田村 武幸

最終更新日時:2017/07/11 10:41:04

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氏名(漢字/フリガナ/アルファベット表記)
田村 武幸/タムラ タケユキ/Takeyuki Tamura
所属部署・職名(部局/所属/講座等/職名)
化学研究所/化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター/ /助教
協力講座
部局 所属 講座等 職名
情報学研究科 知能情報学専攻 生命システム情報学 助教
所属学会(国内)
学会名(日本語) 学会名(英語)
日本バイオインフォマティクス学会
情報処理学会
電子情報通信学会
取得学位
学位名(日本語) 学位名(英語) 大学(日本語) 大学(英語) 取得区分
修士(情報学) 京都大学
博士(情報学) 京都大学
出身大学院・研究科等
大学名(日本語) 大学名(英語) 研究科名(日本語) 研究科名(英語) 専攻名(日本語) 専攻名(英語) 修了区分
京都大学 大学院情報学研究科修士課程通信情報システム専攻 修了
京都大学 大学院情報学研究科博士後期課程通信情報システム専攻 修了
出身学校・専攻等
大学名(日本語) 大学名(英語) 学部名(日本語) 学部名(英語) 学科名(日本語) 学科名(英語) 卒業区分
京都大学 工学部情報学科 卒業
出身高等学校
高等学校名 ふりがな
東大寺学園高校
職歴
期間 組織名(日本語) 組織名(英語) 職名(日本語) 職名(英語)
2006/04/01〜2007/11/30 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University 博士研究員 Postdoctoral Fellow
2007/12/01〜 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University 助教 Assistant Professor
プロフィール
(日本語)
2006年京都大学大学院情報学研究科 博士課程修了。 京都大学博士(情報学)。2006年4月より京都大学 化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター にて博士研究員。2007年12月より同・助教。専門は バイオインフォマティクスのアルゴリズム。 主に計算量理論と生化学に基づく生体ネットワークの 制御手法の計算の研究を行っている。
(英語)
Takeyuki Tamura received B.E., M.E. and Ph.D. degrees in informatics from Kyoto University, Japan, in 2001, 2003, and 2006, respectively. He joined Bioinformatics Center, Institute for Chemical Research, Kyoto University as a postdoctoral fellow in April, 2006. He works as an assistant professor from December, 2007. His research interests are bioinformatics and the theory of combinatorial optimization for graphs and networks. The current research topics include calculation of control methods of biological networks based on computational complexity and biochemistry.
個人ホームページ
URL
http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~tamura/
http://rdb.kuicr.kyoto-u.ac.jp/researchers/view/tamura+takeyuki
研究テーマ
(日本語)
バイオインフォマティクスのアルゴリズム理論
(英語)
Algorithms for Bioinformatics
研究概要
(日本語)
1. 計算量理論と生化学に基づく生体ネットワーク解析手法の開発 2. ブーリアンモデルによる遺伝子制御ネットワークや代謝ネットワークの数理モデル化と解析 3. 最大共通部分グラフを見つけるアルゴリズム
(英語)
1. Biological network analysis based on computational complexity and biochemistry 2. Mathematical modeling of Boolean gene regulatory networks and metabolic networks 3. Algorithms for finding the maximum common subgraphs
論文 > 論文
(文系研究者の一般的な論文集への寄稿や単行本の分担執筆などは「著書等」を参照してください)
著者名 タイトル 書誌情報等 年月 査読の有無 言語
Tatsuya Akutsu,Array,Atsuhiro Takasu,Takeyuki Tamura On the parameterized complexity of associative and commutative unification. Theor. Comput. Sci.,660,57-74 2017
Wenpin Hou,Takeyuki Tamura,Wai-Ki Ching,Tatsuya Akutsu Finding and Analyzing the Minimum Set of Driver Nodes in control of Boolean Networks. Advances in Complex Systems,19,3,1-32 2016
Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu,Chun-Yu Lin,Jinn-Moon Yang Finding Influential Genes Using Gene Expression Data and Boolean Models of Metabolic Networks. 16th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2016, Taichung, Taiwan, October 31 - November 2, 2016,57-63 2016
Tomoya Mori,Atsuhiro Takasu,Array,Jaewook Hwang,Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu Similar subtree search using extended tree inclusion. 32nd IEEE International Conference on Data Engineering, ICDE 2016, Helsinki, Finland, May 16-20, 2016,1558-1559 2016
Wei Lu*, Takeyuki Tamura*, Jiangning Song, and Tatsuya Akutsu, (* joint first authors) Computing smallest intervention strategies for multiple metabolic networks in a Boolean model Journal of Computational Biology,22,2,85-110 2015/02 英語
Chia-Jung Chang, Takeyuki Tamura, Kun-Mao Chao and Tatsuya Akutsu A fixed-parameter algorithm for detecting a singleton attractor in an AND/OR Boolean network with bounded treewidth IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences,E98A,1,384-390 2015/01 英語
Tatsuya Akutsu,Takeyuki Tamura,Avraham A. Melkman,Atsuhiro Takasu On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree. Theor. Comput. Sci.,590,2-16 2015
Tomoya Mori,Atsuhiro Takasu,Array,Jaewook Hwang,Takeyuki Tamura,Tatsuya Akutsu Similar Subtree Search Using Extended Tree Inclusion. IEEE Trans. Knowl. Data Eng.,27,12,3360-3373 2015
Tamura T, Lu W, Akutsu T Computational Methods for Modification of Metabolic Networks. Computational and structural biotechnology journal,13,376-381 2015
Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura, Avraham A. Melkman, and Atsuhiro Takasu On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree Theoretical Computer Science,590,2-16 2014/10 英語
Rikiya Takeuchi, Takeyuki Tamura, Toru Nakayashiki, Yuichirou Tanaka, Ai Muto, Barry L. Wanner, and Hirotada Mori Colony-live --a high-throughput method for measuring microbial colony growth kinetics-- reveals diverse growth effects of gene knockouts in Escherichia coli BMC Microbiology,14,171,171 2014/06 英語
Wei Lu*, Takeyuki Tamura*, Jiangning Song, and Tatsuya Akutsu, (* joint first authors) Integer Programming-based Method for Designing Synthetic Metabolic Networks by Minimum Reaction Insertion in a Boolean Model PLoS ONE,9,3,e92637 2014/03 英語
Yushan Qiu, Takeyuki Tamura, Wai-Ki Ching, and Tatsuya Akutsu On control of singleton attractors in multiple Boolean networks: integer programming-based method BMC Systems Biology,8,S1:S7,S7 2014/01 英語
T. Akutsu; T. Tamura; D. Fukagawa; A. Takasu Efficient exponential-time algorithms for edit distance between unordered trees Journal of Discrete Algorithms,25,79-93 2014 英語
Tatsuya Akutsu,Jesper Jansson,Atsuhiro Takasu,Takeyuki Tamura On the Parameterized Complexity of Associative and Commutative Unification. Parameterized and Exact Computation - 9th International Symposium, IPEC 2014, Wroclaw, Poland, September 10-12, 2014. Revised Selected Papers,15-27 2014
Y. Zhao; T. Tamura; T. Akutsu; J.-P. Vert Flux balance impact degree: A new definition of impact degree to properly treat reversible reactions in metabolic networks Bioinformatics,29,17,2178-2185 2013/09 英語
T. Akutsu; T. Tamura A polynomial-time algorithm for computing the maximum common connected edge subgraph of outerplanar graphs of bounded Degree Algorithms,6,1,119-135 2013 英語
Tatsuya Akutsu,Takeyuki Tamura,Atsuhiro Takasu On the Parameterized Complexity of Associative and Commutative Unification. CoRR,abs/1310.0919 2013
H. Jiang; T. Tamura; W.-K. Ching; T. Akutsu On the complexity of inference and completion of boolean networks from given singleton attractors IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences,96-A,11,2265-2274 2013 英語
X. Chen; T. Akutsu; T. Tamura; W.-K. Ching Finding optimal control policy in probabilistic Boolean Networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming International Journal of Data Mining and Bioinformatics,7,3,321-343 2013 英語
T. Akutsu; T. Tamura; A.A. Melkman; A. Takasu On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics),8070 LNCS,4-15 2013 英語
Tomoya Mori,Takeyuki Tamura,Daiji Fukagawa,Atsuhiro Takasu,Etsuji Tomita,Tatsuya Akutsu A Clique-Based Method Using Dynamic Programming for Computing Edit Distance Between Unordered Trees. Journal of Computational Biology,19,10,1089-1104 2012/10 英語
T. Akutsu; S. Kosub; A.A. Melkman; T. Tamura Finding a periodic attractor of a Boolean network IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,9,5,1410-1421 2012/09 英語
Tatsuya Akutsu,Yang Zhao,Morihiro Hayashida,Takeyuki Tamura Integer Programming-Based Approach to Attractor Detection and Control of Boolean Networks. IEICE Transactions,95-D,12,2960-2970 2012
Tatsuya Akutsu,Avraham A. Melkman,Takeyuki Tamura Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks. Inf. Process. Lett.,112,1-2,35-38 2012
N. Nakajima; T. Tamura; Y. Yamanishi; K. Horimoto; T. Akutsu Network completion using dynamic programming and least-squares fitting The Scientific World Journal,2012,957620 2012 英語
K. Takemoto; T. Tamura; T. Akutsu Theoretical estimation of metabolic network robustness against multiple reaction knockouts using branching process approximation Physica A: Statistical Mechanics and its Applications,392,21,5525-5535 2013 英語
T. Akutsu; Y. Zhao; M. Hayashida; T. Tamura Integer programming-based approach to attractor detection and control of boolean networks IEICE Transactions on Information and Systems,E95D,12,2960-2970 2012/12 英語
T. Akutsu; A.A. Melkman; T. Tamura Singleton and 2-periodic attractors of sign-definite Boolean networks Information Processing Letters,112,1-2,35-38 2012/01/15 英語
K. Takemoto; T. Tamura; Y. Cong; W.-K. Ching; J.-P. Vert; T. Akutsu Analysis of the impact degree distribution in metabolic networks using branching process approximation Physica A: Statistical Mechanics and its Applications,391,1-2,379-387 2012/01/01 英語
T. Akutsu; T. Tamura; D. Fukagawa; A. Takasu Efficient exponential time algorithms for edit distance between unordered trees Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics),7354 LNCS,360-372 2012 英語
T. Akutsu; T. Tamura A polynomial-time algorithm for computing the maximum common subgraph of outerplanar graphs of bounded degree Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics),7464 LNCS,76-87 2012 英語
T. Akutsu; M. Hayashida; T. Tamura Finding conserved regions in protein structures using support vector machines and structure alignment Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics),7632 LNBI,233-242 2012 英語
T. Akutsu; A.A. Melkman; T. Tamura; M. Yamamoto Determining a singleton attractor of a Boolean network with nested canalyzing functions Journal of Computational Biology,18,10,1275-1290 2011/10 英語
D. Fukagawa; T. Tamura; A. Takasu; E. Tomita; T. Akutsu A clique-based method for the edit distance between unordered trees and its application to analysis of glycan structures BMC Bioinformatics,12 2011/02/15 英語
T. Akutsu; D. Fukagawa; A. Takasu; T. Tamura Exact algorithms for computing the tree edit distance between unordered trees Theoretical Computer Science,412,4-5,352-364 2011/02/04 英語
J.B. Brown; T. Urata; T. Tamura; M.A. Arai; T. Kawabata; T. Akutsu Compound analysis via graph kernels incorporating chirality Journal of Bioinformatics and Computational Biology,8,63-81 2010/12 英語
T. Tamura; T. Akutsu Exact algorithms for finding a minimum reaction cut under a Boolean model of metabolic networks IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences,E93A,8,1497-1507 2010/08 英語
A.A. Melkman; T. Tamura; T. Akutsu Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587<sup>n</sup>) time Information Processing Letters,110,14-15,565-569 2010 英語
M. Hayashida; T. Tamura; T. Akutsu; W.-K. Ching; Y. Cong Distribution and enumeration of attractors in probabilistic Boolean networks IET Systems Biology,3,6,465-474 2009/11 英語
T. Akutsu; T. Tamura On finding a fixed point in a Boolean network with maximum indegree 2 IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences,E92A,8,1771-1778 2009/08 英語
T. Tamura; T. Akutsu Detecting a singleton attractor in a Boolean network utilizing sat algorithms IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences,E92A,2,493-501 2009/02 英語
T. Tamura; T. Akutsu Algorithms for singleton attractor detection in planar and nonplanar AND/OR Boolean networks Mathematics in Computer Science,2,3,401-420 2009 英語
T. Akutsu; T. Tamura; K. Horimoto Completing networks using observed data Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics),5809 LNAI,126-140 2009 英語
T. Tamura; H. Ito Inferring pedigree graphs from genetic distances IEICE Transactions on Information and Systems,E91D,2,162-169 2008/02 英語
T. Tamura; M. Hayashida; T. Akutsu; S.-Q. Zhang; W.-K. Ching Algorithms and complexity analyses for control of singleton attractors in Boolean networks Eurasip Journal on Bioinformatics and Systems Biology,2008 2008 英語
T. Akutsu; M. Hayashida; T. Tamura Algorithms for inference, analysis and control of Boolean networks Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics),5147 LNCS,1-15 2008 英語
T. Tamura; T. Akutsu An improved algorithm for detecting a singleton attractor in a Boolean network consisting of AND/OR nodes Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics),5147 LNCS,216-229 2008 英語
T. Tmura; T. Akutsu Approximation algorithms for optimal RNA secondary structures common to multiple sequences IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences,E90A,5,917-923 2007/05 英語
T. Tamura; T. Akutsu Subcellular location prediction of proteins using support vector machines with alignment of block sequences utilizing amino acid composition BMC Bioinformatics,8 2007 英語
H. Ito; K. Iwama; T. Tamura Efficient methods for determining DNA probe orders IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences,E89A,5,1292-1298 2006/05 英語
Takeyuki Tamura, Kazuhiro Takemoto and Tatsuya Akutsu Finding Minimum Reaction Cuts of Metabolic Networks Under a Boolean Model Using Integer Programming and Feedback Vertex Sets.International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics, Vol 1, pp. 14-31, (Preliminary version has appeared in IIBM2009)20 , , 英語
Morihiro Hayashida, Takeyuki Tamura, Tatsuya Akutsu, Wai-Ki Ching and Yang Cong On Distribution and Enumeration of Attractors in Probabilistic Boolean Networks,IET Systems Biology, Vol. 3, pp. 465-474, (Preliminary version has appeared in OSB 2008) 2009. , , 英語
Xi Chen, Tatsuya Akutsu, Takeyuki Tamura and Wai-Ki Ching Finding optimal control policy in probabilistic Boolean networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming(Preliminary version has appeared in BIBM 2010), International Journal of Data Mining and Bioinformatics, in press. , , 英語
Takeyuki Tamura, Yang Cong, Tatsuya Akutsu and Wai-Ki Ching An Efficient Method of Computing Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles, IEICE Transactions on Information and Systems, Vol.E94-D, No.12 pp.2393-2399, 2011. , , 英語
Tatsuya Akutsu, Avraham. A. Melkman, Takeyuki Tamura and Masaki Yamamoto Journal of Computational Biology, Determining a singleton attractor of a Boolean network with nested canalyzing functions, Vol. 18(0), pp. 1--16, 2011. , , 英語
Avraham Melkman, Takeyuki Tamura, Tatsuya Akutsu, Determining a singleton attractor of an AND/OR Boolean network in O(1.587^n) time. Information Processing Letters, Vol. 110, pp. 565-569, 2010. , , 英語

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学会発表等 > 学会発表等
(文系研究者の一般的な学会報告の業績は「講演等」を参照してください)
著者名 タイトル 書誌情報等 年月 査読の有無 言語
田村武幸 ,阿久津達也 代謝ネットワークにおける複数の遺伝子破壊による影響度の計算 代謝ネットワークにおける因果関係と推論を用いた知識発見のための新規プラットホーム構築に関する基礎的研究 ,熱海 2011/06 日本語
田村武幸 ,Xi Chen, 阿久津達也, Wai-Ki Ching 整数計画法と動的計画法を用いた確率ブーリアンネットワークの制約付き最適制御法 情報処理学会 バイオ情報学研究会 ,京都 2011/03 日本語
TAMURA Takeyuki;TAKEMOTO Kazuhiro;AKUTSU Tatsuya Algorithm for Finding Minimum Reaction Cut of Metabolic Network 電子情報通信学会技術研究報告,109,235(COMP2009 32-38),27-34 2009/10 日本語
田村武幸 ,Yang Cong, 阿久津達也, Wai-ki Ching Efficient Computation of Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles 情報処理学会バイオ情報学研究会 ,札幌,67-70 2009/09 日本語
TAMURA Takeyuki;TAKEMOTO Kazuhiro;AKUTSU Tatsuya Measuring Structural Robustness of Metabolic Networks Using Integer Programming and Feedback Vertex Sets 情報処理学会研究報告,2008,86(BIO-14),13-16 2008/09 日本語
TAMURA Takeyuki;AKUTSU Tatsuya An Improved Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in a Boolean Network consisting of AND/OR Nodes 情報処理学会研究報告,2007,92(AL-114),1-8 2007/09 日本語
田村武幸 ,阿久津達也 AND/OR節点で構成されるブーリアンネットワークの\\定常状態を検出する 時間アルゴリズム 電子情報通信学会コンピュテーション研究会 ,福岡 2007/05 日本語
TAMURA Takeyuki;AKUTSU Tatsuya Subcellular Location Prediction of Proteins Using Support Vector Machines with Alignment and Amino Acid Composition 情報処理学会研究報告,2007,21(BIO-8),1-8 2007/03 日本語
田村武幸 ,阿久津達也 Approximation Algorithms for Optimal RNA Secondary Structures Common to Multiple Sequences FIT2006 ,福岡 2006/09 日本語
田村武幸 ,伊藤大雄 岩間一雄 遺伝的な距離に基づいた家系図推定問題 電子情報通信学会コンピュテーション研究会 ,名古屋 2005/01 日本語
田村武幸 ,伊藤大雄 岩間一雄 Imperfectness of Data for STS-Based Physical Mapping 日本オペレーションズ・リサーチ学会若手研究者の会 ,大阪 2003/05 日本語
田村武幸 ,伊藤大雄 岩間一雄 DNA配列のプローブ順序固定に必要な最小フラグメント集合 電子情報学会コンピュテーション研究会 ,東京 2003/03 日本語
田村武幸 ,伊藤大雄 岩間一雄 Minimum Fragment Sets for Fixing DNA Probe Sequences 京都大学 アルゴリズム・計算量・数理計画・OR合同研究会 ,京都 2003/02 日本語
T. Tamura; Y. Cong; T. Akutsu; W.-K. Ching An efficient method of computing impact degrees for multiple reactions in metabolic networks with cycles IEICE Transactions on Information and Systems,E94D,12,2393-2399 2011/12 英語
Takeyuki Tamura ,Tatsuya Akutsu, Yang Cong, Wai-Ki Ching Computing Impact Degrees for Multiple Reactions in Metabolic Networks with Cycles International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology 2011 ,Berlin, Germany 2011/07/20 英語
T. Akutsu; T. Mori; T. Tamura; D. Fukagawa; A. Takasu; E. Tomita An improved clique-based method for computing edit distance between unordered trees and its application to comparison of glycan structures Proceedings of the International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems, CISIS 2011,536-540 2011 英語
Takeyuki Tamura ,Yoshihiro Yamanishi, Mao Tanabe, Susumu Goto, Minoru Kanehisa, Katsuhisa Horimoto and Tatsuya Akutsu Integer Programming-based Method for Completing Signaling Pathways and its Application to Analysis of Colorectal Cancer The 10th Int. Workshop on Bioinformatics and Systems Biology ,Kyoto 2010/07/26 英語
X. Chen; T. Akutsu; T. Tamura; W.-K. Ching Finding optimal control policy in probabilistic Boolean networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming Proceedings - 2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2010,240-246 2010 英語
T. Tamura; N. Christian; K. Takemoto; O. Ebenhöh; T. Akutsu Analysis and prediction of nutritional requirements using structural properties of metabolic networks and support vector machines. Genome informatics. International Conference on Genome Informatics,22,176-190 2010 英語
T. Tamura; Y. Yamanishi; M. Tanabe; S. Goto; M. Kanehisa; K. Horimoto; T. Akutsu Integer programming-based method for completing signaling pathways and its application to analysis of colorectal cancer. Genome informatics. International Conference on Genome Informatics,24,193-203 2010 英語
Y. Zhao; T. Tamura; M. Hayashida; T. Akutsu A dynamic programming algorithm to predict synthesis processes of tree-structured compounds with graph grammar. Genome informatics. International Conference on Genome Informatics,24,218-229 2010 英語
Takeyuki Tamura ,Tatsuya Akutsu, Katsuhisa Horimoto Complementing Networks Using Observed Data International Conference on Algorithmic Learning Theory ,Porto, Portugal 2009/10/04 英語
Takeyuki tamura ,Kazuhiro Takemoto, Tatsuya Akutsu Measuring Structural Robustness of Metabolic Networks Under a Boolean Model Using Integer Programming and Feedback Vertex Sets 2nd International Workshop on Intelligent Informatics in Biology and Medicine (IIBM2009) ,福岡 2009/03/19 英語
T. Tamura; K. Takemoto; T. Akutsu Measuring structural robustness of metabolic networks under a boolean model using integer programming and feedback vertex sets Proceedings of the International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems, CISIS 2009,819-824 2009 英語
T. Akutsu; M. Hayashida; T. Tamura Integer programming-based methods for attractor detection and control of boolean networks Proceedings of the IEEE Conference on Decision and Control,5610-5617 2009 英語
Takeyuki Tamura ,Tatsuya Akutsu Subcellular Location Prediction of Proteins Using Support Vector Machines with Alignment of Block Sequences Utilizing Amino Acid Composition 日中二国間交流事業共同セミナー ,Shanghai, China 2008/11/06 英語
Takeyuki Tamura ,Tatsuya Akutsu An Improved Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in a Boolean Network Consisting of AND/OR Nodes Proc. 3rd International Conference on Algebraic Biology (AB2008) ,Hagenberg, Austria 2008/07/31 英語
Takeyuki Tamura ,Tatsuya Akutsu Algorithms and Worst Case Analyses for Detecting a Singleton Attractor in a Boolean Network Consisting of AND/OR Nodes Numerical Mathematics and Applied Analysis Group Seminar ,Hong Kong 2008/04/11 英語
Takeyuki Tamura ,Tatsuya Akutsu An O(1.787^n)-time Algorithm for Detecting a Singleton Attractor in a Boolean Network Consisting of AND/OR Nodes Proc. 16th International Symposium on Fundamentals of Computation Theory (FCT2007) ,Budapest, Hungary 2007/08/30 英語
Takeyuki Tamura ,Tatsuya Akutsu Approximation Algorithms for Optimal RNA Secondary Structures Common to Multiple Sequences The 9th Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation (WAAC2006) ,Sapporo, Japan 2006/07/04 英語

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講演等 > 招待講演
(文系研究者の一般的な学会報告はこの項に収録されております)
タイトル 会合名 開催主体 年月 言語
遺伝子の破壊と導入による代謝への影響予測の数理モデル [招待あり] JSBi生命システム理論研究会 〜細胞状態の理論的解明に向けて〜 2014/11/18 日本語
Predicting essential genes via impact degree on metabolic networks International Symposium on Symbolic Systems Biology (ISSSB’11) Shonan, Japan 2011/11/16 英語
講演等 > 一般講演
(文系研究者の一般的な学会報告はこの項に収録されております)
タイトル 会合名 開催主体 年月 言語
Computing Minimum Reaction Modifications in a Boolean Metabolic Network GIW/InCoB2015 2015/09 英語
On the parameterized complexity of associative and commutative unification 9th International Symposium on Parameterized and Exact Computation (IPEC 2014) 2014/09 英語
On the complexity of finding a largest common subtree of bounded degree 19th Int. Symp. Fundamentals of Computation Theory (FCT 2013) 2013 英語
On the complexity of the maximum common subgraph problem for partial k-trees of bounded degree 23rd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2012) 2012/12 英語
Integer programming method for completing ortholog-based gene-protein-reaction network by gene essentiality The 23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012) 2012/12 英語
Efficient exponential time algorithms for edit distance between unordered trees 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2012) 2012/07 英語
A polynomial-time algorithm for computing the maximum common subgraph of outerplanar graphs of bounded degree 37th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2012) 2012 英語
Completing networks using observed data 20th International Conference on Algorithmic Learning Theory (ALT 2009) 2009 英語
Measuring structural robustness of metabolic networks under a Boolean model using integer programming and feedback vertex sets 2nd International Workshop on Intelligent Informatics in Biology and Medicine (IIBM2009) 2009 英語
An improved algorithm for detecting a singleton attractor in a Boolean network consisting of AND/OR nodes 3rd International Conference on Algebraic Biology (AB2008) 2008 英語
An O(1.787^n)-time algorithm for detecting a singleton attractor in a Boolean network consisting of AND/OR nodes 16th International Symposium on Fundamentals of Computation Theory (FCT2007) 2007 英語
Imperfectness of data for STS-based physical mapping IFIP World Computer Congress, 2004 2004 英語

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著書等 > 著書
著者名 タイトル 出版社等 年月 言語
Takeyuki Tamura and Tatsuya Akutsu Biological Data Mining and Its Applications in Healthcare World Scientific 2014/01
外部資金:競争的資金・科学研究費補助金
種別 代表/分担 テーマ(日本語) テーマ(英語) 期間
若手研究(B) 代表 ブーリアンモデルによる生体ネットワークの統合的な数理モデル化と解析 2013〜2016
若手研究(B) 代表 ブーリアンモデルによる遺伝子制御ネットワークの解析 Analysis of gene regulatory networks in Boolean models 2011/04/28〜2014/03/31
基盤研究(A) 分担 長期定常期から分裂再開までの細胞の生存戦略 2013/04/01〜2016/03/31
若手研究(B) 代表 ブーリアンモデルによる生体ネットワークの統合的な数理モデル化と解析 (平成27年度分) 2015/04/01〜2016/03/31
基盤研究(C) 代表 数理モデルによる生体ネットワーク制御手法の開発 (平成28年度分) 2016/04/01〜2017/03/31
担当科目
講義名(日本語) 講義名(英語) 開講期 学部/研究科 期間
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2014/04〜2015/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2015/04〜2016/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2016/04〜2017/03
生命情報学特論 Bioinformatics, Adv. 後期 情報学研究科 2016/04〜2017/03
生命情報学基礎論 Introduction to Bioinformatics 前期 情報学研究科 2017/04〜2018/03
生命情報学特論 Bioinformatics, Adv. 後期 情報学研究科 2017/04〜2018/03
部局運営(役職等)
役職名 期間
化学研究所講演委員会委員 2013/04/01〜2014/03/31
化学研究所広報委員会委員 2017/04/01〜2018/03/31
化学研究所情報システム技術委員会委員 2017/04/01〜2018/03/31
学会活動:その他
学会名(日本語) 学会名(英語) 貢献活動名(日本語) 貢献活動名(英語) 期間
第77回情報処理学会全国大会 実行委員 2015/03/〜2015/03/
生命医薬情報学連合大会2015年大会 プログラム委員 2015/10/〜2015/10/
生命医薬情報学連合大会2015年大会 実行委員 2015/10/〜2015/10/
APBC2008 The 6th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2008) 組織委員 Organizing Committee 2008/01/14〜2008/01/17
IBSB2010 The 10th Annual International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2010) 組織委員 Organizing Committee 2010/07/26〜2010/07/28
International Conference on Towards Mathematical Foundations of Complex Network Theory International Conference on Towards Mathematical Foundations of Complex Network Theory 組織委員 Organizing Committee 2012/09/14〜2012/09/16
PRIB2014 Pattern Recognition in Bioinformatics 2014 プログラム委員 Program Committee 2014〜2014