馬見塚 拓

最終更新日時: 2018/09/19 21:36:26

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氏名(漢字／フリガナ／アルファベット表記)
馬見塚 拓／マミツカ ヒロシ／Mamitsuka, Hiroshi
所属部署・職名(部局／所属／講座等／職名)
化学研究所／化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター／　／教授
協力講座
部局 所属 講座等 職名
薬学研究科 医薬創成情報科学専攻 医薬創成情報科学講座 教授
学内兼務
部局 所属 講座等 職名
学際融合教育研究推進センター 統合複雑系科学国際研究ユニット
連絡先住所
種別 住所(日本語) 住所(英語)
職場
連絡先電話番号
種別 番号
職場
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士（工学） 東京大学
博士（理学） 東京大学
個人ホームページ
URL
http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/pathway/mami
ORCID ID
orcid.org/0000-0002-6607-5617
論文
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 書誌情報等 書誌情報等(日本語) 書誌情報等(英語) 出版年月 査読の有無 記述言語 掲載種別 公開
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Yamada M, Tang J, Lugo-Martinez J, Hodzic E, Shrestha R, Saha A, Ouyang H, Yin D, Mamitsuka H, Sahinalp C, Radivojac P, Menczer F, Chang Y. Yamada M, Tang J, Lugo-Martinez J, Hodzic E, Shrestha R, Saha A, Ouyang H, Yin D, Mamitsuka H, Sahinalp C, Radivojac P, Menczer F, Chang Y. Ultra High-Dimensional Nonlinear Feature Selection for Big Biological Data Ultra High-Dimensional Nonlinear Feature Selection for Big Biological Data IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 30, 7, 1352-1365 , 30, 7, 1352-1365 IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 30, 7, 1352-1365 2018 有 公開
Mehmet Gönen, Barbara A. Weir, Glenn S. Cowley, Francisca Vazquez, Yuanfang Guan, Alok Jaiswal, Masayuki Karasuyama, Vladislav Uzunangelov, Tao Wang, Aviad Tsherniak, Sara Howell, Daniel Marbach, Bruce Hoff, Thea C. Norman, Antti Airola, Adrian Bivol, Kerstin Bunte, Daniel Carlin, Sahil Chopra, Alden Deran, Kyle Ellrott, Peddinti Gopalacharyulu, Kiley Graim, Samuel Kaski, Suleiman A. Khan, Yulia Newton, Sam Ng, Tapio Pahikkala, Evan Paull, Artem Sokolov, Hao Tang, Jing Tang, Krister Wennerberg, Yang Xie, Xiaowei Zhan, Fan Zhu, Tero Aittokallio, Hiroshi Mamitsuka, Joshua~M. Stuart, Jesse~S. Boehm, David~E. Root, Guanghua Xiao, Gustavo Stolovitzky, William~C. Hahn, Adam~A. Margolin, Bahman Afsari, Antti Airola, Tero Aittokallio, Adrian Bivol, Jesse S. Boehm, Kerstin Bunte, Daniel Carlin, Yu-Chuan Chang, Tenghui Chen, Zechen Chong, Sahil Chopra, Glenn S. Cowley, Alden Deran, Kyle Ellrott, Haitham Elmarakeby, Elana J. Fertig, Emanuel Gon{\c{c}}alves, Mehmet Gönen, Pinghua Gong, Peddinti Gopalacharyulu, Kiley Graim, Yuanfang Guan, Christoph Hafemeister, William C. Hahn, Lenwood Heath, Bruce Hoff, Sara Howell, Alok Jaiswal, Masayuki Karasuyama, Samuel Kaski, {\L}ukasz K{\k{e}}dziorski, Suleiman A. Khan, Niraj Khemka, Erh-kan King, Mario Lauria, Mark Liu, Daniel Machado, Hiroshi Mamitsuka, Daniel Marbach, Adam A. Margolin, Mateusz Mazurkiewicz, Michael P. Menden, Szymon Migacz, Yulia Newton, Sam Ng, Zhi Nie, Thea C. Norman, Tapio Pahikkala, Evan Paull, Paurush Praveen, Corrado Priami, Simone Rizzetto, Miguel Rocha, David E. Root, Cameron Rudd, Witold R. Rudnicki, Julio Saez-Rodriguez, Artem Sokolov, Lei Song, Gustavo Stolovitzky, Joshua M. Stuart, Duanchen Sun, Bence Szalai, Hao Tang, Jing Tang, Aviad Tsherniak, Vladislav Uzunangelov, Francisca Vazquez, Tao Wang, Difei Wang, Barbara A. Weir, Krister Wennerberg, Ling-yun Wu, Guanghua Xiao, Yang Xie, Jieping Ye, Yuting Ye, Xiaowei Zhan, Wanding Zhou, Fan Zhu Mehmet Gönen, Barbara A. Weir, Glenn S. Cowley, Francisca Vazquez, Yuanfang Guan, Alok Jaiswal, Masayuki Karasuyama, Vladislav Uzunangelov, Tao Wang, Aviad Tsherniak, Sara Howell, Daniel Marbach, Bruce Hoff, Thea C. Norman, Antti Airola, Adrian Bivol, Kerstin Bunte, Daniel Carlin, Sahil Chopra, Alden Deran, Kyle Ellrott, Peddinti Gopalacharyulu, Kiley Graim, Samuel Kaski, Suleiman A. Khan, Yulia Newton, Sam Ng, Tapio Pahikkala, Evan Paull, Artem Sokolov, Hao Tang, Jing Tang, Krister Wennerberg, Yang Xie, Xiaowei Zhan, Fan Zhu, Tero Aittokallio, Hiroshi Mamitsuka, Joshua~M. Stuart, Jesse~S. Boehm, David~E. Root, Guanghua Xiao, Gustavo Stolovitzky, William~C. Hahn, Adam~A. Margolin, Bahman Afsari, Antti Airola, Tero Aittokallio, Adrian Bivol, Jesse S. Boehm, Kerstin Bunte, Daniel Carlin, Yu-Chuan Chang, Tenghui Chen, Zechen Chong, Sahil Chopra, Glenn S. Cowley, Alden Deran, Kyle Ellrott, Haitham Elmarakeby, Elana J. Fertig, Emanuel Gon{\c{c}}alves, Mehmet Gönen, Pinghua Gong, Peddinti Gopalacharyulu, Kiley Graim, Yuanfang Guan, Christoph Hafemeister, William C. Hahn, Lenwood Heath, Bruce Hoff, Sara Howell, Alok Jaiswal, Masayuki Karasuyama, Samuel Kaski, {\L}ukasz K{\k{e}}dziorski, Suleiman A. Khan, Niraj Khemka, Erh-kan King, Mario Lauria, Mark Liu, Daniel Machado, Hiroshi Mamitsuka, Daniel Marbach, Adam A. Margolin, Mateusz Mazurkiewicz, Michael P. Menden, Szymon Migacz, Yulia Newton, Sam Ng, Zhi Nie, Thea C. Norman, Tapio Pahikkala, Evan Paull, Paurush Praveen, Corrado Priami, Simone Rizzetto, Miguel Rocha, David E. Root, Cameron Rudd, Witold R. Rudnicki, Julio Saez-Rodriguez, Artem Sokolov, Lei Song, Gustavo Stolovitzky, Joshua M. Stuart, Duanchen Sun, Bence Szalai, Hao Tang, Jing Tang, Aviad Tsherniak, Vladislav Uzunangelov, Francisca Vazquez, Tao Wang, Difei Wang, Barbara A. Weir, Krister Wennerberg, Ling-yun Wu, Guanghua Xiao, Yang Xie, Jieping Ye, Yuting Ye, Xiaowei Zhan, Wanding Zhou, Fan Zhu A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines Cell Systems, 5, 5, 485-497 , 5, 5, 485-497 Cell Systems, 5, 5, 485-497 2017/11 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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Yotsukura, S., duVerle D., Hancock, T., Natsume-Kitatani, Y. and Mamitsuka, H. Yotsukura, S., duVerle D., Hancock, T., Natsume-Kitatani, Y. and Mamitsuka, H. Computational Recognition for Long Non-coding RNA (lncRNA): Software and Databases. Computational Recognition for Long Non-coding RNA (lncRNA): Software and Databases. Briefings in Bioinformatics, 18, 1, 9-27 , 18, 1, 9-27 Briefings in Bioinformatics, 18, 1, 9-27 2017/01 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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Gao, J., Yamada, M., Kaski, S., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Gao, J., Yamada, M., Kaski, S., Mamitsuka, H. and Zhu, S. A Robust Convex Formulations for Ensemble Clustering. A Robust Convex Formulations for Ensemble Clustering. Proceedings of the 25th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2016), 1476-1482 , 1476-1482 Proceedings of the 25th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2016), 1476-1482 2016/07 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mohamed, A., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Mohamed, A., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. NMRPro: An Integrated Web Component for Interactive Processing and Visualization of NMR Spectra. NMRPro: An Integrated Web Component for Interactive Processing and Visualization of NMR Spectra. Bioinformatics, 32, 13, 2067-2068 , 32, 13, 2067-2068 Bioinformatics, 32, 13, 2067-2068 2016/07 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yuan, Q.-J., Gao, J., Wu, D., Zhang, S., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Yuan, Q.-J., Gao, J., Wu, D., Zhang, S., Mamitsuka, H. and Zhu, S. DrugE-Rank: Improving Drug-Target Interaction Prediction of New Candidate Drugs or Targets by Ensemble Learning to Rank. DrugE-Rank: Improving Drug-Target Interaction Prediction of New Candidate Drugs or Targets by Ensemble Learning to Rank. Bioinformatics (Proceedings of the 24th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2016)), 32, 12, i18-i27 , 32, 12, i18-i27 Bioinformatics (Proceedings of the 24th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2016)), 32, 12, i18-i27 2016/06 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Peng, S., You, R., Wang, H., Zhai, C., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Peng, S., You, R., Wang, H., Zhai, C., Mamitsuka, H. and Zhu, S. DeepMeSH: Deep Semantic Representation for Improving Large-scale MeSH Indexing. DeepMeSH: Deep Semantic Representation for Improving Large-scale MeSH Indexing. Bioinformatics (Proceedings of the 24th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2016)), 32, 12, i70-i78 , 32, 12, i70-i78 Bioinformatics (Proceedings of the 24th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2016)), 32, 12, i70-i78 2016/06 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. New Resistance Distances with Global Information on Large Graphs. New Resistance Distances with Global Information on Large Graphs. JMLR Workshop and Conference Proceedings (Proceedings of the Nineteenth International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS 2016)), 51, 639-647 , 51, 639-647 JMLR Workshop and Conference Proceedings (Proceedings of the Nineteenth International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS 2016)), 51, 639-647 2016/05 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Xu, Y., Luo, C., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Xu, Y., Luo, C., Mamitsuka, H. and Zhu, S. MetaMHCpan, A Meta Apporach for Pan-specific MHC Peptide Binding Prediction. MetaMHCpan, A Meta Apporach for Pan-specific MHC Peptide Binding Prediction. Methods in Molecular Biology, 1404, 753-760 , 1404, 753-760 Methods in Molecular Biology, 1404, 753-760 2016/04 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shinkai-Ouchi, F., Koyama, S., Ono, Y., Hata, S., Ojima, K., Shindo, M., duVerle, D., Kitamura, F., Doi, N., Takigawa, I., Mamitsuka, H. and Sorimachi, H. Shinkai-Ouchi, F., Koyama, S., Ono, Y., Hata, S., Ojima, K., Shindo, M., duVerle, D., Kitamura, F., Doi, N., Takigawa, I., Mamitsuka, H. and Sorimachi, H. Predictions of Cleavability of Calpain Proteolysis by Quantitative Structure-Activity Relationship Analysis Using Newly Determined Cleavage Sites and Catalytic Efficiencies of an Oligopeptide Array. Predictions of Cleavability of Calpain Proteolysis by Quantitative Structure-Activity Relationship Analysis Using Newly Determined Cleavage Sites and Catalytic Efficiencies of an Oligopeptide Array. Molecular and Cellular Proteomics, 15, 4, 1262-1280 , 15, 4, 1262-1280 Molecular and Cellular Proteomics, 15, 4, 1262-1280 2016/04 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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Nakamura, A., Takigawa, I., Tosaka, H., Kudo, M. and Mamitsuka, H. Nakamura, A., Takigawa, I., Tosaka, H., Kudo, M. and Mamitsuka, H. Mining Approximate Patterns with Frequent Locally Optimal Occurrences. Mining Approximate Patterns with Frequent Locally Optimal Occurrences. Discrete Applied Mathematics, 200, 123-152 , 200, 123-152 Discrete Applied Mathematics, 200, 123-152 2016/02 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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Wang, B., Chen, X., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Wang, B., Chen, X., Mamitsuka, H. and Zhu, S. BMExpert: Mining MEDLINE for Finding Experts in Biomedical Domains Based on Language Model BMExpert: Mining MEDLINE for Finding Experts in Biomedical Domains Based on Language Model IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 12, 6, 1286-1294 , 12, 6, 1286-1294 IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 12, 6, 1286-1294 2015/06 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yotsukura, S. and Mamitsuka, H. Yotsukura, S. and Mamitsuka, H. Evaluation of Serum-based Cancer Biomarkers: A Brief Review from a Clinical and Computational Viewpoint. Evaluation of Serum-based Cancer Biomarkers: A Brief Review from a Clinical and Computational Viewpoint. Critical Reviews in Oncology/Hematology, 93, 2, 103-115 , 93, 2, 103-115 Critical Reviews in Oncology/Hematology, 93, 2, 103-115 2015/02 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mohamed, A., Hancock, T., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Mohamed, A., Hancock, T., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. NetPathMiner:R/Bioconductor Package for Network Path Mining through Gene Expression. NetPathMiner:R/Bioconductor Package for Network Path Mining through Gene Expression. Bioinformatics, 30, 21, 3139-3141 , 30, 21, 3139-3141 Bioinformatics, 30, 21, 3139-3141 2014/11 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Ding, H., Takigawa, I., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Ding, H., Takigawa, I., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Similarity-based Machine Learning Methods for Predicting Drug-target Interactions: A Brief Review. Similarity-based Machine Learning Methods for Predicting Drug-target Interactions: A Brief Review. Briefings in Bioinformatics, 15, 5, 737-747 , 15, 5, 737-747 Briefings in Bioinformatics, 15, 5, 737-747 2014/09 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Nguyen, C. H., Wicker, N. and Mamitsuka, H. Nguyen, C. H., Wicker, N. and Mamitsuka, H. Selecting Graph Cut Solutions via Global Graph Similarity Selecting Graph Cut Solutions via Global Graph Similarity IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 25, 7, 1407-1412 , 25, 7, 1407-1412 IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 25, 7, 1407-1412 2014/07 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Kayano, M., Shiga, M. and Mamitsuka, H. Kayano, M., Shiga, M. and Mamitsuka, H. Detecting Differentially Coexpressed Genes from Labeled Expression Data:A Brief Review. Detecting Differentially Coexpressed Genes from Labeled Expression Data:A Brief Review. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 11, 1, 154-167 , 11, 1, 154-167 IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 11, 1, 154-167 2014/01 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Karasuyama, M. and Mamitsuka, H. Karasuyama, M. and Mamitsuka, H. Multiple Graph Label Propagation by Sparse Integration. Multiple Graph Label Propagation by Sparse Integration. IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 24, 12, 1999-2012 , 24, 12, 1999-2012 IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 24, 12, 1999-2012 2013/12 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Takahashi, K., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Takahashi, K., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. SiBIC: A Web Server for Generating Gene Set Networks Based on Biclusters Obtained by Maximal Frequent Itemset Mining. SiBIC: A Web Server for Generating Gene Set Networks Based on Biclusters Obtained by Maximal Frequent Itemset Mining. PLoS ONE, 8, 12, e82890 , 8, 12, e82890 PLoS ONE, 8, 12, e82890 2013/12 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Karasuyama, M. and Mamitsuka, H. Karasuyama, M. and Mamitsuka, H. Manifold-based Similarity Adaptation for Label Propagation. Manifold-based Similarity Adaptation for Label Propagation. Proceedings of the Twenty-Seventh Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2013), 1547-1555 , 1547-1555 Proceedings of the Twenty-Seventh Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2013), 1547-1555 2013/12 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Zheng, X., Ding, H., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Zheng, X., Ding, H., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Collaborative Matrix Factorization with Multiple Similarities for Predicting Drug-Target Interactions. Collaborative Matrix Factorization with Multiple Similarities for Predicting Drug-Target Interactions. Proceedings of the Nineteenth ACM SIGKDD International Conference On Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2013), 1025-1033 , 1025-1033 Proceedings of the Nineteenth ACM SIGKDD International Conference On Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2013), 1025-1033 2013/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Shiga, M. and Mamitsuka, H. Shiga, M. and Mamitsuka, H. Variational Bayes Co-clustering with Auxiliary Information. Variational Bayes Co-clustering with Auxiliary Information. Proceedings of the 4th MultiClust Workshop on Multiple Clusterings, Multi-view Data, and Multi-source Knowledge-driven Clustering (MultiClust 2013), Article No.5 , Article No.5 Proceedings of the 4th MultiClust Workshop on Multiple Clusterings, Multi-view Data, and Multi-source Knowledge-driven Clustering (MultiClust 2013), Article No.5 2013/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Gu, J., Feng, W., Zeng, J., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Gu, J., Feng, W., Zeng, J., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Efficient Semi-supervised MEDLINE Document Clustering with MeSH Semantic and Global Content Constraints. Efficient Semi-supervised MEDLINE Document Clustering with MeSH Semantic and Global Content Constraints. IEEE Transactions on Cybernetics, 43, 4, 1265-1276 , 43, 4, 1265-1276 IEEE Transactions on Cybernetics, 43, 4, 1265-1276 2013/07 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Nakamura, A., Saito, T., Takigawa, I., Kudo, M. and Mamitsuka, H. Nakamura, A., Saito, T., Takigawa, I., Kudo, M. and Mamitsuka, H. Fast Algorithms for Finding a Minimum Repetition Representation of Strings and Trees. Fast Algorithms for Finding a Minimum Repetition Representation of Strings and Trees. Discrete Applied Mathematics, 161, 10-11, 1556-1575 , 161, 10-11, 1556-1575 Discrete Applied Mathematics, 161, 10-11, 1556-1575 2013/07 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Wicker, N., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Wicker, N., Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. A New Dissimilarity Measure for Comparing Labeled Graphs. A New Dissimilarity Measure for Comparing Labeled Graphs. Linear Algebra and Its Applications, 438, 5, 2331-2338 , 438, 5, 2331-2338 Linear Algebra and Its Applications, 438, 5, 2331-2338 2013/03 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Yamamoto, T., Nakayama, K., Hirano, H., Tomonaga, T., Ishihama, Y., Yamada, T., Kondo, T., Kodera, Y., Sato, Y., Araki, N., Mamitsuka, H. and Goshima, N. Yamamoto, T., Nakayama, K., Hirano, H., Tomonaga, T., Ishihama, Y., Yamada, T., Kondo, T., Kodera, Y., Sato, Y., Araki, N., Mamitsuka, H. and Goshima, N. Integrated View of the Human Chromosome X-centric Proteome Project. Integrated View of the Human Chromosome X-centric Proteome Project. Journal of Proteome Research, 12, 1, 58-61 , 12, 1, 58-61 Journal of Proteome Research, 12, 1, 58-61 2013/01 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Graph Mining: Procedure, Application to Drug Discovery and Recent Advance. Graph Mining: Procedure, Application to Drug Discovery and Recent Advance. Drug Discovery Today, 18, 1-2, 50-57 , 18, 1-2, 50-57 Drug Discovery Today, 18, 1-2, 50-57 2013/01 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H., DeLisi, C., and Kanehisa, M. Mamitsuka, H., DeLisi, C., and Kanehisa, M. Preface Preface Methods in Molecular Biology, 939, v-vii , 939, v-vii Methods in Molecular Biology, 939, v-vii 2013 英語 公開
duVerle, D. A. and Mamitsuka, H. duVerle, D. A. and Mamitsuka, H. Machine learning sequence classification techniques: Application to cysteine protease cleavage prediction Machine learning sequence classification techniques: Application to cysteine protease cleavage prediction Current Bioinformatics, 7, 4, 415-423 , 7, 4, 415-423 Current Bioinformatics, 7, 4, 415-423 2012/12 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Hancock. T. and Mamitsuka, H. Hancock. T. and Mamitsuka, H. Boosted Network Classifiers for Local Feature Selection. Boosted Network Classifiers for Local Feature Selection. IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 23, 11, 1767-1778 , 23, 11, 1767-1778 IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 23, 11, 1767-1778 2012/11 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Latent Feature Kernels for Link Prediction on Sparse Graphs. Latent Feature Kernels for Link Prediction on Sparse Graphs. IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 23, 11, 1793-1804 , 23, 11, 1793-1804 IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems, 23, 11, 1793-1804 2012/11 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Sorimachi, H., Mamitsuka, H. and Ono, Y. Sorimachi, H., Mamitsuka, H. and Ono, Y. Understanding the Substrate Specificity of Conventional Calpains. Understanding the Substrate Specificity of Conventional Calpains. Biological Chemistry, 393, 9, 853-871 , 393, 9, 853-871 Biological Chemistry, 393, 9, 853-871 2012/09 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Mining from Protein-Protein Interactions. Mining from Protein-Protein Interactions. Wiley Interdisciplinary Reviews: Data Mining and Knowledge Discovery, 2, 5, 400-410 , 2, 5, 400-410 Wiley Interdisciplinary Reviews: Data Mining and Knowledge Discovery, 2, 5, 400-410 2012/09 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
duVerle, D. A. and Mamitsuka, H. duVerle, D. A. and Mamitsuka, H. A Review of Statistical Methods for Prediction of Proteolytic Cleavage. A Review of Statistical Methods for Prediction of Proteolytic Cleavage. Briefings in Bioinformatics, 13, 3, 337-349 , 13, 3, 337-349 Briefings in Bioinformatics, 13, 3, 337-349 2012/05 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Zhang, L, Udaka, K, Mamitsuka, H. and Zhu, S. Zhang, L, Udaka, K, Mamitsuka, H. and Zhu, S. Toward More Accurate Pan-Specific MHC-Peptide Binding Prediction: A Review of Current Methods and Tools. Toward More Accurate Pan-Specific MHC-Peptide Binding Prediction: A Review of Current Methods and Tools. Briefings in Bioinformatics, 13, 3, 350-364 , 13, 3, 350-364 Briefings in Bioinformatics, 13, 3, 350-364 2012/05 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shiga, M. and Mamitsuka, H. Shiga, M. and Mamitsuka, H. A Variational Bayesian Framework for Clustering with Multiple Graphs. A Variational Bayesian Framework for Clustering with Multiple Graphs. IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 24, 4, 577-589 , 24, 4, 577-589 IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 24, 4, 577-589 2012/04 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shiga, M. and Mamitsuka, H. Shiga, M. and Mamitsuka, H. Efficient Semi-Supervised Learning on Locally Informative Multiple Graphs. Efficient Semi-Supervised Learning on Locally Informative Multiple Graphs. Pattern Recognition, 45, 3, 1035-1049 , 45, 3, 1035-1049 Pattern Recognition, 45, 3, 1035-1049 2012/03 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Hancock, T, Wicker, N., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Hancock, T, Wicker, N., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Identifying Neighborhoods of Coordinated Gene Expression and Metabolite Profiles. Identifying Neighborhoods of Coordinated Gene Expression and Metabolite Profiles. PLoS ONE, 7, 2, e31345 , 7, 2, e31345 PLoS ONE, 7, 2, e31345 2012/02 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Zhang, L, Chen, Y., Wong, H.-S., Zhou, S., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Zhang, L, Chen, Y., Wong, H.-S., Zhou, S., Mamitsuka, H. and Zhu, S. TEPITOPEpan: Extending TEPITOPE for Peptide Binding Prediction Covering over 700 HLA-DR Molecules. TEPITOPEpan: Extending TEPITOPE for Peptide Binding Prediction Covering over 700 HLA-DR Molecules. PLoS ONE, 7, 2, e30483 , 7, 2, e30483 PLoS ONE, 7, 2, e30483 2012/02 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shiga, M. and Mamitsuka, H. Shiga, M. and Mamitsuka, H. Clustering Genes with Expression and Beyond. Clustering Genes with Expression and Beyond. Wiley Interdisciplinary Reviews: Data Mining and Knowledge Discovery, 1, 6, 496-511 , 1, 6, 496-511 Wiley Interdisciplinary Reviews: Data Mining and Knowledge Discovery, 1, 6, 496-511 2011/11 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Hu, X., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Hu, X., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Ensemble Approaches for Improving HLA Class I-peptide Binding Prediction. Ensemble Approaches for Improving HLA Class I-peptide Binding Prediction. Journal of Immunological Methods, 374, 1-2, 47-52 , 374, 1-2, 47-52 Journal of Immunological Methods, 374, 1-2, 47-52 2011/11 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Kernels for Link Prediction with Latent Feature Models. Kernels for Link Prediction with Latent Feature Models. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery of Databases (ECML/PKDD 2011)), 6912, II, 517-532 , 6912, II, 517-532 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery of Databases (ECML/PKDD 2011)), 6912, II, 517-532 2011/09 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Nguyen, C. H. and Mamitsuka, H. Discriminative Graph Embedding for Label Propagation. Discriminative Graph Embedding for Label Propagation. IEEE Transactions on Neural Networks, 22, 9, 1395-1405 , 22, 9, 1395-1405 IEEE Transactions on Neural Networks, 22, 9, 1395-1405 2011/09 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Natsume-Kitatani, Y., Shiga, M. and Mamitsuka, H. Natsume-Kitatani, Y., Shiga, M. and Mamitsuka, H. Genome-wide Integration on Transcription Factors, Histone Acetylation and Gene Expression Reveals Genes Co-regulated by Histone Modification Patterns. Genome-wide Integration on Transcription Factors, Histone Acetylation and Gene Expression Reveals Genes Co-regulated by Histone Modification Patterns. PLoS ONE, 6, 7, e22281 , 6, 7, e22281 PLoS ONE, 6, 7, e22281 2011/07 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Kayano, M., Takigawa, I., Shiga, M., Tsuda, K. and Mamitsuka, H. Kayano, M., Takigawa, I., Shiga, M., Tsuda, K. and Mamitsuka, H. ROS-DET: Robust Detector of Switching Mechanisms in Gene Expression. ROS-DET: Robust Detector of Switching Mechanisms in Gene Expression. Nucleic Acids Research, 39, 11, e74 , 39, 11, e74 Nucleic Acids Research, 39, 11, e74 2011/06 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
duVerle, D., Ono, Y., Sorimachi, H. and Mamitsuka, H. duVerle, D., Ono, Y., Sorimachi, H. and Mamitsuka, H. Calpain Cleavage Prediction Using Multiple Kernel Learning. Calpain Cleavage Prediction Using Multiple Kernel Learning. PLoS ONE, 6, 5, e19035 , 6, 5, e19035 PLoS ONE, 6, 5, e19035 2011/05 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shiga, M., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Shiga, M., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. A Spectral Approach to Clustering Numerical Vectors as Nodes in a Network. A Spectral Approach to Clustering Numerical Vectors as Nodes in a Network. Pattern Recognition, 44, 2, 236-251 , 44, 2, 236-251 Pattern Recognition, 44, 2, 236-251 2011/02 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Efficiently Mining δ-tolerance Closed Frequent Subgraphs Efficiently Mining δ-tolerance Closed Frequent Subgraphs Machine Learning, 82, 2, 95-121 , 82, 2, 95-121 Machine Learning, 82, 2, 95-121 2011/02 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Takigawa, I., Tsuda, K. and Mamitsuka, H. Takigawa, I., Tsuda, K. and Mamitsuka, H. Mining Significant Substructure Pairs for Interpreting Polypharmacology in Drug-target Network. Mining Significant Substructure Pairs for Interpreting Polypharmacology in Drug-target Network. PLoS ONE, 6, 2, e16999 , 6, 2, e16999 PLoS ONE, 6, 2, e16999 2011/02 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Glycoinformatics: Data Mining-based Approaches. Glycoinformatics: Data Mining-based Approaches. Chimia, 65, 1-2, 10-13 , 65, 1-2, 10-13 Chimia, 65, 1-2, 10-13 2011/01 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Takigawa, I., Hashimoto, K., Shiga, M., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Takigawa, I., Hashimoto, K., Shiga, M., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Mining Patterns from Glycan Structures. Mining Patterns from Glycan Structures. Proceedings of the International Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics, 13-24 , 13-24 Proceedings of the International Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics, 13-24 2010/12 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Nakamura, A., Saito, T., Takigawa, I., Mamitsuka, H. and Kudo, M. Nakamura, A., Saito, T., Takigawa, I., Mamitsuka, H. and Kudo, M. Algorithms for Finding a Minimum Repetition Representation of a String. Algorithms for Finding a Minimum Repetition Representation of a String. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Seventeenth Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2010)), 6393, 185-190 , 6393, 185-190 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Seventeenth Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2010)), 6393, 185-190 2010/10 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Li, L., Ching, W-K., Chan, Y-M. and Mamitsuka, H. Li, L., Ching, W-K., Chan, Y-M. and Mamitsuka, H. On Network-based Kernel Methods for Protein-Protein Interactions with Applications in Protein Functions Prediction. On Network-based Kernel Methods for Protein-Protein Interactions with Applications in Protein Functions Prediction. Journal of Systems Science and Complexity, 23, 5, 917-930 , 23, 5, 917-930 Journal of Systems Science and Complexity, 23, 5, 917-930 2010/10 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shiga, M. and Mamitsuka, H. Shiga, M. and Mamitsuka, H. Variational Bayes Learning over Multiple Graphs. Variational Bayes Learning over Multiple Graphs. Proceedings of the IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing (MLSP 2010), 166-171 , 166-171 Proceedings of the IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing (MLSP 2010), 166-171 2010/09 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Lam, T. H., Mamitsuka, H., Ren, E. C., and Tong, J. C. Lam, T. H., Mamitsuka, H., Ren, E. C., and Tong, J. C. TAP Hunter: A SVM-based System for Predicting TAP Ligands using Local Description of Amino Acid Sequence. TAP Hunter: A SVM-based System for Predicting TAP Ligands using Local Description of Amino Acid Sequence. Immunome Research (Proceedings of the Ninth International Conference on Bioinformatics (InCoB 2010)), 6, SUPPL. 1, S6 , 6, SUPPL. 1, S6 Immunome Research (Proceedings of the Ninth International Conference on Bioinformatics (InCoB 2010)), 6, SUPPL. 1, S6 2010/09 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Hancock, T., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Hancock, T., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Mining Metabolic Pathways through Gene Expression. Mining Metabolic Pathways through Gene Expression. Bioinformatics, 26, 17, 2128-2135 , 26, 17, 2128-2135 Bioinformatics, 26, 17, 2128-2135 2010/09 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Kayano, M., Takigawa, I., Shiga, M., Tsuda, K. and Mamitsuka, H. Kayano, M., Takigawa, I., Shiga, M., Tsuda, K. and Mamitsuka, H. On the Performance of Methods for Finding a Switching Mechanism in Gene Expression. On the Performance of Methods for Finding a Switching Mechanism in Gene Expression. Genome Informatics (Proceedings of the Tenth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2010)), 24, 69-83 , 24, 69-83 Genome Informatics (Proceedings of the Tenth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2010)), 24, 69-83 2010/07 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Hu, X., Zhou, W., Udaka, K., Mamitsuka, H. and Zhu, S. Hu, X., Zhou, W., Udaka, K., Mamitsuka, H. and Zhu, S. MetaMHC: A Meta Approach to Predict Peptides Binding to MHC Molecules. MetaMHC: A Meta Approach to Predict Peptides Binding to MHC Molecules. Nucleic Acids Research, 38, W474-W479 , 38, W474-W479 Nucleic Acids Research, 38, W474-W479 2010/07 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Hancock, T. and Mamitsuka, H. Hancock, T. and Mamitsuka, H. Boosted Optimization for Network Classification. Boosted Optimization for Network Classification. JMLR Workshop and Conference Proceedings (Proceedings of the Thirteenth International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS 2010)), 9, 305-312 , 9, 305-312 JMLR Workshop and Conference Proceedings (Proceedings of the Thirteenth International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS 2010)), 9, 305-312 2010/05 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Hancock, T. and Mamitsuka, H. Hancock, T. and Mamitsuka, H. A Markov Classification Model for Metabolic Pathways. A Markov Classification Model for Metabolic Pathways. Algorithms for Molecular Biology, 5, 1, 10 , 5, 1, 10 Algorithms for Molecular Biology, 5, 1, 10 2010/01 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Wan, R., Kiseleva, L., Harada, H., Mamitsuka, H. and Horton, P. Wan, R., Kiseleva, L., Harada, H., Mamitsuka, H. and Horton, P. HAMSTER: Visualizing Microarray Experiments as a Set of Minimum Spanning Trees. HAMSTER: Visualizing Microarray Experiments as a Set of Minimum Spanning Trees. Source Code for Biology and Medicine, 4, 1, Article 8 , 4, 1, Article 8 Source Code for Biology and Medicine, 4, 1, Article 8 2009/12 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
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Wan, R, Vo, A. N. and Mamitsuka, H. Wan, R, Vo, A. N. and Mamitsuka, H. Efficient Probabilistic Latent Semantic Analysis Through Parallelization. Efficient Probabilistic Latent Semantic Analysis Through Parallelization. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Fifth Asian Information Retrieval Symposium (AIRS 2009)), 5839, 432-443 , 5839, 432-443 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Fifth Asian Information Retrieval Symposium (AIRS 2009)), 5839, 432-443 2009/10 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Hancock, T. and Mamitsuka, H. Hancock, T. and Mamitsuka, H. A Markov Classification Model for Metabolic Pathways. A Markov Classification Model for Metabolic Pathways. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Ninth Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009)), 5724, 121-132 , 5724, 121-132 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Ninth Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2009)), 5724, 121-132 2009/09 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Zhu, S., Takigawa, I., Zeng, J. and Mamitsuka, H. Zhu, S., Takigawa, I., Zeng, J. and Mamitsuka, H. Field Independent Probabilistic Model for Clustering Multi-Field Documents. Field Independent Probabilistic Model for Clustering Multi-Field Documents. Information Processing and Management, 45, 5, 555-570 , 45, 5, 555-570 Information Processing and Management, 45, 5, 555-570 2009/09 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Zhu, S., Zeng, J. and Mamitsuka, H. Zhu, S., Zeng, J. and Mamitsuka, H. Enhancing MEDLINE Document Clustering by Incorporating MeSH Semantic Similarity. Enhancing MEDLINE Document Clustering by Incorporating MeSH Semantic Similarity. Bioinformatics, 25, 15, 1944-1951 , 25, 15, 1944-1951 Bioinformatics, 25, 15, 1944-1951 2009/08 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Hancock, T. and Mamitsuka, H. Hancock, T. and Mamitsuka, H. Active Pathway Identification and Classification with Probabilistic Ensembles. Active Pathway Identification and Classification with Probabilistic Ensembles. Genome Informatics (Proceedings of the Ninth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2009)), 22, 30-40 , 22, 30-40 Genome Informatics (Proceedings of the Ninth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2009)), 22, 30-40 2009/07 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
duVerle, D. A,, Takigawa, I., Ono, Y., Sorimachi, H. and Mamitsuka, H. duVerle, D. A,, Takigawa, I., Ono, Y., Sorimachi, H. and Mamitsuka, H. CaMPDB: a Resource for Calpain and Modulatory Proteolysis. CaMPDB: a Resource for Calpain and Modulatory Proteolysis. Genome Informatics (Proceedings of the Ninth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2009)), 22, 202-214 , 22, 202-214 Genome Informatics (Proceedings of the Ninth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2009)), 22, 202-214 2009/07 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Li, L., Shiga, M., Ching, W.-K. and Mamitsuka, H. Li, L., Shiga, M., Ching, W.-K. and Mamitsuka, H. Annotating Gene Functions with Integrative Spectral Clustering on Microarray Expressions and Sequences. Annotating Gene Functions with Integrative Spectral Clustering on Microarray Expressions and Sequences. Genome Informatics (Proceedings of the Ninth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2009)), 22, 95-120 , 22, 95-120 Genome Informatics (Proceedings of the Ninth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2009)), 22, 95-120 2009/07 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Hashimoto, K., Takigawa, I., Shiga, M., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Hashimoto, K., Takigawa, I., Shiga, M., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Mining Significant Tree Patterns in Carbohydrate Sugar Chains. Mining Significant Tree Patterns in Carbohydrate Sugar Chains. Bioinformatics (Proceedings of the Seventh European Conference on Computational Biology (ECCB 2008)), 24, 16, i167-i173 , 24, 16, i167-i173 Bioinformatics (Proceedings of the Seventh European Conference on Computational Biology (ECCB 2008)), 24, 16, i167-i173 2008/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Hancock, T. and Mamitsuka, H. Hancock, T. and Mamitsuka, H. Semi-Supervised Graph Partitioning with Decision Trees. Semi-Supervised Graph Partitioning with Decision Trees. Genome Informatics (Proceedings of the Eighth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2008)), 20, 102-111 , 20, 102-111 Genome Informatics (Proceedings of the Eighth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2008)), 20, 102-111 2008/06 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Wan,, R. Wheelock, A. and Mamitsuka, H. Wan,, R. Wheelock, A. and Mamitsuka, H. A Framework for Determining Outlying Microarray Experiments. A Framework for Determining Outlying Microarray Experiments. Genome Informatics (Proceedings of the Eighth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2008)), 20, 64-76 , 20, 64-76 Genome Informatics (Proceedings of the Eighth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2008)), 20, 64-76 2008/06 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Hashimoto, K., Aoki-Kinoshita, K. F., Ueda, N., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Hashimoto, K., Aoki-Kinoshita, K. F., Ueda, N., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. A New Efficient Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees Applied to Glycobiology. A New Efficient Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees Applied to Glycobiology. ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data, 2, 1, Article No. 6 , 2, 1, Article No. 6 ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data, 2, 1, Article No. 6 2008/03 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Informatic Innovations in Glycobiology: Relevance to Drug Discovery. Informatic Innovations in Glycobiology: Relevance to Drug Discovery. Drug Discovery Today, 13, 3-4, 118-123 , 13, 3-4, 118-123 Drug Discovery Today, 13, 3-4, 118-123 2008/02 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Probabilistic Path Ranking Based on Adjacent Pairwise Coexpression for Metabolic Transcripts Analysis. Probabilistic Path Ranking Based on Adjacent Pairwise Coexpression for Metabolic Transcripts Analysis. Bioinformatics, 24, 2, 250-257 , 24, 2, 250-257 Bioinformatics, 24, 2, 250-257 2008/01 有 英語 公開
Kadowaki, T., Wheelock, C. E., Adachi, T., Kudo, T., Okamoto, S., Tanaka, N., Tonomura, K., Tsujimoto, G., Mamitsuka, H., Goto, S. and Kanehisa, M. Kadowaki, T., Wheelock, C. E., Adachi, T., Kudo, T., Okamoto, S., Tanaka, N., Tonomura, K., Tsujimoto, G., Mamitsuka, H., Goto, S. and Kanehisa, M. Identification of Endocrine Disruptor Biodegradation by Integration of Structure-activity Relationship with Pathway Analysis. Identification of Endocrine Disruptor Biodegradation by Integration of Structure-activity Relationship with Pathway Analysis. Environmental Science and Technology, 41, 23, 7997-8003 , 41, 23, 7997-8003 Environmental Science and Technology, 41, 23, 7997-8003 2007/12 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. and Abe, N. Mamitsuka, H. and Abe, N. Active Ensemble Learning: Application to Data Mining and Bioinformatics. Active Ensemble Learning: Application to Data Mining and Bioinformatics. Systems and Computers in Japan, 38, 11, 100-108 , 38, 11, 100-108 Systems and Computers in Japan, 38, 11, 100-108 2007/10 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Shiga, M., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Shiga, M., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. A Spectral Clustering Approach to Optimally Combining Numerical Vectors with a Modular Network. A Spectral Clustering Approach to Optimally Combining Numerical Vectors with a Modular Network. Proceedings of the Thirteenth ACM SIGKDD International Conference On Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2007), 647-656 , 647-656 Proceedings of the Thirteenth ACM SIGKDD International Conference On Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2007), 647-656 2007/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Yoneya, T. and Mamitsuka, H. Yoneya, T. and Mamitsuka, H. PURE: A PubMed Article Recommendation System Based on Content-based Filtering. PURE: A PubMed Article Recommendation System Based on Content-based Filtering. Genome Informatics (Proceedings of the Seventh Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2007)), 18, 267-276 , 18, 267-276 Genome Informatics (Proceedings of the Seventh Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2007)), 18, 267-276 2007/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Shiga, M., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Shiga, M., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Annotating Gene Function by Combining Expression Data with a Modular Gene Network. Annotating Gene Function by Combining Expression Data with a Modular Gene Network. Bioinformatics (Proceedings of the Fifteenth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2007)), 23, 13, i468-i478 , 23, 13, i468-i478 Bioinformatics (Proceedings of the Fifteenth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2007)), 23, 13, i468-i478 2007/07 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Zhu, S., Takigawa, I., Zhang, S. and Mamitsuka, H. Zhu, S., Takigawa, I., Zhang, S. and Mamitsuka, H. A Probabilistic Model for Clustering Text Documents with Multiple Fields. A Probabilistic Model for Clustering Text Documents with Multiple Fields. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Twenty-Ninth European Conference on Information Retrieval (ECIR 2007)), 4425, 331-342 , 4425, 331-342 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Twenty-Ninth European Conference on Information Retrieval (ECIR 2007)), 4425, 331-342 2007/04 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Yoneya, T. and Mamitsuka, H. Yoneya, T. and Mamitsuka, H. A Hidden Markov Model-based Approach for Identifying Timing Differences in Gene Expression under Different Experiment. A Hidden Markov Model-based Approach for Identifying Timing Differences in Gene Expression under Different Experiment. Bioinformatics, 23, 7, 842-849 , 23, 7, 842-849 Bioinformatics, 23, 7, 842-849 2007/04 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Selecting Features in Microarray Classification Using ROC Curves. Selecting Features in Microarray Classification Using ROC Curves. Pattern Recognition, 39, 12, 2393-2404 , 39, 12, 2393-2404 Pattern Recognition, 39, 12, 2393-2404 2006/12 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Wan, R., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Wan, R., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Applying Gaussian Distribution-dependent Criteria to Decision Trees for High-Dimensional Microarray Data. Applying Gaussian Distribution-dependent Criteria to Decision Trees for High-Dimensional Microarray Data. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of 2006 VLDB Workshop on Data Mining in Bioinformatics), 4316, 40-49 , 4316, 40-49 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of 2006 VLDB Workshop on Data Mining in Bioinformatics), 4316, 40-49 2006/09 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Hashimoto, K., Aoki-Kinoshita, K. F., Ueda, N., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Hashimoto, K., Aoki-Kinoshita, K. F., Ueda, N., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. A New Efficient Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees. A New Efficient Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees. Proceedings of the Twelfth ACM SIGKDD International Conference On Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2006), 177-186 , 177-186 Proceedings of the Twelfth ACM SIGKDD International Conference On Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2006), 177-186 2006/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Aoki-Kinoshita, K. F., Ueda, N., Mamitsuka, H. and Kanehisa, M. Aoki-Kinoshita, K. F., Ueda, N., Mamitsuka, H. and Kanehisa, M. ProfilePSTMM: Capturing Tree-structure Motifs in Carbohydrate Sugar Chains. ProfilePSTMM: Capturing Tree-structure Motifs in Carbohydrate Sugar Chains. Bioinformatics (Proceedings of the Fourteenth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2006)), 22, 14, e25-e34 , 22, 14, e25-e34 Bioinformatics (Proceedings of the Fourteenth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2006)), 22, 14, e25-e34 2006/07 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Zhu, S., Udaka, K., Sidney, J., Sette, A., Aoki-Kinoshita, K. F. and Mamitsuka, H. Zhu, S., Udaka, K., Sidney, J., Sette, A., Aoki-Kinoshita, K. F. and Mamitsuka, H. Improving MHC Binding Peptide Prediction by Incorporating Binding Data of Auxiliary MHC Molecules. Improving MHC Binding Peptide Prediction by Incorporating Binding Data of Auxiliary MHC Molecules. Bioinformatics, 22, 13, 1648-1655 , 22, 13, 1648-1655 Bioinformatics, 22, 13, 1648-1655 2006/07 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Query-Learning-Based Iterative Feature-Subset Selection for Learning from High-Dimensional Data Sets. Query-Learning-Based Iterative Feature-Subset Selection for Learning from High-Dimensional Data Sets. Knowledge and Information Systems, 9, 1, 91-108 , 9, 1, 91-108 Knowledge and Information Systems, 9, 1, 91-108 2006/01 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Zhu, S., Okuno, Y., Tsujimoto, G. and Mamitsuka, H. Zhu, S., Okuno, Y., Tsujimoto, G. and Mamitsuka, H. Application of a New Probabilistic Model for Mining Implicit Associated Cancer Genes from OMIM and Medline. Application of a New Probabilistic Model for Mining Implicit Associated Cancer Genes from OMIM and Medline. Cancer Informatics, 2, 361-371 , 2, 361-371 Cancer Informatics, 2, 361-371 2006 有 英語 公開
Cios, J. K., Mamitsuka, H., Nagashima, T. and Tadeusiewicz, R. Cios, J. K., Mamitsuka, H., Nagashima, T. and Tadeusiewicz, R. Computational Intelligence in Soving Bioinformatics Problems. Computational Intelligence in Soving Bioinformatics Problems. Artificial Intelligence in Medicine, 35, 1-2, 1-8 , 35, 1-2, 1-8 Artificial Intelligence in Medicine, 35, 1-2, 1-8 2005/09 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Finding the Biologically Optimum Alignment of Multiple Sequences. Finding the Biologically Optimum Alignment of Multiple Sequences. Artificial Intelligence in Medicine, 35, 1-2, 9-18 , 35, 1-2, 9-18 Artificial Intelligence in Medicine, 35, 1-2, 9-18 2005/09 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Zhu, S., Okuno, Y., Tsujimoto, G. and Mamitsuka, H. Zhu, S., Okuno, Y., Tsujimoto, G. and Mamitsuka, H. A Probabilistic Model for Mining Implicit "Chemical Compound - Gene" Relations from Literature. A Probabilistic Model for Mining Implicit "Chemical Compound - Gene" Relations from Literature. Bioinformatics (Proceedings of the Fourth European Conference on Computational Biology (ECCB/JBI2005)), 21, Suppl. 2, ii245-ii251 , 21, Suppl. 2, ii245-ii251 Bioinformatics (Proceedings of the Fourth European Conference on Computational Biology (ECCB/JBI2005)), 21, Suppl. 2, ii245-ii251 2005/09 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Yamada, T., Kawashima, S., Mamitsuka, H., Goto, S. and Kanehisa, M. Yamada, T., Kawashima, S., Mamitsuka, H., Goto, S. and Kanehisa, M. Comprehensive Analysis and Prediction of Synthetic Lethality Using Subcellular Locations. Comprehensive Analysis and Prediction of Synthetic Lethality Using Subcellular Locations. Genome Informatics (Proceedings of the Fourth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2005)), 16, 1, 150-158 , 16, 1, 150-158 Genome Informatics (Proceedings of the Fourth Annual Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB 2005)), 16, 1, 150-158 2005/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Ueda, N., Aoki-Kinoshita, K. F., Yamaguchi, A., Akutsu, T. and Mamitsuka, H. Ueda, N., Aoki-Kinoshita, K. F., Yamaguchi, A., Akutsu, T. and Mamitsuka, H. A Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees: Capturing Patterns in Carbohydrate Sugar Chains. A Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees: Capturing Patterns in Carbohydrate Sugar Chains. IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 17, 8, 1051-1064 , 17, 8, 1051-1064 IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 17, 8, 1051-1064 2005/08 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Mining New Protein-Protein Interactions. Mining New Protein-Protein Interactions. IEEE Engineering in Medicine and Biology Magazine, 24, 3, 103-108 , 24, 3, 103-108 IEEE Engineering in Medicine and Biology Magazine, 24, 3, 103-108 2005/05 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Essential Latent Knowledge for Protein-Protein Interactions: Analysis by Unsupervised Learning Approach. Essential Latent Knowledge for Protein-Protein Interactions: Analysis by Unsupervised Learning Approach. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2, 2, 119-130 , 2, 2, 119-130 IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2, 2, 119-130 2005/04 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Aoki, K. F., Mamitsuka, H., Akutsu, T. and Kanehisa, M. Aoki, K. F., Mamitsuka, H., Akutsu, T. and Kanehisa, M. A Score Matrix to Reveal the Hidden Links in Glycans. A Score Matrix to Reveal the Hidden Links in Glycans. Bioinformatics, 21, 8, 1457-1463 , 21, 8, 1457-1463 Bioinformatics, 21, 8, 1457-1463 2005/04 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Wan, R., Mamitsuka, H. and Aoki, K. F. Wan, R., Mamitsuka, H. and Aoki, K. F. Cleaning Microarray Expression Data Using Markov Random Field Based-on Profile Similarity. Cleaning Microarray Expression Data Using Markov Random Field Based-on Profile Similarity. Proceedings of the Twentieth ACM Symposium on Applied Computing (SAC2005), 206-207 , 206-207 Proceedings of the Twentieth ACM Symposium on Applied Computing (SAC2005), 206-207 2005/03 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Efficient Unsupervised Mining from Noisy Co-occurrence Data Efficient Unsupervised Mining from Noisy Co-occurrence Data New Mathematics and Natural Computation, 1, 1, 173-193 , 1, 1, 173-193 New Mathematics and Natural Computation, 1, 1, 173-193 2005/03 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Igarashi, Y., Aoki, K. F., Mamitsuka, H., Kuma, K. and Kanehisa, M. Igarashi, Y., Aoki, K. F., Mamitsuka, H., Kuma, K. and Kanehisa, M. The Evolutionary Repertoires of the Eukaryotic-type ABC Transporters in terms of the Phylogeny of ATP-binding Domains in Eukaryotes and Prokaryotes. The Evolutionary Repertoires of the Eukaryotic-type ABC Transporters in terms of the Phylogeny of ATP-binding Domains in Eukaryotes and Prokaryotes. Molecular Biology and Evolution, 21, 11, 2149-2160 , 21, 11, 2149-2160 Molecular Biology and Evolution, 21, 11, 2149-2160 2004/11 有 英語 公開
Yamaguchi, A., Aoki, K. F. and Mamitsuka, H. Yamaguchi, A., Aoki, K. F. and Mamitsuka, H. Finding the Maximum Common Subgraph of a Partial k-Tree and a Graph with a Polynomially Bounded Number of Spanning Trees. Finding the Maximum Common Subgraph of a Partial k-Tree and a Graph with a Polynomially Bounded Number of Spanning Trees. Information Processing Letters, 92, 2, 57-63 , 92, 2, 57-63 Information Processing Letters, 92, 2, 57-63 2004/10 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. and Okuno, Y. Mamitsuka, H. and Okuno, Y. A Hierarchical Mixture of Markov Models for Finding Biologically Active Metabolic Paths using Gene Expression and Protein Classes A Hierarchical Mixture of Markov Models for Finding Biologically Active Metabolic Paths using Gene Expression and Protein Classes Proceedings of the IEEE Computational Systems Bioinformatics Conference (CSB 2004), 341-352 , 341-352 Proceedings of the IEEE Computational Systems Bioinformatics Conference (CSB 2004), 341-352 2004/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Aoki, K. F., Ueda, N., Yamaguchi, A., Kanehisa, M., Akutsu, T. and Mamitsuka, H. Aoki, K. F., Ueda, N., Yamaguchi, A., Kanehisa, M., Akutsu, T. and Mamitsuka, H. Application of a New Probabilistic Model for Recognizing Complex Patterns in Glycans. Application of a New Probabilistic Model for Recognizing Complex Patterns in Glycans. Bioinformatics (Proceedings of the Twelfth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB/ECCB2004)), 20, SUPPL. 1, i6-i14 , 20, SUPPL. 1, i6-i14 Bioinformatics (Proceedings of the Twelfth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB/ECCB2004)), 20, SUPPL. 1, i6-i14 2004/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Aoki, K. F., Yamaguchi, A., Ueda, H., Akutsu, T., Mamitsuka, H., Goto, S. and Kanehisa, M. Aoki, K. F., Yamaguchi, A., Ueda, H., Akutsu, T., Mamitsuka, H., Goto, S. and Kanehisa, M. KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher): A Software Tool for Analyzing the Structures of Carbohydrate Sugar Chains. KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher): A Software Tool for Analyzing the Structures of Carbohydrate Sugar Chains. Nucleic Acids Research, 32, Suppl. 2, W267-W272 , 32, Suppl. 2, W267-W272 Nucleic Acids Research, 32, Suppl. 2, W267-W272 2004/07 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Aoki, K. F., Ueda, N., Yamaguchi, A., Akutsu, T., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Aoki, K. F., Ueda, N., Yamaguchi, A., Akutsu, T., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Managing and Analyzing Carbohydrate Data. Managing and Analyzing Carbohydrate Data. ACM SIGMOD Record, 33, 2, 33-38 , 33, 2, 33-38 ACM SIGMOD Record, 33, 2, 33-38 2004/06 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Ueda, N., Aoki, K. F. and Mamitsuka, H. Ueda, N., Aoki, K. F. and Mamitsuka, H. A General Probabilistic Framework for Mining Labeled Ordered Trees. A General Probabilistic Framework for Mining Labeled Ordered Trees. Proceedings of the Fourth SIAM International Conference on Data Mining (SDM 2004), 357-368 , 357-368 Proceedings of the Fourth SIAM International Conference on Data Mining (SDM 2004), 357-368 2004/04 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Finding the Maximum Common Subgraph of a Partial k-Tree and a Graph with a Polynomially Bounded Number of Spanning Trees. Finding the Maximum Common Subgraph of a Partial k-Tree and a Graph with a Polynomially Bounded Number of Spanning Trees. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Fourteenth International Symposium on Algorithm and Computation (ISAAC 2003)), 2906, 58-67 , 2906, 58-67 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Fourteenth International Symposium on Algorithm and Computation (ISAAC 2003)), 2906, 58-67 2003/12 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Aoki, K. F., Yamaguchi, A., Okuno, Y., Akutsu, T., Ueda, N., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Aoki, K. F., Yamaguchi, A., Okuno, Y., Akutsu, T., Ueda, N., Kanehisa, M. and Mamitsuka, H. Efficient Tree Matching Methods for Accurate Carbohydrate Database Queries. Efficient Tree Matching Methods for Accurate Carbohydrate Database Queries. Genome Informatics (Proceedings of the Fourteenth International Conference on Genome Informatics), 14, 134-143 , 14, 134-143 Genome Informatics (Proceedings of the Fourteenth International Conference on Genome Informatics), 14, 134-143 2003/12 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H., Okuno, Y. and Yamaguchi, A. Mamitsuka, H., Okuno, Y. and Yamaguchi, A. Mining Biologically Active Patterns in Metabolic Pathways using Microarray Expression Profiles Mining Biologically Active Patterns in Metabolic Pathways using Microarray Expression Profiles ACM SIGKDD Explorations, 5, 2, 113-121 , 5, 2, 113-121 ACM SIGKDD Explorations, 5, 2, 113-121 2003/12 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Efficient Mining from Heterogeneous Data Sets for Predicting Protein-Protein Interactions Efficient Mining from Heterogeneous Data Sets for Predicting Protein-Protein Interactions Proceedings of the Fourteenth International Workhop on Database and Expert Systems Applications, 32-36 , 32-36 Proceedings of the Fourteenth International Workhop on Database and Expert Systems Applications, 32-36 2003/09 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Hierarchical Latent Knowledge Analysis for Co-occurrence Data. Hierarchical Latent Knowledge Analysis for Co-occurrence Data. Proceedings of the Twenties International Conference on Machine Learning (ICML 2003), 504-511 , 504-511 Proceedings of the Twenties International Conference on Machine Learning (ICML 2003), 504-511 2003/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Selective Sampling with a Hierarchical Latent Variable Model. Selective Sampling with a Hierarchical Latent Variable Model. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Fifth International Symposium on Intelligent Data Analysis (IDA 2003)), 2810, 352-363 , 2810, 352-363 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Fifth International Symposium on Intelligent Data Analysis (IDA 2003)), 2810, 352-363 2003/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Efficient Unsupervised Mining from Noisy Data Sets: Application to Clustering Co-occurrence Data. Efficient Unsupervised Mining from Noisy Data Sets: Application to Clustering Co-occurrence Data. Proceedings of the Third SIAM International Conference on Data Mining (SDM 2003), 239-243 , 239-243 Proceedings of the Third SIAM International Conference on Data Mining (SDM 2003), 239-243 2003/05 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Empirical Evaluation of Ensemble Feature Subset Selection Methods for Learning from a High-Dimensional Database in Drug Design Empirical Evaluation of Ensemble Feature Subset Selection Methods for Learning from a High-Dimensional Database in Drug Design Proceedings of the Third IEEE International Symposium on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2003), 253-257 , 253-257 Proceedings of the Third IEEE International Symposium on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2003), 253-257 2003/03 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Detecting Experimental Noise in Protein-Protein Interactions with Iterative Sampling and Model-based Clustering. Detecting Experimental Noise in Protein-Protein Interactions with Iterative Sampling and Model-based Clustering. Proceedings of the Third IEEE International Symposium on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2003), 385-392 , 385-392 Proceedings of the Third IEEE International Symposium on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2003), 385-392 2003/03 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Udaka, K., Mamitsuka, H., Nakaseko, H. and Abe, N. Udaka, K., Mamitsuka, H., Nakaseko, H. and Abe, N. Empirical Evaluation of a Dynamic Experiment Design Method for Prediction of MHC Class-I-Binding Peptides. Empirical Evaluation of a Dynamic Experiment Design Method for Prediction of MHC Class-I-Binding Peptides. Journal of Immunology, 169, 10, 5744-5753 , 169, 10, 5744-5753 Journal of Immunology, 169, 10, 5744-5753 2002/11 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Iteratively Selecting Feature Subsets for Mining from High-Dimensional Databases. Iteratively Selecting Feature Subsets for Mining from High-Dimensional Databases. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Sixth European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (PKDD 2002)), 2431, 361-372 , 2431, 361-372 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Sixth European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (PKDD 2002)), 2431, 361-372 2002/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Udaka, K., Mamitsuka, H., Nakaseko, H. and Abe, N. Udaka, K., Mamitsuka, H., Nakaseko, H. and Abe, N. Prediction of MHC Class I Binding Peptides by a Query Learning Algorithm Based on Hidden Markov Models. Prediction of MHC Class I Binding Peptides by a Query Learning Algorithm Based on Hidden Markov Models. Journal of Biological Physics, 28, 2, 183-194 , 28, 2, 183-194 Journal of Biological Physics, 28, 2, 183-194 2002/06 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. and Abe, N. Mamitsuka, H. and Abe, N. Efficient Mining from Large Databases by Query Learning. Efficient Mining from Large Databases by Query Learning. Proceedings of the Seventeenth International Conference on Machine Learning (ICML 2000), 575-582 , 575-582 Proceedings of the Seventeenth International Conference on Machine Learning (ICML 2000), 575-582 2000/06 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Abe, N, Nakamura, A. and Mamitsuka, H. Abe, N, Nakamura, A. and Mamitsuka, H. Empirical Coomparison of Competing Query Learning Methods. Empirical Coomparison of Competing Query Learning Methods. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the First International Conference on Discovery Science (DS 98)), 1532, 387-388 , 1532, 387-388 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the First International Conference on Discovery Science (DS 98)), 1532, 387-388 1998/12 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
H. Mamitsuka H. Mamitsuka Predicting peptides that bind to MHC molecules using supervised learning of hidden Markov models Predicting peptides that bind to MHC molecules using supervised learning of hidden Markov models Proteins: Structure, Function and Genetics, 33, 4, 460-474 , 33, 4, 460-474 Proteins: Structure, Function and Genetics, 33, 4, 460-474 1998/12 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Abe, N. and Mamitsuka, H. Abe, N. and Mamitsuka, H. Query Learning Strategies Using Boosting and Bagging. Query Learning Strategies Using Boosting and Bagging. Proceedings of the Fifteenth International Conference on Machine Learning (ICML 98), 1-9 , 1-9 Proceedings of the Fifteenth International Conference on Machine Learning (ICML 98), 1-9 1998/07 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. and Abe, N. Mamitsuka, H. and Abe, N. Predicting Protein Secondary Structure Using Stochastic Tree Grammars Predicting Protein Secondary Structure Using Stochastic Tree Grammars Machine Learning, 29, 2-3, 275-301 , 29, 2-3, 275-301 Machine Learning, 29, 2-3, 275-301 1997/11 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Supervised Learning of Hidden Markov Models for Sequence Discrimination. Supervised Learning of Hidden Markov Models for Sequence Discrimination. Proceeds of the First International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB 97), 202-208 , 202-208 Proceeds of the First International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB 97), 202-208 1997/01 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. A Learning Method of Hidden Markov Models for Sequence Discrimination. A Learning Method of Hidden Markov Models for Sequence Discrimination. Journal of Computational Biology, 3, 3, 361-373 , 3, 3, 361-373 Journal of Computational Biology, 3, 3, 361-373 1996/10 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. and Yamanishi, K. Mamitsuka, H. and Yamanishi, K. α-Helix Region Prediction with Stochastic-rule Learning. α-Helix Region Prediction with Stochastic-rule Learning. Computer Applications in the Biosciences, 11, 4, 399-411 , 11, 4, 399-411 Computer Applications in the Biosciences, 11, 4, 399-411 1995/08 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. Mamitsuka, H. Representing Inter-Residue Dependencies in Protein Sequences with Probabilistic Networks. Representing Inter-Residue Dependencies in Protein Sequences with Probabilistic Networks. Computer Applications in the Biosciences, 11, 4, 413-422 , 11, 4, 413-422 Computer Applications in the Biosciences, 11, 4, 413-422 1995/08 有 英語 研究論文(学術雑誌) 公開
Mamitsuka, H. and Abe, N. Mamitsuka, H. and Abe, N. Predicting Location and Structure of Beta-Sheet Regions Using Stochastic Tree Grammars. Predicting Location and Structure of Beta-Sheet Regions Using Stochastic Tree Grammars. Proceedings of the Second International Conferenceon Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 94), 276-284 , 276-284 Proceedings of the Second International Conferenceon Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 94), 276-284 1994/08 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Abe, N. and Mamitsuka, H. Abe, N. and Mamitsuka, H. A New Method for Predicting Protein Secondary Structures Based on Stochastic Tree Grammars. A New Method for Predicting Protein Secondary Structures Based on Stochastic Tree Grammars. Proceedings of the Eleventh International Conference on Machine Learning (ML 94), 3-11 , 3-11 Proceedings of the Eleventh International Conference on Machine Learning (ML 94), 3-11 1994/07 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. and Yamanishi, K. Mamitsuka, H. and Yamanishi, K. Protein Alpha-Helix Region Prediction Based on Stochastic Rule Learning. Protein Alpha-Helix Region Prediction Based on Stochastic Rule Learning. Proceedings of the Twenty-sixth Annual Hawaii International Conference on System Sciences (HICSS 26), 1, 659-668 , 1, 659-668 Proceedings of the Twenty-sixth Annual Hawaii International Conference on System Sciences (HICSS 26), 1, 659-668 1993/01 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開
Mamitsuka, H. and Yamanishi, K. Mamitsuka, H. and Yamanishi, K. Protein Secondary Structure Prediction Based on Stochastic Rule Learning. Protein Secondary Structure Prediction Based on Stochastic Rule Learning. Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Third Annual Workshop on Algorithmic Learning Theory (ALT 92)), 743, 240-251 , 743, 240-251 Lecture Notes in Computer Science (Proceedings of the Third Annual Workshop on Algorithmic Learning Theory (ALT 92)), 743, 240-251 1992/10 有 英語 研究論文(国際会議プロシーディングス) 公開

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機械学習・データマイニング技術／応用の過去・現在 そして未来[招待あり] 機械学習・データマイニング技術／応用の過去・現在 そして未来 [招待あり] 人工知能学会 第102回人工知能基本問題研究会(SIG-FPAI) 人工知能学会 第102回人工知能基本問題研究会(SIG-FPAI) 人工知能学会 人工知能学会 2016/12/12 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Recent Development in Bioinformatics[招待あり] Recent Development in Bioinformatics [招待あり] セミナー セミナー 協和発酵キリン株式会社　探索研究所 協和発酵キリン株式会社　探索研究所 2016/07/27 日本語 公開講演、セミナー、チュートリアル、講習、講義 公開
Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network[招待あり] Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network [招待あり] 日本バイオインフォマティクス学会 第17回創薬インフォマティクス研究会 日本バイオインフォマティクス学会 第17回創薬インフォマティクス研究会 2013/09/11 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] 日本バイオインフォマティクス学会 九州地域部会　セミナー 日本バイオインフォマティクス学会 九州地域部会　セミナー 九州大学生体防御医学研究所セミナー 九州大学生体防御医学研究所セミナー 2013/02/08 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] 第1回JHUPOサテライトシンポジウム 第1回JHUPOサテライトシンポジウム 2013/01/18 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
遺伝子発現データ解析 —スイッチング機構の発見とパスウェイマイニング—[招待あり] 遺伝子発現データ解析 —スイッチング機構の発見とパスウェイマイニング— [招待あり] 第15回新潟プロテオミクスフォーラム 第15回新潟プロテオミクスフォーラム 新潟 新潟 2012/11/20 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Efficiently Detecting Switching Mechanisms in Gene Expression[招待あり] Efficiently Detecting Switching Mechanisms in Gene Expression [招待あり] セミナー セミナー 協和発酵キリン株式会社　探索研究所 協和発酵キリン株式会社　探索研究所 2012/02/02 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
薬剤−ターゲットネットワークからの部分構造パタン検出と解析[招待あり] 薬剤−ターゲットネットワークからの部分構造パタン検出と解析 [招待あり] 高知大学大学院医学専攻DCセミナー(大学院公開セミナー) 高知大学大学院医学専攻DCセミナー(大学院公開セミナー) 高知大学医学部 高知大学医学部 2012/01/30 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
生命科学上の非構造化データからのマイニング[招待あり] 生命科学上の非構造化データからのマイニング [招待あり] 第13回新潟プロテオミクスフォーラム 第13回新潟プロテオミクスフォーラム 2011/10/26 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
代謝ネットワークからのマイニング[招待あり] 代謝ネットワークからのマイニング [招待あり] 教育セミナー、日本プロテオーム学会2011年大会 教育セミナー、日本プロテオーム学会2011年大会 2011/07/28 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network[招待あり] Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network [招待あり] セミナー セミナー 協和発酵キリン株式会社　探索研究所 協和発酵キリン株式会社　探索研究所 2011/06/21 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
生命科学上の非構造化データの統合マイニング 生命科学上の非構造化データの統合マイニング バイオインフォマティクス推進センター事業、第６回研究開発成果報告会 バイオインフォマティクス推進センター事業、第６回研究開発成果報告会 品川 品川 2010/11/10 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
ライフサイエンスデータからのマイニング ライフサイエンスデータからのマイニング 第17回京都大学化学研究所 公開講演会 第17回京都大学化学研究所 公開講演会 2010/10/24 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
ネットワークからの遺伝子クラスタリング[招待あり] ネットワークからの遺伝子クラスタリング [招待あり] 公開シンポジウム“統合複雑系科学への招待” 公開シンポジウム“統合複雑系科学への招待” 2010/08/05 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining patterns from trees - Probabilistic model-based approach[招待あり] Mining patterns from trees - Probabilistic model-based approach [招待あり] 日本バイオインフォマティクス学会　第９回北海道地域部会セミナー 日本バイオインフォマティクス学会　第９回北海道地域部会セミナー 北海道大学 北海道大学 2010/02/08 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
発現情報に基づく効率的な代謝経路ランキング手法を適用したリグニン生合成経路解析[招待あり] 発現情報に基づく効率的な代謝経路ランキング手法を適用したリグニン生合成経路解析 [招待あり] 科研費ワークショップ「生薬とバイオインフォマティクス」 科研費ワークショップ「生薬とバイオインフォマティクス」 2009/01/15 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
半構造化データからのマイニング[招待あり] 半構造化データからのマイニング [招待あり] 葉山セミナー 葉山セミナー 総合研究大学院大学先導科学研究科 総合研究大学院大学先導科学研究科 2008/10/14 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
ベクトル形式データとネットワークデータを統合したクラスタリング[招待あり] ベクトル形式データとネットワークデータを統合したクラスタリング [招待あり] 電子情報通信学会「パターン認識・メディア理解研究会」「データ工学研究会」共催、2008年6月研究会 電子情報通信学会「パターン認識・メディア理解研究会」「データ工学研究会」共催、2008年6月研究会 電子情報通信学会 電子情報通信学会 2008/06/19 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering Numerical Vectors with a Modularity Network[招待あり] Clustering Numerical Vectors with a Modularity Network [招待あり] セミナー セミナー 奈良先端科学技術大学院大学 奈良先端科学技術大学院大学 2008/06/17 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Informatics Innovations in Glycogenomics[招待あり] Informatics Innovations in Glycogenomics [招待あり] 21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」最終年度公 開シンポジウム：Symposium on Bioinformatics and Chemical Genomics 21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」最終年度公 開シンポジウム：Symposium on Bioinformatics and Chemical Genomics 21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」 21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」 2007/09/20 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
バイオインフォマティクス先端技術の現状と展望[招待あり] バイオインフォマティクス先端技術の現状と展望 [招待あり] セミナー セミナー 協和発酵工業　バイオフロンティア研究所 協和発酵工業　バイオフロンティア研究所 2006/09/26 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
能動学習を用いた効率的なMHC結合ペプチド予測[招待あり] 能動学習を用いた効率的なMHC結合ペプチド予測 [招待あり] 臨床研セミナー 臨床研セミナー 東京都臨床医学総合研究所 東京都臨床医学総合研究所 2006/05/25 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Biological Sequence Analysis with a Probabilistic Model[招待あり] Biological Sequence Analysis with a Probabilistic Model [招待あり] セミナー セミナー 千葉大学 千葉大学 2006/03/28 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
バイオインフォマティクス人材養成のあるべき姿とは？[招待あり] バイオインフォマティクス人材養成のあるべき姿とは？ [招待あり] 産業技術総合研究所　生命情報科学人材養成コース　最終シンポジウム「バイオインフォマティクス人材養成5年の歩み　お台場から世界に向けて」 産業技術総合研究所　生命情報科学人材養成コース　最終シンポジウム「バイオインフォマティクス人材養成5年の歩み　お台場から世界に向けて」 産業技術総合研究所　生命情報科学センター 産業技術総合研究所　生命情報科学センター 2005/09/22 日本語 シンポジウム・ワークショップパネル(指名) 公開
マルコフ連鎖の有限混合モデルによるマイクロアレイデータからの代謝パスウェイ解析[招待あり] マルコフ連鎖の有限混合モデルによるマイクロアレイデータからの代謝パスウェイ解析 [招待あり] 統計関連学会連合大会企画セッション「アレイデータ解析周辺にみる新しい統計的視点」 統計関連学会連合大会企画セッション「アレイデータ解析周辺にみる新しい統計的視点」 2005/09/13 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
バイオインフォマティクス先端技術の現状と展望[招待あり] バイオインフォマティクス先端技術の現状と展望 [招待あり] セミナー セミナー シスメックス株式会社中央研究所・テクノセンター シスメックス株式会社中央研究所・テクノセンター 2005/06/27 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
バイオインフォマティクス先端技術の現状と展望[招待あり] バイオインフォマティクス先端技術の現状と展望 [招待あり] セミナー セミナー キリンビール株式会社 医薬探索研究所 キリンビール株式会社 医薬探索研究所 2005/06/25 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
糖鎖構造からのデータマイニング[招待あり] 糖鎖構造からのデータマイニング [招待あり] 公開シンポジウム「ゲノムからケミカルゲノムへ」 公開シンポジウム「ゲノムからケミカルゲノムへ」 京都大学21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」 京都大学21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」 2005/03/24 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
糖鎖構造からのデータマイニング[招待あり] 糖鎖構造からのデータマイニング [招待あり] セミナー セミナー 日本電気（株） 日本電気（株） 2005/03/02 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
代謝パスウェイの発現プロファイルによる解析[招待あり] 代謝パスウェイの発現プロファイルによる解析 [招待あり] 第27回日本分子生物学会年会ワークショップ 第27回日本分子生物学会年会ワークショップ 2004/12/09 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
バイオインフォマティクスへの機械学習応用[招待あり] バイオインフォマティクスへの機械学習応用 [招待あり] バイオインフォマティクス夏の学校 バイオインフォマティクス夏の学校 日本バイオインフォマティクス学会 日本バイオインフォマティクス学会 2004/07/21 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
プロテオームインフォマティクスの現状と展望[招待あり] プロテオームインフォマティクスの現状と展望 [招待あり] 日本SGIソリューションフェア2003 日本SGIソリューションフェア2003 日本SGI 日本SGI 2003/11/05 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
ゲノム・プロテオーム情報のデータマイニング[招待あり] ゲノム・プロテオーム情報のデータマイニング [招待あり] 京都市酒蔵バイオＶＩＬ開所一周年記念事業 「21世紀COEシンポジウム」 京都市酒蔵バイオＶＩＬ開所一周年記念事業 「21世紀COEシンポジウム」 京都大学21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」 京都大学21世紀COEプログラム「ゲノム科学の知的情報基盤・研究拠点形成」 2003/08/11 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Hierarchical Latent Knowledge Analysis on Co-occurrence Data[招待あり] Hierarchical Latent Knowledge Analysis on Co-occurrence Data [招待あり] 情報処理学会、電子情報通信学会北海道支部共催講演会 情報処理学会、電子情報通信学会北海道支部共催講演会 情報処理学会、電子情報通信学会 情報処理学会、電子情報通信学会 2003/06/24 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
潜在変数モデルによるタンパク質相互作用の予測[招待あり] 潜在変数モデルによるタンパク質相互作用の予測 [招待あり] 第３回日本蛋白質科学会年会ワークショップ（プロテインインフォマティクス） 第３回日本蛋白質科学会年会ワークショップ（プロテインインフォマティクス） 日本蛋白質科学会 日本蛋白質科学会 2003/06/23 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
階層型潜在変数モデルによるタンパク質間相互作用の予測[招待あり] 階層型潜在変数モデルによるタンパク質間相互作用の予測 [招待あり] 第１回「高次構造からみるプロテオーム機能発現メカニズム」研究会 第１回「高次構造からみるプロテオーム機能発現メカニズム」研究会 2003/05/21 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
プロテオーム情報と低分子化合物情報の効率的な解析[招待あり] プロテオーム情報と低分子化合物情報の効率的な解析 [招待あり] 人工知能学会第23回分子生物情報研究会 人工知能学会第23回分子生物情報研究会 人工知能学会 人工知能学会 2003/01/20 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Active Ensemble Learning[招待あり] Active Ensemble Learning [招待あり] セミナー(コロキウム) セミナー(コロキウム) 京都大学化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター 京都大学化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター 2002/03/10 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Active Ensemble Learning[招待あり] Active Ensemble Learning [招待あり] 第4回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2001) 第4回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2001) 2001/07/30 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
HMM及び確率的文法を用いたタンパク質構造・機能予測について[招待あり] HMM及び確率的文法を用いたタンパク質構造・機能予測について [招待あり] 第165回CBI研究講演会 第165回CBI研究講演会 Chem-Bio Informatics Society (CBI学会) Chem-Bio Informatics Society (CBI学会) 1997/12/15 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Predicting Beta-sheets Using Stochastic Tree Grammars[招待あり] Predicting Beta-sheets Using Stochastic Tree Grammars [招待あり] セミナー(第2回ゲノム情報コロキウム) セミナー(第2回ゲノム情報コロキウム) 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター 1996/04/22 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
確率的規則に基づくタンパク質αヘリックス領域予測[招待あり] 確率的規則に基づくタンパク質αヘリックス領域予測 [招待あり] 第55回日本行動計量学会シンポジウム 第55回日本行動計量学会シンポジウム 日本行動計量学会 日本行動計量学会 1993/02/27 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Predicting Alpha-helix Using Stochastic Rule Learning[招待あり] Predicting Alpha-helix Using Stochastic Rule Learning [招待あり] 遺伝子情報処理ワークショップ 遺伝子情報処理ワークショップ (財)新世代コンピュータ技術開発機構(ICOT) (財)新世代コンピュータ技術開発機構(ICOT) 1992/11/11 日本語 口頭発表(招待・特別) 公開
Data Integrative Machine Learning for Bioinformatics[招待あり] Data Integrative Machine Learning for Bioinformatics [招待あり] Second Belgrade BioInformatics Conference (BelBi 2018) Second Belgrade BioInformatics Conference (BelBi 2018) 2018/06/21 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Label Propagation over Multiple Graphs[招待あり] Label Propagation over Multiple Graphs [招待あり] Seminar Seminar ThuyLoi University ThuyLoi University 2018/03/22 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Applying "Learning to Rank" to Large-scale MeSH Indexing[招待あり] Applying "Learning to Rank" to Large-scale MeSH Indexing [招待あり] Seminar Seminar Hanoi University of Science and Technology Hanoi University of Science and Technology 2018/03/20 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Similarly-based Machine Learning Approaches for Predicting Drug-target Interactions[招待あり] Similarly-based Machine Learning Approaches for Predicting Drug-target Interactions [招待あり] Sixth International Symposium on Integrated Uncertainty in Knowledge Modelling and Decision Making (IUKM 2018) Sixth International Symposium on Integrated Uncertainty in Knowledge Modelling and Decision Making (IUKM 2018) 2018/03/16 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions Internal Seminar Internal Seminar Keio University Keio University 2017/04/20 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Learning to Rank: Applications to Bioinformatics[招待あり] Learning to Rank: Applications to Bioinformatics [招待あり] Seminar, Machine Learning Coffee Series Seminar, Machine Learning Coffee Series University of Helsinki and Aalto University University of Helsinki and Aalto University 2017/03/27 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Machine Learning Applications:Past, Present and Future[招待あり] Machine Learning Applications:Past, Present and Future [招待あり] Fifth International Symposium on Integrated Uncertainty in Knowledge Modeling and Decision Making (IUKM 2016) Fifth International Symposium on Integrated Uncertainty in Knowledge Modeling and Decision Making (IUKM 2016) 2016/11/30 英語 口頭発表(基調) 公開
Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions Seminar Seminar University of Engineering and Technology, National University of Vietnam in Hanoi University of Engineering and Technology, National University of Vietnam in Hanoi 2016/11/29 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Label Propagation over Multiple Graphs Label Propagation over Multiple Graphs Seminar Seminar Hanoi University of Science and Technology Hanoi University of Science and Technology 2016/11/28 英語 その他 公開
Machine Learning for Predicting Cleavability of Calpain Proteolysis[招待あり] Machine Learning for Predicting Cleavability of Calpain Proteolysis [招待あり] 'The Biology of Calpain in Health and Disease', FASEB Science Research Conference 'The Biology of Calpain in Health and Disease', FASEB Science Research Conference 2016/07/17 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions[招待あり] Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions [招待あり] Seminar Seminar Humboldt-Universitat zu Berlin Humboldt-Universitat zu Berlin 2015/12/03 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Greetings from Kyoto[招待あり] Greetings from Kyoto [招待あり] Caroline von-Humboldt Professorship Award Ceremony Caroline von-Humboldt Professorship Award Ceremony Humboldt-Universitat zu Berlin Humboldt-Universitat zu Berlin 2015/12/01 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Panel session[招待あり] Panel session [招待あり] CIM Workshop on Machine Learning CIM Workshop on Machine Learning Uppsala University Uppsala University 2015/10/09 英語 シンポジウム・ワークショップパネル(指名) 公開
Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions[招待あり] Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions [招待あり] CIM Workshop on Machine Learning CIM Workshop on Machine Learning Uppsala University Uppsala University 2015/10/08 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions[招待あり] Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions [招待あり] Seminar Seminar National Tsing Hua University National Tsing Hua University 2015/01/21 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining from Biological Networks: Preserving Network Localities[招待あり] Mining from Biological Networks: Preserving Network Localities [招待あり] Seminar Seminar Fudan University Fudan University 2014/10/24 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining from Biological Networks: Preserving Network Localities[招待あり] Mining from Biological Networks: Preserving Network Localities [招待あり] Seminar Seminar Lille 1 University Lille 1 University 2014/09/30 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Data-integrative Approach for Genomics[招待あり] Data-integrative Approach for Genomics [招待あり] Sweden-Kyoto Symposium 2014 Sweden-Kyoto Symposium 2014 Kyoto University Kyoto University 2014/09/12 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining from Biological Networks: Preserving Network Localities[招待あり] Mining from Biological Networks: Preserving Network Localities [招待あり] 2014 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology 2014 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology Computational Intelligence Society, IEEE Computational Intelligence Society, IEEE 2014/05/22 英語 口頭発表(基調) 公開
Roundtable: Future Directions in Computational Intelligence in Bioinformatics Research[招待あり] Roundtable: Future Directions in Computational Intelligence in Bioinformatics Research [招待あり] 2014 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology 2014 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology Computational Intelligence Society, IEEE Computational Intelligence Society, IEEE 2014/05/21 英語 シンポジウム・ワークショップパネル(指名) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] euSYSBIO – Master’s Degree Programme in Computational and Systems Biology euSYSBIO – Master’s Degree Programme in Computational and Systems Biology Erasmus Mundus Erasmus Mundus 2014/04/28 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Patterns from Trees[招待あり] Mining Patterns from Trees [招待あり] euSYSBIO – Master’s Degree Programme in Computational and Systems Biology euSYSBIO – Master’s Degree Programme in Computational and Systems Biology Erasmus Mundus Erasmus Mundus 2014/04/25 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Patterns from Sequences: Hidden Markov Models and Learning[招待あり] Mining Patterns from Sequences: Hidden Markov Models and Learning [招待あり] euSYSBIO – Master’s Degree Programme in Computational and Systems Biology euSYSBIO – Master’s Degree Programme in Computational and Systems Biology Erasmus Mundus Erasmus Mundus 2014/04/24 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions[招待あり] Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions [招待あり] Seminar, Lille 1 University Seminar, Lille 1 University Centre Européen pour les Mathématiques, la Physique et leurs interactions (CEMPI) Centre Européen pour les Mathématiques, la Physique et leurs interactions (CEMPI) 2014/03/26 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions[招待あり] Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions [招待あり] Trends in Machine Learning (TML) 2014 Trends in Machine Learning (TML) 2014 Kyoto University Kyoto University 2014/03/18 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions[招待あり] Collaborative Matrix Factorization for Predicting Drug-Target Interactions [招待あり] Seminar Seminar Aalto University Aalto University 2014/02/03 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] Seminar Seminar National University of Singapore National University of Singapore 2013/12/20 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Label Propagation over Graphs[招待あり] Label Propagation over Graphs [招待あり] Seminar Seminar Institute for Infocomm Research (I2R), A*STAR, Singapore Institute for Infocomm Research (I2R), A*STAR, Singapore 2013/12/19 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Efficiently Detecting Switching Mechanisms in Gene Expression[招待あり] Efficiently Detecting Switching Mechanisms in Gene Expression [招待あり] 24th International Conference on Genome Informatics (GIW 2013) 24th International Conference on Genome Informatics (GIW 2013) 2013/12/17 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Introduction of Institute for Chemical Research, Kyoto University[招待あり] Introduction of Institute for Chemical Research, Kyoto University [招待あり] The HUPO Initiative Assembly in Kyoto The HUPO Initiative Assembly in Kyoto HUPO HUPO 2013/09/19 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] Kyoto University - Koc University Symposium ``New Frontiers in Health Sciences & Technologies" Kyoto University - Koc University Symposium ``New Frontiers in Health Sciences & Technologies" Kyoto University Kyoto University 2013/09/07 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Opening Remark Opening Remark 2013 International Workshop on Machine Learning and Applications to Biology 2013 International Workshop on Machine Learning and Applications to Biology Hokkaido University Hokkaido University 2013/08/05 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Opening and Closing Remarks Opening and Closing Remarks 13th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 13th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2013/07/31 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Machine Learning for Bioinformatics[招待あり] Machine Learning for Bioinformatics [招待あり] FASEB Science and Research Conference, ``The Biology of Calpains in Health and Disease'' FASEB Science and Research Conference, ``The Biology of Calpains in Health and Disease'' Federation of American Societies for Experimental Biology (FASEB) Federation of American Societies for Experimental Biology (FASEB) 2013/07/22 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Label Propagation over Graphs[招待あり] Label Propagation over Graphs [招待あり] Seminar Seminar Mitsubishi Electric Research Laboratories Mitsubishi Electric Research Laboratories 2013/03/08 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Label Propagation over Graphs[招待あり] Label Propagation over Graphs [招待あり] Seminar Seminar Noah's Ark Lab, Huawei Noah's Ark Lab, Huawei 2012/12/17 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] Kyoto University - Durham University Joint International Symposium Kyoto University - Durham University Joint International Symposium 2012/11/28 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Label Propagation over Graphs[招待あり] Label Propagation over Graphs [招待あり] Seminar Seminar IBM T. J. Watson Research Center IBM T. J. Watson Research Center 2012/10/08 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Subgraph-Subsequence Pairs from Drug-Target Network[招待あり] Mining Subgraph-Subsequence Pairs from Drug-Target Network [招待あり] 2012 Workshop on Pharmaco-Informatics for Drug Discovery, in Conjunction with 2012 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2012) 2012 Workshop on Pharmaco-Informatics for Drug Discovery, in Conjunction with 2012 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2012) Computer Society, IEEE Computer Society, IEEE 2012/10/04 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Opening Remark[招待あり] Opening Remark [招待あり] 2012 Sapporo Workshop on Machine Learning and Application to Biology (MLAB) 2012 Sapporo Workshop on Machine Learning and Application to Biology (MLAB) Hokkaido University Hokkaido University 2012/08/06 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Machine Learning for Systems Biology[招待あり] Machine Learning for Systems Biology [招待あり] Faculty Lab Presentation, International Workshop of Bioinformatics and Systems Biology 2012 Faculty Lab Presentation, International Workshop of Bioinformatics and Systems Biology 2012 Boston University Boston University 2012/07/26 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering over Graphs: Probabilistic Model based Approach[招待あり] Clustering over Graphs: Probabilistic Model based Approach [招待あり] Seminar in Information Systems and Applications Seminar in Information Systems and Applications National Tsing Hua University National Tsing Hua University 2011/11/23 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Label Propagation over Graphs Label Propagation over Graphs Seminar, National Tsing Hua University Seminar, National Tsing Hua University National Tsing Hua University National Tsing Hua University 2011/11/22 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Efficient Label Propagation over Graphs Efficient Label Propagation over Graphs Seminar Seminar Fudan University Fudan University 2011/11/14 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Data Mining-based Approach for Drug-Target Prediction[招待あり] Data Mining-based Approach for Drug-Target Prediction [招待あり] Invited Tutorial, 2011 International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), Tutorials Invited Tutorial, 2011 International Conference on Neural Information Processing (ICONIP), Tutorials 2011/11/13 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Opening Remark[招待あり] Opening Remark [招待あり] ICR Symposium to Celebrate the Bioinformatics Center's 10 Year Anniversary and New Restructuring ICR Symposium to Celebrate the Bioinformatics Center's 10 Year Anniversary and New Restructuring Institute for Chemical Research (ICR), Kyoto University Institute for Chemical Research (ICR), Kyoto University 2011/08/29 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining from Graphs[招待あり] Mining from Graphs [招待あり] FICS Summer School FICS Summer School Finnish Doctoral Programme in Computational Sciences (FICS) Finnish Doctoral Programme in Computational Sciences (FICS) 2011/08/24 英語 口頭発表(基調) 公開
Probabilistic Models for Labelled Ordered Trees: Applications to Glycans Probabilistic Models for Labelled Ordered Trees: Applications to Glycans Summer School 2011 Summer School 2011 Computational Systems Biology, DFG-GRADUIERTENKOLLEG 1772 - Research Training Group Computational Systems Biology, DFG-GRADUIERTENKOLLEG 1772 - Research Training Group 2011/07/22 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network Seminar Seminar University of Strasbourg University of Strasbourg 2011/05/26 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
PathRanker: Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] PathRanker: Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] Seminar Seminar Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology (IGBMC), University of Strasbourg Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology (IGBMC), University of Strasbourg 2011/05/24 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network[招待あり] Mining Significant Substructure Pairs from Drug-Target Network [招待あり] Seminar Seminar Fudan University Fudan University 2011/05/16 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] The 2nd Workshop on Bioinformatics for Medical and Pharmaceutical Research The 2nd Workshop on Bioinformatics for Medical and Pharmaceutical Research Curie Institute Curie Institute 2011/02/28 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] Seminar Seminar Humboldt University, Computational Systems Biology, DFG-GRADUIERTENKOLLEG 1772 - Research Training Group Humboldt University, Computational Systems Biology, DFG-GRADUIERTENKOLLEG 1772 - Research Training Group 2011/02/23 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering over Graphs: Probabilistic Model based Approach[招待あり] Clustering over Graphs: Probabilistic Model based Approach [招待あり] Seminar Seminar National Cheng Kung University National Cheng Kung University 2011/01/20 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering Genes by Using Expression and Gene Network Topology[招待あり] Clustering Genes by Using Expression and Gene Network Topology [招待あり] Seminar Seminar National Cheng Kung University National Cheng Kung University 2011/01/19 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] Seminar Seminar Fudan University Fudan University 2010/12/30 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering over Graphs: Probabilistic Model Based Approach[招待あり] Clustering over Graphs: Probabilistic Model Based Approach [招待あり] Seminar Seminar Shanghai Jiao Tong University Shanghai Jiao Tong University 2010/12/28 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] Seminar Seminar Shanghai Institutes for Biological Sciences Shanghai Institutes for Biological Sciences 2010/12/27 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] Seminar Seminar Boston College Boston College 2010/12/10 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering Genes by Using Expression and Gene Network Topology[招待あり] Clustering Genes by Using Expression and Gene Network Topology [招待あり] Seminar Seminar Boston University Boston University 2010/12/08 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Metabolic Pathways through Gene Expression[招待あり] Mining Metabolic Pathways through Gene Expression [招待あり] 2010 Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS) 2010 Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS) Taiwan Society for Bioinformatics and Systems Biology (TBSB) Taiwan Society for Bioinformatics and Systems Biology (TBSB) 2010/11/05 英語 口頭発表(基調) 公開
Probabilistic Model Learning for Clustering with Multiple Graphs[招待あり] Probabilistic Model Learning for Clustering with Multiple Graphs [招待あり] Seminar Seminar Fudan University Fudan University 2010/10/18 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Probabilistic Model Learning for Clustering with Multiple Graphs[招待あり] Probabilistic Model Learning for Clustering with Multiple Graphs [招待あり] Seminar Seminar SooChow University SooChow University 2010/10/15 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering over Graphs[招待あり] Clustering over Graphs [招待あり] Second International Seminar on Business and Information Management (ISBIM 2010) Second International Seminar on Business and Information Management (ISBIM 2010) 2010/09/13 英語 口頭発表(基調) 公開
Ranking Metabolic Paths Based on Adjacent Pairwise Coexpression[招待あり] Ranking Metabolic Paths Based on Adjacent Pairwise Coexpression [招待あり] Seminar Seminar Fudan University Fudan University 2010/05/13 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Efficiently Detecting a Switching Mechanism in Gene Expression[招待あり] Efficiently Detecting a Switching Mechanism in Gene Expression [招待あり] Seminar Seminar Curie Institute Curie Institute 2010/03/22 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Efficiently Finding a Switching Mechanism in Gene Expression[招待あり] Efficiently Finding a Switching Mechanism in Gene Expression [招待あり] Seminar Seminar Fudan University Fudan University 2010/03/16 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Patterns from Carbohydrate Sugar Chains[招待あり] Mining Significant Patterns from Carbohydrate Sugar Chains [招待あり] Seminar Seminar Humboldt University Humboldt University 2009/10/09 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Patterns from Glycan Structures[招待あり] Mining Significant Patterns from Glycan Structures [招待あり] International Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics International Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics Beilstein Institute Beilstein Institute 2009/10/05 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
A Markov Classification Model for Metabolic Pathways[招待あり] A Markov Classification Model for Metabolic Pathways [招待あり] Seminar Seminar Fudan University Fudan University 2009/09/29 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Probabilistic Models for Mining from Labeled Ordered Trees: Application to Glycobiology[招待あり] Probabilistic Models for Mining from Labeled Ordered Trees: Application to Glycobiology [招待あり] TISE Summer School on Statistical Modeling and Machine Leraning in Computational Systems Biology TISE Summer School on Statistical Modeling and Machine Leraning in Computational Systems Biology Tampere Graduate School in Information Science and Engineering (TISE) Tampere Graduate School in Information Science and Engineering (TISE) 2009/06/24 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Patterns from Trees[招待あり] Mining Significant Patterns from Trees [招待あり] TISE Summer School on Statistical Modeling and Machine Leraning in Computational Systems Biology TISE Summer School on Statistical Modeling and Machine Leraning in Computational Systems Biology Tampere Graduate School in Information Science and Engineering (TISE) Tampere Graduate School in Information Science and Engineering (TISE) 2009/06/24 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Learning Probabilistic Models for Time-series Data: Hidden Markov Models[招待あり] Learning Probabilistic Models for Time-series Data: Hidden Markov Models [招待あり] TISE Summer School on Statistical Modeling and Machine Leraning in Computational Systems Biology TISE Summer School on Statistical Modeling and Machine Leraning in Computational Systems Biology Tampere Graduate School in Information Science and Engineering (TISE) Tampere Graduate School in Information Science and Engineering (TISE) 2009/06/22 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering with Heterogeneous Data[招待あり] Clustering with Heterogeneous Data [招待あり] IEEE International Conference on Computational Intelligence and Natural Computing (CINC 2009) IEEE International Conference on Computational Intelligence and Natural Computing (CINC 2009) 2009/06/06 英語 口頭発表(基調) 公開
Mining Significant Patterns from Trees[招待あり] Mining Significant Patterns from Trees [招待あり] Seminar Seminar Université Louis Pasteur Université Louis Pasteur 2009/05/28 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
A Probabilistic Model-based Approach for Mining Chemical Compound-Gene Co-occurrences from Biomedical Texts[招待あり] A Probabilistic Model-based Approach for Mining Chemical Compound-Gene Co-occurrences from Biomedical Texts [招待あり] Seminar Seminar Université Louis Pasteur Université Louis Pasteur 2009/05/25 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Patterns from Trees[招待あり] Mining Significant Patterns from Trees [招待あり] Bioinformatics Workshop Bioinformatics Workshop Shanghai Key Laboratory of Intelligent Information Processing Shanghai Key Laboratory of Intelligent Information Processing 2009/05/13 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Patterns from Trees[招待あり] Mining Significant Patterns from Trees [招待あり] Seminar Seminar I2R, A*STAR, Singapore I2R, A*STAR, Singapore 2009/03/24 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Mining Significant Patterns from Trees[招待あり] Mining Significant Patterns from Trees [招待あり] IEEE International Symposium on Knowledge Acquisition and Modeling (KAM 2008) IEEE International Symposium on Knowledge Acquisition and Modeling (KAM 2008) Beijin Section, IEEE; HuaZhong Normal Uniersity Beijin Section, IEEE; HuaZhong Normal Uniersity 2008/12/21 英語 口頭発表(基調) 公開
Clustering Genes with Microarray Expressions and Gene Networks[招待あり] Clustering Genes with Microarray Expressions and Gene Networks [招待あり] Seminar Seminar Max Planck Institute for Biological Cybernetics Max Planck Institute for Biological Cybernetics 2008/10/22 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering Numerical Vectors with a Modularity Network[招待あり] Clustering Numerical Vectors with a Modularity Network [招待あり] Workshop on "Relations with Computer Science", Foundations of Computational Mathematics (FoCM'08) Workshop on "Relations with Computer Science", Foundations of Computational Mathematics (FoCM'08) 2008/06/22 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering Numerical Vectors with a Modularity Network[招待あり] Clustering Numerical Vectors with a Modularity Network [招待あり] Seminar Seminar University of Melbourne University of Melbourne 2008/05/27 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Data-integrative Informatics for Chemical Genomics[招待あり] Data-integrative Informatics for Chemical Genomics [招待あり] Systems Biology Workshops - From Molecules to Life - Systems Biology Workshops - From Molecules to Life - 2008/05/27 英語 口頭発表(基調) 公開
Clustering Numerical Vectors with Modularity Networks[招待あり] Clustering Numerical Vectors with Modularity Networks [招待あり] Seminar Seminar Helsinki University of Technology Helsinki University of Technology 2007/12/13 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Opening Address[招待あり] Opening Address [招待あり] Eighteenth International Conference on Genome Informatics Eighteenth International Conference on Genome Informatics 2007/12/03 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
An Integrative Approach for Gene Annotation based on Spectral Clustering and Network Modularity[招待あり] An Integrative Approach for Gene Annotation based on Spectral Clustering and Network Modularity [招待あり] AASBi Symposium AASBi Symposium The Association of Asian Societies for Bioinformatics (AASBi) The Association of Asian Societies for Bioinformatics (AASBi) 2007/12/02 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Clustering Numerical Vectors with Modularity Networks[招待あり] Clustering Numerical Vectors with Modularity Networks [招待あり] Seminar Seminar Institute for Infocomm Research (I2R), A*STAR, Singapore Institute for Infocomm Research (I2R), A*STAR, Singapore 2007/11/28 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Random Field, Network Modularity, Spectral Clustering and Beyond[招待あり] Random Field, Network Modularity, Spectral Clustering and Beyond [招待あり] International Conference on Intelligent Computing (ICIC 2007) International Conference on Intelligent Computing (ICIC 2007) 2007/08/22 英語 口頭発表(基調) 公開
Clustering Numerical Vectors with a Modular Network[招待あり] Clustering Numerical Vectors with a Modular Network [招待あり] Seminar Seminar University of California, Berkeley University of California, Berkeley 2007/08/10 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Closing Remark[招待あり] Closing Remark [招待あり] International Symposium on Bioinformatics Education and Research International Symposium on Bioinformatics Education and Research Education and Research Organization for Genome Information Science Education and Research Organization for Genome Information Science 2006/12/17 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
A Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees and Its Application to Capturing Patterns in Carbohydrate Sugar Chains[招待あり] A Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees and Its Application to Capturing Patterns in Carbohydrate Sugar Chains [招待あり] International Workshop on Scientific Computing: Models, Algorithms and Applications International Workshop on Scientific Computing: Models, Algorithms and Applications 2006/12/08 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Learning a Probabilistic Model for Labeled Ordered Trees[招待あり] Learning a Probabilistic Model for Labeled Ordered Trees [招待あり] Second Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics Second Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics Interchange Association Interchange Association 2006/11/09 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Learning Probabilistic Models for Mining Labeled Ordered Trees[招待あり] Learning Probabilistic Models for Mining Labeled Ordered Trees [招待あり] Third Japanese-German Frontiers of Sciences Symposium Third Japanese-German Frontiers of Sciences Symposium https://www.humboldt-foundation.de/web/5060.html https://www.humboldt-foundation.de/web/5060.html 2006/11/03 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
A New Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees[招待あり] A New Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees [招待あり] Seminar Seminar IBM T. J. Watson Research Center IBM T. J. Watson Research Center 2006/08/24 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees: Capturing Patterns in Carbohydrate Sugar Chains[招待あり] Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees: Capturing Patterns in Carbohydrate Sugar Chains [招待あり] Seminar Seminar National University of Singapore National University of Singapore 2006/03/23 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees: Capturing Patterns in Carbohydrate Sugar Chains[招待あり] Probabilistic Model for Mining Labeled Ordered Trees: Capturing Patterns in Carbohydrate Sugar Chains [招待あり] Seminar Seminar Institute for Infocomm Research (I2R), A*STAR, Singapore Institute for Infocomm Research (I2R), A*STAR, Singapore 2006/03/21 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
A Probabilistic Model-based Approach for Biomedical Text Mining[招待あり] A Probabilistic Model-based Approach for Biomedical Text Mining [招待あり] First Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics First Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics Interchange Association Interchange Association 2006/03/14 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Opening Remark[招待あり] Opening Remark [招待あり] Sixteenth International Conference on Genome Informatics Sixteenth International Conference on Genome Informatics 2005/12/19 英語 口頭発表(招待・特別) 公開
Predicting Protein-Protein Interactions with Latent Variable Models[招待あり] Predicting Protein-Protein Interactions with Latent Variable Models [招待あり] Second Asian Joint Workshop on Protein Informatics Second Asian Joint Workshop on Protein Informatics 2003/02/27 英語 口頭発表(招待・特別) 公開

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書籍等出版物
著者 著者(日本語) 著者(英語) タイトル タイトル(日本語) タイトル(英語) 出版社 出版社(日本語) 出版社(英語) 出版年月 記述言語 担当区分 公開
宇高　恵子、馬見塚　拓 宇高　恵子、馬見塚　拓 バイオインフォマティクスがわかる バイオインフォマティクスがわかる 羊土社 羊土社 2003 日本語 分担執筆 公開
安倍　直樹、馬見塚　拓 安倍　直樹、馬見塚　拓 発見科学とデータマイニング 発見科学とデータマイニング 共立出版 共立出版 2001/06 日本語 分担執筆 公開
Hiroshi Mamitsuka Hiroshi Mamitsuka Textbook of Machine Learning and Data Mining (with Bioinformatics Applications) Textbook of Machine Learning and Data Mining (with Bioinformatics Applications) Global Data Science Publishing Global Data Science Publishing 2018/09 英語 単著 公開
Hiroshi Mamitsuka Hiroshi Mamitsuka Methods in Molecular Biology, Volume 1807: Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols, 2nd Edition Methods in Molecular Biology, Volume 1807: Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols, 2nd Edition Humana Press (Springer) Humana Press (Springer) 2018 英語 編者 公開
Takigawa, I., Tsuda, K. and Mamitsuka, H. Takigawa, I., Tsuda, K. and Mamitsuka, H. Methods in Molecular Biology, Volume 993: In Silico Models for Drug Discovery Methods in Molecular Biology, Volume 993: In Silico Models for Drug Discovery Humana Press (Springer) Humana Press (Springer) 2013/04 英語 分担執筆 公開
Hancock, T., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Hancock, T., Takigawa, I. and Mamitsuka, H. Identifying Pathways of Co-ordinated Gene Expression. Identifying Pathways of Co-ordinated Gene Expression. Humana Press (Springer) Humana Press (Springer) 2012/11 英語 分担執筆 公開
Mamitsuka, H., DeLisi, C., and Kanehisa, M. Mamitsuka, H., DeLisi, C., and Kanehisa, M. Methods in Molecular Biology, Volume 939: Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols Methods in Molecular Biology, Volume 939: Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols Humana Press (Springer) Humana Press (Springer) 2012/11 英語 共編者 公開
Wan, R. and Mamitsuka, H. Wan, R. and Mamitsuka, H. Biological Data Mining in Protein Interaction Networks. Biological Data Mining in Protein Interaction Networks. IGI Global IGI Global 2009/05 英語 分担執筆 公開
Ng, S.-K., Mamitsuka, H. and Wong, L. Ng, S.-K., Mamitsuka, H. and Wong, L. Genome Informatics, Volume 19 Genome Informatics, Volume 19 Imperial College Press Imperial College Press 2007 英語 共編者 公開
Heinrich, R., Mamitsuka, H., Kanehisa, M., Takagi, T. and Miyano, S. Heinrich, R., Mamitsuka, H., Kanehisa, M., Takagi, T. and Miyano, S. Genome Informatics, Volume 16, No. 2 Genome Informatics, Volume 16, No. 2 Universal Academy Press Universal Academy Press 2005 英語 共編者 公開
Mamitsuka, H., Smith, T. F., Holzhutter, H.-G., Kanehisa, M., DeLisi, C., Heinrich, R. and Miyano, S. Mamitsuka, H., Smith, T. F., Holzhutter, H.-G., Kanehisa, M., DeLisi, C., Heinrich, R. and Miyano, S. Genome Informatics, Volume 15, No.1 Genome Informatics, Volume 15, No.1 Universal Academy Press Universal Academy Press 2004 英語 共編者 公開
Mamitsuka, H. and Abe, N. Mamitsuka, H. and Abe, N. Lecture Notes in Computer Science, Vol. 2281: Progress in Discovery Science Lecture Notes in Computer Science, Vol. 2281: Progress in Discovery Science Springer Berlin Heidelberg Springer Berlin Heidelberg 2002/04 英語 分担執筆 公開
Abe, N., Yamanishi, K., Nakamura, A., Mamitsuka, H., Takeuchi, J. and Li, H. Abe, N., Yamanishi, K., Nakamura, A., Mamitsuka, H., Takeuchi, J. and Li, H. Foundations of Real World Intelligence Foundations of Real World Intelligence Center for the Study of Language and Information (CSLI) Publications Center for the Study of Language and Information (CSLI) Publications 2001/09 英語 分担執筆 公開

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特許
発明者 発明者(日本語) 発明者(英語) 発明の名称 発明の名称(日本語) 発明の名称(英語) 審査の段階 番号 年月 公開
馬見塚 拓 馬見塚 拓 複数文字列アライメント方法およびシステム 複数文字列アライメント方法およびシステム 特許登録 特許3237606 2001/10/05 公開
馬見塚 拓 馬見塚 拓 隠れマルコフモデル学習システム及び学習方法 隠れマルコフモデル学習システム及び学習方法 特許登録 特許3094860 2000/08/04 公開
馬見塚 拓 馬見塚 拓 タンパク質立体構造予測方法 タンパク質立体構造予測方法 特許登録 特許3012441 1999/12/10 公開
馬見塚 拓 馬見塚 拓 構造分割装置 構造分割装置 特許登録 特許2980037 1999/09/17 公開
馬見塚 拓 馬見塚 拓 タンパク質立体構造予測方法 タンパク質立体構造予測方法 特許登録 特許2940529 1999/06/18 公開
馬見塚 拓、中村 篤祥、鳥羽 弘康 馬見塚 拓、中村 篤祥、鳥羽 弘康 学習装置及び学習方法 学習装置及び学習方法 特許登録 特許2870458 1999/01/08 公開
馬見塚 拓 馬見塚 拓 タンパク質立体構造予測方法 タンパク質立体構造予測方法 特許登録 特許2739825 1998/01/23 公開
馬見塚 拓、安倍 直樹 馬見塚 拓、安倍 直樹 タンパク質立体構造予測方法 タンパク質立体構造予測方法 特許登録 特許2658823 1997/06/06 公開
馬見塚 拓、山西 健司 馬見塚 拓、山西 健司 タンパク質立体構造予測方法 タンパク質立体構造予測方法 特許登録 特許2551297 1996/08/22 公開
Mamitsuka, H. and Abe, N. Mamitsuka, H. and Abe, N. Knowledge finding method Knowledge finding method 特許登録 US 6973446 2006/12/06 公開
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学術賞等
賞の名称(日本語) 賞の名称(英語) 授与組織名(日本語) 授与組織名(英語) 年月
Best Performer Broad-DREAM Gene Essentiality Prediction Challenge 2014/11/
IEEE Kansai Section Medal IEEE Kansai Section 2014
Certificate of Appreciation, Service Award IEEE Computer Society 2009
外部資金：競争的資金・科学研究費補助金
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
特別研究員奨励費 代表 〜
基盤研究（Ｂ） 代表 多様な半構造化データからのデータ構造推定　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 2012/04/01〜2016/03/31
基盤研究（Ｂ） 代表 多様な半構造化データからのデータ構造推定 （平成26年度分） 2014/04/01〜2015/03/31
基盤研究（Ｂ） 代表 多様な半構造化データからのデータ構造推定 （平成27年度分） 2015/04/01〜2016/03/31
基盤研究(B) 代表 複数行列データからのデータ因子構造推定 （平成28年度分） 2016/04/01〜2017/03/31
基盤研究(B) 代表 複数行列データからのデータ因子構造推定 （平成29年度分） 2017/04/01〜2018/03/31
基盤研究(B) 代表 複数行列データからのデータ因子構造推定 （平成29年度分） 2017/04/01〜2018/03/31
担当科目
講義名(日本語) 講義名(英語) 開講期 学部/研究科 年度
特別実習(分子設計情報) 通年 薬学部 2011/04〜2012/03
情報科学概論 Introduction to Bioinformatics 前期不定 薬学研究科 2011/04〜2012/03
ケミカル情報スキル（秋入学用） Skill Development for Chemoinformatics 後期前期 薬学研究科 2011/04〜2012/03
ケミカル情報スキル Skill Development for Chemoinformatics 通年不定 薬学研究科 2011/04〜2012/03
医薬創成ITビジネス特論 Advanced Drug Discovery & Development II 前期不定 薬学研究科 2011/04〜2012/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2011/04〜2012/03
ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽ系ｺﾝﾃﾝﾂ制作(秋入学用) Advanced Methods in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2011/04〜2012/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2011/04〜2012/03
バイオインフォマティクス系研究(秋入学用) Research in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2011/04〜2012/03
医薬創成ITビジネス特論 Advanced Drug Discovery & Development II 前期不定 薬学研究科 2012/04〜2013/03
博士後期課程特論 doctoral program 前期集中 薬学研究科 2012/04〜2013/03
博士後期課程特論 doctoral program 後期集中 薬学研究科 2012/04〜2013/03
ケミカル情報スキル Skill Development for Chemoinformatics 通年不定 薬学研究科 2012/04〜2013/03
情報科学概論 Introduction to Bioinformatics 前期不定 薬学研究科 2012/04〜2013/03
特別実習(分子設計情報) Research Training(Computational Genomics) 通年 薬学部 2012/04〜2013/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2012/04〜2013/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2012/04〜2013/03
特別実習(分子設計情報) Research Training(Computational Genomics) 通年 薬学部 2013/04〜2014/03
情報科学概論 Introduction to Bioinformatics 前期不定 薬学研究科 2013/04〜2014/03
ケミカル情報スキル Skill Development for Chemoinformatics 通年不定 薬学研究科 2013/04〜2014/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2013/04〜2014/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2013/04〜2014/03
医薬創成ITビジネス特論 Advanced Drug Discovery & Development II 前期不定 薬学研究科 2013/04〜2014/03
博士後期課程特論 doctoral program 前期集中 薬学研究科 2013/04〜2014/03
博士後期課程特論 doctoral program 後期集中 薬学研究科 2013/04〜2014/03
特別実習(分子設計情報) Research Training(Computational Genomics) 通年 薬学部 2014/04〜2015/03
情報科学概論 Introduction to Bioinformatics 前期不定 薬学研究科 2014/04〜2015/03
ケミカル情報スキル Skill Development for Chemoinformatics 通年不定 薬学研究科 2014/04〜2015/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2014/04〜2015/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2014/04〜2015/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2014/04〜2015/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2014/04〜2015/03
ケミカル情報スキル Skill Development for Chemoinformatics 通年不定 薬学研究科 2015/04〜2016/03
情報科学概論 Introduction to Bioinformatics 前期不定 薬学研究科 2015/04〜2016/03
特別実習(分子設計情報) Research Training(Computational Genomics) 通年 薬学部 2015/04〜2016/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2015/04〜2016/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2015/04〜2016/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2015/04〜2016/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2015/04〜2016/03
ケミカル情報スキル Skill Development for Chemoinformatics 通年不定 薬学研究科 2016/04〜2017/03
情報科学概論 Introduction to Bioinformatics 前期不定 薬学研究科 2016/04〜2017/03
特別実習(分子設計情報) Research Training(Computational Genomics) 通年 薬学部 2016/04〜2017/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2016/04〜2017/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2016/04〜2017/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2016/04〜2017/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2016/04〜2017/03
創薬情報科学概論 Introduction to Bioinformatics for Drug Discovery 前期不定 薬学研究科 2017/04〜2018/03
ケミカル情報スキル Skill Development for Chemoinformatics 通年不定 薬学研究科 2017/04〜2018/03
特別実習(分子設計情報) Research Training(Computational Genomics) 通年 薬学部 2017/04〜2018/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2017/04〜2018/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2017/04〜2018/03
創薬情報科学概論 Introduction to Bioinformatics for Drug Discovery 前期不定 薬学研究科 2018/04〜2019/03
ケミカル情報スキル Skill Development for Chemoinformatics 通年不定 薬学研究科 2018/04〜2019/03
特別実習(分子設計情報) Research Training(Computational Genomics) 通年 薬学部 2018/04〜2019/03
バイオインフォマティクス系コンテンツ制作 Advanced Methods in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2018/04〜2019/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 後期前期 薬学研究科 2018/04〜2019/03
バイオインフォマティクス系研究 Research in Bioinformatics 通年不定 薬学研究科 2018/04〜2019/03

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部局運営（役職等）
役職名 期間
化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター長 2011/04/01〜2013/03/31
研究用計算機専門委員会委員 2011/07/01〜2013/06/30
化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員 2013/04/01〜2015/03/31
化学研究所財務委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所産学連携委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所将来問題・研究活性化委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所設備運営委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所財務委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
化学研究所将来問題・研究活性化委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
化学研究所設備運営委員会委員 2014/04/01〜2015/03/31
化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員 2015/04/01〜2017/03/31
化学研究所財務委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
化学研究所産学連携委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
化学研究所自己点検評価委員会委員 2015/04/01〜2016/03/31
化学研究所将来問題・研究活性化委員会委員 2016/04/01〜2017/03/31
化学研究所産学連携委員会委員 2016/04/01〜2017/03/31
化学研究所ゲノムネット推進室運営委員会委員 2017/04/01〜2019/03/31
化学研究所財務委員会委員 2017/04/01〜2018/03/31
化学研究所設備運営委員会委員 2017/04/01〜2018/03/31
化学研究所財務委員会委員 2018/04/01〜2019/03/31
化学研究所将来問題・研究活性化委員会委員 2018/04/01〜2019/03/31
化学研究所広報委員会委員 2018/04/01〜2019/03/31

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