watanabe K, Haneda S, Shibata C, Sasaki I. Miura K, Fujibuchi W, Ishida K, Naitoh T, Ogawa H, Ando T, Yazaki N, Watanabe K, Haneda S, Shibata C, Sasaki I. Inhibitor of apoptosis protein family as diagnostic markers and therapeutic targets of colorectal cancer Inhibitor of apoptosis protein family as diagnostic markers and therapeutic targets of colorectal cancer Inhibitor of apoptosis protein family as diagnostic markers and therapeutic targets of colorectal cancer Surgery Today, 41, 2, 175-182 Surgery Today, 41, 2, 175-182 Surgery Today, 41, 2, 175-182 2011/02 英語 公開
Miura K, Fujibuchi W, Sasaki I. Miura K, Fujibuchi W, Sasaki I. Miura K, Fujibuchi W, Sasaki I. Alternative pre-mRNA splicing in digestive tract malignancy Alternative pre-mRNA splicing in digestive tract malignancy Alternative pre-mRNA splicing in digestive tract malignancy Cancer Science, 102, 2, 309-316 Cancer Science, 102, 2, 309-316 Cancer Science, 102, 2, 309-316 2011/02 英語 公開
Hatano A, Chiba H, Moesa H.A, Taniguchi T, Nagaie S, Yamanegi K, Takai-Igarashi T, Tanaka H, Fujibuchi W. Hatano A, Chiba H, Moesa H.A, Taniguchi T, Nagaie S, Yamanegi K, Takai-Igarashi T, Tanaka H, Fujibuchi W. Hatano A, Chiba H, Moesa H.A, Taniguchi T, Nagaie S, Yamanegi K, Takai-Igarashi T, Tanaka H, Fujibuchi W. CELLPEDIA: A repository for human cell information for cell studies and differentiation analyses CELLPEDIA: A repository for human cell information for cell studies and differentiation analyses CELLPEDIA: A repository for human cell information for cell studies and differentiation analyses Database, 2011, bar046 Database, 2011, bar046 Database, 2011, bar046 2011 英語 公開
Wijaya E, Pessiot J.F, Frith M.C, Fujibuchi W, Asai K, Horton P. Wijaya E, Pessiot J.F, Frith M.C, Fujibuchi W, Asai K, Horton P. Wijaya E, Pessiot J.F, Frith M.C, Fujibuchi W, Asai K, Horton P. In search of true reads: A classification approach to next generation sequencing data selection In search of true reads: A classification approach to next generation sequencing data selection In search of true reads: A classification approach to next generation sequencing data selection 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, BIBMW 2010, 561-566 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, BIBMW 2010, 561-566 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, BIBMW 2010, 561-566 2010/12 英語 公開
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Tochigi Y, Sato N, Sahara T, Wu C, Saito S, Irie T, Fujibuchi W, Goda T, Yamaji R, Ogawa M, Ohmiya Y, Ohgiya S. Tochigi Y, Sato N, Sahara T, Wu C, Saito S, Irie T, Fujibuchi W, Goda T, Yamaji R, Ogawa M, Ohmiya Y, Ohgiya S. Tochigi Y, Sato N, Sahara T, Wu C, Saito S, Irie T, Fujibuchi W, Goda T, Yamaji R, Ogawa M, Ohmiya Y, Ohgiya S. Sensitive and convenient yeast reporter assay for high-throughput analysis by using a secretory luciferase from cypridina noctiluca Sensitive and convenient yeast reporter assay for high-throughput analysis by using a secretory luciferase from cypridina noctiluca Sensitive and convenient yeast reporter assay for high-throughput analysis by using a secretory luciferase from cypridina noctiluca Analytical Chemistry, 82, 13, 5768-5776 Analytical Chemistry, 82, 13, 5768-5776 Analytical Chemistry, 82, 13, 5768-5776 2010/07 英語 公開
Sone H, Okura M, Zaha H, Fujibuchi W, Taniguchi T, Akanuma H, Nagano R, Ohsako S, Yonemoto J. Sone H, Okura M, Zaha H, Fujibuchi W, Taniguchi T, Akanuma H, Nagano R, Ohsako S, Yonemoto J. Sone H, Okura M, Zaha H, Fujibuchi W, Taniguchi T, Akanuma H, Nagano R, Ohsako S, Yonemoto J. Profiles of chemical effects on cells (pCEC): A toxicogenomics database with a toxicoinformatics system for risk evaluation and toxicity prediction of environmental chemicals Profiles of chemical effects on cells (pCEC): A toxicogenomics database with a toxicoinformatics system for risk evaluation and toxicity prediction of environmental chemicals Profiles of chemical effects on cells (pCEC): A toxicogenomics database with a toxicoinformatics system for risk evaluation and toxicity prediction of environmental chemicals Journal of Toxicological Sciences, 35, 1, 115-123 Journal of Toxicological Sciences, 35, 1, 115-123 Journal of Toxicological Sciences, 35, 1, 115-123 2010/02 英語 公開
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Karasawa H, Miura K, Fujibuchi W, Ishida K, Kaneko N, Kinouchi M, Okabe M, Ando T, Murata Y, Sasaki H, Takami K, Yamamura A, Shibata C, Sasaki I. Karasawa H, Miura K, Fujibuchi W, Ishida K, Kaneko N, Kinouchi M, Okabe M, Ando T, Murata Y, Sasaki H, Takami K, Yamamura A, Shibata C, Sasaki I. Karasawa H, Miura K, Fujibuchi W, Ishida K, Kaneko N, Kinouchi M, Okabe M, Ando T, Murata Y, Sasaki H, Takami K, Yamamura A, Shibata C, Sasaki I. Down-regulation of cIAP2 enhances 5-FU sensitivity through the apoptotic pathway in human colon cancer cells Down-regulation of cIAP2 enhances 5-FU sensitivity through the apoptotic pathway in human colon cancer cells Down-regulation of cIAP2 enhances 5-FU sensitivity through the apoptotic pathway in human colon cancer cells Cancer Science, 100, 5, 903-913 Cancer Science, 100, 5, 903-913 Cancer Science, 100, 5, 903-913 2009/05 英語 公開
Hamada S, Satoh K, Hirota M, Fujibuchi W, Kanno A, Umino J, Ito H, Satoh A, Kikuta K, Kume K, Masamune A, Shimosegawa T. Hamada S, Satoh K, Hirota M, Fujibuchi W, Kanno A, Umino J, Ito H, Satoh A, Kikuta K, Kume K, Masamune A, Shimosegawa T. Hamada S, Satoh K, Hirota M, Fujibuchi W, Kanno A, Umino J, Ito H, Satoh A, Kikuta K, Kume K, Masamune A, Shimosegawa T. Expression of the calcium-binding protein S100P is regulated by bone morphogenetic protein in pancreatic duct epithelial cell lines Expression of the calcium-binding protein S100P is regulated by bone morphogenetic protein in pancreatic duct epithelial cell lines Expression of the calcium-binding protein S100P is regulated by bone morphogenetic protein in pancreatic duct epithelial cell lines Cancer Science, 100, 1, 103-110 Cancer Science, 100, 1, 103-110 Cancer Science, 100, 1, 103-110 2009/01 英語 公開
Ohnuma S, Miura K, Horii A, Fujibuchi W, Kaneko N, Gotoh O, Nagasaki H, Mizoi T, Tsukamoto N, Kobayashi T, Kinouchi M, Okabe M, Sasaki H, Shiiba K, Miyagawa K, Sasaki I. Ohnuma S, Miura K, Horii A, Fujibuchi W, Kaneko N, Gotoh O, Nagasaki H, Mizoi T, Tsukamoto N, Kobayashi T, Kinouchi M, Okabe M, Sasaki H, Shiiba K, Miyagawa K, Sasaki I. Ohnuma S, Miura K, Horii A, Fujibuchi W, Kaneko N, Gotoh O, Nagasaki H, Mizoi T, Tsukamoto N, Kobayashi T, Kinouchi M, Okabe M, Sasaki H, Shiiba K, Miyagawa K, Sasaki I. Cancer-associated splicing variants of the CDCA1 and MSMB genes expressed in cancer cell lines and surgically resected gastric cancer tissues Cancer-associated splicing variants of the CDCA1 and MSMB genes expressed in cancer cell lines and surgically resected gastric cancer tissues Cancer-associated splicing variants of the CDCA1 and MSMB genes expressed in cancer cell lines and surgically resected gastric cancer tissues Surgery, 145, 1, 57-68 Surgery, 145, 1, 57-68 Surgery, 145, 1, 57-68 2009/01 英語 公開
Sasaki H, Miura K, Horii A, Kaneko N, Fujibuchi W, Kiseleva L, Gu Z, Murata Y, Karasawa H, Mizoi T, Kobayashi T, Kinouchi M, Ohnuma S, Yazaki N, Unno M, Sasaki I. Sasaki H, Miura K, Horii A, Kaneko N, Fujibuchi W, Kiseleva L, Gu Z, Murata Y, Karasawa H, Mizoi T, Kobayashi T, Kinouchi M, Ohnuma S, Yazaki N, Unno M, Sasaki I. Sasaki H, Miura K, Horii A, Kaneko N, Fujibuchi W, Kiseleva L, Gu Z, Murata Y, Karasawa H, Mizoi T, Kobayashi T, Kinouchi M, Ohnuma S, Yazaki N, Unno M, Sasaki I. Orthotopic implantation mouse model and cDNA microarray analysis indicates several genes potentially involved in lymph node metastasis of colorectal cancer Orthotopic implantation mouse model and cDNA microarray analysis indicates several genes potentially involved in lymph node metastasis of colorectal cancer Orthotopic implantation mouse model and cDNA microarray analysis indicates several genes potentially involved in lymph node metastasis of colorectal cancer Cancer Science, 99, 4, 711-719 Cancer Science, 99, 4, 711-719 Cancer Science, 99, 4, 711-719 2008/04 英語 公開
Satoh K, Hamada S, Kimura K, Kanno A, Hirota M, Umino J, Fujibuchi W, Masamune A, Tanaka N, Miura K, Egawa S, Motoi F, Unno M, Vonderhaar B.K, Shimosegawa T. Satoh K, Hamada S, Kimura K, Kanno A, Hirota M, Umino J, Fujibuchi W, Masamune A, Tanaka N, Miura K, Egawa S, Motoi F, Unno M, Vonderhaar B.K, Shimosegawa T. Satoh K, Hamada S, Kimura K, Kanno A, Hirota M, Umino J, Fujibuchi W, Masamune A, Tanaka N, Miura K, Egawa S, Motoi F, Unno M, Vonderhaar B.K, Shimosegawa T. Up-regulation of MSX2 enhances the malignant phenotype and is associated with twist 1 expression in human pancreatic cancer cells Up-regulation of MSX2 enhances the malignant phenotype and is associated with twist 1 expression in human pancreatic cancer cells Up-regulation of MSX2 enhances the malignant phenotype and is associated with twist 1 expression in human pancreatic cancer cells American Journal of Pathology, 172, 4, 926-939 American Journal of Pathology, 172, 4, 926-939 American Journal of Pathology, 172, 4, 926-939 2008/04 英語 公開
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Ogata H, Fujibuchi W, Goto S, Kanehisa M. Ogata H, Fujibuchi W, Goto S, Kanehisa M. Ogata H, Fujibuchi W, Goto S, Kanehisa M. A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters Nucleic Acids Research, 28, 20, 4021-4028 Nucleic Acids Research, 28, 20, 4021-4028 Nucleic Acids Research, 28, 20, 4021-4028 2000/10 英語 公開
Fujibuchi W, Ogata H, Matsuda H, Kanehisa M. Fujibuchi W, Ogata H, Matsuda H, Kanehisa M. Fujibuchi W, Ogata H, Matsuda H, Kanehisa M. Automatic detection of conserved gene clusters in multiple genomes by graph comparison and P-quasi grouping Automatic detection of conserved gene clusters in multiple genomes by graph comparison and P-quasi grouping Automatic detection of conserved gene clusters in multiple genomes by graph comparison and P-quasi grouping Nucleic Acids Research, 28, 20, 4029-4036 Nucleic Acids Research, 28, 20, 4029-4036 Nucleic Acids Research, 28, 20, 4029-4036 2000/10 英語 公開
Ogata H, Goto S, Sato K, Fujibuchi W, Bono H, Kanehisa M. Ogata H, Goto S, Sato K, Fujibuchi W, Bono H, Kanehisa M. Ogata H, Goto S, Sato K, Fujibuchi W, Bono H, Kanehisa M. KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes. KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes. KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes. Nucleic Acids Research, 27, 1, 29-34 Nucleic Acids Research, 27, 1, 29-34 Nucleic Acids Research, 27, 1, 29-34 1999/01 英語 公開
Ogata H, Goto S, Fujibuchi W, Kanehisa M. Ogata H, Goto S, Fujibuchi W, Kanehisa M. Ogata H, Goto S, Fujibuchi W, Kanehisa M. Computation with the KEGG pathway database. Computation with the KEGG pathway database. Computation with the KEGG pathway database. BioSystems, 47, 1-2, 119-128 BioSystems, 47, 1-2, 119-128 BioSystems, 47, 1-2, 119-128 1998/06 英語 公開
Fujibuchi W, Goto S, Migimatsu H, Uchiyama I, Ogiwara A, Akiyama Y, Kanehisa M. Fujibuchi W, Goto S, Migimatsu H, Uchiyama I, Ogiwara A, Akiyama Y, Kanehisa M. Fujibuchi W, Goto S, Migimatsu H, Uchiyama I, Ogiwara A, Akiyama Y, Kanehisa M. DBGET/LinkDB: an integrated database retrieval system. DBGET/LinkDB: an integrated database retrieval system. DBGET/LinkDB: an integrated database retrieval system. Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 683-694 Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 683-694 Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 683-694 1998/01 英語 公開
Fujibuchi W, Sato K, Ogata H, Goto S, Kanehisa M. Fujibuchi W, Sato K, Ogata H, Goto S, Kanehisa M. Fujibuchi W, Sato K, Ogata H, Goto S, Kanehisa M. KEGG and DBGET/LinkDB: Integration of biological relationships in divergenet molecular biology data. KEGG and DBGET/LinkDB: Integration of biological relationships in divergenet molecular biology data. KEGG and DBGET/LinkDB: Integration of biological relationships in divergenet molecular biology data. Knowledge Sharing Across Biological and Medical Knowledge Based Systems. Technical Report WS-98-04:35-40 Knowledge Sharing Across Biological and Medical Knowledge Based Systems. Technical Report WS-98-04:35-40 Knowledge Sharing Across Biological and Medical Knowledge Based Systems. Technical Report WS-98-04:35-40 1998 英語 公開
Bono H, Goto S, Fujibuchi W, Ogata H, Kanehisa M. Bono H, Goto S, Fujibuchi W, Ogata H, Kanehisa M. Bono H, Goto S, Fujibuchi W, Ogata H, Kanehisa M. Systematic Prediction of Orthologous Units of Genes in the Complete Genomes. Systematic Prediction of Orthologous Units of Genes in the Complete Genomes. Systematic Prediction of Orthologous Units of Genes in the Complete Genomes. Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics, 9, 32-40 Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics, 9, 32-40 Genome Informatics. Workshop on Genome Informatics, 9, 32-40 1998 英語 公開
Fujibuchi W, Kanehisa M. Fujibuchi W, Kanehisa M. Fujibuchi W, Kanehisa M. Prediction of gene expression specificity by promoter sequence patterns. Prediction of gene expression specificity by promoter sequence patterns. Prediction of gene expression specificity by promoter sequence patterns. DNA Research, 4, 2, 81-90 DNA Research, 4, 2, 81-90 DNA Research, 4, 2, 81-90 1997/04 英語 公開
Goto S, Bono H, Ogata H, Fujibuchi W, Nishioka T, Sato K, Kanehisa M. Goto S, Bono H, Ogata H, Fujibuchi W, Nishioka T, Sato K, Kanehisa M. Goto S, Bono H, Ogata H, Fujibuchi W, Nishioka T, Sato K, Kanehisa M. Organizing and Computing metabolic pathway data in terms of binary relations. Organizing and Computing metabolic pathway data in terms of binary relations. Organizing and Computing metabolic pathway data in terms of binary relations. Pacific Symposium on Biocomputing 97, 175-186 Pacific Symposium on Biocomputing 97, 175-186 Pacific Symposium on Biocomputing 97, 175-186 1997 英語 公開
Ogata H, Fujibuchi W, Kanehisa M. Ogata H, Fujibuchi W, Kanehisa M. Ogata H, Fujibuchi W, Kanehisa M. The size differences among mammalian introns are due to the accumulation of small deletions. The size differences among mammalian introns are due to the accumulation of small deletions. The size differences among mammalian introns are due to the accumulation of small deletions. FEBS Letters, 390, 1, 99-103 FEBS Letters, 390, 1, 99-103 FEBS Letters, 390, 1, 99-103 1996/07 英語 公開
Ogata H, Bono H, Fujibuchi W, Goto S, Kanehisa M. Ogata H, Bono H, Fujibuchi W, Goto S, Kanehisa M. Ogata H, Bono H, Fujibuchi W, Goto S, Kanehisa M. Analysis of Binary Relations and Hierarchies of Enzymes in the Metabolic Pathways. Analysis of Binary Relations and Hierarchies of Enzymes in the Metabolic Pathways. Analysis of Binary Relations and Hierarchies of Enzymes in the Metabolic Pathways. Genome Inform. Ser. Workshop Genome Inform., 7, 128-136 Genome Inform. Ser. Workshop Genome Inform., 7, 128-136 Genome Inform. Ser. Workshop Genome Inform., 7, 128-136 1996 英語 公開
Fujibuchi W, Kanehisa M. Fujibuchi W, Kanehisa M. Fujibuchi W, Kanehisa M. A Method to Extract Functional Motifs for Transcriptional Regulation in Eukaryotic Sequences (Commemoration Issue Dedicated to Professor Mituru Takanami On the Occasion of His Retirement) A Method to Extract Functional Motifs for Transcriptional Regulation in Eukaryotic Sequences (Commemoration Issue Dedicated to Professor Mituru Takanami On the Occasion of His Retirement) A Method to Extract Functional Motifs for Transcriptional Regulation in Eukaryotic Sequences (Commemoration Issue Dedicated to Professor Mituru Takanami On the Occasion of His Retirement) Bulletin of the Institute for Chemical Research, Kyoto University, 71, 3, 317-326 Bulletin of the Institute for Chemical Research, Kyoto University, 71, 3, 317-326 Bulletin of the Institute for Chemical Research, Kyoto University, 71, 3, 317-326 1993/10 英語 公開

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講演・口頭発表等
タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 会議名 会議名(日本語) 会議名(英語) 主催者 主催者(日本語) 主催者(英語) 開催年月日 記述言語 会議種別 公開
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コンソーシアムの活動報告 コンソーシアムの活動報告 幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC 2019年度年会・シンポジウム 幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC 2019年度年会・シンポジウム 2019/02/15 日本語 口頭発表(一般) 公開
幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISCへの招待 幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISCへの招待 iPS細胞ビジネス協議会第30回情報交換会 iPS細胞ビジネス協議会第30回情報交換会 2018/12/11 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
幹細胞と機械学習を用いた化学物質の安全性評価 幹細胞と機械学習を用いた化学物質の安全性評価 日本製薬工業協会医薬品評価委員会第127回基礎研究部会総会 日本製薬工業協会医薬品評価委員会第127回基礎研究部会総会 2018/12/10 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Quality Assessment of Stem and Differentiated Cells for Regenerative Medicine by International Stem Cell Bank Initiative Quality Assessment of Stem and Differentiated Cells for Regenerative Medicine by International Stem Cell Bank Initiative Quality Assessment of Stem and Differentiated Cells for Regenerative Medicine by International Stem Cell Bank Initiative HCA Asia Meeting 2018 HCA Asia Meeting 2018 HCA Asia Meeting 2018 2018/11/11 英語 口頭発表(一般) 公開
幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISCへの招待 幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISCへの招待 CBI学会2018年大会 CBI学会2018年大会 2018/10/09 日本語 口頭発表(一般) 公開
SHOGoiN:1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース SHOGoiN:1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース トーゴーの日シンポジウム2018 トーゴーの日シンポジウム2018 2018/10/05 日本語 ポスター発表 公開
Updates by Kyoto Updates by Kyoto Updates by Kyoto JSPS-DADD Workshop JSPS-DADD Workshop JSPS-DADD Workshop 2018/10/01 英語 口頭発表(一般) 公開
遺伝子モジュールに基づく細胞間類似度算出法の開発 遺伝子モジュールに基づく細胞間類似度算出法の開発 第7回生命医薬情報学連合大会 第7回生命医薬情報学連合大会 2018/09/19 日本語 ポスター発表 公開
遺伝子発現データと転移学習を用いた畳み込みニューラルネットワークによる小規模データセットのための毒性予測システム 遺伝子発現データと転移学習を用いた畳み込みニューラルネットワークによる小規模データセットのための毒性予測システム 第7回生命医薬情報学連合大会 第7回生命医薬情報学連合大会 2018/09/19 日本語 ポスター発表 公開
Body-wide Tissue Analysis to Identify Differential And Core Epithelial Transcriptome Body-wide Tissue Analysis to Identify Differential And Core Epithelial Transcriptome 第7回生命医薬情報学連合大会 第7回生命医薬情報学連合大会 2018/09/19 英語 ポスター発表 公開
少ない遺伝子発現データを活用するための畳み込みニューラルネットワークと転移学習による毒性予測システム 少ない遺伝子発現データを活用するための畳み込みニューラルネットワークと転移学習による毒性予測システム 第55回バイオ情報学研究会 第55回バイオ情報学研究会 2018/09/18 日本語 口頭発表(一般) 公開
遺伝子モジュールに基づく細胞間類似度算出法の開発 遺伝子モジュールに基づく細胞間類似度算出法の開発 第55回バイオ情報学研究会 第55回バイオ情報学研究会 2018/09/18 日本語 口頭発表(一般) 公開
幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム(scChemRISC)の活動[招待あり] 幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム(scChemRISC)の活動 [招待あり] 第45回日本毒性学会学術年会 第45回日本毒性学会学術年会 2018/07/18 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
The Human Cell Type Authentication Committee (HCTAC) The Human Cell Type Authentication Committee (HCTAC) The Human Cell Type Authentication Committee (HCTAC) ISCBI Workshop ISCBI Workshop ISCBI Workshop 2018/06/24 英語 口頭発表(一般) 公開
SCCHEMRISC: A JAPANESE CONSORTIUM FOR SHARING STEM CELL-BASED CHEMICAL RISK INFORMATION ASSESSED BY GENE NETWORKS SCCHEMRISC: A JAPANESE CONSORTIUM FOR SHARING STEM CELL-BASED CHEMICAL RISK INFORMATION ASSESSED BY GENE NETWORKS SCCHEMRISC: A JAPANESE CONSORTIUM FOR SHARING STEM CELL-BASED CHEMICAL RISK INFORMATION ASSESSED BY GENE NETWORKS ISSCR 2018 Annual Meeting ISSCR 2018 Annual Meeting ISSCR 2018 Annual Meeting 2018/06/20 英語 ポスター発表 公開
scChemRISC: A Japanese consortium for sharing chemical risk information assessed by gene networks of human stem cells and machine learning[招待あり] scChemRISC: A Japanese consortium for sharing chemical risk information assessed by gene networks of human stem cells and machine learning [招待あり] scChemRISC: A Japanese consortium for sharing chemical risk information assessed by gene networks of human stem cells and machine learning [招待あり] OPENTOX ASIA 2018 OPENTOX ASIA 2018 OPENTOX ASIA 2018 2018/05/25 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
ヒト未分化細胞を用いた化合物安全性評価予測の実際[招待あり] ヒト未分化細胞を用いた化合物安全性評価予測の実際 [招待あり] 第25回HAB研究機構学術年会 第25回HAB研究機構学術年会 2018/05/24 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Deep learning approaches for toxicity prediction of drugs with small-scale gene expression data Deep learning approaches for toxicity prediction of drugs with small-scale gene expression data Deep learning approaches for toxicity prediction of drugs with small-scale gene expression data OPENTOX ASIA 2018 OPENTOX ASIA 2018 OPENTOX ASIA 2018 2018/05/24 英語 ポスター発表 公開
Concept of project in Japan Concept of project in Japan Concept of project in Japan Japan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative Japan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative Japan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative 2018/04/23 英語 口頭発表(一般) 公開
ヒト細胞種の情報統合データベース[招待あり] ヒト細胞種の情報統合データベース [招待あり] 多次元生命システム研究戦略 分子・細胞アトラスに関する意見交換会 多次元生命システム研究戦略 分子・細胞アトラスに関する意見交換会 2018/03/28 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
ヒト細胞の明確な分類および細胞認定法の確立 ヒト細胞の明確な分類および細胞認定法の確立 第17回日本再生医療学会総会 第17回日本再生医療学会総会 2018/03/22 日本語 公開
単一細胞レベルでのヒト正常細胞データベースと細胞情報解析の実際[招待あり] 単一細胞レベルでのヒト正常細胞データベースと細胞情報解析の実際 [招待あり] 平成29-33年度文部科学省新学術領域研究 予防を科学する炎症細胞社会学 公開シンポジウム 平成29-33年度文部科学省新学術領域研究 予防を科学する炎症細胞社会学 公開シンポジウム 2018/02/09 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
SHOGoiN database[招待あり] SHOGoiN database [招待あり] SHOGoiN database [招待あり] HCA ASIA MEETING OKINAWA JAPAN HCA ASIA MEETING OKINAWA JAPAN HCA ASIA MEETING OKINAWA JAPAN 2017/12/01 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
大規模白化後の開放性環境と遮蔽性環境でのサンゴ群集の変遷と価値評価 大規模白化後の開放性環境と遮蔽性環境でのサンゴ群集の変遷と価値評価 日本サンゴ礁学会第20回大会 日本サンゴ礁学会第20回大会 2017/11/23 日本語 口頭発表(一般) 公開
Classification design of human cell types in compliance with MIACARM (Minimum Information About a Cellular Assay for Regenerative Medicine) quality guidelines Classification design of human cell types in compliance with MIACARM (Minimum Information About a Cellular Assay for Regenerative Medicine) quality guidelines Classification design of human cell types in compliance with MIACARM (Minimum Information About a Cellular Assay for Regenerative Medicine) quality guidelines CiRA 2017 International Symposium CiRA 2017 International Symposium CiRA 2017 International Symposium 2017/11/07 英語 ポスター発表 公開
Machine learning prediction for toxicities of compounds using human embryonic stem cells Machine learning prediction for toxicities of compounds using human embryonic stem cells Machine learning prediction for toxicities of compounds using human embryonic stem cells CiRA 2017 International Symposium CiRA 2017 International Symposium CiRA 2017 International Symposium 2017/11/06 英語 ポスター発表 公開
Comparison of cell type classification methods by single-cell transcriptome toward the establishment of an evaluation method for cell quality Comparison of cell type classification methods by single-cell transcriptome toward the establishment of an evaluation method for cell quality Comparison of cell type classification methods by single-cell transcriptome toward the establishment of an evaluation method for cell quality CiRA 2017 International Symposium CiRA 2017 International Symposium CiRA 2017 International Symposium 2017/11/06 英語 ポスター発表 公開
Ab initio 3D reconstruction algorithm for mid-gastrula mouse embryo using machine learning Ab initio 3D reconstruction algorithm for mid-gastrula mouse embryo using machine learning Ab initio 3D reconstruction algorithm for mid-gastrula mouse embryo using machine learning CiRA 2017 International Symposium CiRA 2017 International Symposium CiRA 2017 International Symposium 2017/11/06 英語 ポスター発表 公開
幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムの紹介[招待あり] 幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムの紹介 [招待あり] バイオチップコンソーシアム(JMAC)第103回ワーキンググループ会議 バイオチップコンソーシアム(JMAC)第103回ワーキンググループ会議 2017/10/20 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
ヒト三次元組織のイン・シリコ再現技術の開発について[招待あり] ヒト三次元組織のイン・シリコ再現技術の開発について [招待あり] 川崎ライフイノベーションセンター 川崎ライフイノベーションセンター 2017/10/20 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース「SHOGoiN」[招待あり] 1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース「SHOGoiN」 [招待あり] トーゴーの日シンポジウム2017 トーゴーの日シンポジウム2017 2017/10/05 日本語 ポスター発表 公開
Forecasting coral reef system through multiple-kernel support vector regression Forecasting coral reef system through multiple-kernel support vector regression Forecasting coral reef system through multiple-kernel support vector regression 第6回生命医薬情報学連合大会 第6回生命医薬情報学連合大会 IIBMP 2017 2017/09/28 ポスター発表 公開
Comparison of clustering methods for single-cell transcriptome analysis Comparison of clustering methods for single-cell transcriptome analysis Comparison of clustering methods for single-cell transcriptome analysis 情報処理学会 第51回バイオ情報学研究会 (SIGBIO) 情報処理学会 第51回バイオ情報学研究会 (SIGBIO) SIGBIO 2017/09/26 口頭発表(一般) 公開
Multiple kernel support vector machine can generate weights of feature matrices for toxicity prediction Multiple kernel support vector machine can generate weights of feature matrices for toxicity prediction Multiple kernel support vector machine can generate weights of feature matrices for toxicity prediction 情報処理学会 第51回バイオ情報学研究会 (SIGBIO) 情報処理学会 第51回バイオ情報学研究会 (SIGBIO) SIGBIO 2017/09/26 口頭発表(一般) 公開
1細胞DNAメチローム解析による細胞個体差のエピジェネティック解析 1細胞DNAメチローム解析による細胞個体差のエピジェネティック解析 Epigenetic analysis of cellular individual differences by single-cell methylome analysis 日本遺伝学会第89回大会 日本遺伝学会第89回大会 The 89th Annual Meeting of the Genetics Society of Japan 2017/09/15 口頭発表(一般) 公開
Improving models of cell type domains with machine learning and scRNA-Seq Improving models of cell type domains with machine learning and scRNA-Seq Improving models of cell type domains with machine learning and scRNA-Seq AMGEN SCHOLARS JAPAN SYMPOSIUM 2017 AMGEN SCHOLARS JAPAN SYMPOSIUM 2017 AMGEN SCHOLARS JAPAN SYMPOSIUM 2017 2017/08/10 英語 ポスター発表 公開
ヒトES/iPS細胞を用いた新しい簡易毒性試験とコンソーシアムの実現に向けて[招待あり] ヒトES/iPS細胞を用いた新しい簡易毒性試験とコンソーシアムの実現に向けて [招待あり] 食品リスク研究部会勉強会 食品リスク研究部会勉強会 2017/07/14 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
"SHOGoiN", a Human Cell Type Database Based on Single-Cell Data and Beyond[招待あり] "SHOGoiN", a Human Cell Type Database Based on Single-Cell Data and Beyond [招待あり] "SHOGoiN", a Human Cell Type Database Based on Single-Cell Data and Beyond [招待あり] 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム RIKEN Single Cell Science Symposium 2017/07/07 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Development of ab initio 3D Reconstruction Algorithm for Mid-gastrula Mouse Embryo from Transcriptome Using Kernel Self-organizing Map Development of ab initio 3D Reconstruction Algorithm for Mid-gastrula Mouse Embryo from Transcriptome Using Kernel Self-organizing Map Development of ab initio 3D Reconstruction Algorithm for Mid-gastrula Mouse Embryo from Transcriptome Using Kernel Self-organizing Map 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム RIKEN Single Cell Science Symposium 2017/07/07 英語 口頭発表(一般) 公開
Transforming Research through Single Cell Technologies[招待あり] Transforming Research through Single Cell Technologies [招待あり] Transforming Research through Single Cell Technologies [招待あり] 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム RIKEN Single Cell Science Symposium 2017/07/07 英語 シンポジウム・ワークショップパネル(指名) 公開
Identifying subtypes of tissue stem cells with single-cell analysis Identifying subtypes of tissue stem cells with single-cell analysis Identifying subtypes of tissue stem cells with single-cell analysis 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム RIKEN Single Cell Science Symposium 2017/07/06 英語 ポスター発表 公開
Profiing of endogenous retrovirus-derived long non-coding RNAs in brain tissue Profiing of endogenous retrovirus-derived long non-coding RNAs in brain tissue Profiing of endogenous retrovirus-derived long non-coding RNAs in brain tissue 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム RIKEN Single Cell Science Symposium 2017/07/06 英語 ポスター発表 公開
Clear classification of human cells and establishment of cell identification system Clear classification of human cells and establishment of cell identification system Clear classification of human cells and establishment of cell identification system 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム RIKEN Single Cell Science Symposium 2017/07/06 英語 ポスター発表 公開
Development of new enhanced single-cell RRBS protocol toward in-silico 3D tissue reconstruction Development of new enhanced single-cell RRBS protocol toward in-silico 3D tissue reconstruction Development of new enhanced single-cell RRBS protocol toward in-silico 3D tissue reconstruction 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム 理研 シングルセル サイエンス シンポジウム RIKEN Single Cell Science Symposium 2017/07/06 英語 ポスター発表 公開
Development of 3D Reconstruction Method for Mid-gastrula Mouse Embryo from Transcriptome Using Self-organizing Map Development of 3D Reconstruction Method for Mid-gastrula Mouse Embryo from Transcriptome Using Self-organizing Map Development of 3D Reconstruction Method for Mid-gastrula Mouse Embryo from Transcriptome Using Self-organizing Map The 12th International Workshop on Advanced Genomics The 12th International Workshop on Advanced Genomics The 12th International Workshop on Advanced Genomics 2017/06/27 英語 ポスター発表 公開
Development of enhanced single-cell RRBS method toward 3D tissue reconstruction Development of enhanced single-cell RRBS method toward 3D tissue reconstruction Development of enhanced single-cell RRBS method toward 3D tissue reconstruction The 12th International Workshop on Advanced Genomics The 12th International Workshop on Advanced Genomics The 12th International Workshop on Advanced Genomics 2017/06/27 英語 ポスター発表 公開
ヒトES細胞を用いた高精度な化合物毒性予測[招待あり] ヒトES細胞を用いた高精度な化合物毒性予測 [招待あり] 安全性評価研究会 2017年 春のセミナー 安全性評価研究会 2017年 春のセミナー 2017/04/15 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
ヒトES細胞を用いた高精度の化合物毒性予測システムの構築[招待あり] ヒトES細胞を用いた高精度の化合物毒性予測システムの構築 [招待あり] 日本薬学会第137年会 日本薬学会第137年会 2017/03/25 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
ベイジアンネットワークと機械学習を組み合わせたヒト 胚性幹細胞からの発達毒性予測の実際[招待あり] ベイジアンネットワークと機械学習を組み合わせたヒト 胚性幹細胞からの発達毒性予測の実際 [招待あり] サントリーワールドリサーチセンター サントリーワールドリサーチセンター 2017/01/10 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Development of 3D Tissue Reconstruction Method from Single- cell RNA-seq Data Development of 3D Tissue Reconstruction Method from Single- cell RNA-seq Data Development of 3D Tissue Reconstruction Method from Single- cell RNA-seq Data 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2016/12/02 英語 口頭発表(一般) 公開
Development of Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing Method for Single-cell Methylome Analysis Development of Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing Method for Single-cell Methylome Analysis Development of Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing Method for Single-cell Methylome Analysis 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2016/12/02 英語 口頭発表(一般) 公開
Stem cell informatics: learning gene networks in human embryonic stem cells for predicting chemical effects on babies[招待あり] Stem cell informatics: learning gene networks in human embryonic stem cells for predicting chemical effects on babies [招待あり] Stem cell informatics: learning gene networks in human embryonic stem cells for predicting chemical effects on babies [招待あり] 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2016/12/02 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Developing global cellular information retrieval system with minimum reporting guidelines on cellular data for regenerative medicine Developing global cellular information retrieval system with minimum reporting guidelines on cellular data for regenerative medicine Developing global cellular information retrieval system with minimum reporting guidelines on cellular data for regenerative medicine 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2ND CHALLENGES IN COMPUTATIONAL BIOLOGY: GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS 2016/12/01 英語 ポスター発表 公開
カーネル法を用いたサポートベクトル回帰による海洋統合解析 カーネル法を用いたサポートベクトル回帰による海洋統合解析 第19回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2016) 第19回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2016) 2016/11/17 公開
DEVELOPMENT OF 3D-RECONSTRUCTION METHOD FOR MOUSE BLASTOCYST FROM SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME DATA DEVELOPMENT OF 3D-RECONSTRUCTION METHOD FOR MOUSE BLASTOCYST FROM SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME DATA DEVELOPMENT OF 3D-RECONSTRUCTION METHOD FOR MOUSE BLASTOCYST FROM SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME DATA International Conference on Single Cell Research 2016 International Conference on Single Cell Research 2016 International Conference on Single Cell Research 2016 2016/11/17 公開
研究の全体像 :ベイジアンネットワークと機械学習の組み合わせによる高精度化[招待あり] 研究の全体像 :ベイジアンネットワークと機械学習の組み合わせによる高精度化 [招待あり] CBI学会2016年大会 CBI学会2016年大会 2016/10/27 口頭発表(招待・特別) 公開
Efforts to develop minimum information guidelines for stem cell data[招待あり] Efforts to develop minimum information guidelines for stem cell data [招待あり] Efforts to develop minimum information guidelines for stem cell data [招待あり] Korea National Center for Stem Cell and Regenerative Medicine' & 2016 ISCBI Workshop Korea National Center for Stem Cell and Regenerative Medicine' & 2016 ISCBI Workshop Korea National Center for Stem Cell and Regenerative Medicine' & 2016 ISCBI Workshop 2016/10/19 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
マウス胚盤胞を用いた1細胞メチローム解析 マウス胚盤胞を用いた1細胞メチローム解析 Single-cell methylome analysis of mouse blastocyst 日本遺伝学会第88回大会 日本遺伝学会第88回大会 The 88th Annual Meeting of The Genetics Society of Japan 2016/09/07 口頭発表(一般) 公開
国際幹細胞データガイドライン「MIACARM」の開発 国際幹細胞データガイドライン「MIACARM」の開発 New minimum information standards for regenerative medicine CiRA プレス発表 CiRA プレス発表 CiRA press release 2016/07/12 日本語 メディア報道等 公開
Minimum Information Guidelines for Stem Cell Data Unification[招待あり] Minimum Information Guidelines for Stem Cell Data Unification [招待あり] Minimum Information Guidelines for Stem Cell Data Unification [招待あり] 国際幹細胞バンクイニシアチブ会議 国際幹細胞バンクイニシアチブ会議 2016/06/27 口頭発表(招待・特別) 公開
International collaboration for developing the standardized reporting guideline on cellular assays and global cellular data retrieval system for regenerative medicine International collaboration for developing the standardized reporting guideline on cellular assays and global cellular data retrieval system for regenerative medicine ISSCR2016 Annual Meeting ISSCR2016 Annual Meeting 2016/06/22 ポスター発表 公開
How to Globalize HuBMAP Project[招待あり] How to Globalize HuBMAP Project [招待あり] How to Globalize HuBMAP Project [招待あり] NIH Common Fund Planning Workshop NIH Common Fund Planning Workshop NIH Common Fund Planning Workshop 2016/06/15 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
ES細胞と遺伝子ネットワークを用いた、高精度の化合物毒性予測システムの構築 ES細胞と遺伝子ネットワークを用いた、高精度の化合物毒性予測システムの構築 Machine learning measures drug toxicity CiRA プレス発表 CiRA プレス発表 CiRA press release 2016/06/10 日本語 メディア報道等 公開
幹細胞と遺伝子ネットワークを用いた構造活性相関を使用しない化合物毒性予測システム[招待あり] 幹細胞と遺伝子ネットワークを用いた構造活性相関を使用しない化合物毒性予測システム [招待あり] 第372回CBI学会講演会 第372回CBI学会講演会 2016/05/24 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Developing an integrated database system for classifying human cells with a defined taxonomy and model animal cells Developing an integrated database system for classifying human cells with a defined taxonomy and model animal cells Developing an integrated database system for classifying human cells with a defined taxonomy and model animal cells CiRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM CiRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM CiRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM 2016/03/22 ポスター発表 公開
A Cell Type Classification Method Based on Tissue Transcriptome Data and its Application to Germ Layers A Cell Type Classification Method Based on Tissue Transcriptome Data and its Application to Germ Layers A Cell Type Classification Method Based on Tissue Transcriptome Data and its Application to Germ Layers CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM 2016/03/22 ポスター発表 公開
International collaboration for developing the standardized reporting guideline on cellular assays for regenerative medicine International collaboration for developing the standardized reporting guideline on cellular assays for regenerative medicine International collaboration for developing the standardized reporting guideline on cellular assays for regenerative medicine CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM 2016/03/22 ポスター発表 公開
Developing enhanced-scRRBS method towards in-silico 3D reconstruction of mouse and human tissues Developing enhanced-scRRBS method towards in-silico 3D reconstruction of mouse and human tissues Developing enhanced-scRRBS method towards in-silico 3D reconstruction of mouse and human tissues CiRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM CiRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM CiRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOSIUM 2016/03/22 ポスター発表 公開
A computational method for dissecting single-cell populations based on transcriptomic data A computational method for dissecting single-cell populations based on transcriptomic data A computational method for dissecting single-cell populations based on transcriptomic data CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOIUM CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOIUM CIRA/ISSCR 2016 INTERNATIONAL SYMPOIUM 2016/03/22 ポスター発表 公開
次世代シークエンサーを用いたマウス初期胚の全個体1細胞解析 次世代シークエンサーを用いたマウス初期胚の全個体1細胞解析 第15回日本再生医療学会総会 第15回日本再生医療学会総会 2016/03/17 口頭発表(一般) 公開
ヒト細胞の明確な分類およびモデル動物細胞との情報統合システムの構築 ヒト細胞の明確な分類およびモデル動物細胞との情報統合システムの構築 第15回日本再生医療学会総会 第15回日本再生医療学会総会 2016/03/17 口頭発表(一般) 公開
ヒト細胞情報統合データベースSHOGoiNと細胞データの最小情報交換規格MIACARMの構築 ヒト細胞情報統合データベースSHOGoiNと細胞データの最小情報交換規格MIACARMの構築 第15回日本再生医療学会総会 第15回日本再生医療学会総会 2016/03/17 ポスター発表 公開
SHOGoiN Database: a database to integrate standardized data and diverse knowledge of cells SHOGoiN Database: a database to integrate standardized data and diverse knowledge of cells Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression 2016/03/15 ポスター発表 公開
Enhanced-scRRBS for Massive Single Cell Methylome Analysis Towards in silico 3D-Reconstructions of Mouse and Human Tissues Enhanced-scRRBS for Massive Single Cell Methylome Analysis Towards in silico 3D-Reconstructions of Mouse and Human Tissues Pacifichem2015 Pacifichem2015 2015/12/15 口頭発表(一般) 公開
幹細胞データベース間における情報共有と1細胞解析データの重要性[招待あり] 幹細胞データベース間における情報共有と1細胞解析データの重要性 [招待あり] 第38回日本分子生物学会年会/第88回日本生化学会大会合同大会 第38回日本分子生物学会年会/第88回日本生化学会大会合同大会 2015/12/02 口頭発表(招待・特別) 公開
Network analysis of marine environmental factors based on MCMC sampling Network analysis of marine environmental factors based on MCMC sampling IIBMP2015(JSBi2015) IIBMP2015(JSBi2015) 2015/10/29 ポスター発表 公開
Development of a pipeline for analysis of meta- and single-cell genomic sequences Development of a pipeline for analysis of meta- and single-cell genomic sequences IIBMP2015(JSBi2015) IIBMP2015(JSBi2015) 2015/10/29 ポスター発表 公開
Minimum Information Guideline for Regenerative Medicine and Genome Privacy Minimum Information Guideline for Regenerative Medicine and Genome Privacy IIBMP2015(JSBi2015) IIBMP2015(JSBi2015) 2015/10/29 口頭発表(一般) 公開
Toxicity prediction by using gene expression profiling data. Toxicity prediction by using gene expression profiling data. 第43回構造活性相関シンポジウム 第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム 第43回構造活性相関シンポジウム 第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム 2015/09/27 口頭発表(一般) 公開
Single cell transcriptome analysis of whole mouse blastocyst Single cell transcriptome analysis of whole mouse blastocyst The 86th Annual Meeting of the Zoological Society of Japan The 86th Annual Meeting of the Zoological Society of Japan 2015/09/17 口頭発表(一般) 公開
人体を構成する細胞を2000に分類して、創薬スクリーニングに活かす[招待あり] 人体を構成する細胞を2000に分類して、創薬スクリーニングに活かす [招待あり] 日経バイオテク プロフェッショナルセミナー 日経バイオテク プロフェッショナルセミナー 2015/09/15 口頭発表(招待・特別) 公開
Minimum Information Guideline for Regenerative Medicine and Genome Privacy Minimum Information Guideline for Regenerative Medicine and Genome Privacy PRIVAGEN 2015 PRIVAGEN 2015 2015/09/08 ポスター発表 公開
MCMCサンプリングに基づく海洋環境因子ネットワーク解析 MCMCサンプリングに基づく海洋環境因子ネットワーク解析 第42回バイオ情報学研究会 第42回バイオ情報学研究会 2015/06/23 口頭発表(一般) 公開
海洋環境解析に向けたメタゲノムおよび1細胞配列データ解析用パイプラインの開発 海洋環境解析に向けたメタゲノムおよび1細胞配列データ解析用パイプラインの開発 第42回バイオ情報学研究会 第42回バイオ情報学研究会 2015/06/23 口頭発表(一般) 公開
Towards in silico 3D-reconstruction of tissues based on massive single cell transcriptome and methylome techniques Towards in silico 3D-reconstruction of tissues based on massive single cell transcriptome and methylome techniques Towards in silico 3D-reconstruction of tissues based on massive single cell transcriptome and methylome techniques The 11th International Workshop on Advanced Genomics The 11th International Workshop on Advanced Genomics The 11th International Workshop on Advanced Genomics 2015/05/20 ポスター発表 公開
iPS細胞と元素周期表の密接な関係[招待あり] iPS細胞と元素周期表の密接な関係 [招待あり] 第296回京都化学者クラブ 第296回京都化学者クラブ 2015/02/07 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Prediction of Developmental Chemical Toxicity by Support Vector Machines with Gene Networks in Human Embryonic Stem Cell Validation System Prediction of Developmental Chemical Toxicity by Support Vector Machines with Gene Networks in Human Embryonic Stem Cell Validation System Prediction of Developmental Chemical Toxicity by Support Vector Machines with Gene Networks in Human Embryonic Stem Cell Validation System The 18th Takeda Science Foundation Symposium on Biocience The 18th Takeda Science Foundation Symposium on Biocience The 18th Takeda Science Foundation Symposium on Biocience 2015/01/15 英語 ポスター発表 公開
SHOGoiN Cell Database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells SHOGoiN Cell Database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells SHOGoiN Cell Database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells The 18th Takeda Science Foundation Symposium on Biocience The 18th Takeda Science Foundation Symposium on Biocience The 18th Takeda Science Foundation Symposium on Biocience 2015/01/15 英語 ポスター発表 公開
Kernel CCA for Microbial Meta-transcriptome Data to Investigate Coral Survivability in Ryukyu Sea. Kernel CCA for Microbial Meta-transcriptome Data to Investigate Coral Survivability in Ryukyu Sea. Kernel CCA for Microbial Meta-transcriptome Data to Investigate Coral Survivability in Ryukyu Sea. GIW/ISCB-Asia 2014 GIW/ISCB-Asia 2014 GIW/ISCB-Asia 2014 2014/12/15 英語 ポスター発表 公開
Stem Cell Informatics Database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells Stem Cell Informatics Database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells Stem Cell Informatics Database: a framework for a new repository on single cell assay data and diverse knowledge of human cells GIW/ISCB-Asia 2014 GIW/ISCB-Asia 2014 GIW/ISCB-Asia 2014 2014/12/15 英語 ポスター発表 公開
Development of a pipeline for analysis of meta- and single cell genomic sequences Development of a pipeline for analysis of meta- and single cell genomic sequences Development of a pipeline for analysis of meta- and single cell genomic sequences GIW/ISCB-Asia 2014 GIW/ISCB-Asia 2014 GIW/ISCB-Asia 2014 2014/12/15 英語 ポスター発表 公開
幹細胞インフォマティクス[招待あり] 幹細胞インフォマティクス [招待あり] 第6回平成26年度HPCIセミナー 第6回平成26年度HPCIセミナー 2014/11/21 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
SHOGoiN DB: Insights into the New Generation of Human Omics Databases[招待あり] SHOGoiN DB: Insights into the New Generation of Human Omics Databases [招待あり] WORKSHOP:Cell-focused data: integration, organization and applications WORKSHOP:Cell-focused data: integration, organization and applications 2014/11/06 口頭発表(招待・特別) 公開
Stem Cell Informatics Database:多様なヒト細胞情報の統合化を目指したデータベースの構築 Stem Cell Informatics Database:多様なヒト細胞情報の統合化を目指したデータベースの構築 Stem Cell Informatics Database:多様なヒト細胞情報の統合化を目指したデータベースの構築 研究報告バイオ情報学(BIO),2014,5,1-2 研究報告バイオ情報学(BIO),2014,5,1-2 2014/09/12 日本語 口頭発表(一般) 公開
新しい大規模DNAメチル化頻度解析法「MSD-AFLP法」の開発とその毒性研究への応用 新しい大規模DNAメチル化頻度解析法「MSD-AFLP法」の開発とその毒性研究への応用 第41回日本毒性学会学術年会 第41回日本毒性学会学術年会 2014/07/03 日本語 口頭発表(一般) 公開
Standardization of Pluripotent Stem Cells and Differentiated Cells using Single-cell Analysis Standardization of Pluripotent Stem Cells and Differentiated Cells using Single-cell Analysis Standardization of Pluripotent Stem Cells and Differentiated Cells using Single-cell Analysis The 12th Annual Meeting of International Society for Stem Cell Research(ISSCR) The 12th Annual Meeting of International Society for Stem Cell Research(ISSCR) The 12th Annual Meeting of International Society for Stem Cell Research(ISSCR) 2014/06/18 英語 ポスター発表 公開
SHOGoiN- Human omics database for the generation of iPS and normal cells SHOGoiN- Human omics database for the generation of iPS and normal cells SHOGoiN- Human omics database for the generation of iPS and normal cells Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, Cold Spring Harbor Laboratory Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, Cold Spring Harbor Laboratory 2014/03/18 ポスター発表 公開
Standardization of human iPS and ES cells using single-cell transcriptome analysis Standardization of human iPS and ES cells using single-cell transcriptome analysis Systems Biology: Global Regulation of Gene Expressione Systems Biology: Global Regulation of Gene Expressione 2014/03/18 ポスター発表 公開
幹細胞と遺伝子ネットワークを活用した化学物質の毒性評価と細胞分化解析への応用[招待あり] 幹細胞と遺伝子ネットワークを活用した化学物質の毒性評価と細胞分化解析への応用 [招待あり] 第5回ヒトES細胞使用研究倫理研修会 第5回ヒトES細胞使用研究倫理研修会 2014/03/10 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Bioinformatics resources for cell standardization at single-cell resolution Bioinformatics resources for cell standardization at single-cell resolution Bioinformatics resources for cell standardization at single-cell resolution The 7th Takeda Science Foundation Symposium on PharmaSciences The 7th Takeda Science Foundation Symposium on PharmaSciences The 7th Takeda Science Foundation Symposium on PharmaSciences 2014/01/15 英語 ポスター発表 公開
Prediction of Developmental Neurotixic Effects using Human Pluripotent Stem Cells Prediction of Developmental Neurotixic Effects using Human Pluripotent Stem Cells Prediction of Developmental Neurotixic Effects using Human Pluripotent Stem Cells The 7th Takeda Science Foundation Symposium on PharmaSciences The 7th Takeda Science Foundation Symposium on PharmaSciences The 7th Takeda Science Foundation Symposium on PharmaSciences 2014/01/15 英語 ポスター発表 公開
Single-cell RNA-seq analysis of human iPS and ES cells Single-cell RNA-seq analysis of human iPS and ES cells Single-cell RNA-seq analysis of human iPS and ES cells Bioinformatics week in Odaiba 2013 (BiWO 2013), AIST, Tokyo Bioinformatics week in Odaiba 2013 (BiWO 2013), AIST, Tokyo Bioinformatics week in Odaiba 2013 (BiWO 2013), AIST, Tokyo 2013/09/11 英語 ポスター発表 公開
iPS細胞からのビッグデータの情報管理と再生医療への活用[招待あり] iPS細胞からのビッグデータの情報管理と再生医療への活用 [招待あり] 京都バイオ計測センターシンポジウム 京都バイオ計測センターシンポジウム 2013/07/29 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
幹細胞インフォマティクス[招待あり] 幹細胞インフォマティクス [招待あり] 第56回ワーキンググループ会議(JMAC) 第56回ワーキンググループ会議(JMAC) 2013/06/20 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
iPS細胞研究所(CiRA)の紹介と展望[招待あり] iPS細胞研究所(CiRA)の紹介と展望 [招待あり] 第33回BIO研究発表会(SIGBIO) 第33回BIO研究発表会(SIGBIO) 2013/03/21 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
TRANSCRIPTOMIC LANDSCAPE OF HUMAN iPS CELLS AT SINGLE-CELL RESOLUTION TRANSCRIPTOMIC LANDSCAPE OF HUMAN iPS CELLS AT SINGLE-CELL RESOLUTION TRANSCRIPTOMIC LANDSCAPE OF HUMAN iPS CELLS AT SINGLE-CELL RESOLUTION CiRA International Symposium 2013, Raising the Next Generation of Stem Cell Research, Kyoto CiRA International Symposium 2013, Raising the Next Generation of Stem Cell Research, Kyoto CiRA International Symposium 2013, Raising the Next Generation of Stem Cell Research, Kyoto 2013/03/11 英語 ポスター発表 公開
幹細胞インフォマティクス[招待あり] 幹細胞インフォマティクス [招待あり] 京都大学化学研究所シンポジウム 京都大学化学研究所シンポジウム 2013/01/15 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Standardization of human iPS cells with single cell technology Standardization of human iPS cells with single cell technology Standardization of human iPS cells with single cell technology International Joint Symposium on Single-Cell Analysis, Kyoto International Joint Symposium on Single-Cell Analysis, Kyoto International Joint Symposium on Single-Cell Analysis, Kyoto 2012/11/28 ポスター発表 公開
Bioinformatics week in Odaiba 2012 (BiWO2012) Bioinformatics week in Odaiba 2012 (BiWO2012) More Massive Data for Single Cell Informatics and Next Generation Drug Discovery More Massive Data for Single Cell Informatics and Next Generation Drug Discovery 2012/11/02 公開
More Massive Data for Single Cell Informatics and Next Generation Drug Discovery[招待あり] More Massive Data for Single Cell Informatics and Next Generation Drug Discovery [招待あり] Bioinformatics week in Odaiba 2012 (BiWO2012) Bioinformatics week in Odaiba 2012 (BiWO2012) 2012/11/02 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Application of Structural Equation Modeling for Inferring Toxicity-Dependent Regulation in Human Embryonic Stem Cells Application of Structural Equation Modeling for Inferring Toxicity-Dependent Regulation in Human Embryonic Stem Cells Application of Structural Equation Modeling for Inferring Toxicity-Dependent Regulation in Human Embryonic Stem Cells GLOBAL HEALTH 2012, The First International Conference on Global Health Challenges. GLOBAL HEALTH 2012, The First International Conference on Global Health Challenges. GLOBAL HEALTH 2012, The First International Conference on Global Health Challenges. 27-32 2012/10/22 英語 口頭発表(一般) 公開
幹細胞インフォマティクスと新しい創薬毒性予測[招待あり] 幹細胞インフォマティクスと新しい創薬毒性予測 [招待あり] CiRA2012 mini symposium CiRA2012 mini symposium 2012/10/10 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Towards iPS cell drug discovery: prediction of chemical toxicity based on gene network learning[招待あり] Towards iPS cell drug discovery: prediction of chemical toxicity based on gene network learning [招待あり] CBRC Workshop 2011 CBRC Workshop 2011 2012/01/24 口頭発表(招待・特別) 公開
幹細胞インフォマティクスによる化合物毒性予測[招待あり] 幹細胞インフォマティクスによる化合物毒性予測 [招待あり] 平成23年度 第11回 産総研・産技研 LS-BT合同研究発表会 平成23年度 第11回 産総研・産技研 LS-BT合同研究発表会 2012/01/16 口頭発表(招待・特別) 公開
情報工学の医療への応用の最前線[招待あり] 情報工学の医療への応用の最前線 [招待あり] GIリサーチフォーラム GIリサーチフォーラム 2010/06/09 口頭発表(招待・特別) 公開
マイクロアレイ情報解析での諸問題の解決法[招待あり] マイクロアレイ情報解析での諸問題の解決法 [招待あり] DNAチップ研究所セミナー DNAチップ研究所セミナー 2009/12/24 口頭発表(招待・特別) 公開
先端科学と社会の接点、生命情報工学の医学への応用[招待あり] 先端科学と社会の接点、生命情報工学の医学への応用 [招待あり] 放医研9回重粒子医科学センターシンポジウム 放医研9回重粒子医科学センターシンポジウム 2009/12/18 口頭発表(招待・特別) 公開
標準プローブとマルチプレックスプライマーデザインの最新手法[招待あり] 標準プローブとマルチプレックスプライマーデザインの最新手法 [招待あり] 日本バイオチップコンソーシアム研究会 日本バイオチップコンソーシアム研究会 2009/12/16 口頭発表(招待・特別) 公開
マイクロRNA(miRNA)基本知識と解析方法の実際[招待あり] マイクロRNA(miRNA)基本知識と解析方法の実際 [招待あり] 学際企画セミナー 学際企画セミナー 2007/12/01 口頭発表(招待・特別) 公開
The Role of Bioinformatics in Single Cell Analysis[招待あり] The Role of Bioinformatics in Single Cell Analysis [招待あり] 5th International Forum of Post-Genome Technologies 5th International Forum of Post-Genome Technologies 2007/09/10 口頭発表(招待・特別) 公開
CellMontage: 類似実験検索と細胞解析のための遺伝子発現データベース[招待あり] CellMontage: 類似実験検索と細胞解析のための遺伝子発現データベース [招待あり] 第3回オントロジー研究会・第4回オープンバイオ研究会 第3回オントロジー研究会・第4回オープンバイオ研究会 2006/10/30 口頭発表(招待・特別) 公開
マイクロアレイインフォマティクス今昔物語[招待あり] マイクロアレイインフォマティクス今昔物語 [招待あり] バイオ関連研究ユニット間協力の魅力/産業技術総合研究所北海道センター バイオ関連研究ユニット間協力の魅力/産業技術総合研究所北海道センター 2006/01/06 口頭発表(招待・特別) 公開
遺伝子発現プロファイルによる細胞検索システムCellMontage[招待あり] 遺伝子発現プロファイルによる細胞検索システムCellMontage [招待あり] DNAチップ研究所セミナー DNAチップ研究所セミナー 2004/10/06 口頭発表(招待・特別) 公開
Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations. Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations. Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations. Pacific Symposium on Biocomputing '97 Pacific Symposium on Biocomputing '97 Pacific Symposium on Biocomputing '97 1997/01/06 口頭発表(一般) 公開

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著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 出版社 出版社(日本語) 出版社(英語) 出版年月 記述言語 担当区分 公開
Hiroki Takahashi, Xian-Yang Qin, Hideko Sone, Wataru Fujibuchi Hiroki Takahashi, Xian-Yang Qin, Hideko Sone, Wataru Fujibuchi Hiroki Takahashi, Xian-Yang Qin, Hideko Sone, Wataru Fujibuchi Computational Toxicology Computational Toxicology Computational Toxicology Springer Nature Springer Nature Springer Nature 2018/06 公開
山根 順子、藤渕 航 山根 順子、藤渕 航 Junko Yamane, Wataru Fujibuchi ILSI JAPAN No.133 ILSI JAPAN No.133 ILSI JAPAN No.133 ILSI JAPAN ILSI JAPAN ILSI JAPAN 2018/02 公開
髙橋 弘樹、藤渕 航 髙橋 弘樹、藤渕 航 Hiroki Takahashi, Wataru Fujibuchi 医学のあゆみ 医学のあゆみ Journal of Clinical and Experimental Medicine (IGAKU NO AYUMI) 医歯薬出版 医歯薬出版 Ishiyaku Publishers 2017/09 日本語 公開
森 智弥、藤渕 航 森 智弥、藤渕 航 Tomoya Mori, Wataru Fujibuchi 実験医学増刊34 (17):再生医療と疾患解明の鍵となる組織幹細胞 実験医学増刊34 (17):再生医療と疾患解明の鍵となる組織幹細胞 Experimental Medicine 34 (17) 羊土社 羊土社 YODOSHA 2016/10 日本語 公開
桜井 都衣、藤渕 航 桜井 都衣、藤渕 航 海洋化学研究 海洋化学研究 一般財団法人海洋化学研究所 一般財団法人海洋化学研究所 2015/12 公開
加藤 有己、桜井 都衣、藤渕 航 加藤 有己、桜井 都衣、藤渕 航 ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例 ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例 技術情報協会 技術情報協会 2014/11 公開
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千葉 啓和、藤渕 航 千葉 啓和、藤渕 航 実験医学28:代謝と老化・寿命を結ぶ サーチュイン研究の最前線 実験医学28:代謝と老化・寿命を結ぶ サーチュイン研究の最前線 羊土社、(19)pp.3171-3174 羊土社、(19)pp.3171-3174 2010/11 日本語 公開
Kato T, Fujibuchi W. Kato T, Fujibuchi W. Kato T, Fujibuchi W. Medical Biostatistics for Complex Diseases Medical Biostatistics for Complex Diseases Medical Biostatistics for Complex Diseases Medical Biostatistics for Complex Diseases Medical Biostatistics for Complex Diseases Medical Biostatistics for Complex Diseases 2010/07 英語 公開
藤渕 航 藤渕 航 シングルセル解析の最前線 シングルセル解析の最前線 シーエムシー出版 シーエムシー出版 2010/03 日本語 公開
Fujiubchi W, Kim H, Okada Y, Taniguchi T, Sone H. Fujiubchi W, Kim H, Okada Y, Taniguchi T, Sone H. Fujiubchi W, Kim H, Okada Y, Taniguchi T, Sone H. High-performance gene expression module analysis tool and its application to chemical toxicity data. High-performance gene expression module analysis tool and its application to chemical toxicity data. High-performance gene expression module analysis tool and its application to chemical toxicity data. Methods in Molecular Biology, vol. 577, Humana Press Inc. 55-65 Methods in Molecular Biology, vol. 577, Humana Press Inc. 55-65 Methods in Molecular Biology, vol. 577, Humana Press Inc. 55-65 2009/08 英語 公開
藤渕 航/堀本 勝久(編) 藤渕 航/堀本 勝久(編) マイクロアレイ データ統合解析プロトコール マイクロアレイ データ統合解析プロトコール 羊土社 羊土社 2008/04 日本語 公開
岡田 吉史, 藤渕 航 岡田 吉史, 藤渕 航 バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 羊土社、150-156 羊土社、150-156 2007/09 日本語 公開
藤渕 航, 岡田 吉史 藤渕 航, 岡田 吉史 実験医学25:生殖細胞形成から発生、分化を制御する small RNAの新機能 実験医学25:生殖細胞形成から発生、分化を制御する small RNAの新機能 羊土社、25-26 羊土社、25-26 2007/03 日本語 公開
岡田 吉史, 藤渕 航, Horton Paul 岡田 吉史, 藤渕 航, Horton Paul Okada Y, Fujibuchi W, Horton P. 極大2部クリーク列挙法による遺伝子発現モジュールの抽出 極大2部クリーク列挙法による遺伝子発現モジュールの抽出 A biclustering method for finding gene expression modules based on a maximal biclique enumeration IPSJ SIG Technical Report,2006-BIO-6. 17-23 IPSJ SIG Technical Report,2006-BIO-6. 17-23 IPSJ SIG Technical Report,2006-BIO-6. 17-23 2006/09 日本語 公開
藤渕 航, Larisa Kiseleva, 谷口 丈晃, Paul Horton 藤渕 航, Larisa Kiseleva, 谷口 丈晃, Paul Horton 細胞の知識ベース開発と遺伝子発現プロファイルによる細胞種と特徴予測 細胞の知識ベース開発と遺伝子発現プロファイルによる細胞種と特徴予測 IPSJ SIG Technical Report, 2005-BIO-2. 33-37 IPSJ SIG Technical Report, 2005-BIO-2. 33-37 2005/10 日本語 公開
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藤渕 航 藤渕 航 ゲノムネットのデータベース利用法(第2版)第二章 ゲノムネットのデータベース利用法(第2版)第二章 共立出版 共立出版 1998/04 日本語 公開
藤渕 航, 金久 實 藤渕 航, 金久 實 遺伝子医学 1(2) 遺伝子医学 1(2) メディカルドゥ, 119-124 メディカルドゥ, 119-124 1997/10 日本語 公開
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藤渕 航、山根 順子 藤渕 航、山根 順子 DNAメチル化解析のための試料調整方法 DNAメチル化解析のための試料調整方法 特許出願 特願PCT/JP2016/087100 2016/12/13 公開
藤渕 航、森 智弥 藤渕 航、森 智弥 個々の細胞情報から組織高次元情報を推定する装置、方法、プログラム 個々の細胞情報から組織高次元情報を推定する装置、方法、プログラム 特許出願 特願2017-250042 2017/12/26 公開
藤渕 航、山根 順子 藤渕 航、山根 順子 DNAメチル化解析のための試料調整方法 DNAメチル化解析のための試料調整方法 特許出願 特願2015-242932 2015/12/14 公開
藤渕 航、千葉 啓和、富永 大介 藤渕 航、千葉 啓和、富永 大介 細胞画像判定装置、方法、並びにプログラム 細胞画像判定装置、方法、並びにプログラム 特許公開 特開2013-201909 2013/10/07 公開
藤渕 航、関口 勇地、中江 裕樹 藤渕 航、関口 勇地、中江 裕樹 核酸標準物質検出用プローブの設計方法、核酸標準物質検出用プローブ及び当該核酸標準物質検出用プローブを有する核酸検出系 核酸標準物質検出用プローブの設計方法、核酸標準物質検出用プローブ及び当該核酸標準物質検出用プローブを有する核酸検出系 特許公開 特開WO2011145614 A1 2011/11/24 公開
藤渕 航、関口 勇地、中江 裕樹 藤渕 航、関口 勇地、中江 裕樹 核酸標準物質検出用プローブの設計方法、核酸標準物質検出用プローブ及び当該核酸標準物質検出用プローブを有する核酸検出系 核酸標準物質検出用プローブの設計方法、核酸標準物質検出用プローブ及び当該核酸標準物質検出用プローブを有する核酸検出系 特許公開 特開2011-239708 2011/12/01 公開
藤渕 航、千葉 啓和 藤渕 航、千葉 啓和 プライマーセット探索装置、プライマーセット探索方法およびプログラム プライマーセット探索装置、プライマーセット探索方法およびプログラム 特許公開 特開2011-62085 2011/03/31 公開
岡田 吉史、藤渕 航 岡田 吉史、藤渕 航 遺伝子発現モジュール探索装置、遺伝子発現モジュール探索方法及び遺伝子発現モジュール探索プログラム 遺伝子発現モジュール探索装置、遺伝子発現モジュール探索方法及び遺伝子発現モジュール探索プログラム 特許公開 特開2009-146028 2009/07/02 公開
藤渕 航 藤渕 航 細胞輪郭抽出装置、細胞輪郭抽出方法およびプログラム 細胞輪郭抽出装置、細胞輪郭抽出方法およびプログラム 特許公開 特開2008-146278 2008/06/26 公開
藤渕 航、Paul Horton 藤渕 航、Paul Horton 遺伝子発現プロファイル検索装置、遺伝子発現プロファイル検索方法およびプログラム 遺伝子発現プロファイル検索装置、遺伝子発現プロファイル検索方法およびプログラム 特許公開 特開US20070172833 A1 2007/07/27 公開
Paul Horton、藤渕 航 Paul Horton、藤渕 航 遺伝子発現プロファイル比較装置 遺伝子発現プロファイル比較装置 特許公開 特開2007-52568 2007/03/01 公開
加藤 毅、藤渕 航 加藤 毅、藤渕 航 生物学的情報処理装置、生物学的情報処理方法および生物学的情報処理プログラム 生物学的情報処理装置、生物学的情報処理方法および生物学的情報処理プログラム 特許公開 特開2007-52507 2007/03/01 公開
藤渕 航、Horton Paul 藤渕 航、Horton Paul 遺伝子発現プロファイル検索装置、遺伝子発現プロファイル検索方法およびプログラム 遺伝子発現プロファイル検索装置、遺伝子発現プロファイル検索方法およびプログラム 特許公開 特開2006-092478 2006/04/06 公開

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タイトル言語:
学術賞等
賞の名称(日本語) 賞の名称(英語) 授与組織名(日本語) 授与組織名(英語) 年月
Best paper award BEST PAPER AWARD Internarional Academy, Research, and Industry Association GLOBAL HEALTH 2012, The First International Conference on Global Health Challenges 2012/10
研究奨励賞 Research award 日本バイオインフォマティクス学会 Japanese Society for Bioinformatics 2015/10/31
BEST PRESENTATION AWARD BEST PRESENTATION AWARD Amgen Scholars Amgen Scholars 2017/08/10
記事報道
発表タイトル メディア名 掲載欄/番組名 年月日
シリーズ「iPS細胞 臨床への挑戦」「標準細胞」確立目指す 読売新聞 2013/08/26
外部資金:競争的資金・科学研究費補助金
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
科研費基盤(C) 代表 細胞の構造と機能の原因となる遺伝子モジュールの網羅的収集 2006/04/01〜2007/03/31
科学研究費補助金 特定領域研究「ライフサーベイヤ」 代表 網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発 2007/04/01〜2008/03/31
科研費基盤(B) 分担 嗅覚システムの統合理解を目指した研究 2008/04/01〜2010/03/31
科研費基盤(B) 代表 幹細胞を含む網羅的ヒト細胞データベースCELLPEDIAの開発 2008/04/01〜2010/03/31
科研費基盤(B) 代表 細胞分化の人工誘導経路を短時間で最適化する方法の研究 2009/04/01〜2011/03/31
厚生労働科学研究費補助金 分担 確率推論型アルゴリズムに対するヒト胚性幹細胞試験データ適用法の標準化 2009/04/01〜2011/03/31
科研費成果公開促進費 代表 ヒト細胞・細胞分化データベース 2011/04/01〜
厚生労働科学研究費補助金 分担 ヒト多能性幹細胞試験バッテリーによる化学物質の発達期影響予測法に関する研究 2012/04/01〜2015/03/31
厚生労働科学研究費補助金 分担 ヒト幹細胞を用いた再生医療の臨床実用化のための基盤構築に関する研究 2013/04/01〜2015/03/31
科研費基盤(A) 分担 エピジェネティック活性をもつ化学物質の影響把握と新たな環境リスクの予防策 Detection of chemical substances with epigenetic activity to protect environmental risk by the adverse outcome pathway approach 2015/04/01〜2019/03/31
新学術領域研究(研究領域提案型) 分担 環境ストレスによる生体応答、エピゲノムとプロテオーム解析 Biological Response to Environmental Stress: Epigenome/Proteome Analysis 2017/06/30〜2022/03/31

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外部資金:競争的資金・科学研究費補助金以外
制度名 代表者名 研究課題(日本語) 研究課題(英語) 期間
産業技術総合研究所平成15年度分野戦略予算 藤渕航 細胞・組織情報統合化技術の開発 2003〜
JST-CREST 田中剛 海洋微細藻類の高層化培養による高エネルギーバイオディーゼル生産 Biodiesel Production by Marine Microalgae Using Multistoried Cultivation System 2009/10/01〜2014/12/31
補正予算地域イノベーション創出研究開発事業 横山周史 ヒトiPS細胞誘導ツールシステムの開発 2010〜2011
JST戦略的創造研究推進事業 竹山春子 シングルセルゲノム情報に基づいた海洋難培養微生物メタオミックス解析による環境リスク数理モデルの構築 Construction of the environmental risk mathematical model by the meta-omics analyses of marine unculturable microbes based on single cell genome information 2012/10/01〜
再生医療臨床研究促進基盤整備事業 岡田潔 再生医療等臨床研究を支援する再生医療ナショナルコンソーシアムの実現 2018/04/01〜2019/03/31
二国間交流事業 藤渕航 ヒト細胞種認定イニシアチブ:細胞周期表の開発 The Human Cell Type Authentication Initiative: developing a periodic table of cells 2018/04/01〜2019/03/31
全学運営(役職等)
役職名 期間
学術情報メディアセンター協議員 2016/04/01〜
アムジェン・スカラーズ・プログラム小委員会委員 2016/12/01〜
国際教育委員会国際学生交流委員会アムジェン・スカラーズ・プログラム小委員会 委員 2016/12/01〜2018/03/31
国際教育委員会国際学生交流委員会アムジェン・スカラーズ・プログラム小委員会 委員 2016/04/01〜2019/03/31
部局運営(役職等)
役職名 期間
情報管理委員会7号委員 2016/04/01〜2020/03/31
学会活動:学会役員歴
学会名(日本語) 学会名(英語) 役職名(日本語) 役職名(英語) 期間
日本バイオインフォマティクス学会 Japanese Society for Bioinformatics 理事 Director 2017/04/01〜2019/03/31
幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム Stem Cell-based Chemical Risk Information Sharing Consortium 代表 President 2017/10/27〜2019/03/31
学会活動:編集委員歴
学会名(日本語) 学会名(英語) ジャーナル名(日本語) ジャーナル名(英語) 役職名 期間
日本情報処理学会 Information Processing Society of Japan Transactions on Bioinformatics Transactions on Bioinformatics 編集委員 2012/04/01〜2014/03/31
学会活動:査読委員歴
学会名(日本語) 学会名(英語) ジャーナル名(日本語) ジャーナル名(英語) 期間
日本情報処理学会 Information Processing Society of Japan Transactions on Bioinformatics Transactions on Bioinformatics 2012/04/01〜2014/03/31
IEEE IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine International Conference on Bioinformatics and Biomedicine 2014/06/01〜2014/08/31
学会活動:研究集会委員歴
学会名 研究集会名 役職名 期間
日本バイオインフォマティクス学会 生命システム理論研究会 主査 2012/04/01〜
情報処理学会 バイオ情報学研究会 運営委員 2012/04/01〜2015/03/31
情報計算化学生物学会 関西部会 運営委員会 2012/04/01〜2014/03/31
情報計算化学生物学会 関西部会 運営委員 2018/03/01〜2020/03/31
学会活動:座長歴等
学会名 研究集会名 年月
情報計算化学生物学会 情報計算化学生物学会第343回CBI学会研究講演会 2013/11/15
CiRA国際シンポジウム2017 CiRA International Symposium 2017 2017/11/07
幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム 幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム・拡大説明会 2017/10/27
日本バイオインフォマティクス学会 第3回生命システム理論研究会 2014/11/18
日本バイオインフォマティクス学会 第2回生命システム理論研究会 2013/09/13
日本バイオインフォマティクス学会 第1回生命システム理論研究会 2013/01/15
日本バイオインフォマティクス学会 第4回生命システム理論研究会/AMED再生医療実現ネットワーク併催 2015/11/27
学会活動:その他
学会名(日本語) 学会名(英語) 貢献活動名(日本語) 貢献活動名(英語) 期間
CiRA International Symposium CiRA International Symposium 2013, Raising the Next Generation of Stem Cell Research, Kyoto ポスター選考委員 Poster committee 2013/03/11〜2013/03/12
日本バイオインフォマティクス学会 Japanese Society for Bioinformatics 2015年度年会実行委員 Organizing committee 2014/09/01〜2015/10/31
Institute of Electrical and Electronics Engineers 2014 International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Institute of Electrical and Electronics Engineers 2014 International Conference on Bioinformatics and Biomedicine プログラム委員 Program committee 2014/06/01〜2014/08/31
情報計算化学生物学会(CBI学会) The Chem-Bio Informatics Society CBI学会2018年大会プログラム委員 Program committee 2018/01/18〜2018/10/11
第20回システムバイオロジー国際会議 20th International Conference on System Biology (ICSB2019) Scientific committee Scientific committee 2018/08/02〜2019/11/06
その他活動:講演歴
会合名 講演タイトル 年月
CiRAカフェ・FIRST ヒトの細胞カタログをつくる! 2013/12/07
日経バイオテクプロフェッショナルセミナー 人体を構成する細胞を2000に分類して、創薬スクリーニングに活かす 2015/09/15
サイエンスアゴラ2015 微生物ゲノムスコープから見たサンゴ礁環境 2015/11/13
第296回京都化学者クラブ iPS細胞と元素周期表の密接な関係 2015/02/07
CiRAプレス発表 ES細胞と遺伝子ネットワークを用いた、高精度の化合物毒性予測システムの構築 2016/06/10
CiRAプレス発表 国際幹細胞データガイドライン「MIACARM」の開発 2016/07/12
「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化」拡大コンソーシアム説明会 幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム 2017/10/27
その他活動:啓蒙書
著者名 タイトル 出版社 年月
藤渕航 「物質文明の先にある未来」(京大広報「洛書」) 京都大学渉外部広報・社会連携推進室 2015/02/
三菱総合研究所 iPS細胞が幸せな社会をつくる(Phronesis14「働き方の未来」) ダイヤモンド社 2015/11/27
京大病院広報 iPSスペシャル対談Vol.11 京都大学医学部附属病院広報部会 2016/09/01
その他活動:新聞・雑誌等
タイトル 内容 メディア名 掲載欄 年月日
iPS細胞が幸せな社会をつくる インタビュー Phronesis 14 Interview 2015/11/27
国立大学法人 京都大学、ES細胞と遺伝子ネットワークを用いた、高精度の化合物毒性予測システムの構築 日経バイオテクONLINE 2016/06/15
AIで薬の発がん性予測 京大、新薬開発を効率化 日本経済新聞 2016/06/10
幹細胞バンクデータ規格化 京大iPS研チーム 京都新聞 2016/07/13
幹細胞情報を一括 京大iPS研 サイト開設へ 産経新聞 大阪朝刊 28ページ 2016/07/13
iPSなど幹細胞データ 国際規格を作成 日刊工業新聞社 2016/07/14
化合物毒性予測精度高く 京大iPS研ヒトES細胞使い 京都新聞 社会3面 2016/06/11
ES細胞で毒性評価を素早く 京都大などの研究チーム 新薬開発に活用 仕組み構築 産経新聞 2017/06/25
シリーズ「iPS細胞 臨床への挑戦」「標準細胞」確立目指す 読売新聞 2013/08/26
ヒトの毒性試験「幹細胞で可能」 京大iPS研でシンポ 京都新聞 2017/10/27
幹細胞で毒性情報化 化学関係企業など説明会 京大/京都 毎日新聞 2017/10/28
いのちとの伴走 iPS細胞誕生10年 第6部 変わる生の形⑤ 京都新聞 1面 2017/12/26
iPSと人工知能で創薬 京大が研究開始、毒性調査 産経WEST 2018/04/02
iPSと人工知能で創薬、京大 民間と共同研究開始、毒性調査 岩手日報 2018/04/02
人のiPS細胞 AIで創薬研究 京大、毒性など調査 日本経済新聞 朝刊13面 2018/04/03
京大、リスク情報共有化 システム・バイオ研究機構と幹細胞利用化学物質 日刊工業新聞 23面 2018/04/03

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