森 智弥

最終更新日時: 2019/08/30 11:37:37

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
森 智弥/モリ トモヤ/Mori, Tomoya
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
化学研究所/化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター/ /助教
協力講座
部局 所属 講座等 職名
情報学研究科 知能情報学専攻 生命システム情報学 助教
所属学会(国内)
学会名(日本語) 学会名(英語)
日本バイオインフォマティクス学会 Japanese Society for Bioinformatics
情報処理学会 Information Processing Society of Japan
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(情報学) 京都大学
博士(情報学) 京都大学
出身大学院・研究科等
大学名(日本語) 大学名(英語) 研究科名(日本語) 研究科名(英語) 専攻名(日本語) 専攻名(英語) 修了区分
京都大学 大学院情報学研究科修士課程知能情報学専攻 修了
京都大学 大学院情報学研究科博士後期課程知能情報学専攻 修了
出身学校・専攻等
大学名(日本語) 大学名(英語) 学部名(日本語) 学部名(英語) 学科名(日本語) 学科名(英語) 卒業区分
同志社大学 工学部インテリジェント情報工学科 卒業
出身高等学校
高等学校名 ふりがな
学校法人ヴィアトール学園 洛星高等学校
職歴
期間 組織名(日本語) 組織名(英語) 職名(日本語) 職名(英語)
2013/04/01〜2014/03/31 同志社大学 文化情報学部 Faculty of Culture and Information Science, Doshisha University 実習助手
2014/04/01〜2015/09/30 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University 日本学術振興会 特別研究員 (DC2) JSPS Research Fellowship for Young Scientists (DC2)
2015/10/01〜2015/10/31 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University 日本学術振興会 特別研究員 (PD) JSPS Research Fellowship for Young Scientists (PD)
2015/11/01〜2016/03/31 京都大学 iPS細胞研究所 Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University 日本学術振興会 特別研究員 (PD) JSPS Research Fellowship for Young Scientists (PD)
2016/04/01〜2018/03/31 京都大学 iPS細胞研究所 Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University 特定研究員 Researcher
2018/04/01〜 京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University 助教 Assistant Professor
プロフィール
(日本語)
2015年京都大学大学院情報学研究科博士後期課程修了。情報学博士。京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター、京都大学iPS細胞研究所を経て、2018年より京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター助教(情報学研究科知能情報学専攻協力講座)。専門はバイオインフォマティクスに関連するアルゴリズム開発及び細胞のマルチオミックスデータ解析である。日本バイオインフォマティクス学会及び情報処理学会の会員。
(英語)
Tomoya Mori received his Ph.D. degree in informatics from Kyoto University, Japan, in 2015. After working in Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University and Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University, he joined Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University, Japan as a assistant professor in Apr. 2018. His research interests are algorithms for bioinformatics and multi-omics analysis.
個人ホームページ
URL
http://rdb.kuicr.kyoto-u.ac.jp/researchers/view/tomoya+mori
http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~tmori/
researchmap URL
https://researchmap.jp/7000023223
研究テーマ
(日本語)
バイオインフォマティクス、グラフ理論に関するアルゴリズム開発、マルチオミックス解析
(英語)
Bioinformatics, Algorithms for Graph Theory, Multi-omics analysis
研究概要
(日本語)
1. グラフ構造データの比較アルゴリズム開発, 2. ブーリアンネットワークによるシグナル伝達ネットワークのモデル化とシミュレーション, 3. 単一細胞トランスクリプトーム及びメチローム解析
(英語)
1. Algorithms for comparing graph-structured data, 2. Modeling and simulation of signaling network using Boolean network, 3. Single-cell Transcriptome/Methylome analysis
研究分野(キーワード)
キーワード(日本語) キーワード(英語)
バイオインフォマティクス Bioinformatics
離散アルゴリズム Discrete algorithm
単一細胞解析 Single-cell analysis
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
T. Mori, H. Takaoka, J. Yamane, C. Alev, W. Fujibuchi T. Mori, H. Takaoka, J. Yamane, C. Alev, W. Fujibuchi T. Mori, H. Takaoka, J. Yamane, C. Alev, W. Fujibuchi Novel computational model of gastrula morphogenesis to identify spatial discriminator genes by self-organizing map (SOM) clustering Novel computational model of gastrula morphogenesis to identify spatial discriminator genes by self-organizing map (SOM) clustering Novel computational model of gastrula morphogenesis to identify spatial discriminator genes by self-organizing map (SOM) clustering Scientific Reports, 9, 12597 Scientific Reports, 9, 12597 Scientific Reports, 9, 12597 2019/08 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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Mori T, Yamane J, Kobayashi K, Taniyama N, Tano T, Fujibuchi W Mori T, Yamane J, Kobayashi K, Taniyama N, Tano T, Fujibuchi W Mori T, Yamane J, Kobayashi K, Taniyama N, Tano T, Fujibuchi W Development of 3D tissue reconstruction method from single-cell RNA-seq data Development of 3D tissue reconstruction method from single-cell RNA-seq data Development of 3D tissue reconstruction method from single-cell RNA-seq data Genomics and Computational Biology, 3, 1, e53 Genomics and Computational Biology, 3, 1, e53 Genomics and Computational Biology, 3, 1, e53 2017 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Yamane J, Mori T, Taniyama N, Kobayashi K, Fujibuchi W Yamane J, Mori T, Taniyama N, Kobayashi K, Fujibuchi W Yamane J, Mori T, Taniyama N, Kobayashi K, Fujibuchi W Development of enhanced reduced representation bisulfite sequencing method for single-cell methylome analysis Development of enhanced reduced representation bisulfite sequencing method for single-cell methylome analysis Development of enhanced reduced representation bisulfite sequencing method for single-cell methylome analysis Genomics and Computational Biology, 3, 2, e49 Genomics and Computational Biology, 3, 2, e49 Genomics and Computational Biology, 3, 2, e49 2017 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Kato Y, Mori T, Sato K, Maegawa S, Hosokawa H, Akutsu T Kato Y, Mori T, Sato K, Maegawa S, Hosokawa H, Akutsu T Kato Y, Mori T, Sato K, Maegawa S, Hosokawa H, Akutsu T An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data Bioinformatics, 33, 2, 201-209 Bioinformatics, 33, 2, 201-209 Bioinformatics, 33, 2, 201-209 2017 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Cheng X, Mori T, Qiu Y, Ching W-K, Akutsu T Cheng X, Mori T, Qiu Y, Ching W-K, Akutsu T Cheng X, Mori T, Qiu Y, Ching W-K, Akutsu T Exact identification of the structure of a probabilistic Boolean network from sample Exact identification of the structure of a probabilistic Boolean network from sample Exact identification of the structure of a probabilistic Boolean network from sample IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 13, 5, 1107-1116 IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 13, 5, 1107-1116 IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 13, 5, 1107-1116 2016 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Hasegawa T, Niida A, Mori T, Shimamura T, Yamaguchi R, Miyano S, Akutsu T, Imoto S Hasegawa T, Niida A, Mori T, Shimamura T, Yamaguchi R, Miyano S, Akutsu T, Imoto S Hasegawa T, Niida A, Mori T, Shimamura T, Yamaguchi R, Miyano S, Akutsu T, Imoto S A likelihood-free filtering method via approximate Bayesian computation in evaluating biologival simulation models A likelihood-free filtering method via approximate Bayesian computation in evaluating biologival simulation models A likelihood-free filtering method via approximate Bayesian computation in evaluating biologival simulation models Computational Statistics and Data Analysis, 94, 63-74 Computational Statistics and Data Analysis, 94, 63-74 Computational Statistics and Data Analysis, 94, 63-74 2016 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mori T, Takasu A, Jansson J, Hwang J, Tamura T, Akutsu T Mori T, Takasu A, Jansson J, Hwang J, Tamura T, Akutsu T Mori T, Takasu A, Jansson J, Hwang J, Tamura T, Akutsu T Similar subtree search using extended tree inclusion Similar subtree search using extended tree inclusion Similar subtree search using extended tree inclusion IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 27, 12, 3360-3373 IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 27, 12, 3360-3373 IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 27, 12, 3360-3373 2015 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mori T, Flöttmann M, Krantz M, Akutsu T, Klipp E Mori T, Flöttmann M, Krantz M, Akutsu T, Klipp E Mori T, Flöttmann M, Krantz M, Akutsu T, Klipp E Stochastic simulation of Boolean rxncon model: towards quantitative analysis of large signaling networks Stochastic simulation of Boolean rxncon model: towards quantitative analysis of large signaling networks Stochastic simulation of Boolean rxncon model: towards quantitative analysis of large signaling networks BMC Systems biology, 9, 45, 9 pages BMC Systems biology, 9, 45, 9 pages BMC Systems biology, 9, 45, 9 pages 2015 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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Mori T, Tamura T, Fukagawa D, Takasu A, Tomita E, Akutsu T Mori T, Tamura T, Fukagawa D, Takasu A, Tomita E, Akutsu T Mori T, Tamura T, Fukagawa D, Takasu A, Tomita E, Akutsu T A clique-based method using dynamic programming for computing edit distance between unordered trees A clique-based method using dynamic programming for computing edit distance between unordered trees A clique-based method using dynamic programming for computing edit distance between unordered trees Journal of Computational Biology, 19, 10, 1089-1104 Journal of Computational Biology, 19, 10, 1089-1104 Journal of Computational Biology, 19, 10, 1089-1104 2012 英語 研究論文(学術雑誌) 公開

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タイトル言語:
Misc
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
劉立偉, 森智弥, 趙楊, 林田守広, 阿久津達也 劉立偉, 森智弥, 趙楊, 林田守広, 阿久津達也 劉立偉, 森智弥, 趙楊, 林田守広, 阿久津達也 根付き順序木の圧縮における分割型文法とオイラー文字列との比較 根付き順序木の圧縮における分割型文法とオイラー文字列との比較 根付き順序木の圧縮における分割型文法とオイラー文字列との比較 電子情報通信学会技術研究報告, 115, 112, 245-246 電子情報通信学会技術研究報告, 115, 112, 245-246 電子情報通信学会技術研究報告, 115, 112, 245-246 2015 日本語 公開
Akutsu T, Mori T, Tamura T, Fukagawa D, Takasu A, Tomita E Akutsu T, Mori T, Tamura T, Fukagawa D, Takasu A, Tomita E Akutsu T, Mori T, Tamura T, Fukagawa D, Takasu A, Tomita E An improved clique-based method for computing edit distance between unordered trees and its application to comparison of glycan structures An improved clique-based method for computing edit distance between unordered trees and its application to comparison of glycan structures An improved clique-based method for computing edit distance between unordered trees and its application to comparison of glycan structures Proceedings of the International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems, CISIS 2011, 536-540 Proceedings of the International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems, CISIS 2011, 536-540 Proceedings of the International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems, CISIS 2011, 536-540 2011 英語 公開
タイトル言語:
講演・口頭発表等
タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 会議名 会議名(日本語) 会議名(英語) 主催者 主催者(日本語) 主催者(英語) 開催年月日 記述言語 会議種別 公開
In silico 3D tissue reconstruction In silico 3D tissue reconstruction In silicon 3D tissue reconstruction Japan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative Japan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative Japan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative 2018/04 英語 公開
Development of ab initio 3D reconstruction algorithm for mid-gastrula mouse embryo from transcriptome using kernel self-organizing map Development of ab initio 3D reconstruction algorithm for mid-gastrula mouse embryo from transcriptome using kernel self-organizing map Development of ab initio 3D reconstruction algorithm for mid-gastrula mouse embryo from transcriptome using kernel self-organizing map Single Cell Science Symposium “Technology Meets Biology” Single Cell Science Symposium “Technology Meets Biology” Single Cell Science Symposium “Technology Meets Biology” 2017/07 英語 口頭発表(一般) 公開
Development of 3D tissue reconstruction method from single-cell RNA-seq data Development of 3D tissue reconstruction method from single-cell RNA-seq data Development of 3D tissue reconstruction method from single-cell RNA-seq data 2nd Challenges in Computational Biology: Gene Expression Data Analysis 2nd Challenges in Computational Biology: Gene Expression Data Analysis 2nd Challenges in Computational Biology: Gene Expression Data Analysis 2016/12 英語 口頭発表(一般) 公開
無順序木間の編集距離計算のための動的計画法を用いたクリークに基づく手法 無順序木間の編集距離計算のための動的計画法を用いたクリークに基づく手法 無順序木間の編集距離計算のための動的計画法を用いたクリークに基づく手法 生命情報科学若手の会 生命情報科学若手の会 2014/10 日本語 口頭発表(一般) 公開
A clique-based method using dynamic programming for unordered tree edit distance problem A clique-based method using dynamic programming for unordered tree edit distance problem A clique-based method using dynamic programming for unordered tree edit distance problem The 12th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, The 12th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, The 12th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, 2012/07 英語 口頭発表(一般) 公開
An improved clique-based method for computing edit distance between rooted unordered trees An improved clique-based method for computing edit distance between rooted unordered trees An improved clique-based method for computing edit distance between rooted unordered trees 情報処理学会バイオ情報学研究会 情報処理学会バイオ情報学研究会 情報処理学会バイオ情報学研究会 2011/09 英語 口頭発表(一般) 公開
タイトル言語:
書籍等出版物
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 出版社 出版社(日本語) 出版社(英語) 出版年月 記述言語 担当区分 公開
森 智弥, 藤渕 航 森 智弥, 藤渕 航 森 智弥, 藤渕 航 実験医学増刊34(17):再生医療と疾患解明の鍵となる組織幹細胞 実験医学増刊34(17):再生医療と疾患解明の鍵となる組織幹細胞 実験医学増刊34(17):再生医療と疾患解明の鍵となる組織幹細胞 羊土社 羊土社 羊土社 2016/10 分担執筆 公開
タイトル言語:
学術賞等
賞の名称(日本語) 賞の名称(英語) 授与組織名(日本語) 授与組織名(英語) 年月
バイオ情報学研究会 学生奨励賞 IPSJ SIGBIO Best Student Presentation Award 情報処理学会 バイオ情報学研究会 SIG BIO 2011
情報処理学会 山下記念研究賞 IPSJ Yamashita SIG Research Award 情報処理学会 Information Processing Society of Japan 2013
外部資金:競争的資金・科学研究費補助金
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
特別研究員奨励費 代表 確率ブーリアンネットワークを用いた細胞内シグナル伝達機構のモデル化とシミュレーション 2014/04/01〜2016/03/31
若手研究B 代表 DNAメチル化情報に基づく細胞の詳細な分類と評価手法の開発 2017/04/01〜2019/03/31
若手研究 代表 単一細胞オミックスデータに基づく細胞系譜推定および比較アルゴリズムの開発 2019/04/01〜2022/03/31
部局運営(役職等)
役職名 期間
化学研究所広報委員会委員 2019/04/01〜2020/03/31
化学研究所情報システム技術委員会委員 2019/04/01〜2020/03/31
海外での滞在歴
滞在機関名 部署 研究テーマ 国名 期間
フンボルト大学(Humboldt University) Theoretical biophysics laboratory 確率ブーリアンネットワークを用いたシグナル伝達ネットワークの数理モデル化 ドイツ 2012/12/〜2013/03/