三上 文三

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Name(Kanji/Kana/Abecedarium Latinum)
三上 文三/ミカミ ブンゾウ/Bunzo Mikami
Primary department(Org1/Org2/Org3/Job title)
農学研究科/応用生命科学専攻生物機能化学講座/教授
Faculty
Org1 Org2 Org3 Job title
農学部
Contact address
Type Address(Japanese) Address(English)
Office 611-0011 宇治市五ヶ庄京都大学農学研究科
Phone
Type Number
Office 0774-38-3734
E-mail address
メールアドレス
mikami @ kais.kyoto-u.ac.jp
Affiliated academic organization(s) (Japanese)
Organization name(Japanese) Organization name(English)
日本農芸化学会 The Japanese Biochemical Society
日本生化学会 Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry
日本応用糖質科学会(旧日本澱粉学会) The Japanese Society of Applied Glycoscience
Academic degree
Field(Japanese) Field(English) University(Japanese) University(English) Method
農学修士 京都大学
農学博士 京都大学
Graduate school
University(Japanese) University(English) Faculty(Japanese) Faculty(English) Major(Japanese) Major(English) Degree
京都大学 大学院農学研究科修士課程食品工学専攻 修了
University
University(Japanese) University(English) Faculty(Japanese) Faculty(English) Major(s)(Japanese) Major(s)(English) Degree
神戸大学 農学部農芸化学科 卒業
Personal Profile
(Japanese)
平成 5年4月 京都大学食糧科学研究所助教授  平成13年4月 京都大学大学院農学研究科助教授(農学専攻) 平成17年6月 京都大学大学院農学研究科教授(応用生命科学専攻)
(English)
Personal website address
URL
http://www.structure.kais.kyoto-u.ac.jp/
Research Topics
(Japanese)
タンパク質・酵素のX線結晶構造解析
(English)
X-Ray crystallography of proteins and enzymes
Overview of your research
(Japanese)
アミラーゼ、トランスグルタミナーゼなどの食品産業酵素および卵白タンパク質やダイズタンパク質の構造と機能の相関をX線結晶構造解析法によって決定し、これらのタンパク質の機能改善を試みている。
(English)
In order to improve proteins and enzymes important for food industry, we have determined 3D structures of many proteins (Egg white proteins, plant seed proteins, lectins, and so on) and enzymes (amylase, pullulanase, polysaccharide lyase, and so on). The enzyme mechanisms of transglutaminase and protein glutaminase are also investigated by structural analyses of their mature and proenzyme forms.
Fields of research (key words)
Key words(Japanese) Key words(English)
構造生物学 structural biology
タンパク質構造解析 protein structure determination
タンパク質工学 protein engineering
結晶構造解析 x-ray crystallography
酵素工学 enzyme engineering
Fields of research (kaken code)
Kaken code
Applied Biochemistry
Journal
Authors Title Bibliography Date Peer-review Language
三上 文三 Interaction of soybean β-amylase with glucose The Journal of Biochemistry,100/5 1986 Yes English
三上 文三 Effect of modification of sulfhydryl groups in soybean β-amylase on the interaction with substrate and ingivitors The Journal of Biochemistry,102/2 1987 Yes English
三上 文三 Partial amino acid sequences around sulfhyderyl groups of soybean β-amylase The Journal of Biochemistry,102/2 1987 Yes English
三上 文三 Crystallization of and preliminary crystallografic data for Bacillus stearothermophilus cyclodextrin glucanotransfease The Journal of Biochemistry,104/1 1988 Yes English
三上 文三 Primary structure and function of β-amylase Seikagaku,60/3 1988 Yes English
三上 文三 Purification, crystallization, and characterization of perozidase from Coprinus cinereus The Journal Biochemistry,103/4 1988 Yes English
三上 文三 β-アミラーゼの一次構造と機能 生化学,60/3 1988 Yes Japanese
三上 文三 Crystallization of and Preliminary crystallografic data for allosteric L-lactate dehydrognase from Bifidobacterium longum The Journal of Biochemistry,106/4 1989 Yes English
三上 文三 Spinch ferredoxin-nitrite reductase : characterization of catalytic activity and interaction of the enzyme with subustrates The Journal of Biochemistry,105/1 1989 Yes English
三上 文三 Structure of soybean β-amylase and the reactivity of its sulfhdryl groups Denpun Kagaku,36/2 1989 Yes English
三上 文三 ダイズβ-アミラーゼの構造とSH基の反応性 澱粉科学,36/2 1989 Yes Japanese
三上 文三 Crystallization of and preliminary crystallographic data for the N-terminal half-molecule of ovotransferrin The Journal of Biochemistry,108/6 1990 Yes English
三上 文三 Positions of substituted amino acids in soybean β-amylase isozymes Agricultural and Biological Chemistry,54/11 1990 Yes English
三上 文三 X-ray crytal structure analysis of soybean β-amylase Denpun Kagaku,38/2 1991 Yes English
三上 文三 ダイズβ-アミラーゼのX線構造解析 澱粉科学,38/2 1991 Yes Japanese
三上 文三 Cloning of the β-amylase gene from Bacillus cereus and characteristics of the primary structure of the enzyme. Applied Environmental Microbiology,59/2,623-627 1993 Yes English
三上 文三 Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of the soybean proglycinin expressed in Escherichia coli. The Journal of Molecular Biology,233,177-178 1993 Yes English
三上 文三 Structural evidence for a pH-sensitive dilysine trigger in the hen ovotransferrin N-lobe : implications for transferrin release Biochemistry,32/45,11963-11968 1993 Yes English
三上 文三 オボトランスフェリンのX線結晶構造解析 京都大学食糧科学研究所報告,56,27-28 1993 Yes Japanese
三上 文三 Crucial role of intralobe peptide-peptide interactions in the uptake and release of iron by ovotransferrin Journal of Biological Chemistry,269/9,6671-6676 1994 Yes English
三上 文三 Crystallization and preliminary x-ray analysis of soybean proglycinins modified by protein engineering Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry,58/4,703-706 1994 Yes English
三上 文三 Crystallization and preliminary x-ray diffraction studies of bacterial alginate lyase Journal of Fermentation and Bioengineering,77/6,691-692 1994 Yes English
三上 文三 Two sulfhydryl groups near the active site of soybean β-amylase Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry,58/1,126-132 1994 Yes English
三上 文三 Active site of soybeanβ-amylase ,69/8,1046-1049 1995 Yes English
三上 文三 Crystal structure of diferric hen ovotransferrin at 2.4 A resolution. Journal of Molecular Biology,254/,196-207 1995 Yes English
三上 文三 Molecular characterization of monodehydroascorbate radical reductase from cucumber highly expressed in Escherichia coli. . Journal of Biological Chemistory,270/36,21354-21361 1995 Yes English
三上 文三 The role of SH and S-S groups in Bacillus cereusβ-amylase Journal of Biochemistory,118/6,1124-1130 1995 Yes English
三上 文三 β-アミラーゼの活性中心 日本農芸化学会誌,69/8,1046-1049 1995 Yes Japanese
三上 文三 Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase from porcine kidney The Journal of Biochemistry,120/,481-482 1996 Yes English
三上 文三 The crystal structure of lipase II from ┣DBRhizopus(/)-┫DB ┣DBniveus(/)-┫DB at 2.2 (]J1009[) resolution The Journal of Biochemistry,120/,505-510 1996 Yes English
三上 文三 The crystal structure of lipase II from Rhizopus niveus at 2.2 A resolution. The Journal Biochemistry,120/505, 1996 Yes English
三上 文三 β-アミラーゼの構造を見る 化学と生物,35/3,199 1997 Yes Japanese
三上 文三 Crystal structure of recombinant soybean β-amylase complexed with β-cyclodextrin The Journal of Biological Chemistry,273/19859, 1998 Yes English
三上 文三 Crystal structure of recombinant soybean β-amylase complexed with β-cyclodextrin. The Journal of Biological Chemistry,273/31,19859 1998 Yes English
三上 文三 Alternative structual state of transterrin Journal of Biological Chemistry,274/ 1999 Yes English
三上 文三 Alternative structural state of transferrin The Journal of Biological Chemistry,274/10190, 1999 English
三上 文三 Crystal structure of alginate lyase A1-(]G0003[) from Sphingomanas Species A1 at 1.78 A resolution. Journal of Molecular Biology,290/ 1999 Yes English
三上 文三 Crystal structure of alginate lyase Al-III from Sphingomonas species Al at 1.78 A resolution The Journal of Molecular Biology,290/505, 1999 Yes English
三上 文三 Crystal Structure of Hen apo-ovotransterrin. Both lobes adopt an open conformation upon loss of iron. Journal of Biological Chemistry,274/ 1999 Yes English
三上 文三 Structure of raw starch-digesting ┣DBBacillus cereus(/)-┫DB β-amylase complexed with maltose Biochemistry,38/7050, 1999 Yes English
三上 文三 Structure of row starch-digesting Bacillus cereus β-amylase complexed with maltose. Biochemistry,38/ 1999 Yes English
三上 文三 Structure of separated starch-binding domain of ┣DBBacillus cereus(/)-┫DB β-amylase The Journal of Microbiology and Biotechnology,9/619, 1999 Yes English
三上 文三 The crystal structure of the sevenfold mutant of barley β-amylase with increased thermostability at 2.5 (]J1009[) resolution The Journal of Microbiology and Biotechnology,285/1235, 1999 Yes English
三上 文三 The crystal structure of the sevenfold mutant of barley β-amylase with increased thermostability at 2.5Å resolution Journal of Molecular Biology,285/ 1999 Yes English
三上 文三 C8/119S mutation of major mite allergen Derf-2 liads to degenerate secondary Structure and molecular polymeri-zation and induces potent and exclusive Thl cell differentiation. The Journal of Immunology,165/2895, 2000 Yes English
三上 文三 Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of alginate lyase Al-II from sphingomonas species Al Biochimica et Biophysica Acta,1476/382, 2000 Yes English
三上 文三 Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of NADH : azodicarbonyl/quinon oxidoreductase, a plant ζ-crystallin. Biochimica et Biophysica Acta,1480/374, 2000 Yes English
三上 文三 Crystal structure at 1.9 (]J1009[) resolution of apo-ovotransferrin N-lobe bound by sulfate anions : Implication for the domain opening and iron release Biochemistry,39/3258, 2000 Yes English
三上 文三 Crystal structure of N-acetyl-D-glucosamine 2-epimerase from porcine kidney at 2.0 (]J1009[) resolution The Journal Molecular Biology,303/733, 2000 Yes English
三上 文三 Crystal structure of alginate lyase Al-III complexed with trisaccharide product at 2.0 (]J1009[) resolution. The Journal Molecular Biology,307/9, 2001 Yes English
三上 文三 Crystal structure of soybean proglycinin AlaBlb homotrimer The Journal of Molecular Biology,305/291, 2001 Yes English
三上 文三 Effect of His192 Mutation on the activity of alginate lyase Al-III from ┣DBSphingomonas(/)-┫DB species Al The Journal of Microbiology and Biotechnology,811/11, 2001 Yes English
Nakamichi Y., Maruyama Y., Mikami B., Hashimoto W., Murata K.. Structural determinants in streptococcal unsaturated glucuronyl hydrolase for recognition of glycosaminoglycan sulfate groups. J. Biol. Chem. 286, 6262-6271 2011 Yes English
Maruyama Y., Ochiai A., Mikami B., Hashimoto W., Murata K. Crystal structure of bacterial cell-surface alginate-binding protein with an M75 peptidase motif. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2011 Yes English
Maruyama Y., Chuma A., Mikami B., Hashimoto W., Murata K. Heterosubunit composition and crystal structures of a novel bacterial M16B metallopeptidase. J. Mol. Biol., 407, 180-192 2011 Yes English
Chu H.N., Kobayashi J., Mikami B., Yagi T The crystal structure of SDR-type pyridoxal 4-dehydrogenase of Mesorhizobium loti. Biosci. Biotechnol. Biochem., 75, 388-390. 2011 Yes English
Fumiko K., Mizutani K., Mikami B., Kimura, T. Single-Crystal X-ray Diffraction Study of a Magnetically Oriented 2 Microcrystal Array of Lysozyme Crystal Growth Design, 11, 12-15 2011 Yes Japanese
Ochiai A., Yamasaki M., Mikami B., Hashimoto W., Murata K. Crystal structure of exotype alginate lyase Atu3025 from Agrobacterium tumefaciens J. Biol. Chem., 285, 24519-24528 2010 Yes English
Chu H.N., Kobayashi J., Yoshikane Y., Mikami B., Yagi T Crystallization and preliminary X-ray analysis of SDR-type pyridoxal dehydrogenase from Mesorhizobium loti. Acta Crystallogr. Sect F, 66, 718-720. 2010 Yes English
Takahashi N., Maeda M., Yamasaki M., Mikami B. Protein-engineering study of contribution of conceivable D-serine residues to the thermostabilization of ovalbumin under alkaline conditions. Chem. Biodivers., 7, 1634-1643 2010 Yes English
Maruyama Y., Ochiai A., Itoh T., Mikami B., Hashimoto W., Murata K.. Mutational studies of the peptidoglycan hydrolase FlgJ of Sphingomonas sp. strain A1. J. Basic. Microbiol., 50, 311-317 2010 Yes English
Mizutani K., Toyoda M., Sagara K., Takahashi N., Sato A., Kamitaka Y., Tsujimura S., Nakanishi Y., Sugiura T., Yamaguchi S., Kano K., Mikami B. X-ray analysis of bilirubin oxidase from Myrothecium verrucaria at 2.3 � resolution using a twinned crystal Acta Crystallogr. Sect F, 66, 765-770 2010 Yes Japanese
Toyoda M., Jitsumori K., Mikami B., Wackett L.P., Kurihara T Crystallization and preliminary X-ray analysis of L-azetidine-2-carboxylate hydrolase from Pseudomonas sp. strain A2C Acta Crystallogr. Sect F, 66, 801-804 2010. 2010 Yes English
Nakagawa M., Ueyama M., Tsuruta H., Uno T., Kanamaru K., Mikami B., Yamagata H. Functional analysis of the cucumisin propeptide as a potent inhibitor of its mature enzyme. J. Biol. Chem., 285, 29797-29807 2010 Yes English
Takase R., Ochiai A., Mikami B., Hashimoto W., Murata K. Molecular identification of unsaturated uronate reductase prerequisite for alginate metabolism in Sphingomonas sp. A1 Biochim. Biophys. Acta., 1804, 1925-1936 2010 Yes English
Takehara S., Zhang J., Yang X., Takahashi N., Mikami B., Onda M. Refolding and polymerization pathways of neuroserpin. J. Mol. Biol., 403, 751-762 2010 Yes English
Tandang-Silvas M.R., Carrazco-Pe�a L., Barba de la Rosa A.P., Osuna-Castro J.A., Utsumi S., Mikami B., Maruyama N.: Expression, purification and preliminary crystallization of amaranth 11S proglobulin seed storage protein from Amaranthus hypochondriacus L. Acta Crystallogr. Sect F, 66, 919-922 2010 Yes English
Shutov A.D., Prak K., Fukuda T., Rudakov S.V., Rudakova A.S., Tandang-Silvas M.R., Fujiwara K., Mikami B., Utsumi S., Maruyama N.: Soybean basic 7S globulin subunit heterogeneity and molecular evolution.. Biosci. Biotechnol. Biochem., 74, 1631-1634 2010 Yes English
Masuda T., Goto F., Yoshihara T., Mikami B. The universal mechanism for iron translocation to the ferroxidase site in ferritin, which is mediated by the well conserved transit site. Biochem. Biophys. Res. Commun., 400, 94-99 2010 Yes English
Maeda Y., Doubayashi D., Ootake T., Oki M., Mikami B., Uchida H. Crystallization and preliminary X-ray analysis of formate oxidase, an enzyme of the glucose-methanol-choline oxidoreductase family. Acta Crystallogr. Sect F, 66, 1064-1066. 2010 Yes English
Cabanos C., Urabe H., Masuda T., Tandang-Silvas M.R., Utsumi S., Mikami B., Maruyama N. Crystallization and preliminary X-ray analysis of the major peanut allergen Ara h 1 core region. Acta Crystallogr. Sect F, 66, 1071-1073 2010 Yes English
Mizutani K., Hashimoto K., Takahashi N., Hirose M., Aibara S., Mikami B. Structural and functional characterization of recombinant human serum transferrin secreted from Pichia pastoris. Biosci. Biotechnol. Biochem., 74, 309-315 2010 Yes English
Tsuruta H., B. Mikami, T. Higashi, Y. Aizono Crystal structure of cold-active alkaline phosphatase from the psychrophile Shewanella sp. Biosci. Biotechnol. Biochem., 74, 69-74 2010 Yes English
Masuda T., Goto F., Yoshihara T., Mikami B. Crystal structure of plant ferritin reveals a novel metal binding site that functions as a transit site for metal transfer in ferritin. J. Biol. Chem., 285, 4049-4059 2010 Yes English
Tandang-Silvas M.R., Fukuda T., Fukuda C., Prak K., Cabanos C., Kimura A., Itoh T., Mikami B., Utsumi S., Maruyama N. Conservation and divergence on plant seed 11S globulins based on crystal structures. Biochim Biophys Acta.; 1804, 1432-1442 2010 Yes English
Sakurama H, Takita t., Mikami B., Itoh T., Yasukawa K., Inouye K. Two crystal structures of lysyl-tRNA synthetase from Bacillus stearothermophilus in complex with lysyladenylate-like compounds: insights into the irreversible formation of the enzyme-bound adenylate of L-lysine hydroxamate. J. Biochem., 145, 555-563 2009 Yes English
Ochiai A, Itoh T., Mikami B., Hashimoto W., Murata K. Structural determinants responsible for substrate recognition and mode of action in family 11 polysaccharide lyases. J. Biol. Chem., 284, 10181-10189 2009 Yes English
Takehara S, Onda M., Zhang J., Nishiyama M., Yang X., Mikami B. The 2.1-� crystal structure of native neuroserpin reveals unique structural elements that contribute to conformational instability. J. Mol. Biol., 388, 11-20 2009 Yes Japanese
Hashimoto W., Ochiai A,, Momma K., Itoh T., Mikami B., Maruyama Y., Murata K.. Crystal structure of the glycosidase family 73 peptidoglycan hydrolase FlgJ. Biochem. Biophys. Res. Commun., 381, 16-21 2009 Yes English
Hashimoto W., Ochiai A., He J., Itoh T., Mikami B., Murata K. Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the cell-surface alginate-binding protein Algp7 isolated from Sphingomonas sp. A1 Acta Crystallogr. Sect. F, 65, 515-517 2009 Yes English
Maruyama Y., Nakamichi Y., Itoh T., Mikami B., Hashimoto W., Murata K. Substrate specificity of streptococcal unsaturated glucuronyl hydrolases for sulfated glycosaminoglycan. J. Biol. Chem., 284, 18059-18069 2009 Yes English
Matsuda S., Yokochi N., Yoshikane Y., Kobayashi J., Huy C.N., Baba S., Kuramitsu S., Mikami B., Yagi T. Crystallization and preliminary X-ray analysis of 4-pyridoxolactonase from Mesorhizobium loti. Acta Crystallogr. Sect F, 65, 886-889 2009 Yes English
Ogura K., Yamasaki M., Yamada T., Mikami B., Hashimoto W., Murata K. Crystal structure of family 14 polysaccharide lyase with pH-dependent modes of action. J. Biol. Chem., 284, 35572-35579 2009 Yes English
Yoon, H.J., Ku, M.J., Mikami, B., Suh, S.W. Structure of 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase from Haemophilus influenzae complexed with the substrate 3-deoxy-manno-octulosonate in the beta-configuration. Acta Crystallogr. D 64, 1292-1294 2008 Yes English
Tsuruta, H., Mikami, B., Yamamoto, C., Yamagata, H. The role of group bulkiness in the catalytic activity of psychrophile cold-active protein tyrosine phosphatase. FEBS J. 275, 4317-4328 2008 Yes English
Ogura, K., Yamasaki, M., Mikami, B., Hashimoto, W., Murata, K. Substrate recognition by family 7 alginate lyase from Sphingomonas sp. A1. J. Mol. Biol., 380, 373-385 2008 Yes English
Fukuda, T., Maruyama, N., Salleh, M.R., Mikami, B., Utsumi, S. Characterization and crystallography of recombinant 7S globulins of Adzuki bean and structure-function relationships with 7S globulins of various crops. J. Agric. Food. Chem., 56, 4145-4153 2008 Yes English
Itoh, T., Mikami, B., Hashimoto, W., Murata, K. Crystal structure of YihS in complex with D-mannose: structural annotation of Escherichia coli and Salmonella enterica yihS-encoded proteins to an aldose-ketose isomerase. J. Mol. Biol., 377, 1443-1459 2008 Yes English
Yoon, H.J., Lee, S.J., Mikami, B., Park, H.J., Yoo, J., Suh, S.W. Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase from Haemophilus influenzae in complex with UDP-N-acetylglucosamine and fosfomycin. Proteins. 71, 1032-1037 2008 Yes English
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三上文三 ダイズβ-アミラーゼのフレキシブルループ上のGly残基の役割 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 ファミリーPL-14多糖リアーゼvAL-1(S)の構造・機能相関 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 ファミリーGH73ペプチドグリカン分解酵素のX線結晶構造 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 甘味タンパク質ソーマチンのX線結晶構造解析(2)甘味活性におけるアルギニン残基の重要性 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 オボアルブミンのアミロイド線維形成:内在性ペプチドの添加効果 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 褐藻アルギン酸の糖化に関わる細菌由来エキソ型リアーゼの構造・機能相関 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 デンプン枝切り酵素のサブサイト-2および+2の役割 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 甘味タンパク質ソーマチンのX線結晶構造解析(1)甘味活性におけるリジン残基の重要性 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 ニューロセルピンのX線結晶構造解析 日本農芸化学会2009年度大会 2009 Japanese
三上文三 好冷菌Shewanella sp.が産生するCold-active alkaline phosphatase の結晶構造 日本生化学会82回大会 2009 Japanese
三上文三 ニューロセルピンの結晶構造により明らかとなった複数のポリマー化経路 日本生化学会82回大会 2009 Japanese
三上文三 2T6p-17 出芽酵母Pos5 が強力なNADH キナーゼ活性を示し得る構造要因 日本生化学会82回大会 2009 Japanese
三上文三 Coenzyme-binding mode in α-keto acid reductase responsible for alginate metabolism 日本生化学会82回大会 2009 Japanese
Bunzo Mikami A novel streptococcal unsaturated glucuronyl hydrolases specific for sulfated glycosaminoglycans 日本生化学会82回大会 2009 English
Bunzo Mikami Structural determinants responsible for mode of action in polysaccharide lyases for biofuel production 日本生化学会82回大会 2009 English
三上文三 ダイズフェリチン(SFER4)24 量体のX 線結晶構造解析 日本蛋白質科学会第9回年会 2009 Japanese
三上文三 endo‒ 1,3 ‒β‒glucanase の構造や機能における触媒残基とCa2+ の役割 日本蛋白質科学会第9回年会 2009 Japanese
三上文三 X 線結晶構造解析により明らかとなった野生型ニューロセルピンのポリマー化要因 日本蛋白質科学会第9回年会 2009 Japanese
三上文三 プロ型プロテイングルタミナーゼのX線結晶構造解析 第56回日本生化学会近畿支部例会 2009 Japanese
三上文三 ニワトリ卵白リゾチーム擬単結晶のX線構造解析 第4回日本磁気科学会年会 2009 Japanese
三上文三 アルギン酸代謝に関わる細菌由来α-ケト酸還元酵素のX線結晶構造 日本農芸化学会関西支部第458回講演会 2009 Japanese
三上文三 サルモネラ菌由来マンノースイソメラーゼYihSの機能と立体構造 日本農芸化学会関西支部第454回講演会 2008 Japanese
三上文三 枯草菌による植物細胞壁の分解:多糖ラムノガラクツロナンリアーゼYesWのX線結晶構造 日本農芸化学会関西支部第449回講演会 2008 Japanese

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International Conference
Authors Title Bibliography Date Peer-review Language
Bunzo Mikami X-ray single crystal analysis of a pseudo single crystal of protein microcrystalline powders Pacifichem 2010 2010 English
Bunzo Mikami Crystal Structure of Protein-Glutaminase and Its Pro-Structures Similar to Enzyme-Substrate Complex 26th European Crystallographic Meeting 2010 English

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Invited speech
Title Conference name Organization name Date Language
結晶構造に基づいたアミラーゼの触媒機能の解明 第11回関西グライコサイエンスフォーラム 2010 Japanese
実験室系発生器・放射光施設両方を利用した効果的なデータ収集と構造解析 日本蛋白質科学会第9回年会 2009 Japanese
Book
Authors Title Publisher Date Language
三上文三、丸山伸之、内海 成 グロブリンタンパク質.大豆のすべて(喜多村啓介他編) p. 115-121、サイエンスフォーラム、東京、2010. 2010 Japanese

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Other book
Authors Title Publisher Date Language
Mikami, B., Moriya, T, Tandang, M., Masuda, T., Utsumi S. X-Ray crystallographic analysis of mung bean 8S globulin. SPring-8 User Experiment Report 2010A1309, 2010. 2010 English
Mikami, B., Tanabe, A., Hashizume, R., Yoshimura, T. X-Ray crystallographic analysis of mutant beta-amylase/maltose complex.-Titration of two loop conformations of V99N by maltose- Pring-8 User Experiment Report 2010A1489, 2010. 2010 English
Mikami, B., Urabe, H., Tandang, M., Masuda, T., Maruyama, N., Utsumi S. X-Ray crystallographic analysis of peanut conarachin. Spring-8 User Experiment Report 2010A6538, 2010. 2010 English
Mikami, B., Tanabe, A., Adachi, M., Okumura, T. X-Ray crystallographic analysis of mutant beta-amylase/maltose complex.-Titration of two loop conformations of K295A by maltose-. SPring-8 User Experiment Report 2010B1181, 2010. 2010 English
Mikami, B., Yamazaki, Y., Maruyama, N., Tandang, M., Masuda, T., Itoh, T., Utsumi S. X-Ray crystallographic analysis of a mutant mung bean 8S globulin. SPring-8 User Experiment Report 2010B1456, 2010. 2010 English
Mikami, B., Maruyama, N.., Utsumi S. X-Ray crystallographic analysis of vacuolar sorting receptor (VSR) from soybean cells . SPring-8 User Experiment Report 2010B6538, 2010. 2010 English
Mikami, B., Urabe, H., Yoshimura, T., Hashizume, R., Maruyama, N., Utsumi, S. X-Ray crystallographic analysis of peanut conarachin. SPring-8 User Experiment Report 2009A1165, 2009. 2009 English
Masuda, T., Kigo, S., Ohta, K., Mikami, B., Kitabatake, N. 味覚関連タンパク質の機能発現に関する構造生物学的解析 SPring-8 User Experiment Report 2009A1096, 2009. 2009 Japanese
Mikami, B., Toyoda, Y., Saito, T., Adachi, M., Utsumi, S. X-ray crystallographic analysis of mutant b-amylase/maltose complex. -Titration of two loop conformations of G97A by maltose-. SPring-8 User Experiment Report 2009A1168, 2009. 2009 Japanese
Takase, R., Ochiai, A., Nakamichi, Y., Itoh, T., Ogura, K., Mikami, B., Hashimoto, W., Murata, K.. X-ray Crystal Structure of Sphingomonas sp. A1 α-Keto Acid Reductase for Alginate Metabolism. SPring-8 User Experiment Report 2009A1179, 2009. 2009 Japanese
Masuda, T., Goto, F., Yoshihara, T., Yoshimura, T., Mikami, B. X-ray crystallographic analysis of phytoferritin subunit from soybean SPring-8 User Experiment Report 2009A1249, 2009. 2009 English
Maruyama, Y., Chuma, A., Ochiai, A., Ogura, K., Nakamichi, Y., Mikami, B., Hashimoto, W., Murata, K.. X-ray structural analysis of the metallopeptidase family M16 enzyme. SPring-8 User Experiment Report 2009A1329, 2009. 2009 English
Masuda, T., Kishi, N., Mikami, B., Goto, F., Yoshihara, T. X-Ray crystallographic analysis of soybean ferritin variant E173A. SPring-8 User Experiment Report 2009A6935, 2009. 2009 English
Takase, R., Ochiai, A., Itoh, T., Ogura, K., Mikami, B., Hashimoto, W., Murata, K. 植物細胞壁多糖からのバイオエタノール生産に関わる細菌酵素系の構造生物学. SPring-8 User Experiment Report 2009B1177, 2009. 2009 Japanese
Maruyama, Y., Chuma, A., Ochiai, A., Ogura, K., Nakamichi, Y., Mikami, B., Hashimoto, W., Murata, K. Crystal structure of the metallopeptidase family M16 enzyme from Sphingomonas sp. strain A1. SPring-8 User Experiment Report 2009B1192, 2009. 2009 English
Masuda, T., Kigo, S., Mikami, B., Kitabatake, N. 甘味関連タンパク質の機能発現に関する高分解能構造解析. SPring-8 User Experiment Report 2009B1379, 2009. 2009 Japanese
Mikami, B., Tandang, M., Yoshimura, T., Hashizume, R., Masuda, T., Maruyama, N. X-Ray crystallographic analysis of pro legumin from amaranth. SPring-8 User Experiment Report 2009B1299, 2009. 2009 English
Mikami, B., Adachi, M., Tanabe, A., Hashizume, R., Yoshimura, T., Utsumi, S. X-ray crystallographic analysis of loop-less beta-amylase/maltose complex. SPring-8 User Experiment Report 2009B1461, 2009. 2009 English
Mikami, B., Tandang, M., Maryuama, N., Itoh, T., Takehara, S., Utsumi, S. X-Ray crystallographic analysis of plant seed globulins. SPring-8 User Experiment Report 2009B6935, 2009. 2009 English
Mikami, B., Kang, Y.N., Tanabe, A., Utsumi, S. X-ray crystallographic analysis of beta-amylase/maltose complex -Titration of two loop conformations by maltose-. SPring-8 User Experiment Report 2008A1252, 2008. 2008 English
Mikami, B., Fukuda, T., Fukuda, C., Park, K., Maruyama, N., Utsumi, S. Crystal structure analysis of pea prolegumin. SPring-8 User Experiment Report 2009B6935, 2009. 2008 English
Itoh, T., Ochiai, A., Ogura, K., Mikami, B., Hashimoto, W., Murata, K. Structural Insights into the Reaction mechanism of Coenzyme-Independent Mannose Isomerase. SPring-8 User Experiment Report 2008A1119, 2008. 2008 English
Kita, K., Nagao, J., Mikami, B. X-Ray crystallographic analysis of a type II restriction endonuclease, R.EcoT38I, from Escherichia coli TH38. SPring-8 User Experiment Report 2008A1219, 2008. 2008 English
Takahashi, N., Mikami, B., Oe, T. Molecular mechanism of the structural change of egg white proteins. SPring-8 User Experiment Report 2008A1266, 2008. 2008 English
Ochiai, A., Itoh, T., Ogura, K., Mikami, B, Hashimoto, W., Murata, K. Structural biology of polysaccharides-degrading enzymes: X-ray crystallographic analysis of bacterial peptidoglycan hydrolase. SPring-8 User Experiment Report 2008A1322, 2008. 2008 English
Mikami, B., Tanabe, A., Utsumi, S. X-ray crystallographic analysis of mutant beta-amylase/maltose complex -Titration of two loop conformations of D101N and D101E by maltose-. SPring-8 User Experiment Report 2008B1522, 2008. 2008 English
Mikami, B., Park, K.., Maruyama, N., Shutov, A., Utsumi, S. X-Ray crystallographic analysis of cleaved phaseolin. SPring-8 User Experiment Report 2008B1574, 2008. 2008 English
Mizutani, K., Toyoda, M., Mikami, B. Structural Biology of Transport of Metal Ions in Living Body: X-ray Crystallographic Analyses of Transferrin and Transferrin-receptor as a Fundamental Research for Drug-delivery. SPring-8 User Experiment Report 2008B1023, 2008. 2008 English
Takahashi, N., Mikami, B., Mizutani, K., Toyoda, M. Molecular mechanism of the structural transition of egg white proteins. SPring-8 User Experiment Report 2008B1297, 2008. 2008 English
Masuda, T., Mikami, B., Goto, F., Yoshihara, T. X-Ray crystallographic analysis of soybean ferritin. SPring-8 User Experiment Report 2008B6828, 2008. 2008 English
Itoh, T., Ogura, K., Nakamichi, Y., Mikami, B., Hashimoto, W., Murata, K. Crystal Structure of Alginate-Binding Protein (AlgQ1) in Complex with Unsaturated Mannuronic Acid Trisaccharide. SPring-8 User Experiment Report 2008A1191, 2008. 2008 English
Hashimoto, W., Ochiai, A., Itoh, T., Ogura, K., Mikami, B., Maruyama, Y., Murata, K. X-ray Crystal Structure of Sphingomonas sp. A1 Peptidoglycan Hydrolase Categorized to Family GH-73. SPring-8 User Experiment Report 2008A1112, 2008. 2008 English

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Awards
Title(Japanese) Title(English) Organization name(Japanese) Organization name(English) Date
農芸化学奨励賞 1994
External funds, competitive funds and Grants-in-Aid for Scientific Research(kaken)
Type Position Title(Japanese) Title(English) Period
基盤研究(B) 食糧関連酵素のループ機能の解明 2009-2011
基盤研究(B) Representative 食品関連酵素の可動ループ機能の解明                        2012-2014
Non-external, competitive funds or grants other than grants-in-aid for Scientific research (kaken)
System Main person Title(Japanese) Title(English) Period
X線結晶構造解析によるβ-アミラーゼの構造と機能に関する研究 Studies on the catalytic mechanism of soybean β-amylase by X-ray crystallography -
食糧タンパク質の立体構造に関する研究 Studies on the three-dimensional structure of food proteins -
食糧関連酵素の立体構造に関する研究 Studies on the three-dimensional structures of food related enzymes -
Teaching subject(s)
Name(Japanese) Name(English) Term Department Period
応用生命科学入門I 前期 農学部 2011/04-2012/03
構造生物学 後期 農学部 2011/04-2012/03
生物理化学実験 前期 農学部 2011/04-2012/03
応用生命科学 Applied Life Sciences 後期 全学共通科目 2011/04-2012/03
応用構造生物学専攻実験 農学研究科 2011/04-2012/03
応用構造生物学専攻演習 農学研究科 2011/04-2012/03
応用構造生物学 農学研究科 2011/04-2012/03
応用生命科学 Applied Life Sciences 後期 全学共通科目 2012/04-2013/03
応用生命科学入門I Introduction to Applied Life Science I 前期 農学部 2012/04-2013/03
構造生物学 Structural Biology 後期 農学部 2012/04-2013/03
生物理化学実験 Laboratory Course in Biophysical Chemistry 前期 農学部 2012/04-2013/03
応用生命科学入門I Introduction to Applied Life Science I 前期 農学部 2014/04-2015/03
構造生物学 Structural Biology 後期 農学部 2014/04-2015/03
専門外国書講読 Scientific English 前期 農学部 2014/04-2015/03
生物理化学実験 Laboratory Course in Biophysical Chemistry 前期 農学部 2014/04-2015/03
応用生命科学 I Applied Life Sciences I 前期集中 農学研究科 2014/04-2015/03
応用構造生物学講義 Applied Structural Biology 前期集中 農学研究科 2014/04-2015/03
応用構造生物学専攻演習 Applied Structural Biology Seminar 通年 農学研究科 2014/04-2015/03
応用構造生物学専攻実験 Experimental Course of Applied Structural Biology 通年 農学研究科 2014/04-2015/03
応用生命科学 Applied Life Sciences 後期 全学共通科目 2014/04-2015/03
タンパク質の構造を見る、触る Looking at and capture the protein structure 前期集中 全学共通科目 2014/04-2015/03
応用構造生物学専攻実験1 Experimental Course of Applied Structural Biology1 通年 農学研究科 2015/04-2016/03
応用構造生物学専攻実験 Experimental Course of Applied Structural Biology 通年 農学研究科 2015/04-2016/03
応用構造生物学専攻演習1 Applied Structural Biology Seminar1 通年 農学研究科 2015/04-2016/03
応用構造生物学専攻演習 Applied Structural Biology Seminar 通年 農学研究科 2015/04-2016/03
応用構造生物学講義 Applied Structural Biology 前期集中 農学研究科 2015/04-2016/03
応用生命科学 I Applied Life Sciences I 前期集中 農学研究科 2015/04-2016/03
応用生命科学入門I Introduction to Applied Life Science I 前期 農学部 2015/04-2016/03
構造生物学 Structural Biology 後期 農学部 2015/04-2016/03
生物理化学実験 Laboratory Course in Biophysical Chemistry 前期 農学部 2015/04-2016/03

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Part-time lecturer (outside KU)
Cource name(Japanese) Cource name(English) Term University Department Period
同志社大学 生命医学部 2010-2010
同志社大学 生命医学部 2009-2009
神戸大学 農学部 2009-2009
島根大学 農学部 2009-2009
近畿大学 農学部 2008-2008
School management (title, position)
Title Period
原子力研究整備委員会 委員 2014/04/01-2016/03/31
Faculty management (title, position)
Title Period
宇治地区施設整備・将来計画委員会 2012/04/01-2014/03/31
宇治地区施設整備・将来計画委員会 2014/04/01-2016/03/31